genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51006384--51006564	27	6.7	27	90	0	254	41	7	20	29	1.81
51006313--51006463	54	2.8	54	83	2	160	34	7	23	34	1.84
51006357--51006563	81	2.6	81	84	0	225	40	7	20	31	1.81
51006544--51006608	27	2.4	27	80	7	78	29	9	21	40	1.84
51011012--51011117	25	4.2	26	86	4	121	26	22	19	31	1.98
51011023--51011117	50	1.9	50	89	4	147	27	23	22	27	1.99
51011341--51011564	27	8.3	27	80	2	263	23	19	20	37	1.94
51011351--51011564	80	2.7	81	86	0	295	23	19	19	37	1.94
51011553--51011654	27	3.8	26	73	12	82	31	9	19	39	1.84
51011363--51011647	134	2.1	134	80	6	310	26	16	19	37	1.93
51011567--51011720	54	2.9	54	82	3	177	31	8	20	39	1.83
51011567--51011706	27	5.2	26	81	6	145	30	8	19	41	1.81
51011526--51011706	81	2.3	79	81	5	211	29	9	19	40	1.83
51011699--51011879	27	6.7	27	89	0	272	39	7	22	30	1.81
51011670--51011879	81	2.6	81	86	1	260	38	7	22	31	1.81
51012978--51013060	41	2.0	41	100	0	166	38	24	8	28	1.84
51013861--51013944	28	3.0	29	80	3	100	26	29	16	27	1.97
51016260--51016386	23	5.4	23	80	9	132	35	18	20	25	1.95
51016280--51016370	45	2.0	45	85	8	123	35	18	20	25	1.96
51021517--51021612	29	3.4	28	82	4	120	31	30	13	25	1.94
51021670--51021704	18	2.0	18	88	5	54	20	42	25	11	1.85
51026036--51026102	28	2.3	29	84	2	91	29	29	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51026917--51027000	44	1.9	44	92	0	141	52	8	19	20	1.71
51029669--51029744	38	2.0	38	97	0	143	32	13	22	31	1.92
51037063--51037138	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
51038326--51038466	40	3.5	40	83	4	176	24	25	25	24	2.00
51041371--51041491	49	2.5	48	82	1	152	25	16	28	29	1.97
51041498--51041613	48	2.5	46	83	8	128	30	22	21	25	1.99
51041498--51041671	94	1.9	94	80	4	208	28	21	24	25	1.99
51041606--51041711	48	2.2	48	81	6	126	32	18	24	24	1.97
51043364--51043489	42	3.0	42	69	25	102	23	20	23	32	1.98
51052592--51052631	21	2.0	20	85	5	53	10	32	25	32	1.89
51059748--51059922	46	3.8	46	98	0	341	29	29	21	19	1.97
51062313--51062401	30	3.0	30	79	11	94	57	14	16	11	1.65
51062313--51062392	15	5.4	15	79	7	83	58	12	17	11	1.62
51062324--51062401	15	5.2	15	75	9	70	56	14	16	12	1.68
51065308--51065436	46	2.8	46	100	0	258	29	29	21	19	1.98
51075055--51075083	7	4.3	7	95	4	51	27	27	0	44	1.54
51081418--51081745	46	7.0	46	82	6	336	41	14	23	21	1.89
51081419--51081697	92	3.0	92	87	3	380	40	13	23	21	1.89
51081427--51081745	96	3.4	96	87	4	423	41	14	23	20	1.89
51081436--51081713	142	2.0	138	85	5	371	41	14	23	20	1.89
51082923--51082947	10	2.5	10	100	0	50	60	0	12	28	1.32
51085621--51085844	40	5.6	40	88	2	308	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51091078--51091117	21	1.9	21	84	0	53	37	12	17	32	1.87
51097848--51098016	27	6.3	27	79	5	173	40	19	8	30	1.82
51097894--51098046	80	1.9	81	90	1	245	39	18	9	32	1.84
51097848--51098033	54	3.5	53	78	7	205	39	20	9	30	1.84
51098023--51098206	27	6.8	27	89	0	260	30	22	7	39	1.82
51097886--51098060	80	2.2	80	85	1	242	37	20	9	32	1.84
51098185--51098324	27	5.2	27	78	8	124	41	20	7	30	1.81
51098050--51098235	81	2.3	81	83	0	237	32	22	7	37	1.82
51098193--51098327	54	2.5	53	81	4	155	41	19	8	30	1.82
51098255--51098476	27	8.2	27	87	1	205	36	17	18	27	1.93
51098251--51098476	54	4.2	54	83	4	233	37	17	18	27	1.93
51098201--51098449	81	3.1	81	81	6	240	38	18	15	27	1.90
51098457--51098520	27	2.4	27	74	10	67	18	17	26	37	1.93
51098682--51098750	25	2.8	25	93	2	113	26	24	23	26	2.00
51100943--51101095	56	2.7	56	85	0	207	30	19	17	32	1.95
51103000--51103160	67	2.5	66	81	7	177	28	14	31	25	1.95
51107861--51107891	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
51108102--51108230	50	2.6	50	87	0	177	29	27	17	25	1.97
51111282--51111379	6	18.2	5	74	17	74	75	1	5	18	1.04
51111287--51111377	20	4.4	20	80	10	96	75	1	5	17	1.05
51111305--51111371	26	2.7	25	81	6	73	77	1	5	14	1.03
51111287--51111379	35	2.5	37	84	13	111	75	1	5	18	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51113196--51113406	40	5.3	40	88	4	230	23	20	27	28	1.99
51114415--51114470	28	2.0	28	100	0	112	35	17	21	25	1.95
51121277--51121488	40	5.3	40	88	3	241	24	20	26	28	1.99
51124823--51124936	27	4.2	26	78	11	113	19	22	20	37	1.94
51132406--51132954	47	11.6	47	92	2	875	32	8	29	29	1.87
51132406--51132954	143	3.9	143	92	3	919	32	8	29	29	1.87
51135242--51135478	50	4.7	50	77	3	251	31	27	16	25	1.96
51135214--51135522	151	2.0	150	86	3	424	32	26	16	24	1.96
51139553--51139614	26	2.3	26	83	2	70	38	29	8	24	1.84
51139719--51139800	28	3.0	28	84	8	107	18	23	21	36	1.95
51141861--51141917	28	2.0	28	100	0	114	38	31	10	19	1.86
51145101--51145132	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
51145336--51145715	50	7.9	49	70	11	201	31	27	16	25	1.96
51145391--51145572	101	1.8	101	82	2	240	31	27	15	25	1.96
51145457--51145716	137	1.9	137	92	0	439	32	26	15	25	1.96
51145594--51145758	50	3.2	50	83	7	174	33	26	16	23	1.96
51147818--51148172	46	7.5	46	73	11	194	27	18	29	24	1.98
51148047--51148172	49	2.6	49	81	6	150	26	18	30	25	1.98
51175760--51175832	24	3.0	24	72	11	67	20	21	16	41	1.90
51175850--51175902	24	2.2	24	86	3	72	13	20	24	41	1.88
51189871--51189900	14	2.1	14	93	0	51	40	6	3	50	1.45
51193418--51193450	5	6.4	5	96	3	57	21	0	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51194341--51194370	15	2.0	15	93	0	51	30	26	6	36	1.82
51200909--51201024	40	2.9	40	92	0	187	20	22	29	27	1.99
51201018--51201160	43	3.3	43	82	0	151	15	21	30	32	1.94
51206830--51206950	40	3.0	40	92	0	179	19	22	30	27	1.98
51206962--51207069	43	2.5	43	83	0	126	13	23	29	33	1.93
51206992--51207081	43	2.1	43	82	0	108	15	21	28	34	1.94
51207155--51207209	25	2.2	25	87	6	76	29	10	30	29	1.91
51223721--51223816	12	8.0	12	65	9	52	22	37	4	35	1.74
51223715--51223814	24	4.2	24	93	0	155	20	38	5	37	1.74
51228822--51228898	24	3.2	23	87	8	118	19	37	5	37	1.74
51229972--51230019	24	2.0	24	84	8	62	20	31	16	31	1.95
51230194--51230265	24	3.0	25	75	17	80	15	25	19	40	1.90
51243402--51243705	94	3.2	93	79	5	294	26	20	29	24	1.99
51243402--51243742	47	7.2	47	72	9	207	26	20	29	23	1.99
51246432--51246489	30	1.9	30	89	0	89	34	10	24	31	1.89
51246879--51247043	47	3.6	46	72	13	142	28	21	27	22	1.99
51256065--51256247	79	2.3	81	83	9	225	24	27	23	24	2.00
51256044--51256247	40	5.1	40	81	8	229	24	27	23	24	2.00
51264144--51264328	79	2.3	81	80	10	211	25	28	22	23	1.99
51264126--51264328	40	5.1	40	78	8	209	25	28	22	24	2.00
51272048--51272232	40	4.7	40	83	5	223	24	23	27	24	2.00
51272101--51272265	79	2.1	79	84	4	208	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51279099--51279144	21	2.2	20	84	3	56	60	0	21	17	1.35
51279989--51280045	10	5.8	10	81	4	62	57	1	3	36	1.26
51280070--51280114	11	4.2	11	82	5	56	55	2	0	42	1.12
51281054--51281108	20	2.7	21	71	18	53	41	1	5	50	1.36
51281201--51281246	9	4.8	10	86	7	60	39	0	2	58	1.10
51281212--51281253	19	2.2	19	87	8	59	40	0	2	57	1.12
51281623--51281661	16	2.4	16	86	4	51	56	0	5	38	1.22
51284587--51284625	19	2.0	20	90	5	62	51	10	0	38	1.36
51288191--51288326	9	14.3	9	68	14	51	36	1	2	59	1.19
51288232--51288317	19	4.2	20	71	20	63	43	0	2	54	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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