genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74715615--74715770	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
74720741--74720946	55	3.8	53	79	7	209	20	25	17	35	1.95
74728327--74728537	55	3.9	54	81	6	257	22	24	17	35	1.95
74728330--74728530	108	1.8	110	87	4	300	22	24	17	34	1.96
74730323--74730539	40	5.4	40	86	4	253	24	23	27	24	2.00
74738390--74738606	40	5.4	40	87	2	260	24	23	26	24	2.00
74738385--74738606	80	2.8	80	86	3	297	25	22	26	25	2.00
74749512--74749587	24	3.3	23	83	5	100	18	25	21	35	1.95
74749512--74749602	46	2.1	42	85	8	119	19	24	19	36	1.95
74756372--74756434	30	2.1	30	100	0	126	22	30	19	28	1.98
74759250--74759433	67	2.8	64	78	8	203	29	17	29	22	1.97
74763090--74763114	13	1.9	13	100	0	50	40	24	24	12	1.88
74765814--74765866	26	2.0	26	81	0	61	43	18	16	20	1.88
74765866--74765949	27	3.2	26	83	5	105	35	20	21	22	1.96
74772061--74772107	22	2.1	22	92	0	76	38	8	8	44	1.65
74772091--74772134	22	2.0	22	81	0	52	34	0	22	43	1.54
74774236--74774287	25	2.1	25	92	0	86	34	21	5	38	1.77
74774668--74774734	20	3.3	19	81	10	71	43	17	25	13	1.86
74774678--74774737	20	3.0	20	83	13	79	41	16	28	13	1.86
74774727--74774775	20	2.5	20	75	0	53	38	14	28	18	1.90
74781534--74781574	20	2.0	20	90	0	64	36	2	17	43	1.62
74788661--74789018	138	2.6	138	91	2	567	38	8	6	46	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74788896--74789139	121	2.0	121	88	1	364	39	9	4	47	1.54
74788758--74789237	259	1.9	258	90	1	764	40	9	4	46	1.56
74790564--74790739	46	3.8	46	78	12	207	20	20	28	30	1.98
74790561--74790731	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	28	1.98
74812311--74812350	21	1.9	21	85	10	55	17	20	2	60	1.48
74822315--74822503	40	4.7	40	92	0	306	25	21	27	25	1.99
74822315--74822536	40	5.6	40	89	2	216	26	22	27	24	2.00
74824676--74824972	80	3.7	78	84	6	314	26	20	26	25	1.99
74824728--74824972	120	2.1	118	83	6	307	26	20	26	26	1.99
74824675--74824939	40	6.7	40	85	6	333	25	21	26	26	1.99
74833623--74833811	40	4.7	40	92	0	324	25	22	27	24	2.00
74836722--74836807	28	3.0	28	84	3	109	26	16	27	29	1.97
74840459--74840489	15	2.1	15	100	0	62	25	19	6	48	1.72
74848796--74849040	49	4.9	49	80	4	258	28	25	19	26	1.98
74848850--74849038	100	1.9	100	87	1	279	29	25	19	24	1.98
74852575--74852640	22	2.8	24	71	15	66	57	1	7	33	1.36
74853471--74853513	11	4.2	10	85	11	52	81	2	0	16	0.79
74853471--74853513	20	2.1	21	91	4	70	81	2	0	16	0.79
74855231--74855299	22	2.9	25	68	14	65	56	2	7	33	1.42
74856131--74856167	14	2.9	13	81	18	51	75	0	0	24	0.80
74871083--74871267	40	4.7	40	81	6	207	26	27	21	24	1.99
74871083--74871267	79	2.3	80	78	8	198	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74872511--74872564	23	2.3	23	84	6	65	3	20	1	74	1.07
74874895--74875119	40	5.7	40	86	7	273	26	26	21	25	1.99
74874862--74875066	79	2.6	80	85	8	260	26	25	20	27	1.99
74882853--74883077	40	5.7	40	89	4	289	26	26	21	25	2.00
74885492--74885548	21	2.7	21	88	0	87	17	31	33	17	1.93
74888427--74888713	43	6.5	44	84	9	274	33	9	29	27	1.89
74888427--74888713	133	2.2	132	83	8	352	33	9	29	27	1.89
74888427--74888713	89	3.2	92	84	10	343	33	9	29	27	1.89
74888833--74888911	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
74899756--74899842	38	2.3	38	100	0	174	27	14	26	31	1.95
74900438--74900662	40	5.6	40	83	2	272	25	24	27	23	2.00
74900438--74900698	80	3.3	80	82	3	303	25	23	26	24	2.00
74900438--74900662	120	1.9	121	84	6	305	25	24	27	23	2.00
74902707--74902764	22	2.6	23	76	17	59	68	3	6	20	1.27
74902748--74902785	3	12.7	3	89	10	60	71	0	0	28	0.87
74902735--74902786	9	5.5	10	82	15	58	71	1	1	25	1.07
74905372--74905867	53	9.3	54	82	4	501	38	18	10	31	1.85
74905381--74905841	80	5.8	81	85	2	535	38	18	9	32	1.84
74905372--74905841	133	3.5	133	84	1	602	39	18	9	32	1.84
74905793--74905881	27	3.3	27	87	3	108	38	15	14	31	1.88
74906116--74906185	19	3.5	19	68	11	59	18	15	32	32	1.93
74906115--74906235	41	3.0	41	85	0	161	20	19	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74908447--74908487	21	2.0	21	85	4	57	7	24	17	51	1.70
74910423--74910486	28	2.3	28	91	0	101	18	17	37	26	1.93
74910794--74911372	27	21.6	27	82	3	634	39	19	10	30	1.86
74910794--74911346	53	10.3	54	85	3	649	39	19	10	30	1.85
74910794--74911372	80	7.2	81	85	2	645	39	19	10	30	1.86
74911325--74911389	27	2.4	27	86	0	85	36	18	18	26	1.94
74911621--74911743	41	3.0	41	84	2	158	21	21	28	27	1.99
74913716--74913774	16	3.7	16	79	4	66	57	18	15	8	1.63
74913716--74913775	24	2.5	24	83	2	77	56	18	16	8	1.64
74913716--74913774	8	7.4	8	76	0	55	57	18	15	8	1.63
74916478--74916875	47	8.5	47	92	2	579	32	9	30	28	1.88
74916478--74916875	94	4.2	94	93	0	643	32	9	30	28	1.88
74916478--74916875	141	2.8	141	92	0	643	32	9	30	28	1.88
74916994--74917072	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
74918936--74919038	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
74919020--74919093	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
74923048--74923504	47	9.5	47	88	6	628	32	8	29	28	1.88
74923268--74923384	58	2.0	58	100	0	234	30	10	29	29	1.90
74923221--74923431	105	2.0	105	97	0	395	31	9	29	28	1.89
74923174--74923449	152	1.8	151	96	0	507	32	8	29	29	1.87
74923048--74923504	143	3.2	141	87	7	648	32	8	29	28	1.88
74923326--74923504	93	1.9	94	86	1	252	32	9	30	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74923623--74923701	37	2.1	37	86	4	106	25	20	30	24	1.98
74927012--74927265	122	2.1	122	85	4	343	34	20	23	21	1.97
74927170--74927263	25	3.8	25	71	13	70	34	17	24	24	1.96
74927228--74927311	26	3.3	27	74	11	79	34	17	25	22	1.96
74933891--74933941	14	3.4	15	78	15	61	43	5	0	50	1.26
74947608--74947633	7	3.7	7	100	0	52	0	11	46	42	1.40
74948904--74948938	16	2.2	16	89	0	52	51	14	20	14	1.76
74949152--74949265	28	4.1	28	82	6	133	28	14	30	27	1.95
74949152--74949261	56	2.0	56	85	3	150	27	14	31	26	1.95
74952446--74952502	30	1.9	30	85	0	78	40	10	19	29	1.85
74954655--74954696	21	2.0	21	85	0	57	19	40	16	23	1.91
74959353--74959412	30	2.0	30	93	0	102	36	8	25	30	1.85
74963348--74963459	28	4.0	28	77	2	100	29	14	28	27	1.95
74966325--74966381	14	3.7	15	77	17	64	42	5	1	50	1.35
74981278--74981438	38	4.3	38	91	1	252	21	21	25	31	1.98
74981278--74981438	75	2.1	76	90	1	252	21	21	25	31	1.98
74987928--74988078	27	5.6	27	82	4	187	27	15	27	30	1.96
74987929--74988078	82	1.8	81	88	4	230	26	15	27	30	1.96
74991278--74991355	40	2.0	40	97	0	147	28	29	20	21	1.98
74996173--74996350	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
74996174--74996329	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
74996170--74996350	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75003731--75003908	27	6.6	27	83	3	205	26	14	28	30	1.95
75003732--75003887	82	1.9	81	88	3	233	26	14	28	30	1.95
75003728--75003908	82	2.2	81	83	2	229	27	14	27	30	1.95
75005410--75005822	49	8.6	49	91	1	608	29	28	7	34	1.86
75009565--75009662	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
75009593--75009675	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
75009565--75009676	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
75018327--75018387	29	2.1	29	100	0	122	29	29	19	21	1.98
75025865--75025946	41	2.0	41	92	0	137	19	12	35	32	1.89
75027296--75027483	6	30.3	6	72	18	127	47	12	18	21	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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