genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81750030--81750187	78	2.0	77	98	1	307	32	7	30	29	1.85
81749983--81750333	125	2.6	130	87	9	489	33	7	29	29	1.85
81749937--81750280	172	2.0	173	93	2	593	32	8	29	29	1.86
81749890--81750327	221	2.0	218	92	2	734	33	7	29	29	1.86
81750111--81750384	47	5.8	47	91	0	395	32	8	30	28	1.87
81750503--81750581	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
81753234--81753333	28	3.5	29	91	4	168	33	25	12	30	1.92
81753234--81753361	29	4.5	28	87	4	168	32	25	12	29	1.92
81757644--81757711	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
81757813--81757891	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
81760487--81760560	36	2.1	36	100	0	148	52	8	2	36	1.45
81762041--81762079	19	2.1	18	85	4	51	20	0	5	74	1.01
81762075--81762125	23	2.1	23	82	7	57	27	0	7	64	1.21
81775932--81776109	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
81775933--81776088	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
81775929--81776109	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
81784027--81784204	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
81784028--81784183	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
81784024--81784204	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
81794210--81794283	27	2.8	26	84	10	87	22	22	18	35	1.96
81801499--81801538	8	5.0	8	84	0	53	42	25	30	2	1.68
81801502--81801538	16	2.3	16	95	0	65	37	27	32	2	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81801951--81802037	27	3.3	26	77	4	93	18	21	21	37	1.94
81813459--81813527	28	2.5	28	90	4	104	27	13	26	33	1.93
81820609--81820676	28	2.4	28	90	4	102	27	11	26	33	1.91
81824314--81824338	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84
81825878--81826054	27	6.6	27	82	5	178	29	27	15	27	1.96
81825878--81826054	54	3.3	54	81	5	205	29	27	15	27	1.96
81833940--81834117	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
81833961--81834116	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
81833940--81834129	82	2.3	83	78	12	221	30	27	14	27	1.95
81837662--81837721	23	2.6	23	86	0	75	16	10	28	45	1.80
81843806--81843848	22	2.0	21	81	4	50	37	6	13	41	1.72
81844543--81844724	40	4.6	40	78	6	174	25	19	27	26	1.99
81851519--81851696	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
81851520--81851675	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
81851516--81851696	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
81859608--81859785	27	6.6	27	83	3	196	27	14	28	29	1.95
81859609--81859764	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
81859605--81859785	82	2.2	81	82	2	211	27	14	27	29	1.96
81865062--81865097	18	2.0	18	100	0	72	33	16	0	50	1.46
81870522--81870699	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
81870522--81870699	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
81886556--81886693	69	2.0	69	90	5	217	20	29	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81887730--81887771	21	2.0	20	82	13	50	47	26	0	26	1.52
81900558--81900586	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
81907149--81907179	16	1.9	16	93	0	53	41	0	0	58	0.98
81907261--81907317	26	2.3	24	80	14	62	52	1	5	40	1.34
81907262--81907315	25	2.1	25	83	10	65	53	1	5	38	1.35
81908989--81909022	17	2.0	17	88	0	50	44	8	14	32	1.76
81910093--81910163	24	3.0	24	74	0	70	28	32	14	25	1.94
81910904--81910951	20	2.4	20	92	0	78	52	2	10	35	1.48
81913062--81913111	24	2.1	24	96	0	91	34	36	8	22	1.83
81913068--81913124	24	2.4	24	85	5	71	36	35	10	17	1.84
81913188--81913289	23	4.6	23	72	11	86	31	17	22	28	1.97
81915485--81915541	26	2.4	25	80	13	66	29	0	5	64	1.15
81916208--81916240	7	4.7	7	96	0	57	18	51	0	30	1.46
81918900--81919070	93	1.8	93	89	2	272	21	19	29	29	1.98
81918904--81919075	46	3.7	46	74	15	174	21	19	28	30	1.98
81923910--81924206	40	7.7	39	84	9	351	25	27	21	25	1.99
81931867--81932124	40	6.7	39	87	8	307	26	27	20	25	1.99
81934614--81934771	78	2.0	78	96	0	289	29	13	21	34	1.92
81937743--81937913	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.99
81937749--81937918	46	3.7	46	79	13	204	22	21	28	28	1.99
81940907--81940951	17	2.7	15	86	13	54	77	2	0	20	0.87
81944170--81944196	8	3.4	8	100	0	54	88	0	11	0	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81946280--81946352	30	2.4	30	83	2	83	20	23	24	31	1.98
81953568--81953607	16	2.3	18	83	12	57	52	0	37	10	1.35
81955663--81955756	47	2.0	47	95	0	170	38	11	28	21	1.88
81956874--81956923	26	1.9	26	87	0	73	38	24	18	20	1.93
81957085--81957138	27	2.0	28	85	7	76	31	18	18	31	1.95
81958591--81958646	24	2.3	24	81	0	76	17	37	3	41	1.67
81964671--81964744	26	2.8	26	93	0	121	37	22	22	16	1.93
81964880--81964956	27	2.8	27	80	5	66	22	16	20	40	1.91
81965491--81965552	30	2.1	30	93	0	106	35	40	3	20	1.69
81966385--81966432	24	2.0	24	83	0	60	16	33	4	45	1.67
81971658--81971919	39	6.7	40	86	7	319	25	22	26	24	2.00
81979606--81979863	38	6.6	39	83	8	291	26	22	26	24	2.00
81992754--81992808	23	2.3	24	76	11	60	38	1	3	56	1.28
81994597--81994627	4	7.8	4	100	0	62	51	25	22	0	1.48
82008543--82008669	50	2.6	50	85	1	166	29	29	17	23	1.97
82008937--82008961	9	2.8	9	100	0	50	40	0	12	48	1.40
82009216--82009250	17	2.0	18	88	5	54	37	5	14	42	1.69
82010287--82010340	20	2.7	20	72	11	56	20	29	20	29	1.98
82012802--82012863	12	5.2	12	74	0	52	58	0	25	16	1.38
82012802--82012853	18	2.9	18	82	0	68	61	0	25	13	1.32
82012795--82012876	24	3.4	24	79	0	101	62	0	25	12	1.30
82012869--82012907	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82014506--82014540	10	3.5	10	85	14	54	11	25	25	37	1.90
82014496--82014543	20	2.4	21	75	10	64	18	29	20	31	1.97
82014496--82014549	20	2.7	19	72	11	54	18	29	22	29	1.97
82020867--82020909	19	2.3	19	80	8	52	62	11	6	18	1.50
82021237--82021297	30	2.0	30	84	6	79	31	24	6	37	1.81
82025382--82025433	8	6.6	8	82	2	61	50	19	23	7	1.73
82025382--82025433	24	2.2	23	89	3	77	50	19	23	7	1.73
82025642--82025731	29	3.1	29	85	1	110	26	16	28	27	1.97
82025655--82025765	58	1.9	57	81	5	134	27	17	30	25	1.97
82028645--82028677	16	2.1	16	94	0	57	48	30	6	15	1.69
82029875--82029926	8	6.6	8	78	10	54	51	19	21	7	1.71
82029891--82029926	16	2.3	15	90	9	63	55	22	19	2	1.56
82030122--82030236	29	4.0	28	79	2	113	27	13	30	28	1.94
82038849--82038916	34	2.0	34	100	0	136	38	11	23	26	1.89
82043671--82043707	16	2.2	17	90	4	58	5	10	0	83	0.79
82045916--82046012	30	3.2	30	75	2	97	29	14	26	28	1.95
82047492--82047525	13	2.6	13	90	0	59	11	8	5	73	1.24
82047520--82047586	19	3.4	19	77	12	55	14	8	4	71	1.27
82047507--82047585	40	2.0	40	82	5	97	15	8	5	70	1.29
82047820--82047868	24	2.0	24	100	0	98	40	0	32	26	1.56
82050966--82051023	30	1.9	30	96	0	107	29	18	22	29	1.98
82054209--82054614	94	4.4	94	89	3	565	24	29	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82054251--82054600	46	7.5	45	76	12	312	24	29	20	26	1.99
82054209--82054614	187	2.2	188	87	4	563	24	29	20	25	1.99
82059498--82059542	24	1.9	23	86	13	65	8	22	0	68	1.16
82061827--82061855	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
82062069--82062204	50	2.7	51	87	3	204	28	25	19	26	1.98
82066212--82066359	51	2.9	51	91	4	246	28	25	14	32	1.94
82066383--82066501	52	2.3	52	94	0	211	26	23	15	34	1.95
82066383--82066498	24	4.4	27	81	15	154	25	24	15	34	1.95
82066615--82066677	31	2.0	31	93	0	108	23	20	12	42	1.86
82067969--82068031	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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