genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79008947--79008991	3	15.0	3	95	0	81	0	64	0	35	0.94
79011156--79011193	15	2.6	15	83	4	51	50	2	7	39	1.46
79018331--79018508	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
79018352--79018507	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
79021401--79021733	47	7.1	47	91	2	508	32	9	29	28	1.88
79021852--79021930	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
79023753--79023903	27	5.6	27	84	3	160	28	28	15	27	1.96
79023753--79023903	55	2.8	54	82	4	169	28	28	15	27	1.96
79027109--79027254	43	3.4	43	98	0	283	23	14	35	26	1.93
79027240--79027309	29	2.4	29	85	4	88	28	14	31	25	1.95
79027699--79028023	40	7.9	40	89	5	479	25	23	26	24	2.00
79031003--79031180	27	6.6	27	85	3	205	26	14	28	30	1.95
79031004--79031159	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
79031000--79031180	82	2.2	81	84	2	238	26	14	28	30	1.95
79035496--79035971	47	10.1	47	94	0	799	32	9	29	28	1.88
79036090--79036167	36	2.1	36	86	6	104	25	17	30	25	1.97
79037705--79037737	17	1.9	17	93	0	57	42	0	15	42	1.46
79038973--79039145	56	3.1	56	93	5	307	46	9	21	21	1.79
79040609--79041062	47	9.6	47	90	3	639	34	9	28	27	1.88
79043343--79043698	40	8.9	41	84	5	340	24	22	27	25	2.00
79046486--79047035	47	11.6	47	91	2	759	34	8	28	28	1.87
79050132--79050269	35	3.9	35	76	4	134	35	15	24	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79053876--79054074	85	2.3	85	85	0	272	28	25	21	24	1.99
79053923--79054069	43	3.4	43	69	12	122	28	25	20	25	1.99
79061105--79061348	43	5.7	42	71	11	124	28	26	18	26	1.98
79061150--79061348	85	2.3	85	87	0	299	28	27	18	25	1.98
79061197--79061343	43	3.5	42	72	12	129	29	26	17	27	1.97
79069207--79069708	47	10.6	47	91	1	752	29	29	8	33	1.86
79069258--79069335	25	3.2	25	64	10	72	33	30	3	32	1.76
79069207--79069708	96	5.3	96	89	3	777	29	29	8	33	1.86
79069207--79069708	143	3.5	143	93	1	805	29	29	8	33	1.86
79082341--79082451	25	4.5	25	87	5	154	29	17	7	45	1.75
79083280--79083455	45	4.0	45	86	3	234	25	22	28	24	1.99
79086043--79086196	28	5.5	28	95	0	247	26	12	27	32	1.93
79094390--79094546	39	4.1	38	83	10	187	26	27	19	26	1.99
79094390--79094546	76	2.1	77	82	10	189	26	27	19	26	1.99
79096390--79096447	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
79096390--79096450	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
79109835--79109888	25	2.2	24	81	12	65	62	3	3	29	1.29
79111335--79111380	20	2.2	20	80	3	56	21	8	13	56	1.63
79111336--79111373	20	1.9	20	88	0	58	23	7	15	52	1.69
79113819--79113991	27	6.4	27	86	2	240	31	25	6	36	1.81
79113795--79113991	81	2.4	81	92	0	322	32	24	6	36	1.82
79113990--79114118	27	4.8	27	77	7	120	38	20	11	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79113990--79114118	54	2.4	53	80	6	136	38	20	11	28	1.88
79114100--79114208	27	4.0	27	77	7	94	42	14	7	35	1.74
79114042--79114208	27	6.1	27	77	6	79	39	16	9	34	1.81
79114249--79114326	27	2.9	26	76	14	86	38	21	16	23	1.93
79115074--79115104	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
79115135--79115204	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
79115134--79115229	25	3.9	24	78	9	86	28	22	22	26	1.99
79125197--79125313	55	2.1	54	81	9	130	17	33	26	23	1.96
79126426--79126534	37	2.9	37	93	0	182	27	31	18	22	1.97
79126741--79126887	47	3.1	47	88	0	204	27	29	10	33	1.89
79131100--79131451	40	8.8	40	93	0	578	25	28	21	24	1.99
79132719--79132827	37	2.9	37	93	0	182	27	31	18	22	1.97
79133034--79133180	47	3.1	47	88	0	204	27	29	10	33	1.89
79137170--79137221	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
79137397--79137630	40	5.8	40	88	0	315	26	26	21	25	2.00
79139229--79139451	39	5.7	40	84	8	257	25	21	27	25	2.00
79139229--79139451	79	2.8	79	82	11	251	25	21	27	25	2.00
79139281--79139484	79	2.6	79	81	9	188	26	21	27	25	1.99
79140805--79140970	40	4.2	40	90	0	269	28	28	20	22	1.99
79140807--79140970	80	2.0	80	96	0	301	28	28	20	23	1.99
79144325--79144360	13	2.6	15	79	20	51	63	5	8	22	1.43
79146148--79146220	36	2.0	36	97	0	137	38	12	10	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79151057--79151110	23	2.3	23	87	6	74	40	20	18	20	1.91
79157008--79157116	43	2.6	42	84	5	148	29	17	25	27	1.97
79166507--79166544	14	2.7	14	95	0	67	34	26	21	18	1.96
79168260--79168411	40	3.8	41	89	3	211	24	21	28	25	1.99
79168260--79168431	80	2.2	80	84	3	213	23	20	27	27	1.99
79176347--79176498	40	3.8	41	89	3	211	24	21	28	25	1.99
79176347--79176518	80	2.2	80	84	3	213	23	20	27	27	1.99
79181210--79181374	42	3.9	42	79	1	177	32	17	23	27	1.97
79188616--79188667	12	4.3	12	85	0	68	19	46	30	3	1.68
79188616--79188667	24	2.2	24	100	0	104	19	46	30	3	1.68
79193781--79193826	20	2.3	20	82	14	60	30	28	15	26	1.96
79193793--79193836	19	2.2	20	84	4	54	36	25	15	22	1.94
79214987--79215197	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
79218856--79218913	10	5.7	10	72	11	55	27	27	13	31	1.94
79218856--79218916	20	3.0	20	83	9	79	26	26	13	34	1.93
79222941--79223003	27	2.4	26	76	10	65	25	7	14	52	1.68
79223052--79223093	20	2.2	20	87	8	61	21	7	14	57	1.61
79223710--79223757	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
79229704--79229739	12	2.8	13	95	4	65	19	5	0	75	1.00
79230054--79230116	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
79235874--79235942	24	2.9	24	93	0	120	37	30	8	23	1.85
79239476--79239645	46	3.7	46	75	13	177	30	28	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79239481--79239651	93	1.8	93	91	0	279	30	28	19	21	1.97
79243782--79243820	16	2.3	18	86	8	55	71	7	5	15	1.26
79248569--79248675	56	1.9	56	86	3	153	25	20	13	41	1.88
79249299--79249353	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
79251721--79251772	26	2.0	27	88	3	79	19	7	3	69	1.29
79251766--79251791	13	2.0	13	100	0	52	7	15	0	76	0.99
79253114--79253231	55	2.1	55	84	6	159	25	20	13	40	1.89
79253855--79253909	20	2.8	20	88	0	83	29	14	29	27	1.95
79256246--79256276	12	2.6	12	94	0	53	29	16	12	41	1.85
79257256--79257294	18	2.2	17	90	4	60	12	7	2	76	1.09
79260444--79260540	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
79262065--79262101	13	2.7	13	91	8	56	83	5	5	5	0.90
79262168--79262227	21	2.9	21	82	5	68	80	3	10	6	1.01
79262190--79262240	11	4.9	10	80	15	59	80	1	9	7	0.98
79264049--79264119	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
79264059--79264108	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
79266368--79266464	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
79268802--79268898	30	3.2	30	65	8	72	28	15	26	28	1.96
79269772--79269850	40	2.0	40	89	0	122	30	12	13	43	1.82
79270019--79270053	11	3.1	11	91	4	52	17	0	25	57	1.40
79270207--79270295	43	2.1	43	91	0	142	26	14	22	35	1.93
79271160--79271208	11	4.5	11	72	23	50	42	18	22	16	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79271167--79271206	20	1.9	20	85	10	53	37	20	22	20	1.94
79271243--79271294	27	1.9	27	96	0	95	21	32	9	36	1.86
79271986--79272022	19	2.1	19	90	10	60	48	0	16	35	1.46
79273594--79273647	20	2.7	20	70	0	54	33	20	25	20	1.97
79275288--79275319	12	2.7	12	95	0	55	18	21	0	59	1.38
79275301--79275362	27	2.3	27	83	10	74	9	19	1	69	1.25
79275303--79275361	14	4.3	14	74	16	52	10	16	1	71	1.22
79275323--79275411	6	14.7	6	68	9	56	5	17	3	73	1.17
79276599--79276630	11	2.8	12	95	4	57	6	3	6	84	0.86
79278042--79278095	20	2.7	20	70	0	54	33	20	25	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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