genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50298414--50298474	30	2.0	30	83	0	77	37	4	24	32	1.77
50298804--50299068	103	2.6	104	89	3	408	20	20	29	30	1.97
50305891--50305951	30	2.0	30	83	0	77	37	4	24	32	1.77
50306281--50306545	103	2.6	104	89	3	408	20	20	29	30	1.97
50308490--50308532	21	2.0	21	91	8	70	37	4	18	39	1.72
50318016--50318240	48	4.7	47	77	4	209	23	29	18	28	1.98
50336359--50336384	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
50336866--50337043	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
50336867--50337022	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
50336863--50337043	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
50344472--50344497	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
50344980--50345157	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
50344981--50345136	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
50344977--50345157	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
50352298--50352430	66	2.0	66	95	0	239	38	12	14	35	1.83
50357024--50357052	10	2.7	11	89	10	51	65	0	0	34	0.93
50357028--50357055	10	2.8	10	100	0	56	64	0	0	35	0.94
50365153--50365194	22	1.9	22	90	0	66	45	9	21	23	1.81
50371334--50371437	53	2.0	53	98	0	199	26	16	15	41	1.88
50377370--50377431	31	2.0	31	100	0	124	41	16	12	29	1.85
50382670--50382847	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
50382671--50382826	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50382667--50382847	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
50387118--50387145	11	2.5	11	100	0	56	85	0	14	0	0.59
50388075--50388134	25	2.3	26	80	5	68	55	5	1	38	1.32
50397699--50398098	49	8.5	49	85	9	566	28	30	8	32	1.87
50397699--50398098	96	4.3	98	88	9	611	28	30	8	32	1.87
50397938--50398009	36	2.0	36	100	0	144	27	30	11	30	1.91
50397889--50398058	85	2.0	85	100	0	340	28	30	9	31	1.88
50418131--50418276	40	3.7	40	80	7	163	24	21	26	26	2.00
50426062--50426201	40	3.5	40	82	7	124	26	21	25	26	1.99
50426109--50426208	40	2.5	40	88	3	130	26	20	27	27	1.99
50445278--50445404	47	2.8	45	77	15	127	26	18	30	23	1.98
50445377--50445502	47	2.7	46	80	12	141	28	16	29	25	1.97
50445278--50445502	94	2.4	94	82	6	242	27	17	30	24	1.97
50461673--50461840	46	3.6	46	76	13	182	21	20	28	29	1.98
50461670--50461841	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
50467542--50467575	17	2.0	17	88	0	50	29	0	14	55	1.40
50470418--50470507	42	2.1	42	83	6	110	32	23	16	27	1.96
50480248--50480355	53	2.0	52	94	5	189	29	14	12	42	1.83
50481828--50481901	29	2.5	29	80	10	78	47	13	2	36	1.57
50484775--50484856	34	2.4	34	81	0	101	18	14	36	30	1.91
50485736--50485777	19	2.3	19	87	4	59	28	16	2	52	1.56
50489631--50489657	12	2.2	12	100	0	54	29	25	29	14	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50491137--50491258	42	2.9	42	76	2	127	29	22	18	29	1.97
50500218--50500388	93	1.8	93	91	0	279	28	26	21	23	1.99
50500213--50500385	46	3.7	46	73	13	174	28	26	21	23	1.99
50500811--50500867	30	1.9	30	88	0	87	29	22	8	38	1.85
50507736--50507908	46	3.7	46	76	7	188	30	27	20	21	1.98
50508334--50508390	30	1.9	30	88	0	87	29	22	8	38	1.85
50509522--50509720	49	3.8	52	78	12	205	34	17	26	21	1.95
50511531--50511669	48	2.9	48	85	1	190	32	15	22	30	1.94
50511633--50511709	38	2.0	38	89	0	118	29	14	25	29	1.95
50514179--50514261	27	2.9	27	70	17	69	36	18	22	22	1.95
50516540--50516684	40	3.6	40	85	4	184	26	24	26	22	2.00
50518162--50518307	27	5.4	27	88	0	211	23	21	19	34	1.96
50524334--50524393	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
50525134--50525305	27	6.4	26	83	5	166	26	19	16	37	1.93
50525134--50525305	54	3.2	54	82	1	184	26	19	16	37	1.93
50525145--50525304	81	2.0	81	83	0	203	26	19	17	36	1.94
50526856--50526984	42	3.0	42	78	2	132	29	24	16	30	1.96
50528642--50528774	55	2.5	55	82	4	164	34	18	24	22	1.96
50546467--50546493	11	2.5	11	100	0	54	25	25	18	29	1.98
50549437--50549476	14	2.9	14	88	0	62	42	5	20	32	1.73
50550628--50550677	19	2.7	18	84	9	57	42	2	20	36	1.63
50551120--50551387	45	6.0	45	76	4	229	24	16	25	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50551138--50551385	134	1.8	135	89	0	390	23	16	25	34	1.95
50557703--50557875	46	3.8	45	79	10	188	23	20	27	28	1.99
50557700--50557870	93	1.8	93	91	0	279	23	20	28	28	1.99
50560775--50560953	45	4.0	45	82	2	207	26	12	25	35	1.92
50564180--50564237	30	1.9	30	85	0	80	37	8	24	29	1.85
50569188--50569212	10	2.5	10	100	0	50	44	0	8	48	1.32
50569741--50569794	15	3.3	15	74	18	54	44	0	3	51	1.19
50569827--50569863	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
50569871--50569931	20	3.2	20	78	17	67	47	0	3	49	1.18
50569909--50569943	16	2.2	16	89	0	52	40	2	2	54	1.30
50573212--50573323	48	2.4	47	90	1	170	41	15	16	26	1.87
50584309--50584359	20	2.4	21	83	6	68	62	9	0	27	1.26
50584406--50584543	19	7.7	19	72	19	118	60	3	1	34	1.23
50584410--50584543	10	14.0	9	77	14	126	60	2	1	35	1.21
50584412--50584544	29	4.6	30	74	21	79	61	3	1	33	1.20
50585218--50585261	19	2.3	19	88	0	61	25	2	4	68	1.20
50585210--50585265	28	2.0	28	82	0	67	23	3	5	67	1.27
50587374--50587414	19	2.1	20	86	4	57	56	0	0	43	0.99
50588397--50588467	33	2.2	33	84	0	88	28	12	5	53	1.61
50588412--50588484	30	2.3	31	84	13	96	32	12	6	47	1.67
50588848--50588873	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
50588923--50589026	41	2.5	41	90	0	163	32	21	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50589640--50589688	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
50590189--50590216	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
50590299--50590338	10	4.0	10	84	12	55	80	0	7	12	0.91
50590301--50590337	11	3.5	11	85	10	51	83	0	5	10	0.79
50592286--50592313	9	3.1	9	100	0	56	21	10	32	35	1.88
50594427--50594585	43	3.7	43	89	3	234	28	17	25	28	1.98
50601009--50601990	487	2.0	486	94	0	1739	41	13	12	32	1.82
50609139--50609216	39	2.0	38	80	9	86	32	5	20	42	1.74
50612507--50612768	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
50619434--50619458	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
50619835--50620096	39	6.7	40	88	5	335	25	22	27	24	2.00
50622321--50622418	34	2.9	34	79	11	96	24	24	22	28	1.99
50629041--50629068	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
50630213--50630396	40	4.6	40	89	3	255	21	23	28	26	1.99
50633601--50633651	24	2.1	24	100	0	102	41	5	19	33	1.76
50633608--50633660	24	2.2	24	89	0	79	45	7	18	28	1.77
50635156--50635306	81	1.8	81	84	5	205	30	25	20	23	1.98
50644561--50644805	48	5.1	48	76	5	235	27	18	26	26	1.98
50644573--50644805	96	2.4	98	84	4	303	27	17	27	27	1.97
50649897--50650078	79	2.3	81	83	7	230	24	21	28	25	1.99
50649897--50650078	40	4.6	40	83	9	212	24	21	28	25	1.99
50649947--50650111	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50650303--50650513	47	4.5	47	92	0	323	32	9	30	27	1.88
50651925--50652088	71	2.3	71	83	4	188	28	14	25	31	1.95
50657084--50657162	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
50657281--50657811	47	10.9	47	90	6	792	29	29	8	32	1.86
50657281--50657811	96	5.4	96	92	4	827	29	29	8	32	1.86
50657281--50657811	143	3.6	144	92	4	827	29	29	8	32	1.86
50657725--50657750	12	2.2	12	100	0	52	26	34	0	38	1.57
50657678--50657797	59	2.0	59	100	0	240	29	30	6	33	1.83
50666299--50666421	42	2.9	43	82	7	121	27	21	17	32	1.96
50681996--50682074	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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