Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  305  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99258454--99258887
135
3.2
135
91
1
678
29
20
23
26
1.99
99258769--99258977
90
2.3
90
91
1
330
28
21
22
28
1.99
99258634--99259110
223
2.1
223
91
2
769
27
21
23
27
1.99
99258859--99259296
133
3.3
132
88
1
606
30
19
22
27
1.98
99259548--99259678
47
3.0
46
72
23
147
29
48
0
21
1.50
99259586--99259660
37
2.0
37
94
0
132
29
52
0
18
1.46
99259602--99259674
18
4.0
18
71
16
60
27
54
0
17
1.43
99261977--99262031
19
2.9
18
84
15
67
34
0
1
63
1.05
99261862--99262004
63
2.3
63
80
15
161
26
4
5
63
1.35
99261985--99262015
14
2.2
14
94
0
53
32
0
0
67
0.91
99265050--99265412
47
7.6
47
72
14
266
26
18
30
24
1.98
99265138--99265361
49
4.6
48
71
13
129
26
19
29
25
1.98
99265050--99265414
96
3.8
96
79
9
371
26
18
30
24
1.98
99266552--99266591
21
2.0
20
85
5
53
12
37
25
25
1.91
99267919--99268005
45
1.9
45
97
0
165
31
12
29
26
1.93
99272053--99272187
41
3.3
41
80
8
157
39
22
17
20
1.92
99273755--99273796
22
1.9
22
85
0
57
64
7
2
26
1.32
99275602--99275775
40
4.3
40
78
3
170
30
21
22
24
1.99
99275626--99275775
40
3.7
39
81
6
174
28
22
23
25
1.99
99275602--99275775
81
2.2
80
83
5
215
30
21
22
24
1.99
99275806--99275921
40
2.9
40
90
2
171
28
20
23
27
1.99
99276255--99276367
14
7.9
14
71
11
59
23
1
29
46
1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99276338--99276401
22
3.0
22
86
2
85
21
1
42
34
1.63
99277437--99277467
14
2.2
14
100
0
62
45
38
0
16
1.47
99277535--99277564
14
2.1
14
100
0
60
26
36
0
36
1.57
99279110--99279184
37
2.0
37
94
0
132
14
17
14
53
1.73
99282154--99282246
42
2.2
42
81
11
102
25
16
25
32
1.96
99282179--99282340
42
3.9
42
80
2
182
24
17
29
27
1.98
99282410--99282470
31
2.0
31
93
0
104
31
16
19
32
1.94
99306526--99306563
10
3.7
10
80
19
51
86
0
7
5
0.69
99306526--99306567
21
2.0
21
100
0
84
80
0
9
9
0.89
99311089--99311174
42
2.0
42
100
0
172
32
26
9
31
1.88
99313420--99313456
3
12.3
3
100
0
74
32
35
32
0
1.58
99313726--99313756
5
6.2
5
92
0
53
0
22
0
77
0.77
99314206--99314249
3
14.7
3
80
0
52
6
65
2
25
1.28
99318201--99318268
22
3.0
22
77
10
75
39
19
23
17
1.92
99319095--99319129
17
2.1
17
88
0
52
28
25
0
45
1.54
99324520--99324553
14
2.3
15
90
5
52
85
0
5
8
0.75
99327301--99327357
24
2.3
24
78
3
60
52
0
0
47
1.00
99331587--99331626
18
2.3
17
82
4
53
25
25
35
15
1.94
99332055--99332132
40
2.0
40
84
0
102
20
15
32
32
1.94
99343479--99343511
12
2.8
12
90
0
57
30
51
12
6
1.63
99349754--99350000
135
1.8
134
88
3
379
31
16
19
32
1.94
99351196--99351253
31
1.9
31
82
10
75
63
5
13
17
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99353162--99353308
75
2.0
75
88
0
222
44
12
8
34
1.74
99353632--99353672
21
1.9
21
85
5
55
48
7
0
43
1.30
99359881--99359944
29
2.2
30
86
8
87
54
3
0
42
1.16
99360767--99360802
17
2.1
17
90
10
56
38
16
11
33
1.84
99362651--99362700
16
3.0
16
88
5
73
26
0
4
70
1.05
99373018--99373082
22
3.2
22
71
24
79
53
1
6
38
1.35
99373006--99373082
38
2.0
38
100
0
154
53
2
5
38
1.37
99375173--99375223
8
6.4
8
76
14
52
33
0
1
64
1.05
99375172--99375219
24
2.0
23
88
8
69
31
0
2
66
1.03
99375283--99375327
23
2.0
23
86
0
63
37
4
8
48
1.55
99383940--99383994
27
2.0
27
100
0
110
29
18
21
30
1.97
99389530--99389555
2
13.0
2
100
0
52
50
0
50
0
1.00
99399918--99400056
72
2.0
70
88
4
208
35
8
12
42
1.74
99408160--99408217
13
4.5
13
74
8
55
48
1
3
46
1.29
99408160--99408217
22
2.7
21
86
5
80
48
1
3
46
1.29
99408185--99408224
17
2.4
17
86
0
53
47
2
0
50
1.14
99409449--99409678
97
2.4
93
80
7
239
46
10
6
35
1.65
99410302--99410336
16
2.1
17
89
5
54
42
0
2
54
1.15
99410883--99410926
21
2.1
21
82
0
52
27
4
31
36
1.77
99412192--99412391
89
2.2
89
84
4
251
29
8
11
51
1.65
99412192--99412535
179
1.9
177
79
5
379
29
6
12
52
1.64
99416622--99416663
14
2.7
16
78
17
52
28
7
0
64
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99416618--99416665
15
3.1
15
79
11
53
25
6
0
68
1.12
99416756--99416804
17
3.1
17
72
22
61
36
8
6
48
1.58
99417305--99417383
38
2.1
37
83
6
97
30
21
21
26
1.98
99418889--99418915
3
9.0
3
100
0
54
33
0
0
66
0.92
99420960--99421087
40
3.2
40
78
6
143
34
23
19
22
1.97
99421002--99421076
39
1.9
39
83
0
96
34
21
17
26
1.95
99421114--99421325
114
1.9
114
83
7
279
30
15
22
31
1.95
99421628--99421676
14
3.5
14
80
0
62
22
0
32
44
1.53
99421718--99421760
7
5.9
7
81
8
50
16
0
44
39
1.48
99421712--99421801
21
4.2
22
73
5
78
17
0
44
37
1.49
99421708--99421756
14
3.4
15
76
15
50
18
0
44
36
1.50
99421708--99421794
43
2.0
43
84
0
111
19
0
41
39
1.52
99421708--99421760
15
3.7
15
80
7
65
16
0
43
39
1.49
99421965--99422020
16
3.5
16
90
0
85
32
5
33
28
1.80
99422002--99422095
44
2.1
46
88
4
138
32
5
26
35
1.79
99426361--99426425
32
2.0
32
90
0
103
16
24
6
52
1.67
99426627--99426653
12
2.2
12
100
0
54
59
33
0
7
1.25
99430154--99430186
16
2.1
16
100
0
66
42
27
12
18
1.85
99430845--99431077
114
2.0
115
82
2
281
31
16
19
32
1.94
99431145--99431202
27
2.1
27
90
9
91
10
34
0
55
1.34
99432900--99432975
36
2.1
36
100
0
152
13
22
27
36
1.91
99438503--99438547
23
2.0
23
86
4
65
44
17
4
33
1.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99438529--99438579
19
2.9
17
83
11
66
35
17
9
37
1.83
99438500--99438557
22
2.6
22
84
7
73
41
18
3
36
1.68
99440184--99440222
18
2.3
18
86
8
55
43
12
5
38
1.65
99440379--99440409
15
2.1
15
100
0
62
22
32
6
38
1.80
99444542--99444580
18
2.3
18
86
8
55
43
12
5
38
1.65
99444737--99444767
15
2.1
15
100
0
62
22
32
6
38
1.80
99445751--99445815
29
2.2
29
100
0
130
21
10
23
44
1.83
99446661--99447024
43
8.5
42
83
7
382
25
15
29
29
1.96
99446661--99447024
128
2.8
129
83
7
426
25
15
29
29
1.96
99448500--99448536
14
2.6
15
83
8
51
45
2
2
48
1.30
99448544--99448586
22
1.9
23
85
4
61
41
2
0
55
1.12
99448550--99448611
23
2.7
22
81
13
72
37
0
0
62
0.95
99463000--99463163
25
6.7
25
85
4
210
34
18
25
21
1.96
99468644--99468702
3
19.7
3
89
0
91
32
3
1
62
1.21
99470308--99470436
45
2.8
47
83
7
174
23
14
26
35
1.93
99477777--99477901
47
2.7
47
86
2
162
20
13
29
36
1.91
99482569--99482634
3
22.0
3
100
0
132
33
0
0
66
0.92
99483166--99483196
9
3.4
9
95
0
53
64
3
0
32
1.09
99484002--99484062
30
2.0
30
87
6
88
31
0
47
21
1.51
99486034--99486130
47
2.1
47
100
0
194
48
2
12
37
1.53
99486477--99486508
14
2.1
16
88
11
50
40
0
25
34
1.56
99489570--99489600
11
2.8
11
90
0
53
83
3
0
12
0.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99489157--99489603
230
1.9
232
89
3
686
46
14
13
25
1.80
99489942--99489985
23
1.9
23
85
0
61
52
0
6
40
1.28
99490414--99490484
35
2.0
36
86
2
99
19
16
9
53
1.71
99490603--99490631
12
2.5
12
94
5
51
24
6
0
68
1.13
99490672--99490733
25
2.5
24
75
17
63
33
9
0
56
1.32
99497017--99497431
178
2.3
178
91
0
686
29
19
22
28
1.98
99497810--99497947
40
3.4
39
66
25
104
38
23
20
18
1.93
99497417--99498649
84
14.5
85
88
2
1551
36
22
22
19
1.95
99498672--99498762
44
2.1
44
82
0
110
32
17
25
24
1.97
99499722--99499787
15
4.5
15
78
14
66
28
7
0
63
1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356