genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75571931--75572030	27	3.7	27	77	5	85	29	16	17	38	1.91
75571955--75572033	27	2.9	27	80	0	95	29	18	17	34	1.95
75572049--75572112	32	2.0	32	100	0	128	21	12	18	46	1.82
75575628--75575722	34	2.8	34	86	0	109	29	21	22	27	1.99
75579333--75579517	27	6.9	27	82	0	210	25	16	19	38	1.92
75581702--75581890	40	4.7	40	88	1	254	25	23	28	22	1.99
75585794--75585825	16	1.9	17	93	6	57	50	9	15	25	1.74
75586851--75586931	42	1.9	42	85	5	110	19	24	33	22	1.97
75593237--75593421	79	2.3	81	82	9	220	26	27	21	24	1.99
75593237--75593421	40	4.6	41	81	9	222	26	27	21	24	1.99
75595885--75595967	22	3.7	22	82	8	96	34	19	22	22	1.96
75599842--75599895	24	2.2	24	74	6	56	50	27	0	22	1.50
75600885--75600933	24	2.0	24	96	0	89	32	20	14	32	1.92
75602609--75602750	42	3.3	43	78	12	125	33	23	14	27	1.94
75602651--75602751	43	2.4	44	88	5	145	33	24	15	25	1.95
75606639--75606746	56	1.9	56	92	3	182	27	20	17	34	1.95
75611728--75611955	50	4.6	48	75	8	154	22	28	20	27	1.99
75611731--75612021	100	2.9	99	83	5	311	23	28	19	28	1.98
75611779--75612021	50	4.9	50	86	3	310	22	28	19	29	1.98
75622249--75622292	20	2.2	20	83	0	52	25	34	29	11	1.91
75627051--75627202	42	3.6	42	82	7	182	29	17	24	28	1.97
75630262--75630384	46	2.7	45	86	8	153	27	19	30	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75630401--75630525	49	2.6	49	78	11	130	32	17	25	24	1.97
75636058--75636156	6	16.5	6	69	8	58	10	19	1	69	1.22
75636029--75636155	18	7.3	18	68	16	74	11	20	1	66	1.30
75636124--75636175	20	2.6	20	76	8	52	7	17	1	73	1.16
75639842--75639942	24	4.2	24	94	0	166	27	19	19	32	1.97
75639992--75640058	20	3.3	20	91	0	107	31	20	13	34	1.92
75639992--75640048	11	5.5	11	72	16	59	31	19	14	35	1.91
75640106--75640165	24	2.5	24	97	0	111	28	13	20	38	1.90
75655663--75655832	93	1.8	93	90	0	277	30	29	18	21	1.97
75655654--75655823	46	3.7	46	75	16	188	31	30	18	20	1.96
75657890--75658407	131	4.0	131	76	6	415	34	17	20	27	1.95
75662024--75662058	16	2.2	16	94	0	61	51	28	5	14	1.65
75664624--75664668	20	2.2	20	100	0	90	26	11	8	53	1.65
75664631--75664674	20	2.2	20	91	0	70	40	9	4	45	1.56
75678138--75678236	49	2.0	49	90	0	153	39	18	13	29	1.88
75681823--75681890	15	4.4	15	74	18	59	45	0	1	52	1.09
75681969--75682012	22	2.0	22	86	0	61	47	0	0	52	1.00
75685294--75685603	47	6.6	48	84	7	245	22	30	19	27	1.98
75685338--75685555	46	4.7	46	86	7	246	22	29	20	27	1.98
75689407--75689592	40	4.7	40	86	5	225	25	28	22	23	1.99
75689374--75689592	80	2.8	81	81	7	236	25	27	21	25	1.99
75708586--75708790	27	7.6	27	86	3	250	26	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75708586--75708790	109	1.9	109	84	2	277	26	14	27	30	1.95
75710690--75710750	26	2.3	27	80	11	81	36	26	8	29	1.85
75710854--75710940	27	3.3	26	77	9	77	21	22	19	35	1.96
75725324--75725591	40	6.7	40	94	0	464	30	20	26	22	1.98
75742158--75742272	27	4.3	26	86	7	142	17	23	20	38	1.93
75750219--75750663	96	4.6	96	94	1	759	33	7	28	30	1.85
75750219--75750663	47	9.3	49	94	2	739	33	7	28	30	1.85
75750782--75750860	37	2.1	37	85	0	113	24	17	31	26	1.97
75756390--75756424	8	4.4	8	85	0	52	45	20	22	11	1.82
75756645--75756747	28	3.7	28	82	3	127	24	15	33	26	1.95
75756645--75756763	56	2.1	57	84	4	152	27	15	33	23	1.95
75756770--75756821	27	1.9	27	92	0	86	21	1	32	44	1.63
75763578--75763674	28	3.5	28	85	0	131	22	15	35	26	1.94
75763595--75763691	28	3.4	28	86	1	95	27	14	34	23	1.94
75775509--75775606	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
75784825--75784850	12	2.2	12	100	0	52	19	7	42	30	1.79
75791889--75792060	93	1.8	93	91	0	281	27	29	22	20	1.99
75791882--75792057	46	3.8	46	77	12	180	28	28	22	20	1.98
75791933--75792076	46	3.1	44	74	15	123	29	28	20	21	1.98
75795715--75795962	27	9.2	27	88	0	352	33	19	22	24	1.97
75796105--75796199	27	3.5	27	77	0	100	21	20	21	37	1.94
75796396--75796502	33	3.2	33	94	2	189	29	18	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75804516--75804575	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
75807533--75807622	39	2.3	39	90	0	135	26	23	25	24	2.00
75814711--75814821	39	2.8	39	87	0	159	28	21	23	26	1.99
75830002--75830192	41	4.7	41	89	1	303	20	23	28	28	1.99
75830002--75830192	81	2.3	82	91	0	303	20	23	28	28	1.99
75835896--75835927	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
75843231--75843290	30	2.0	30	93	0	102	40	5	26	28	1.77
75850615--75850799	40	4.7	40	82	6	207	23	22	28	25	1.99
75850668--75850822	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
75858876--75859095	40	5.5	40	82	9	245	24	22	27	25	2.00
75858878--75859128	119	2.1	119	83	5	312	25	21	27	25	1.99
75862176--75862207	15	2.1	15	100	0	64	31	6	18	43	1.75
75862517--75862570	16	3.5	16	72	10	58	42	9	22	25	1.83
75862787--75863449	331	2.0	331	95	0	1191	29	14	23	31	1.95
75865379--75865410	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
75866322--75866404	29	2.9	29	92	0	139	26	27	16	28	1.97
75866478--75866511	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
75875276--75875317	21	2.0	21	95	0	75	40	28	16	14	1.88
75881951--75882078	27	4.7	27	74	9	100	30	24	12	32	1.92
75885821--75885998	27	6.6	27	78	6	144	27	29	17	25	1.97
75885821--75885998	54	3.3	55	80	3	164	27	29	17	25	1.97
75897030--75897207	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75897051--75897206	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
75906464--75906537	20	3.8	20	87	7	100	36	9	20	33	1.85
75906588--75906747	26	6.3	26	92	5	242	28	19	22	29	1.98
75908653--75908702	17	2.9	18	76	5	59	40	18	18	24	1.91
75910676--75910761	43	2.0	43	97	0	163	24	18	12	44	1.85
75912480--75912733	40	6.4	40	87	5	331	25	22	27	24	2.00
75914388--75914415	9	3.1	9	100	0	56	42	0	10	46	1.38
75916918--75917089	93	1.8	93	92	0	290	29	29	19	21	1.98
75916910--75917085	46	3.8	46	79	10	196	30	28	19	21	1.97
75916961--75917104	46	3.1	44	71	21	116	29	28	20	22	1.98
75924864--75925134	47	5.8	47	72	15	190	28	17	30	23	1.97
75924865--75925118	140	1.8	140	83	10	340	29	17	29	24	1.97
75930958--75931182	40	5.6	40	80	4	222	24	25	23	26	2.00
75930922--75931182	80	3.3	80	81	3	276	24	25	23	26	2.00
75936589--75936712	44	2.7	47	79	7	148	22	30	20	26	1.98
75936589--75936848	47	5.6	44	71	14	150	21	28	20	30	1.98
75936538--75936851	93	3.4	93	77	11	302	21	28	20	30	1.98
75942423--75942546	40	3.1	40	89	2	187	21	22	29	25	1.99
75947563--75947732	47	3.7	46	75	10	143	21	28	20	30	1.98
75947656--75947829	94	1.9	94	84	4	235	21	27	19	31	1.98
75949969--75950045	29	2.6	30	77	6	86	28	14	29	27	1.95
75953056--75953193	55	2.5	55	79	0	168	12	28	29	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75956769--75957036	40	6.7	40	92	0	446	30	19	27	22	1.98
75964013--75964280	40	6.7	40	93	0	455	30	20	27	22	1.98
75971426--75971482	28	2.0	27	83	12	71	22	21	40	15	1.91
75971756--75971843	43	2.0	43	95	4	160	36	12	17	34	1.87
75972618--75972666	17	2.9	17	81	6	64	40	20	16	22	1.91
75976175--75976219	21	2.1	21	100	0	90	35	31	8	24	1.86
75992014--75992192	95	1.9	95	97	0	340	35	12	17	33	1.88
75997931--75998018	44	2.0	44	95	0	158	40	11	13	34	1.81
75997944--75998036	44	2.1	44	84	7	118	40	15	12	31	1.84
76001583--76001644	32	1.9	32	90	6	99	25	22	9	41	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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