genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18480212--18480254	22	2.0	20	86	8	59	62	0	2	34	1.08
18480359--18480388	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
18482081--18483069	210	4.7	210	92	1	1573	29	22	19	29	1.98
18491157--18491186	14	2.1	14	93	0	51	46	3	6	43	1.46
18495048--18495112	23	2.8	24	82	15	75	63	3	6	27	1.33
18495175--18495231	15	3.9	15	74	19	57	59	1	1	36	1.18
18495210--18495252	22	2.0	20	86	8	59	62	0	2	34	1.08
18497511--18497559	3	16.7	3	95	4	91	65	0	0	34	0.93
18497705--18497734	11	2.6	12	89	10	53	60	0	6	33	1.23
18497758--18497787	9	3.4	9	95	4	53	90	0	0	10	0.47
18497818--18497870	12	4.4	11	84	13	52	67	1	3	26	1.17
18498554--18498584	13	2.4	13	94	0	53	83	0	0	16	0.64
18500476--18500509	14	2.4	14	95	0	59	52	8	0	38	1.33
18506829--18506874	4	11.8	4	86	4	67	78	4	17	0	0.91
18509359--18509396	16	2.4	16	86	0	58	50	15	21	13	1.78
18509508--18509545	19	2.1	19	90	5	60	26	18	39	15	1.91
18509614--18509765	29	5.3	29	80	7	161	28	13	30	26	1.94
18511599--18511650	17	2.7	19	74	17	54	38	17	17	26	1.92
18518001--18518186	27	6.9	27	88	0	248	26	20	18	34	1.96
18518001--18518186	81	2.3	81	88	0	284	26	20	18	34	1.96
18518041--18518212	54	3.2	54	81	8	208	27	18	19	34	1.95
18518189--18518329	54	2.6	54	91	0	228	29	11	20	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18518027--18518266	107	2.2	108	81	6	265	28	17	18	35	1.93
18518189--18518330	27	5.3	27	86	0	194	29	11	20	38	1.87
18518313--18518389	27	2.9	27	74	0	73	31	6	23	38	1.80
18518189--18518355	81	2.1	81	80	4	185	31	10	20	37	1.87
18519343--18519380	17	2.2	18	90	4	60	47	13	13	26	1.79
18519660--18519692	7	4.7	7	100	0	66	39	0	0	60	0.97
18525049--18525081	16	2.0	17	88	5	50	15	9	3	72	1.21
18525111--18525156	23	2.0	24	82	4	58	34	0	4	60	1.16
18527336--18527454	55	2.1	56	96	1	222	45	9	22	22	1.81
18527524--18527548	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
18530034--18530675	47	13.6	47	92	2	945	27	29	9	33	1.89
18530487--18530609	22	5.3	22	63	14	68	29	27	10	32	1.90
18535635--18535943	40	7.7	39	84	6	196	24	22	27	25	2.00
18535635--18535818	40	4.6	40	82	8	198	25	22	27	25	2.00
18535635--18535791	79	2.0	80	85	6	212	24	22	28	25	2.00
18535753--18536023	120	2.3	120	84	1	328	25	22	26	25	2.00
18535798--18536029	40	5.8	40	90	0	338	24	21	28	25	1.99
18537294--18537413	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
18538873--18539465	47	12.6	47	85	10	732	33	9	28	27	1.88
18538939--18539014	22	3.3	22	66	16	64	31	11	27	28	1.92
18545615--18545655	16	2.7	15	85	7	55	19	19	7	53	1.68
18545609--18545655	15	3.1	15	81	6	58	19	21	6	53	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18549298--18549440	61	2.4	59	91	3	225	20	13	7	58	1.60
18554247--18554651	133	3.1	133	70	13	357	30	17	24	28	1.97
18554793--18554909	41	2.7	46	75	17	131	32	18	20	28	1.96
18554851--18554947	44	2.2	45	81	9	110	27	18	22	30	1.97
18554692--18555094	133	3.1	133	69	9	347	31	16	24	27	1.97
18556591--18556631	21	1.9	21	90	5	64	29	7	4	58	1.46
18556595--18556643	21	2.3	21	79	6	55	28	6	6	59	1.46
18556757--18556816	28	2.2	27	82	5	75	28	5	5	61	1.38
18556804--18556865	34	1.9	31	83	9	79	37	4	4	53	1.44
18560092--18560116	11	2.3	11	100	0	50	56	24	0	20	1.43
18560610--18560642	7	4.9	7	96	3	59	12	30	57	0	1.35
18561438--18561477	21	1.9	21	84	0	53	32	2	10	55	1.47
18563166--18563255	29	3.0	31	67	20	84	37	11	7	43	1.69
18564046--18564076	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
18566744--18566770	6	4.5	6	100	0	54	55	0	0	44	0.99
18570373--18570397	12	2.1	12	100	0	50	48	0	8	44	1.32
18571714--18571741	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
18571682--18571760	39	2.0	40	83	11	101	64	2	0	32	1.07
18578842--18578944	42	2.4	44	77	9	106	29	18	22	30	1.97
18591175--18591432	109	2.4	108	83	1	293	26	16	25	32	1.96
18593750--18593879	45	2.9	45	83	4	190	47	11	17	23	1.80
18616881--18616955	25	3.2	25	62	27	63	38	14	14	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18616864--18616961	46	2.1	47	98	1	189	38	13	15	32	1.86
18624601--18624650	21	2.3	22	79	3	57	22	22	42	14	1.88
18627541--18627722	92	2.0	90	84	4	240	34	19	20	26	1.96
18627546--18627742	92	2.2	92	83	2	236	35	18	20	26	1.95
18636229--18636303	23	3.2	23	68	26	59	0	42	0	57	0.98
18638019--18638054	9	4.0	9	86	13	56	22	0	0	77	0.76
18638019--18638054	18	1.9	19	94	5	65	22	0	0	77	0.76
18639889--18639945	30	1.9	30	92	0	96	21	31	29	17	1.96
18644466--18644789	48	6.9	47	78	9	286	24	29	19	26	1.99
18644465--18644695	94	2.5	93	86	2	309	23	29	19	26	1.99
18644472--18644789	140	2.3	142	81	4	367	24	29	19	26	1.98
18652714--18652740	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
18653048--18653073	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
18668107--18668152	22	2.2	21	85	14	60	45	26	0	28	1.54
18668880--18668914	17	2.1	17	94	0	61	42	11	14	31	1.81
18669104--18669143	19	2.1	19	86	9	55	32	30	0	37	1.58
18669275--18669384	37	2.8	40	81	10	138	32	25	17	24	1.96
18669635--18669703	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
18669635--18669703	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
18669843--18669880	1	38.0	1	89	0	58	5	0	0	94	0.30
18669841--18669883	13	3.3	13	90	0	68	9	0	0	90	0.45
18670069--18670159	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18670140--18670208	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
18670140--18670208	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
18670460--18670578	41	3.0	40	78	8	145	26	15	25	31	1.96
18670463--18670579	37	3.0	41	77	10	143	27	16	24	31	1.96
18670706--18670745	19	2.1	19	86	9	55	37	0	30	32	1.58
18670936--18670970	17	2.1	17	94	0	61	31	14	11	42	1.81
18671699--18671744	22	2.2	21	82	17	60	28	0	26	45	1.54
18686746--18686771	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
18687080--18687106	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
18695317--18695357	22	1.9	22	90	5	66	39	2	21	36	1.67
18717915--18718088	88	2.0	87	98	1	339	16	20	13	48	1.80
18720381--18720499	29	4.2	29	84	2	152	28	13	27	30	1.94
18726193--18726257	34	1.9	34	90	0	103	24	23	27	24	2.00
18733765--18733996	49	4.7	49	81	3	266	30	25	16	27	1.97
18733778--18733996	101	2.2	98	85	2	276	30	26	16	26	1.97
18733973--18734010	14	2.7	14	100	0	76	23	34	13	28	1.92
18736581--18736660	5	16.0	5	97	0	151	58	0	1	40	1.06
18740928--18740988	32	1.9	31	96	3	113	40	1	6	50	1.38
18743481--18743651	46	3.7	46	89	3	238	41	12	23	22	1.88
18745747--18745823	38	2.0	38	100	0	154	48	2	15	33	1.59
18746222--18746317	33	2.9	33	95	0	174	18	10	32	38	1.85
18749387--18749630	44	5.6	44	78	9	214	24	26	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18749770--18750285	205	2.5	205	90	1	802	28	22	18	30	1.97
18760248--18760342	48	2.0	48	100	0	190	27	29	11	31	1.92
18762247--18762313	22	3.0	22	76	6	73	65	5	7	20	1.39
18762394--18762510	3	38.7	3	72	14	71	57	1	6	34	1.35
18762510--18762541	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
18762646--18762688	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
18762786--18762812	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
18766315--18766368	27	2.0	28	88	3	83	25	3	22	48	1.67
18766953--18766991	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
18767086--18767128	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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