genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84404377--84404438	27	2.2	30	88	8	94	0	17	1	80	0.79
84404377--84404441	28	2.3	27	80	12	69	0	16	1	81	0.77
84406506--84407469	210	4.6	210	94	0	1669	30	22	18	29	1.97
84412619--84412778	46	3.5	46	92	0	239	25	29	8	37	1.84
84412762--84412881	47	2.6	47	94	1	206	25	31	11	30	1.91
84412806--84412880	23	3.2	23	62	23	57	28	32	10	29	1.90
84423889--84423990	12	8.3	12	72	15	75	61	1	3	32	1.25
84423919--84424010	16	5.8	17	77	15	67	63	1	4	31	1.21
84423979--84424044	30	2.5	24	72	25	60	60	3	3	33	1.27
84423893--84424035	32	4.6	30	73	15	96	61	2	4	31	1.29
84424088--84424132	24	1.9	24	82	13	58	51	0	4	44	1.21
84429077--84429116	17	2.4	17	86	0	53	15	2	5	77	1.04
84429456--84429489	16	2.1	16	94	0	59	76	0	2	20	0.92
84435138--84435175	17	2.2	18	85	4	51	42	0	13	44	1.43
84435151--84435190	20	2.0	21	90	5	64	45	0	12	42	1.42
84437731--84437755	13	1.9	13	100	0	50	12	40	32	16	1.84
84437744--84437844	50	2.0	50	82	3	123	19	35	26	17	1.95
84437923--84437969	24	2.0	24	91	0	76	27	46	19	6	1.74
84446963--84447071	46	2.4	45	80	7	123	29	1	27	41	1.66
84456497--84456552	24	2.3	24	81	0	67	44	3	39	12	1.60
84461385--84461557	49	3.6	48	76	8	163	27	21	27	23	1.99
84464023--84464225	28	7.5	28	89	7	287	26	13	28	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84464023--84464225	27	7.6	27	87	7	270	26	13	28	31	1.94
84464023--84464225	55	3.8	55	87	6	299	26	13	28	31	1.94
84472062--84472264	27	7.5	28	87	7	269	26	13	28	32	1.93
84472062--84472264	55	3.8	55	85	6	281	26	13	28	32	1.93
84475240--84475287	25	2.0	25	84	8	64	68	0	2	29	1.01
84483616--84483654	17	2.1	20	86	13	57	38	5	5	51	1.46
84494006--84494126	46	2.6	47	82	3	147	22	27	19	31	1.97
84513514--84513723	46	4.5	46	74	13	146	25	28	18	27	1.98
84515552--84515684	39	3.4	39	87	2	178	39	21	24	14	1.91
84515602--84515666	21	3.2	21	69	20	66	40	21	27	10	1.87
84517688--84517863	46	3.8	46	76	12	198	19	21	30	28	1.98
84517684--84517856	93	1.9	93	92	2	294	20	21	30	27	1.98
84527466--84527491	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
84551158--84551210	27	1.9	28	84	3	72	18	32	26	22	1.97
84553637--84553663	7	3.9	7	100	0	54	29	0	25	44	1.54
84554699--84554739	19	2.0	20	90	9	66	78	0	17	4	0.93
84561769--84561833	34	1.9	33	84	9	87	24	26	24	24	2.00
84564390--84564648	43	6.1	42	79	6	236	30	24	19	24	1.98
84564391--84564559	84	2.0	86	89	2	261	32	26	20	21	1.97
84564944--84564989	21	2.2	21	92	0	74	2	56	15	26	1.50
84565547--84565584	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
84571144--84571183	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84573246--84573497	133	1.9	133	98	0	486	50	18	10	19	1.76
84576870--84576920	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
84576909--84576940	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
84577975--84578358	41	9.4	41	89	3	551	19	23	23	34	1.97
84577975--84578358	122	3.1	121	89	2	579	19	23	23	34	1.97
84584891--84585090	39	5.2	40	85	10	272	27	25	22	25	2.00
84584891--84585106	79	2.8	78	90	5	325	26	24	21	26	1.99
84586510--84586537	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
84587753--84587870	43	2.8	42	70	6	103	28	16	22	31	1.96
84602220--84602371	38	3.9	39	78	5	130	23	21	25	29	1.99
84602256--84602368	38	2.9	38	82	2	136	23	21	23	31	1.98
84612946--84613037	42	2.2	43	80	5	98	28	21	19	30	1.98
84615243--84615319	25	3.2	25	60	14	61	32	20	24	22	1.98
84615211--84615528	144	2.2	144	80	5	356	30	18	28	22	1.97
84615213--84615528	48	6.6	47	83	4	305	30	18	28	22	1.98
84615930--84616021	46	2.0	46	97	0	175	27	26	33	13	1.93
84618604--84618791	49	3.8	49	80	2	223	25	19	26	29	1.98
84618599--84618797	100	2.0	100	90	0	317	24	19	26	29	1.98
84621508--84621557	15	3.3	15	80	8	57	16	14	14	56	1.69
84623834--84624080	49	5.0	50	75	6	223	26	18	27	27	1.98
84629621--84629712	47	2.0	47	82	4	114	23	28	15	32	1.95
84629721--84629838	46	2.5	47	82	8	134	23	30	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84631543--84631640	42	2.3	42	94	0	169	22	41	19	16	1.90
84633184--84633224	17	2.4	17	83	0	55	34	0	0	65	0.93
84635082--84635375	50	5.9	50	81	2	333	31	25	16	26	1.96
84635151--84635229	24	3.2	24	64	30	58	34	26	13	25	1.94
84635893--84635953	30	2.0	30	84	12	81	31	26	6	36	1.82
84637905--84638064	46	3.5	46	92	0	239	25	29	8	37	1.84
84638048--84638167	47	2.6	47	94	1	206	25	31	11	30	1.91
84638092--84638166	23	3.2	23	62	23	57	28	32	10	29	1.90
84663656--84663745	43	2.1	43	84	10	114	26	18	24	30	1.98
84665675--84665729	27	2.0	27	100	0	110	27	7	32	32	1.84
84668734--84668823	46	2.0	46	93	0	153	33	23	23	20	1.97
84669032--84669084	27	2.0	27	84	0	70	28	15	20	35	1.93
84673432--84673601	43	4.0	44	75	14	158	24	17	25	32	1.96
84675734--84675794	31	2.0	31	96	0	113	16	29	19	34	1.94
84681620--84681657	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
84681887--84682057	93	1.8	93	91	0	279	30	29	18	21	1.97
84681885--84682054	46	3.7	46	75	10	175	31	28	18	21	1.97
84681885--84682073	46	4.1	46	71	16	140	30	29	18	22	1.97
84682476--84682535	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
84684480--84684757	6	45.8	6	73	16	218	48	13	17	19	1.80
84684480--84684757	30	9.4	30	82	9	356	48	13	17	19	1.80
84684480--84684757	85	3.2	85	89	6	448	48	13	17	19	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84684480--84684757	91	3.1	91	89	6	460	48	13	17	19	1.80
84684875--84684940	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
84684875--84684948	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
84684899--84684956	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
84685262--84685321	27	2.3	26	85	2	75	40	15	20	25	1.90
84685287--84685341	27	2.1	26	89	3	83	34	21	23	20	1.97
84685540--84685707	27	6.3	27	85	1	185	25	19	18	37	1.94
84685541--84685707	80	2.1	80	82	4	201	25	19	17	37	1.93
84685555--84685722	53	3.2	53	77	13	166	26	18	19	36	1.94
84685712--84686040	27	12.2	27	83	3	412	40	9	22	27	1.85
84687810--84687913	6	17.3	6	72	15	63	20	3	2	73	1.13
84687810--84687913	19	5.8	18	77	11	81	20	3	2	73	1.13
84687842--84687918	11	6.8	11	77	12	50	23	0	2	74	0.95
84690851--84690897	14	3.4	14	96	0	85	51	8	6	34	1.58
84693972--84694189	40	5.5	40	88	2	280	22	24	27	25	2.00
84702243--84702444	40	5.1	40	88	2	255	21	24	27	26	1.99
84707463--84707509	17	2.6	18	80	13	51	68	6	19	6	1.34
84710100--84710211	43	2.6	43	84	8	131	26	16	25	31	1.97
84720400--84720455	29	1.9	29	85	0	76	35	30	1	32	1.68
84725710--84725745	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
84728541--84728572	14	2.1	16	88	11	50	31	0	3	65	1.08
84728511--84728577	26	2.6	26	73	4	64	35	5	1	56	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84728649--84728740	46	2.0	46	91	0	148	32	11	9	45	1.74
84729839--84729906	28	2.3	29	83	14	79	52	1	4	41	1.30
84729839--84729965	10	13.3	9	69	17	62	54	1	3	40	1.26
84729835--84729962	47	2.7	47	79	9	127	54	1	3	40	1.25
84729995--84730096	10	10.8	9	69	17	55	63	1	4	29	1.26
84730009--84730077	30	2.3	30	85	7	86	65	1	5	27	1.24
84730392--84730431	21	2.0	20	85	5	53	60	0	5	35	1.19
84732694--84732723	14	2.1	14	93	0	51	63	0	0	36	0.95
84732698--84732745	20	2.2	22	85	10	64	54	4	0	41	1.20
84734730--84734903	46	3.7	46	78	13	194	21	20	27	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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