genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59510100--59510124	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
59516775--59516882	26	4.2	26	90	0	171	36	24	6	33	1.81
59520016--59520049	16	2.1	16	94	0	59	67	0	0	32	0.91
59520063--59520102	5	8.4	5	83	10	57	77	2	0	20	0.88
59520063--59520107	13	3.3	14	84	12	58	77	2	0	20	0.87
59520064--59520107	9	4.9	9	91	5	63	77	2	0	20	0.88
59521728--59522429	44	15.8	44	73	5	469	30	21	16	31	1.95
59521724--59522518	89	8.8	88	70	11	330	30	21	16	31	1.95
59521669--59522518	177	4.7	184	76	7	546	30	20	16	32	1.94
59521891--59522518	133	4.7	133	86	3	731	30	21	15	32	1.94
59524985--59525082	34	2.9	34	95	0	178	15	30	18	35	1.92
59534559--59534593	16	2.2	16	94	0	61	68	0	0	31	0.90
59547911--59548023	21	5.4	21	86	0	145	46	15	22	16	1.84
59549117--59549159	16	2.8	16	82	3	52	16	13	6	62	1.51
59560338--59560382	22	2.0	22	95	0	81	46	11	4	37	1.60
59570170--59570248	25	3.2	25	79	0	95	32	17	11	37	1.86
59580033--59580068	17	2.1	17	94	0	63	47	5	27	19	1.72
59580529--59580561	15	2.2	15	94	0	57	12	18	36	33	1.88
59581908--59581959	23	2.2	23	86	6	68	51	13	1	32	1.52
59586860--59587017	79	2.0	79	100	0	316	22	17	13	45	1.84
59592198--59592275	33	2.4	33	83	10	90	24	24	16	34	1.95
59592178--59592410	103	2.3	101	82	3	270	25	24	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59598554--59598583	13	2.3	13	100	0	60	26	26	26	20	1.99
59599197--59599243	17	2.8	17	90	3	69	17	0	8	74	1.05
59602474--59602515	16	2.7	16	81	3	50	52	2	0	45	1.13
59604028--59604077	24	2.1	24	100	0	100	50	8	8	34	1.61
59606706--59606745	18	2.2	18	86	0	53	42	17	12	27	1.85
59606912--59606964	16	3.4	16	75	12	56	50	26	0	22	1.49
59612088--59612139	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
59612133--59612171	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
59615164--59615226	23	2.7	23	73	9	65	30	23	17	28	1.97
59616232--59616292	27	2.3	27	94	0	104	21	18	31	29	1.96
59616761--59616870	45	2.4	45	96	0	202	37	21	14	26	1.92
59627491--59627621	44	2.9	45	94	1	219	35	26	13	24	1.93
59633141--59633306	49	3.5	47	78	9	167	31	19	24	24	1.98
59659042--59659130	44	2.0	44	97	0	169	48	4	16	30	1.66
59662565--59662638	36	2.1	36	100	0	148	24	18	21	35	1.96
59664041--59664122	26	3.2	26	98	0	155	30	6	26	36	1.81
59666760--59666973	40	5.4	40	84	5	229	26	25	22	25	2.00
59668233--59668267	10	3.4	10	88	4	52	0	20	0	80	0.72
59674793--59675010	40	5.5	40	85	4	273	26	27	23	22	2.00
59676269--59676303	10	3.3	10	88	11	52	0	14	0	85	0.59
59677034--59677192	27	5.9	27	80	10	166	19	23	21	35	1.96
59677031--59677192	54	3.0	54	89	2	229	19	23	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59681211--59681302	48	1.9	48	88	0	139	20	20	23	34	1.96
59691301--59691556	33	7.6	33	72	6	84	32	16	23	27	1.96
59691333--59691517	33	5.5	33	75	7	131	33	15	23	27	1.95
59691302--59691649	101	3.4	101	92	4	544	33	15	23	27	1.95
59691302--59691692	202	1.9	200	84	7	522	32	15	24	27	1.95
59691778--59691897	2	60.0	2	100	0	240	0	0	50	50	1.00
59693295--59693321	14	1.9	14	100	0	54	55	7	0	37	1.28
59699375--59699435	27	2.2	28	82	2	79	50	0	3	45	1.17
59699392--59699449	27	2.2	26	84	12	73	41	1	1	55	1.20
59700380--59700430	13	3.9	13	77	10	59	31	5	25	37	1.80
59700624--59700669	24	1.9	24	86	0	65	52	2	0	45	1.13
59702953--59703077	47	2.7	45	83	15	157	28	20	28	22	1.98
59702951--59703164	94	2.3	93	82	5	234	30	18	26	24	1.98
59710182--59710303	47	2.6	45	80	12	140	27	14	30	27	1.95
59710611--59710848	119	2.0	119	100	0	476	24	16	14	44	1.85
59715592--59716082	109	4.5	108	86	4	574	25	3	15	55	1.55
59719662--59719694	17	1.9	17	100	0	66	24	30	0	45	1.53
59721605--59721657	20	2.7	20	78	0	61	16	26	35	20	1.94
59722449--59722562	53	2.3	49	84	11	144	28	24	18	28	1.98
59722474--59722576	53	2.0	52	90	5	163	30	25	16	28	1.97
59743566--59743641	27	2.8	27	88	4	91	23	18	28	28	1.98
59746493--59746617	39	3.2	39	88	1	169	24	28	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59752158--59752283	23	5.4	23	79	8	112	30	19	22	26	1.98
59752180--59752283	23	4.6	23	79	7	122	32	19	22	25	1.97
59752178--59752284	45	2.4	45	87	4	144	31	18	22	27	1.97
59754118--59754150	17	1.9	17	93	0	57	66	3	0	30	1.06
59756688--59756813	23	5.4	23	79	8	112	30	19	22	26	1.98
59756710--59756813	23	4.6	23	79	7	122	32	19	22	25	1.97
59756708--59756814	45	2.4	45	87	4	144	31	18	22	27	1.97
59758647--59758679	17	1.9	17	93	0	57	66	3	0	30	1.06
59763091--59763138	25	1.9	25	83	8	62	43	12	10	33	1.77
59769133--59769187	20	2.8	20	88	0	74	36	23	3	36	1.73
59770919--59770982	15	3.8	16	70	27	51	42	3	1	53	1.26
59774537--59774671	43	3.1	44	82	6	175	24	17	29	28	1.97
59774554--59774671	45	2.7	43	82	6	157	26	16	28	27	1.97
59774941--59775138	38	5.2	38	88	2	247	21	21	25	31	1.98
59775131--59775303	45	3.9	45	81	6	183	24	22	27	25	2.00
59775497--59775527	10	3.1	10	100	0	62	38	0	29	32	1.57
59776448--59776549	34	3.0	33	87	5	141	40	0	13	46	1.44
59779823--59779870	24	2.0	24	84	8	62	56	4	0	39	1.19
59782082--59782145	30	2.1	30	91	5	103	42	3	26	28	1.70
59786112--59786144	17	2.0	17	88	5	50	48	3	3	45	1.33
59787222--59787250	14	2.0	15	93	6	51	27	0	6	65	1.18
59789025--59789070	24	1.9	24	82	8	58	43	0	56	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59793633--59793743	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
59794503--59794534	4	8.2	4	93	6	57	0	25	0	75	0.81
59794503--59794531	15	1.9	15	100	0	58	0	24	0	75	0.80
59800887--59800997	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
59803473--59803501	14	2.1	14	100	0	58	20	20	24	34	1.97
59814036--59814103	33	2.1	33	97	0	127	29	11	13	45	1.79
59816349--59816385	17	2.1	18	90	5	58	32	0	2	64	1.07
59819620--59819657	16	2.4	16	90	0	58	31	36	2	28	1.71
59819302--59819702	202	2.0	203	94	1	707	41	18	11	27	1.86
59822386--59822533	51	2.9	51	87	0	215	33	25	8	32	1.86
59823743--59823787	16	2.8	16	89	3	63	28	2	26	42	1.67
59823851--59823877	12	2.2	12	100	0	54	51	0	18	29	1.46
59825438--59825505	29	2.4	28	83	14	77	52	4	1	41	1.30
59825466--59825508	13	3.1	13	83	12	50	60	2	0	37	1.10
59825468--59825502	8	4.4	8	85	0	52	60	2	0	37	1.12
59825489--59825542	21	2.5	22	84	9	65	72	3	1	22	1.10
59830245--59830288	18	2.4	19	81	11	56	72	0	9	18	1.10
59840761--59841657	84	10.7	83	77	9	591	44	10	11	33	1.75
59840822--59841505	168	4.0	170	82	8	672	44	10	11	33	1.75
59843086--59843128	22	2.1	22	87	12	65	39	0	16	44	1.48
59844822--59844857	12	3.0	12	83	0	54	8	11	52	27	1.65
59845636--59845782	66	2.2	66	93	2	260	28	30	25	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59846901--59847011	44	2.5	44	94	0	186	28	24	16	30	1.96
59849726--59849793	23	2.8	23	79	18	68	27	16	26	29	1.97
59849777--59849838	22	2.8	22	78	4	63	35	16	20	27	1.94
59861493--59861540	17	3.0	16	82	8	53	58	2	22	16	1.49
59861626--59861668	15	2.8	15	78	3	50	69	0	11	18	1.17
59868266--59868313	25	1.9	25	91	8	80	45	27	12	14	1.81
59868778--59868948	46	3.6	47	82	10	183	22	31	19	26	1.98
59874434--59874474	22	1.9	22	95	5	75	17	29	43	9	1.80
59875677--59875792	46	2.5	46	81	8	128	23	29	18	28	1.98
59877175--59877226	25	2.1	25	100	0	104	44	23	3	28	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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