genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16316203--16316317	42	2.7	43	89	4	171	30	14	26	27	1.95
16317480--16317581	40	2.6	39	82	3	132	29	23	16	30	1.96
16317559--16317807	108	2.2	111	88	6	355	29	20	16	32	1.95
16318247--16318310	14	4.5	14	76	2	56	23	1	31	43	1.63
16318261--16318309	22	2.2	22	85	7	64	24	0	30	44	1.54
16318410--16318448	14	2.7	15	88	4	62	20	0	28	51	1.48
16319098--16319137	7	5.7	7	100	0	80	72	0	0	27	0.85
16319089--16319137	21	2.3	21	92	3	80	69	0	0	30	0.89
16319135--16319169	7	5.0	7	100	0	70	42	0	0	57	0.99
16319292--16319391	41	2.4	41	83	0	110	47	12	15	26	1.79
16322421--16322762	168	2.0	168	97	1	641	27	13	20	39	1.89
16323729--16323827	43	2.3	43	82	3	108	28	14	28	29	1.95
16327822--16327878	30	1.9	30	96	0	105	36	24	24	14	1.92
16331084--16331143	31	2.0	31	86	3	86	25	18	16	40	1.91
16334991--16335253	94	2.8	91	80	10	291	28	18	30	22	1.97
16334994--16335347	46	7.5	46	75	11	226	27	18	29	24	1.98
16335170--16335348	95	1.8	100	83	8	244	26	17	30	25	1.97
16340097--16340183	6	14.7	6	76	11	81	77	2	4	16	1.04
16340105--16340183	31	2.7	28	83	9	95	75	2	5	16	1.08
16340099--16340185	22	4.0	21	79	13	88	75	2	4	17	1.07
16340099--16340182	16	5.2	16	74	11	73	76	2	4	16	1.07
16345493--16345525	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16349134--16349158	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
16351480--16351522	13	3.4	13	93	3	70	11	34	34	18	1.87
16357521--16357644	23	5.5	21	79	7	95	25	25	19	30	1.98
16357521--16357653	45	2.9	44	80	7	151	25	25	18	30	1.98
16362232--16362318	42	2.1	42	100	0	174	57	0	19	22	1.41
16367895--16367929	18	1.9	18	88	0	52	62	0	8	28	1.24
16397950--16398067	44	2.7	43	79	6	123	31	22	20	25	1.98
16404829--16404870	20	2.2	19	83	12	50	59	0	35	4	1.19
16421742--16421799	30	1.9	30	82	6	73	15	27	32	24	1.95
16422114--16422415	151	2.0	151	98	0	577	25	19	25	29	1.99
16430421--16430565	54	2.7	54	91	3	220	18	24	22	35	1.96
16430424--16430583	27	5.9	27	79	12	159	20	24	20	35	1.96
16430424--16430583	81	2.0	81	81	7	191	20	24	20	35	1.96
16434733--16434784	26	2.0	26	100	0	104	50	11	11	26	1.73
16435091--16435155	33	2.0	33	96	0	121	47	10	15	26	1.78
16435470--16435506	18	2.1	18	100	0	74	45	16	10	27	1.80
16448946--16449035	42	2.1	42	95	0	162	52	14	5	27	1.64
16448948--16449057	42	2.6	42	85	7	107	52	13	4	29	1.60
16449060--16449099	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
16454671--16454728	30	2.0	30	93	3	100	25	15	25	32	1.95
16464933--16467189	354	6.4	354	81	2	2327	31	17	17	34	1.93
16464933--16467194	709	3.2	704	81	3	2439	31	17	17	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16468469--16468579	48	2.3	48	84	3	134	20	19	25	34	1.96
16470021--16470085	31	2.1	31	100	0	130	38	3	18	40	1.66
16470810--16471788	353	2.8	346	82	3	1187	30	18	17	33	1.94
16482283--16482308	12	2.2	12	100	0	52	23	26	15	34	1.94
16482685--16482758	22	3.2	24	75	12	75	36	17	27	18	1.94
16482923--16482973	22	2.3	22	86	0	66	33	27	0	39	1.57
16482935--16482978	22	2.0	22	95	0	79	25	22	2	50	1.61
16489974--16490067	46	2.0	47	91	2	154	19	12	38	29	1.89
16493509--16493562	22	2.5	22	76	11	65	31	22	25	20	1.98
16493706--16493826	41	3.0	41	93	0	197	27	29	21	21	1.98
16494086--16494597	27	18.9	27	76	7	178	31	9	18	41	1.82
16494084--16494597	54	9.5	52	74	11	279	31	9	18	41	1.82
16494092--16494572	81	5.9	81	75	5	328	30	8	18	41	1.81
16494091--16494496	190	2.1	190	87	2	566	31	9	17	41	1.82
16499637--16499844	55	3.8	53	79	7	222	22	25	17	35	1.95
16502174--16502215	22	1.9	23	85	9	61	38	19	4	38	1.73
16506778--16506823	19	2.4	19	85	7	58	19	17	13	50	1.78
16508590--16508657	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
16511080--16511445	46	8.0	46	95	0	599	37	14	23	23	1.92
16514498--16514531	13	2.6	13	95	0	59	38	29	26	5	1.80
16515031--16515152	64	1.9	64	93	0	208	30	14	14	40	1.87
16515222--16515866	87	7.4	87	90	0	963	34	21	23	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16515896--16516078	68	2.7	68	92	0	285	25	24	24	25	2.00
16519345--16519442	45	2.3	41	82	8	115	29	27	19	23	1.98
16525036--16525077	22	1.9	22	90	0	66	50	23	9	16	1.75
16527716--16527852	60	2.3	59	82	8	152	27	21	25	25	1.99
16531718--16531839	57	2.1	58	90	4	194	49	6	16	27	1.70
16532612--16532655	22	2.0	22	100	0	88	50	18	0	31	1.47
16532714--16532773	30	2.0	30	96	0	111	30	35	13	21	1.92
16536512--16536554	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
16537812--16537872	32	1.9	32	96	0	113	50	18	3	27	1.62
16537812--16537885	32	2.5	30	87	10	100	51	17	2	28	1.59
16537812--16537899	32	3.0	28	83	11	81	51	17	3	28	1.61
16542684--16542726	16	2.8	16	83	13	54	44	0	11	44	1.40
16546372--16546405	18	2.0	17	88	11	52	61	0	0	38	0.96
16553323--16553348	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
16554966--16555014	17	2.9	17	76	11	55	65	2	2	30	1.15
16556944--16556985	22	1.9	22	85	0	57	45	2	4	47	1.36
16558632--16558704	4	17.8	4	74	5	56	64	4	26	5	1.33
16560877--16560945	22	3.2	22	72	14	54	69	5	7	17	1.32
16560914--16560973	3	20.0	3	73	13	52	66	3	3	26	1.23
16560893--16560972	30	2.6	28	80	11	70	67	3	6	22	1.29
16560972--16561001	3	10.0	3	92	0	51	30	0	36	33	1.58
16562769--16563216	181	2.5	181	90	1	682	28	22	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16563088--16563199	45	2.6	43	84	2	134	29	25	12	32	1.93
16562907--16563210	43	6.8	43	72	11	191	29	23	16	30	1.96
16563224--16563308	45	1.9	45	83	7	111	30	27	14	28	1.95
16563216--16563622	178	2.3	177	85	2	546	25	25	17	30	1.97
16563578--16563740	88	1.9	88	81	2	202	25	25	20	28	1.99
16563625--16563854	44	5.3	43	69	4	120	25	23	20	30	1.99
16563636--16563871	86	2.7	88	71	3	217	27	23	21	28	1.99
16563840--16564185	45	7.8	45	69	6	229	24	27	19	28	1.98
16563799--16564185	133	2.9	133	89	0	594	25	26	19	28	1.99
16570148--16570189	3	14.0	3	100	0	84	33	0	33	33	1.58
16570311--16570352	17	2.5	17	80	7	50	59	0	4	35	1.19
16570313--16570351	20	2.0	20	89	0	60	61	0	5	33	1.18
16576723--16576765	22	2.0	22	85	0	59	37	6	11	44	1.68
16576913--16576954	21	2.0	20	86	4	57	35	2	4	57	1.33
16577337--16577391	25	2.2	26	86	3	76	34	1	3	60	1.25
16578808--16578887	40	2.0	40	97	0	151	13	10	23	52	1.71
16589389--16589429	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
16594238--16594275	12	3.0	13	78	21	53	65	0	2	31	1.06
16599632--16599698	16	4.6	15	74	22	63	56	0	0	43	0.99
16599660--16599702	11	4.1	11	79	11	54	60	0	0	39	0.97
16599642--16599696	20	3.0	19	87	10	71	58	0	0	41	0.98
16603408--16603960	271	2.0	271	95	0	989	45	15	14	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16606978--16607121	66	2.2	66	98	0	279	34	16	12	36	1.87
16609287--16609352	25	2.6	25	90	4	98	21	27	21	30	1.98
16611119--16611201	21	3.9	21	77	3	67	37	25	21	15	1.93
16611574--16611631	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
16612897--16612938	5	8.2	5	97	2	75	57	0	0	42	0.99
16612961--16612989	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
16618530--16618594	32	2.0	32	100	0	130	33	3	9	53	1.48
16637552--16637593	20	2.0	21	86	4	59	66	7	4	21	1.35
16639674--16639711	18	2.1	18	100	0	76	52	15	5	26	1.64
16653013--16653064	21	2.5	21	82	11	63	63	3	0	32	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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