genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53560066--53560120	9	5.7	9	83	10	56	36	1	0	61	1.06
53560068--53560165	11	8.5	11	74	19	69	34	3	1	61	1.18
53560080--53560165	14	6.1	14	72	12	52	34	3	1	60	1.21
53560068--53560214	25	6.5	23	73	18	112	34	4	2	58	1.33
53560086--53560205	45	2.6	47	81	13	126	34	4	2	59	1.30
53563131--53563183	23	2.3	23	81	12	65	18	5	0	75	0.99
53563132--53563183	27	1.9	27	84	7	70	19	5	0	75	1.01
53563130--53563224	15	5.9	15	77	18	59	17	5	3	73	1.15
53564160--53564211	25	2.1	25	92	7	88	38	1	19	40	1.63
53567549--53567592	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
53567683--53567797	43	2.7	43	78	6	126	28	23	15	32	1.95
53572286--53572428	43	3.4	43	81	2	146	32	22	14	30	1.94
53576182--53576270	12	7.6	12	72	22	57	53	2	0	43	1.13
53576203--53576281	22	3.6	22	82	5	88	54	1	0	44	1.08
53576344--53576407	23	2.8	23	83	11	62	57	0	1	40	1.08
53576361--53576421	15	4.6	14	71	24	60	59	0	0	40	0.98
53576336--53576454	60	1.9	62	86	8	172	57	0	0	42	1.04
53576353--53576446	21	4.5	21	72	17	88	57	0	0	42	0.98
53576360--53576433	38	1.9	38	91	5	123	59	0	0	40	0.97
53576353--53576465	23	5.3	21	75	20	94	56	0	0	42	1.05
53576366--53576445	38	2.1	38	88	9	119	60	0	0	40	0.97
53576399--53576477	23	3.3	24	79	15	92	55	2	0	41	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53578934--53578965	4	8.5	4	86	13	50	78	0	0	21	0.76
53579696--53579755	18	3.3	18	76	17	70	78	8	6	6	1.10
53579720--53579765	20	2.3	20	82	13	60	80	6	6	6	1.02
53580395--53580462	33	2.1	33	88	0	100	42	0	4	52	1.21
53581336--53581392	25	2.3	24	79	8	62	29	1	7	61	1.32
53588451--53588490	13	2.9	13	82	13	53	52	0	0	47	1.00
53588523--53588579	15	3.5	15	71	17	51	49	0	1	49	1.11
53588525--53588561	19	1.9	19	88	0	56	48	0	0	51	1.00
53596961--53597284	101	3.2	101	80	3	377	27	14	17	40	1.88
53597208--53597365	81	2.0	80	83	6	203	26	15	18	39	1.91
53597288--53597621	101	3.3	100	82	4	411	26	14	18	40	1.90
53597006--53597566	282	2.0	284	82	4	695	26	14	19	39	1.90
53597674--53602834	101	53.1	101	75	9	3920	26	15	17	40	1.89
53597639--53602544	389	12.6	390	76	10	3498	26	15	17	39	1.90
53598569--53598923	88	4.1	88	81	5	425	27	16	16	40	1.89
53599110--53599141	13	2.5	13	94	0	55	6	6	43	43	1.54
53600032--53600197	87	1.9	87	86	0	233	28	16	13	40	1.87
53600415--53600589	88	2.0	88	82	6	212	28	16	13	42	1.85
53600811--53600978	87	1.9	87	86	2	239	27	17	14	41	1.88
53601886--53602057	88	2.0	88	84	2	229	28	17	15	38	1.90
53602071--53602868	188	4.2	183	77	7	633	27	13	16	41	1.86
53597910--53602625	490	9.7	479	73	12	1556	27	15	17	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53606556--53607148	100	6.2	100	73	13	338	25	14	18	40	1.89
53606802--53607069	88	3.1	88	80	6	303	24	14	16	44	1.86
53606966--53607245	100	2.8	99	76	6	278	25	13	18	42	1.86
53607194--53607299	54	2.0	54	85	7	144	27	13	9	50	1.72
53607246--53610467	101	32.7	101	78	7	2740	26	14	17	40	1.89
53607733--53607902	88	1.9	88	83	4	218	29	13	16	40	1.87
53607821--53610467	201	13.4	201	78	8	2172	26	14	17	40	1.89
53608213--53608375	87	1.9	88	79	6	188	24	15	16	42	1.87
53608802--53609097	88	3.2	88	79	6	250	26	13	18	41	1.88
53609996--53610179	88	2.1	87	83	3	226	30	13	14	41	1.85
53607329--53610461	489	6.4	487	75	9	1800	26	14	18	40	1.89
53610621--53610668	3	15.7	3	82	4	60	37	4	0	58	1.18
53614338--53614509	50	3.4	50	89	0	236	36	15	20	27	1.93
53614485--53614664	31	5.8	31	86	2	254	28	18	26	26	1.98
53614686--53614895	91	2.3	87	78	13	210	29	15	24	30	1.95
53614731--53614894	42	3.6	45	80	11	165	29	14	25	30	1.95
53614823--53614920	42	2.3	42	89	0	142	32	14	23	29	1.94
53615970--53619034	101	30.9	100	78	7	2658	26	15	17	40	1.89
53616373--53616543	88	1.9	88	82	4	211	26	16	16	40	1.89
53616648--53616677	13	2.3	13	94	0	51	10	6	43	40	1.64
53616748--53616777	13	2.3	13	94	0	51	10	6	43	40	1.64
53616461--53619042	201	13.0	200	78	8	2243	26	15	17	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53618614--53618823	110	1.9	111	85	1	287	24	15	18	41	1.89
53618748--53619039	100	2.9	100	91	1	449	26	16	17	39	1.91
53619363--53619402	21	2.0	21	85	14	57	5	15	0	80	0.88
53619590--53619884	154	1.9	155	88	5	456	41	4	11	42	1.61
53621113--53624059	100	30.4	100	73	11	1836	26	14	18	40	1.89
53621101--53624059	101	30.6	101	73	11	1633	26	14	18	40	1.90
53621421--53621791	188	2.0	188	82	5	464	26	15	16	41	1.88
53621813--53621978	87	1.9	87	87	0	242	28	16	15	39	1.89
53621984--53622008	13	1.9	13	100	0	50	8	8	48	36	1.62
53621111--53624059	389	7.6	381	74	12	1982	26	14	18	40	1.89
53622295--53624021	188	9.1	187	73	12	1035	26	15	17	40	1.89
53622398--53622736	88	3.9	88	83	7	392	26	15	16	41	1.88
53623525--53623720	88	2.2	87	84	5	250	25	16	18	38	1.92
53623245--53624021	189	4.1	188	76	8	685	26	15	17	39	1.90
53624414--53624459	10	4.6	10	89	5	58	26	6	2	65	1.28
53638953--53639125	46	3.7	46	81	9	194	28	28	21	20	1.98
53644854--53644979	29	4.4	28	87	3	171	29	11	25	33	1.92
53644854--53644979	57	2.2	57	88	2	182	29	11	25	33	1.92
53646695--53646741	15	3.1	16	78	9	62	23	2	0	74	0.93
53646705--53646753	21	2.4	20	77	12	55	20	4	0	75	0.96
53648482--53648706	40	5.6	40	82	1	245	24	26	23	26	2.00
53648446--53648706	80	3.3	81	79	6	237	24	25	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53656588--53656848	40	6.6	40	79	5	262	24	26	23	26	2.00
53658726--53658772	14	3.2	14	77	11	58	14	12	14	57	1.66
53658712--53658772	30	2.0	30	96	0	113	16	11	16	55	1.68
53658719--53658767	14	3.4	14	78	10	62	14	8	18	59	1.59
53659986--53660023	10	3.8	10	89	0	58	23	7	0	68	1.16
53664308--53664462	76	2.0	77	89	1	240	47	7	9	36	1.62
53665544--53665595	27	1.9	27	92	0	86	30	19	19	30	1.96
53666637--53666676	16	2.5	16	95	0	71	10	7	12	70	1.35
53675110--53675270	67	2.3	70	79	4	193	22	22	17	37	1.94
53692809--53692866	9	6.3	9	75	25	59	77	0	0	22	0.77
53692808--53692866	17	3.2	18	80	11	66	77	0	0	22	0.76
53694946--53694998	26	2.0	27	85	3	72	11	16	35	35	1.85
53710690--53710738	25	2.0	25	96	4	91	20	6	20	53	1.67
53719927--53720378	47	9.6	47	91	1	642	33	9	29	27	1.88
53735010--53735049	20	1.9	22	85	10	57	17	10	5	67	1.37
53736125--53736176	20	2.6	20	75	9	61	44	0	1	53	1.11
53736161--53736211	24	2.2	23	83	10	68	52	0	1	45	1.12
53736163--53736223	24	2.5	22	75	17	59	52	0	1	45	1.10
53736257--53736283	7	3.9	7	100	0	54	14	0	0	85	0.61
53738920--53739198	41	6.8	41	89	0	398	36	24	20	17	1.94
53739341--53739375	17	2.0	17	88	5	52	20	0	14	65	1.26
53740098--53740150	21	2.5	21	78	0	70	13	1	30	54	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53740148--53740194	21	2.2	21	84	3	58	23	4	21	51	1.65
53741800--53741984	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
53741801--53741984	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
53741853--53742017	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
53743669--53744068	60	6.8	59	72	15	235	47	2	2	47	1.29
53743694--53743738	20	2.1	21	88	8	65	44	0	4	51	1.21
53743842--53743884	20	2.0	21	86	8	61	44	0	4	51	1.22
53743948--53744024	20	3.9	19	68	13	57	45	1	3	49	1.28
53743675--53744301	147	4.3	147	98	0	1202	47	2	2	47	1.28
53743987--53744031	20	2.1	21	88	8	65	44	0	4	51	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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