genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77217808--77217961	28	5.5	28	95	0	256	34	27	11	26	1.90
77220869--77220916	10	4.8	10	87	10	62	22	8	2	66	1.29
77230848--77230889	6	6.8	6	81	13	50	21	0	0	78	0.75
77230848--77230927	15	4.7	18	78	13	64	23	2	0	73	0.95
77230848--77230928	12	6.8	12	75	10	60	23	2	0	74	0.94
77233506--77233687	96	1.9	97	90	1	294	29	15	24	30	1.96
77234286--77234323	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
77234337--77234386	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
77235127--77235206	41	1.9	43	85	10	112	28	10	5	56	1.53
77235681--77235742	30	2.1	30	100	0	124	50	9	12	27	1.72
77242823--77242887	20	3.2	20	68	8	60	21	30	16	30	1.96
77242796--77243049	40	6.4	40	79	8	286	22	31	15	30	1.95
77249872--77250048	27	6.5	27	80	3	167	25	16	29	28	1.97
77249872--77250027	82	1.9	81	84	3	206	25	16	29	28	1.97
77249868--77250048	82	2.2	81	80	2	202	25	16	28	28	1.97
77257857--77258011	82	1.9	81	84	4	204	25	16	29	28	1.97
77257857--77258011	27	5.7	27	80	4	159	25	16	29	28	1.97
77257857--77258031	27	6.5	27	79	4	156	25	16	28	29	1.97
77259372--77259665	93	3.1	93	86	8	366	28	28	9	34	1.88
77259376--77259665	46	6.2	47	88	6	394	28	28	8	33	1.87
77262879--77263222	40	8.6	40	90	0	490	25	26	21	25	2.00
77263598--77263821	39	5.7	40	85	6	262	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77263598--77263821	79	2.8	80	81	8	251	25	27	22	25	2.00
77263598--77263821	118	1.9	120	81	7	278	25	27	22	25	2.00
77266130--77266251	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
77266102--77266464	47	7.6	47	91	3	541	28	29	8	34	1.87
77266102--77266464	143	2.6	143	89	3	545	28	29	8	34	1.87
77269181--77269356	48	3.7	48	79	8	178	28	21	28	22	1.99
77277076--77277142	33	2.0	33	94	0	116	22	23	28	25	1.99
77280471--77280546	40	1.9	40	83	5	100	27	17	22	32	1.96
77280491--77280582	40	2.3	39	83	12	107	28	16	27	28	1.97
77284551--77284592	19	2.3	18	84	15	59	4	9	2	83	0.88
77291758--77292313	47	11.7	47	94	1	898	32	8	30	29	1.87
77291779--77292313	143	3.8	143	94	0	912	32	8	30	29	1.87
77292185--77292263	25	3.3	25	66	16	76	34	5	29	31	1.79
77293527--77293653	68	1.9	68	81	6	159	22	29	16	31	1.96
77294118--77294178	30	2.0	30	87	0	86	31	22	9	36	1.87
77297370--77297592	39	5.7	40	83	10	241	25	26	21	26	2.00
77297409--77297592	79	2.3	81	84	10	240	25	27	21	25	1.99
77300261--77300426	40	4.2	40	89	2	237	22	21	26	29	1.99
77318278--77318537	40	6.6	40	80	6	262	24	26	23	25	2.00
77318278--77318537	80	3.3	80	83	4	303	24	26	23	25	2.00
77318278--77318537	120	2.2	118	81	8	296	24	26	23	25	2.00
77330507--77330681	46	3.8	46	78	13	214	29	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77330515--77330685	93	1.8	93	97	0	324	28	28	21	21	1.99
77331106--77331164	29	2.0	29	86	3	82	30	25	6	37	1.82
77339240--77339279	21	2.0	20	85	5	53	22	17	40	20	1.92
77341447--77341502	11	5.5	11	71	16	57	33	12	19	33	1.89
77341436--77341502	20	3.3	20	93	0	107	34	11	17	35	1.87
77341552--77341670	24	5.0	24	91	5	188	28	21	22	27	1.99
77355557--77355624	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
77355731--77355798	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
77355900--77355978	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
77355446--77355947	174	2.9	174	96	0	932	30	24	14	30	1.94
77376002--77376036	18	1.9	18	100	0	70	45	11	20	22	1.82
77376349--77376619	27	10.0	27	86	3	310	40	21	14	23	1.90
77380412--77380568	27	5.9	27	80	4	165	40	17	14	27	1.88
77380409--77380568	54	3.0	53	82	1	194	40	18	14	26	1.89
77380409--77380568	53	3.0	53	83	3	187	40	18	14	26	1.89
77395182--77395262	40	2.0	40	95	0	144	22	13	22	41	1.88
77407358--77407544	40	4.7	40	91	0	284	21	20	26	31	1.98
77410459--77410627	46	3.7	46	77	10	191	22	18	27	30	1.98
77410452--77410622	93	1.8	93	92	0	288	22	19	28	29	1.98
77411129--77411310	40	4.6	40	91	0	274	20	20	27	31	1.98
77414012--77414057	19	2.4	19	81	0	56	39	23	21	15	1.92
77421588--77421746	48	3.3	49	76	5	137	32	28	13	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77421585--77421746	24	6.8	24	72	8	123	32	29	13	25	1.94
77430990--77431059	30	2.3	30	85	0	86	18	32	21	27	1.97
77432339--77432372	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
77436001--77436092	24	3.8	24	92	0	139	36	30	11	20	1.89
77435956--77436086	48	2.7	48	83	0	145	34	29	12	23	1.91
77437266--77437299	17	2.0	17	88	0	50	35	5	2	55	1.39
77440496--77440670	27	6.5	26	81	6	172	27	16	27	29	1.97
77440497--77440652	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
77440493--77440670	82	2.2	81	81	3	214	27	16	26	29	1.97
77448519--77448696	27	6.6	26	82	6	178	26	16	28	28	1.97
77448520--77448675	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
77448516--77448696	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	28	1.97
77448601--77448707	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
77467933--77468086	28	5.5	28	95	0	247	33	27	12	25	1.93
77467933--77468111	56	3.2	55	88	3	250	33	27	12	25	1.93
77474330--77474423	25	3.6	25	83	11	109	24	13	17	44	1.85
77474330--77474459	27	5.0	27	80	10	128	24	13	17	43	1.86
77474330--77474459	53	2.5	53	83	7	158	24	13	17	43	1.86
77490391--77490427	18	2.1	18	100	0	74	43	40	16	0	1.48
77492899--77492965	18	3.8	17	75	15	64	2	20	1	74	1.03
77492897--77492964	14	5.1	13	75	22	61	4	19	1	75	1.06
77501086--77501213	40	3.2	40	93	2	215	20	22	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77506829--77507191	47	7.6	47	88	3	498	28	29	7	34	1.84
77506857--77506978	22	5.3	22	63	21	61	25	29	10	34	1.90
77506829--77507191	143	2.6	143	87	5	504	28	29	7	34	1.84
77510144--77510312	24	7.0	24	89	3	250	30	21	19	28	1.97
77510144--77510312	49	3.5	48	89	4	250	30	21	19	28	1.97
77510164--77510312	73	2.0	73	93	0	253	30	20	18	30	1.96
77510362--77510428	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
77510362--77510417	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
77514278--77514368	39	2.4	39	78	10	89	45	10	2	41	1.52
77516156--77516190	16	2.2	16	89	0	52	14	20	17	48	1.81
77520802--77521089	27	10.4	27	77	12	235	38	20	9	31	1.85
77520801--77521086	53	5.2	52	76	14	261	38	20	9	31	1.85
77520902--77521083	91	2.0	92	86	5	253	38	18	9	33	1.84
77522395--77522445	10	5.0	10	83	4	57	43	15	25	15	1.86
77522396--77522445	21	2.4	21	84	12	68	44	16	24	16	1.86
77522706--77522830	27	4.6	27	86	0	178	38	22	8	30	1.84
77522706--77522856	27	5.6	27	84	1	160	37	21	10	29	1.87
77522809--77522873	27	2.4	27	89	0	94	36	18	18	26	1.94
77530500--77530579	29	2.8	28	84	3	106	26	32	16	25	1.96
77530799--77530841	16	2.7	16	92	0	68	13	18	13	53	1.73
77532767--77532949	40	4.6	40	86	2	235	25	21	25	27	1.99
77537191--77537494	47	6.4	47	91	1	437	34	8	29	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77541886--77541924	13	2.9	13	84	3	51	28	2	10	58	1.44
77543313--77543536	40	5.6	40	88	3	299	23	21	27	27	1.99
77543312--77543536	81	2.8	80	89	2	319	23	21	27	27	1.99
77549716--77550319	48	12.6	48	95	0	1055	35	6	28	29	1.83
77550038--77550112	22	3.2	22	67	26	64	32	8	33	26	1.85
77553171--77553462	47	6.2	47	91	0	449	34	12	27	26	1.92
77553384--77553459	22	3.3	22	66	28	59	35	13	27	23	1.92
77553210--77553496	141	2.0	141	88	0	421	35	11	26	25	1.91
77553476--77553566	46	2.0	46	84	4	121	36	7	29	26	1.84
77555927--77556118	40	4.8	40	94	0	321	20	22	31	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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