genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58973284--58973322	15	2.4	17	83	8	55	66	10	5	17	1.39
58976034--58976112	21	3.8	21	72	0	77	41	15	24	18	1.89
58976025--58976133	42	2.6	42	85	0	128	41	16	23	18	1.90
58978813--58978866	22	2.5	22	84	0	72	53	7	1	37	1.40
58982120--58982201	38	2.2	38	84	0	101	19	23	34	23	1.97
59002450--59002481	16	2.0	16	100	0	64	50	18	25	6	1.70
59006363--59006428	35	1.9	35	84	3	89	43	4	6	45	1.49
59012787--59012876	20	4.5	20	73	14	78	33	7	12	46	1.70
59012782--59012876	40	2.4	40	85	7	122	33	8	11	46	1.70
59015647--59015889	46	5.3	47	89	3	352	18	24	15	41	1.88
59019068--59019348	44	6.4	44	72	12	209	27	22	19	30	1.98
59019068--59019317	89	2.8	88	83	4	297	28	22	20	29	1.98
59019079--59019272	86	2.2	87	87	2	282	29	22	20	28	1.98
59019157--59019398	132	1.8	133	84	4	335	27	23	19	30	1.98
59031076--59031281	27	7.6	27	86	2	263	31	7	20	39	1.81
59031186--59031297	27	4.2	27	86	1	100	33	6	19	41	1.77
59034782--59034813	11	2.9	11	100	0	64	71	0	0	28	0.86
59034785--59034842	11	5.1	11	85	8	62	60	0	0	39	0.97
59034784--59034867	11	7.7	11	77	15	52	60	1	0	38	1.04
59059799--59060018	40	5.6	39	88	5	268	25	21	26	26	1.99
59059799--59060025	79	2.9	78	84	6	282	25	21	26	25	1.99
59067789--59068014	40	5.7	40	87	4	280	25	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59067789--59068047	120	2.2	120	80	7	278	26	20	26	26	1.99
59072479--59072507	11	2.6	11	100	0	58	41	0	0	58	0.98
59076041--59076079	19	2.0	20	85	5	53	56	0	0	43	0.99
59079675--59079712	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
59079689--59079713	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
59079738--59079784	6	7.5	6	86	9	58	76	6	0	17	0.98
59087537--59087593	28	2.0	28	83	6	71	8	21	38	31	1.84
59091210--59091423	101	2.1	101	90	1	331	30	26	14	29	1.95
59092379--59092990	139	4.4	139	86	1	854	42	21	7	29	1.79
59092304--59092576	91	2.9	92	75	13	297	41	21	6	30	1.79
59092333--59092484	48	3.2	48	92	1	245	40	23	5	29	1.78
59092657--59092756	48	2.1	47	86	3	103	40	26	7	27	1.81
59100818--59100902	13	6.5	13	71	18	52	32	17	2	47	1.61
59100823--59100896	26	2.8	27	78	10	73	35	18	2	43	1.65
59100822--59100948	40	3.2	39	80	6	130	33	17	1	47	1.57
59101044--59101148	40	2.6	40	87	1	138	33	17	2	46	1.62
59101063--59101123	13	4.6	13	72	11	52	37	16	3	42	1.64
59107705--59107760	8	7.0	8	83	0	76	46	16	28	8	1.77
59107701--59107760	24	2.5	24	94	0	102	48	15	28	8	1.73
59110946--59111330	131	2.9	131	74	6	359	28	18	17	34	1.94
59115948--59116003	26	2.2	26	96	0	103	30	5	26	37	1.79
59117599--59117703	27	3.9	26	85	5	129	19	25	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59122606--59122710	26	4.0	26	93	0	183	31	6	25	36	1.82
59124301--59124387	27	3.2	27	82	12	108	18	24	24	33	1.97
59124312--59124405	27	3.5	26	84	8	82	22	26	20	30	1.98
59125436--59125465	14	2.1	14	93	0	51	20	40	13	26	1.89
59125539--59125761	45	5.0	45	77	12	226	26	21	21	30	1.98
59125450--59125749	45	6.7	44	72	11	173	26	21	21	31	1.98
59125450--59125793	135	2.6	135	86	0	458	25	22	21	30	1.98
59125450--59125801	89	3.9	86	75	10	253	25	21	21	31	1.98
59125441--59125800	44	8.1	44	73	6	249	25	22	20	31	1.98
59128205--59128246	20	2.0	21	86	4	59	33	0	9	57	1.31
59128296--59128335	21	1.9	21	89	0	62	37	2	2	57	1.26
59128408--59128458	24	2.1	25	88	3	77	33	0	9	56	1.32
59132656--59132683	4	7.0	4	100	0	56	25	25	0	50	1.50
59140026--59140145	39	2.9	39	83	10	127	48	15	21	14	1.81
59141099--59142022	178	5.2	177	86	7	1159	27	17	18	35	1.94
59141272--59141421	79	1.9	79	94	0	264	29	17	20	33	1.95
59141411--59141439	15	1.9	15	100	0	58	13	17	6	62	1.52
59141450--59141599	79	1.9	79	98	0	291	28	18	20	32	1.96
59141529--59141861	99	3.4	95	84	8	415	27	18	18	36	1.93
59141819--59141972	75	2.0	76	88	3	231	26	18	19	35	1.95
59144195--59144236	20	2.0	21	86	4	59	33	0	9	57	1.31
59144286--59144325	21	1.9	21	89	0	62	37	2	2	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59144398--59144448	24	2.1	25	88	3	77	33	0	9	56	1.32
59152586--59152665	34	2.4	33	83	6	90	28	21	23	26	1.99
59153494--59153549	28	2.0	28	96	0	103	55	3	0	41	1.17
59153578--59153636	23	2.4	25	86	10	79	54	1	1	42	1.20
59153633--59153688	22	2.6	21	75	5	58	41	1	5	51	1.35
59157071--59157129	29	2.1	27	87	6	82	30	1	3	64	1.20
59157551--59157614	31	2.0	34	87	9	98	57	1	6	34	1.33
59170215--59170241	11	2.5	11	100	0	54	51	0	0	48	1.00
59170226--59170274	19	2.6	19	83	6	55	61	0	0	38	0.96
59175446--59175553	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
59184166--59184377	46	4.6	47	79	8	197	30	19	27	23	1.98
59184263--59184529	46	5.6	47	76	13	178	28	17	28	26	1.98
59194033--59194177	40	3.6	40	82	4	175	24	26	23	25	2.00
59195364--59195439	38	2.0	38	97	0	143	32	23	11	31	1.91
59202010--59202177	40	4.2	39	83	3	156	24	27	24	23	2.00
59202033--59202177	40	3.6	40	87	0	200	22	26	25	25	2.00
59203365--59203440	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
59205469--59205541	30	2.5	32	74	17	77	53	1	1	43	1.17
59205651--59205697	23	2.0	23	100	0	94	25	19	4	51	1.65
59206165--59206293	58	2.2	58	81	0	150	20	24	20	33	1.97
59208349--59208530	67	2.9	59	77	15	188	48	7	9	33	1.65
59209836--59210040	103	2.0	104	83	8	265	26	15	15	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59212449--59212492	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
59212512--59212553	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
59212516--59212552	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
59213102--59213140	14	2.8	14	88	7	53	33	15	7	43	1.75
59213375--59213492	59	2.0	59	80	9	134	58	0	1	38	1.14
59221790--59221960	46	3.7	46	74	14	129	29	19	29	21	1.98
59226576--59226604	14	2.1	14	100	0	58	41	0	31	27	1.56
59228122--59228160	20	1.9	21	84	5	53	79	5	10	5	1.04
59231403--59231451	24	2.0	24	96	0	89	36	14	4	44	1.64
59239386--59239419	13	2.6	13	90	0	50	23	14	14	47	1.82
59242354--59242419	34	1.9	34	84	9	89	39	0	6	54	1.25
59242461--59242670	113	1.9	113	82	4	271	21	2	16	59	1.49
59242692--59243130	137	3.2	137	88	5	652	29	2	13	54	1.52
59242871--59243077	65	3.1	65	64	24	140	29	1	13	54	1.50
59246351--59246507	42	3.7	42	78	8	140	29	25	14	30	1.94
59246579--59246758	31	5.8	31	91	2	272	26	27	19	27	1.99
59246741--59246963	50	4.4	51	95	2	346	26	22	15	35	1.94
59253580--59253705	62	2.0	62	96	0	234	40	10	14	34	1.80
59253947--59253991	23	2.0	23	81	0	54	55	2	0	42	1.12
59254213--59254253	18	2.3	18	86	0	55	43	26	4	24	1.74
59255815--59255926	56	2.0	56	87	3	163	33	26	14	25	1.94
59260786--59260949	69	2.4	70	87	1	204	32	24	10	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59260786--59260949	35	4.7	35	84	3	215	32	24	10	31	1.90
59262021--59262062	21	2.0	21	81	9	50	45	21	4	28	1.72
59262174--59262203	8	3.6	8	95	4	51	40	33	0	26	1.57
59263803--59263869	30	2.2	31	79	12	77	41	14	4	38	1.67
59267039--59267063	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
59271586--59271643	23	2.5	24	75	13	59	48	3	0	48	1.18
59273846--59274040	96	2.0	95	90	1	300	41	24	8	26	1.82
59283434--59283478	21	2.1	21	84	8	56	37	2	4	55	1.32
59291853--59291890	18	2.1	18	90	9	60	39	0	5	55	1.23
59295537--59295652	39	3.0	39	87	0	169	25	20	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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