genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30269506--30269721	47	4.7	48	78	10	175	23	29	19	27	1.98
30269459--30269769	94	3.3	93	77	7	272	22	29	19	28	1.98
30271748--30271792	22	2.0	22	83	8	56	33	17	22	26	1.96
30274392--30274428	12	3.2	12	85	14	51	37	0	8	54	1.30
30277543--30277586	24	1.9	24	86	9	65	0	11	18	70	1.16
30278110--30278166	22	2.7	21	77	2	60	15	26	36	21	1.93
30278238--30278287	21	2.4	20	78	18	57	18	38	24	20	1.93
30280227--30280286	22	2.7	22	80	14	79	38	20	28	13	1.90
30280227--30280314	44	2.0	44	82	4	106	40	18	25	15	1.90
30281413--30281453	21	1.9	22	90	5	66	56	4	4	34	1.42
30281621--30281679	31	1.9	31	89	0	82	47	8	11	32	1.70
30285273--30285560	30	9.7	30	65	25	93	32	2	1	62	1.18
30285277--30285588	21	13.6	23	64	20	86	32	3	1	62	1.20
30285277--30285411	53	2.5	56	75	16	140	30	1	2	65	1.13
30285335--30285611	24	11.8	24	69	25	109	33	3	1	61	1.21
30285283--30285556	152	1.8	146	81	12	342	32	2	1	62	1.19
30285335--30285566	102	2.2	104	79	12	255	34	3	0	61	1.19
30285490--30285615	23	5.8	22	70	23	81	32	5	0	61	1.25
30285471--30285608	21	6.7	20	70	19	79	33	4	0	61	1.21
30285860--30285910	14	3.4	15	77	17	52	33	1	0	64	1.05
30285894--30285943	26	1.9	26	87	0	73	36	6	0	58	1.23
30291344--30291597	87	2.9	86	79	2	265	36	17	22	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30294664--30294792	47	2.8	44	75	12	125	28	20	27	24	1.99
30297185--30297228	17	2.8	16	86	10	63	61	9	0	29	1.27
30297253--30297283	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
30298267--30298307	21	1.9	22	85	5	57	63	0	7	29	1.21
30309918--30310034	41	2.8	40	75	11	119	22	12	28	36	1.91
30312503--30312682	27	6.7	27	85	1	236	39	22	7	30	1.82
30312503--30312682	54	3.4	54	92	0	299	39	22	7	30	1.82
30312665--30313013	27	13.3	27	85	5	428	34	20	20	25	1.96
30312730--30312771	19	2.2	19	95	0	75	28	23	21	26	1.99
30314748--30314959	40	5.3	39	84	5	273	27	27	20	23	1.99
30314748--30314959	80	2.7	80	90	0	336	27	27	20	23	1.99
30316712--30316776	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
30316942--30317063	27	4.5	27	87	4	156	20	22	19	36	1.95
30317200--30317341	31	4.5	31	89	0	203	19	15	13	51	1.76
30317261--30317350	6	14.7	6	73	17	69	17	15	16	50	1.79
30319296--30319476	27	6.6	27	84	4	238	39	20	7	31	1.81
30319296--30319476	82	2.2	82	86	3	240	39	20	7	31	1.81
30319296--30319479	55	3.4	54	90	2	287	39	21	8	31	1.82
30319461--30319836	27	14.3	27	85	4	500	32	20	22	24	1.98
30319296--30319547	55	4.6	55	85	5	239	38	20	11	29	1.88
30319526--30319567	19	2.2	19	95	0	75	26	26	21	26	1.99
30320263--30320327	22	3.0	22	77	8	69	21	23	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30320486--30320587	27	3.8	26	79	5	87	21	23	19	35	1.96
30320753--30320865	6	18.3	6	70	15	79	18	17	15	48	1.81
30320724--30320865	31	4.5	31	89	0	203	19	17	13	50	1.78
30326432--30326493	31	2.0	31	96	0	115	40	14	6	38	1.72
30326438--30326501	31	2.1	31	85	5	87	42	17	4	35	1.70
30327288--30327371	39	2.1	40	84	6	109	46	14	13	26	1.81
30328161--30328253	46	2.0	46	82	0	114	30	12	20	36	1.90
30339356--30339485	47	2.8	47	84	2	172	22	17	28	31	1.97
30354271--30354302	13	2.4	14	85	15	50	15	12	0	71	1.14
30361971--30362107	46	3.0	46	84	0	184	25	29	8	36	1.86
30362086--30362369	47	6.0	47	87	3	397	24	28	13	33	1.93
30362104--30362369	145	1.8	145	95	0	487	25	27	13	33	1.93
30362086--30362369	98	3.0	95	86	5	376	24	28	13	33	1.93
30365558--30365829	40	6.8	40	95	0	454	25	28	22	24	1.99
30367316--30367452	46	3.0	46	86	0	193	25	30	8	35	1.86
30367426--30367714	47	6.1	47	85	4	382	25	28	12	32	1.93
30367426--30367714	145	2.0	141	91	4	472	25	28	12	32	1.93
30367426--30367714	98	3.0	95	85	5	343	25	28	12	32	1.93
30372275--30372351	31	2.5	31	84	0	109	20	24	38	15	1.92
30372406--30372466	31	2.0	31	86	0	86	21	32	36	9	1.86
30376829--30376863	6	5.8	6	100	0	70	17	17	17	48	1.81
30376841--30376945	45	2.3	45	86	3	140	22	17	16	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30377049--30377334	72	3.8	73	74	14	210	37	11	14	36	1.83
30377049--30377331	18	15.3	18	73	10	167	36	12	14	36	1.84
30382348--30382395	18	2.6	19	90	3	71	72	0	2	25	0.95
30382814--30382864	17	2.9	17	73	2	57	25	1	3	68	1.17
30432268--30432472	106	1.9	109	86	8	292	27	0	13	58	1.42
30432265--30432504	106	2.3	102	82	13	274	25	0	13	59	1.40
30433418--30433461	22	2.0	22	82	4	54	56	2	13	27	1.49
30438443--30438479	15	2.4	16	86	13	51	70	0	2	27	1.01
30444305--30444414	42	2.6	42	83	1	130	30	22	19	28	1.98
30444305--30444417	43	2.6	44	83	5	133	30	23	18	28	1.98
30451562--30451720	43	3.7	41	82	8	167	33	28	15	22	1.94
30451562--30451720	86	1.9	85	84	4	212	33	28	15	22	1.94
30458568--30458606	21	1.9	21	89	5	62	25	30	33	10	1.89
30464098--30464256	73	2.2	73	90	0	246	25	28	20	25	1.99
30474115--30474252	47	3.0	46	75	16	149	42	18	13	25	1.88
30481488--30481817	38	8.5	38	90	2	464	28	29	22	20	1.98
30481528--30481818	115	2.5	115	93	2	485	28	29	21	20	1.98
30488884--30488913	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
30489713--30489769	30	1.9	29	89	3	87	43	0	21	35	1.52
30493094--30493140	17	2.8	18	84	9	55	42	6	0	51	1.27
30498843--30499017	50	3.6	49	83	6	212	27	16	30	25	1.96
30509306--30509343	19	2.0	19	85	10	51	15	23	42	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30520812--30520891	33	2.4	33	82	0	88	28	26	13	31	1.94
30522046--30522130	42	2.0	42	100	0	170	44	4	14	36	1.66
30538363--30538402	21	1.9	21	90	10	64	30	5	7	57	1.48
30538940--30539059	56	2.1	56	96	0	222	45	9	23	21	1.80
30540186--30540410	40	5.7	40	83	5	269	24	20	28	26	1.99
30544317--30544389	32	2.3	32	78	4	76	31	21	17	28	1.97
30544498--30544551	22	2.5	22	76	11	65	33	24	24	18	1.97
30544992--30545259	27	9.9	26	76	11	157	30	8	19	41	1.81
30544973--30545259	81	3.5	79	78	6	256	29	8	20	41	1.81
30545248--30545350	27	3.8	27	88	0	134	32	20	13	33	1.91
30544973--30545286	54	5.8	54	75	10	225	30	9	19	40	1.83
30545055--30545285	81	2.9	81	79	5	209	30	9	19	40	1.83
30547311--30547406	41	2.3	41	87	0	138	21	19	26	32	1.97
30551562--30551602	20	2.0	20	100	0	82	34	4	24	36	1.77
30552627--30552665	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
30555877--30555916	20	2.0	20	100	0	80	70	5	15	10	1.32
30558453--30558598	40	3.7	40	87	5	179	26	26	20	26	1.99
30558420--30558638	80	2.7	82	80	7	204	25	26	21	26	1.99
30558434--30558638	40	5.1	40	79	11	174	25	26	21	26	1.99
30559765--30559884	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
30565662--30565812	43	3.5	43	80	2	178	32	23	15	28	1.95
30580482--30580512	11	2.8	11	90	0	53	87	12	0	0	0.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30581187--30581234	20	2.4	21	79	10	55	81	0	14	4	0.84
30582358--30582551	64	3.0	64	90	0	298	32	16	10	39	1.83
30583046--30583430	147	2.6	148	88	1	567	33	16	24	25	1.96
30583294--30583950	180	3.7	179	82	6	712	29	16	25	28	1.97
30583294--30583950	356	1.8	358	82	4	844	29	16	25	28	1.97
30585565--30585627	31	2.0	31	100	0	126	25	9	15	49	1.75
30588369--30588440	29	2.4	30	80	11	76	47	23	9	19	1.79
30588471--30588511	21	2.0	21	95	0	73	24	17	29	29	1.97
30588537--30588569	11	3.0	11	100	0	66	63	27	0	9	1.24
30588578--30588614	3	12.3	3	88	0	56	67	0	32	0	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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