genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  221  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72380323--72380400	30	2.6	30	78	10	88	5	21	1	71	1.12
72380406--72380436	15	2.1	15	93	0	53	6	19	3	70	1.22
72383370--72383470	52	1.9	52	97	0	193	35	16	25	21	1.95
72384654--72384773	43	2.8	42	78	2	123	23	22	25	28	1.99
72388497--72388530	7	4.9	7	100	0	68	14	11	14	58	1.63
72394783--72394882	40	2.5	39	87	6	148	51	13	5	31	1.62
72394966--72395035	23	3.2	23	76	17	78	1	30	0	68	0.98
72398641--72398696	25	2.2	25	87	0	76	32	7	5	55	1.50
72400792--72400859	34	2.0	34	85	0	91	36	20	22	20	1.95
72413133--72413353	27	8.2	27	81	4	248	24	22	19	33	1.97
72418003--72418036	16	2.1	16	100	0	68	23	17	20	38	1.93
72424215--72424477	46	5.7	46	71	16	184	29	26	19	24	1.98
72424222--72424487	93	2.9	93	85	2	374	28	27	19	24	1.99
72424268--72424433	47	3.6	47	74	8	176	29	25	18	25	1.98
72427913--72428084	93	1.8	93	91	0	281	28	27	20	22	1.99
72427905--72428079	46	3.8	46	76	13	187	29	27	20	22	1.99
72431771--72431952	40	4.6	40	79	9	194	24	26	21	26	2.00
72431748--72431902	79	2.0	80	83	10	203	25	25	21	27	1.99
72431770--72431952	79	2.3	80	78	8	194	24	26	21	26	2.00
72433082--72433257	56	3.1	56	98	0	334	22	23	9	44	1.81
72440261--72440303	16	2.7	16	81	0	50	48	18	23	9	1.76
72440522--72440657	29	4.8	28	74	13	102	25	14	33	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72445011--72445139	56	2.3	56	85	2	179	34	23	12	29	1.91
72449959--72450041	44	1.9	42	83	9	105	28	20	18	32	1.96
72449958--72450083	43	2.9	43	79	10	123	30	17	19	32	1.95
72453412--72453516	28	3.8	28	86	7	151	25	14	32	27	1.94
72453844--72454290	27	16.7	27	79	5	381	39	20	9	31	1.84
72453844--72454290	80	5.6	81	82	4	413	39	20	9	31	1.84
72453869--72454290	134	3.1	135	77	8	416	39	20	9	31	1.84
72461943--72462003	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
72479473--72479524	22	2.4	22	96	0	95	23	23	21	32	1.98
72479475--72479541	22	3.0	22	89	4	82	26	20	19	32	1.97
72479873--72479925	26	1.9	28	82	17	67	26	3	3	66	1.26
72479914--72479957	21	2.2	20	88	12	63	18	4	11	65	1.40
72480845--72480877	11	3.1	11	91	4	50	54	0	0	45	0.99
72480843--72480884	17	2.4	18	80	7	52	57	0	0	42	0.99
72481366--72481411	24	1.9	24	82	8	58	47	2	10	39	1.51
72481520--72481571	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
72484532--72484587	29	1.9	29	85	0	76	19	35	26	17	1.94
72486619--72486742	46	2.6	47	77	10	128	21	28	20	29	1.98
72486618--72486793	94	1.9	93	85	5	248	21	27	21	29	1.98
72488163--72488276	43	2.7	42	77	10	124	28	24	17	29	1.97
72489524--72489650	42	3.0	42	85	6	152	28	18	13	40	1.88
72489535--72489679	42	3.5	42	81	5	132	29	19	13	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72494496--72494663	42	3.9	42	75	6	158	30	23	17	28	1.97
72495206--72495246	21	1.9	22	85	14	59	36	26	2	34	1.70
72504510--72504691	46	3.9	47	80	9	196	24	29	18	28	1.98
72504324--72504647	46	6.9	47	71	12	229	24	30	17	27	1.98
72504377--72504691	46	6.7	46	74	13	175	24	29	18	28	1.98
72504425--72504689	94	2.9	92	75	13	258	23	29	18	28	1.98
72512183--72512395	47	4.6	47	76	14	158	25	29	17	27	1.98
72512274--72512443	46	3.7	46	78	6	155	24	28	18	28	1.98
72514113--72514223	27	4.1	26	79	7	73	36	18	23	20	1.95
72514133--72514222	28	3.3	28	81	7	105	36	21	23	18	1.95
72515272--72515304	17	2.0	17	88	5	50	66	0	27	6	1.15
72515997--72516032	18	2.0	18	88	0	54	50	13	8	27	1.71
72524170--72524209	18	2.2	19	95	4	73	62	10	17	10	1.53
72528585--72528627	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
72529098--72529250	27	5.6	27	90	3	216	28	13	26	30	1.94
72529098--72529250	55	2.8	55	88	4	227	28	13	26	30	1.94
72536764--72536806	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
72537276--72537427	27	5.6	27	93	3	232	26	13	28	30	1.94
72537276--72537427	55	2.8	55	93	0	250	26	13	28	30	1.94
72540303--72540380	33	2.4	32	80	6	84	26	23	16	33	1.96
72540354--72540479	66	1.9	66	81	6	155	28	26	16	28	1.97
72540323--72540516	101	1.9	101	91	0	316	28	25	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72543881--72543962	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
72552054--72552135	26	3.2	26	94	0	146	31	6	25	36	1.81
72578062--72578141	26	3.2	26	94	5	146	31	6	26	36	1.81
72591072--72591123	10	4.9	10	84	11	50	59	5	0	34	1.21
72596912--72597009	25	4.0	25	80	9	96	34	18	22	24	1.96
72596934--72597009	24	3.1	24	83	9	91	34	18	23	23	1.96
72600531--72600732	102	2.0	104	87	3	293	46	11	8	32	1.72
72615050--72615102	23	2.3	24	83	9	74	16	9	1	71	1.21
72615071--72615110	16	2.6	16	82	17	50	25	7	0	67	1.16
72620346--72620388	13	3.5	13	78	18	56	48	11	0	39	1.40
72620346--72620397	23	2.3	23	93	0	86	50	11	0	38	1.39
72622533--72622574	11	3.6	11	84	15	50	38	2	11	47	1.53
72640361--72640527	35	4.6	37	81	8	166	32	10	23	33	1.88
72640361--72640531	75	2.4	75	82	7	194	32	10	23	33	1.89
72645665--72645710	23	2.0	23	91	0	74	47	8	0	43	1.34
72646665--72646701	19	2.0	18	89	5	56	35	2	5	56	1.36
72658911--72658988	25	3.2	25	65	17	74	30	30	5	33	1.79
72658860--72659218	47	7.6	47	92	2	531	28	29	8	33	1.86
72658860--72659218	96	3.8	95	89	5	519	28	29	8	33	1.86
72665508--72665590	25	3.4	25	65	24	68	55	13	4	26	1.58
72665502--72665598	48	2.0	48	100	0	194	52	14	6	26	1.65
72665853--72666069	46	4.6	45	78	10	188	25	29	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72665899--72666069	94	1.8	92	85	9	240	25	30	18	25	1.98
72672748--72672794	20	2.3	20	100	0	94	21	27	27	23	1.99
72673962--72673987	7	3.7	7	100	0	52	38	46	0	15	1.46
72674742--72674863	46	2.7	46	90	2	192	29	26	22	22	1.99
72676326--72676602	47	5.9	47	79	7	219	25	31	16	26	1.97
72676325--72676591	94	2.8	92	79	8	254	25	30	16	27	1.97
72676421--72676594	46	3.7	46	76	14	153	26	29	17	26	1.97
72679713--72679738	11	2.4	11	100	0	52	19	0	0	80	0.71
72685161--72685192	3	10.7	3	93	0	55	68	3	0	28	1.04
72687843--72687914	25	2.8	27	81	10	87	15	25	22	37	1.93
72687843--72687921	26	3.1	26	83	7	99	17	25	20	36	1.94
72688395--72688451	25	2.3	25	79	11	64	45	14	15	24	1.83
72693022--72693052	16	1.9	16	93	0	53	70	6	22	0	1.09
72697557--72697603	22	2.1	22	84	0	58	53	8	17	21	1.70
72700704--72700729	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
72710344--72710436	8	10.9	9	75	16	58	78	1	4	16	0.96
72710354--72710436	16	5.1	16	73	20	73	79	1	3	15	0.93
72710359--72710436	21	4.0	20	74	24	69	79	1	3	15	0.94
72710364--72710436	29	2.5	29	82	4	94	79	1	4	15	0.95
72710507--72710554	15	3.1	16	82	11	55	70	0	0	29	0.87
72710510--72710554	17	2.6	19	80	16	53	68	0	0	31	0.89
72710520--72710605	25	3.5	23	76	17	68	63	0	3	32	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72710584--72710631	5	9.2	5	80	13	53	70	2	0	27	0.98
72717714--72717781	34	2.0	34	100	0	136	38	0	20	41	1.53
72721871--72721936	33	2.0	32	85	2	87	16	21	24	37	1.93
72736205--72736256	25	2.1	25	88	0	77	40	15	7	36	1.76
72749770--72749813	22	1.9	24	86	9	65	38	11	2	47	1.52
72751569--72751601	12	2.8	12	95	0	57	24	48	18	9	1.76
72758942--72758972	12	2.6	12	94	0	53	6	19	48	25	1.72
72763853--72763914	31	2.0	31	96	0	115	19	24	35	20	1.96
72768098--72768278	40	4.6	40	82	6	208	25	23	25	25	2.00
72779317--72779353	16	2.3	16	95	0	65	37	8	35	18	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356