genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.319.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103176682--103176824	44	3.3	44	68	16	134	32	19	23	25	1.98
103176800--103176943	73	2.0	73	91	2	236	29	22	25	22	1.99
103176890--103176998	54	2.0	55	98	1	211	33	21	31	14	1.93
103176984--103177171	44	4.3	44	73	11	170	33	22	21	22	1.97
103176944--103177123	88	2.1	87	92	1	297	32	23	23	20	1.98
103177065--103177165	43	2.3	44	89	1	150	34	24	15	24	1.95
103178602--103178699	44	2.2	45	89	3	146	29	21	20	28	1.98
103178836--103178905	35	2.0	35	100	0	140	25	22	17	34	1.96
103179689--103179805	15	8.1	14	72	17	62	25	7	1	64	1.29
103179726--103179759	14	2.3	15	90	5	52	26	5	0	67	1.13
103179726--103179784	29	2.0	29	81	12	68	27	8	0	64	1.22
103179752--103179797	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
103179764--103179830	21	3.0	23	76	21	72	29	5	0	64	1.17
103179720--103179841	52	2.4	54	74	18	125	27	7	0	64	1.20
103186743--103186818	39	1.9	39	100	0	152	31	5	15	47	1.68
103186888--103186934	23	2.0	24	87	4	69	27	0	6	65	1.16
103186889--103186950	24	2.6	23	82	5	61	30	1	6	61	1.31
103187139--103187211	22	3.1	22	64	21	58	47	2	13	35	1.57
103187113--103187211	48	2.1	48	100	0	198	46	4	14	35	1.63
103187113--103187192	26	3.2	26	66	20	80	45	5	13	36	1.66
103190213--103190258	20	2.3	20	96	0	83	41	15	6	36	1.73
103196227--103196374	37	4.0	37	93	0	251	28	20	13	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103201956--103201995	21	1.9	21	100	0	80	42	10	10	37	1.72
103201983--103202011	14	2.1	14	100	0	58	34	6	13	44	1.71
103210364--103210681	46	6.7	48	77	15	256	26	18	29	25	1.98
103210363--103210681	96	3.4	94	76	15	277	26	18	30	25	1.98
103213016--103213079	24	2.6	24	80	7	67	37	17	23	21	1.94
103213671--103213709	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
103218570--103218621	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
103218672--103218703	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
103223031--103223082	23	2.3	23	86	6	70	44	9	11	34	1.73
103234354--103234431	31	2.6	30	82	13	90	39	11	11	37	1.78
103234354--103234435	29	2.8	27	77	18	76	40	10	10	37	1.76
103239851--103239884	15	2.3	15	89	0	50	55	0	2	41	1.15
103240869--103240922	20	2.8	20	75	13	58	62	1	1	33	1.16
103241062--103241093	16	2.0	16	100	0	64	37	18	12	31	1.88
103249654--103249691	12	2.9	13	84	11	51	0	26	0	73	0.83
103249651--103249722	25	2.8	25	78	14	76	1	20	4	73	1.07
103249745--103249790	23	2.0	22	84	12	58	43	2	2	52	1.25
103250129--103250170	21	2.0	21	100	0	84	28	14	33	23	1.94
103251733--103251778	22	2.1	22	84	8	58	39	4	0	56	1.19
103254694--103254766	20	3.8	18	74	13	65	53	0	0	46	1.00
103268810--103268869	26	2.2	26	82	11	68	60	3	3	33	1.30
103269049--103269093	18	2.4	20	75	17	51	71	2	0	26	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103269049--103269087	18	2.2	18	86	4	53	69	2	0	28	1.02
103270819--103271195	176	2.1	176	89	3	582	25	20	19	34	1.96
103270819--103271276	176	2.6	175	85	6	566	26	19	20	33	1.96
103271106--103271276	93	1.8	93	83	5	229	26	16	22	33	1.95
103282626--103282679	24	2.3	23	78	9	56	59	7	7	25	1.51
103282923--103283007	45	1.9	43	83	9	109	63	2	1	32	1.15
103282965--103283012	20	2.5	20	87	9	66	68	2	0	29	1.01
103282964--103283026	18	3.5	17	83	10	72	63	1	0	34	1.04
103287484--103287608	54	2.3	54	81	2	144	28	25	26	19	1.98
103287619--103287683	21	3.1	21	75	2	60	29	26	30	13	1.94
103287580--103287809	126	1.8	126	87	3	347	29	21	27	22	1.99
103288527--103288568	21	2.0	21	95	0	75	33	11	11	42	1.78
103298081--103298145	34	1.9	34	90	0	103	35	16	6	41	1.74
103300042--103300066	8	3.1	8	100	0	50	84	0	16	0	0.63
103307740--103307807	20	3.3	20	73	4	64	30	7	1	60	1.33
103320058--103320291	77	3.1	76	84	10	331	29	16	20	32	1.95
103320214--103320543	89	3.7	90	86	3	443	32	15	16	35	1.90
103320201--103320567	89	4.1	90	83	5	431	31	15	16	36	1.89
103322834--103322891	16	3.9	14	76	13	53	6	6	5	81	1.00
103322833--103322888	30	1.9	30	89	7	89	7	7	5	80	1.02
103333248--103333411	21	8.1	21	69	15	62	28	1	1	67	1.11
103333248--103333309	19	3.3	18	80	8	61	38	3	1	56	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103333255--103333306	28	1.9	28	92	7	90	38	3	1	55	1.29
103333311--103333368	20	2.8	20	78	17	64	15	0	1	82	0.74
103333310--103333370	30	2.0	32	87	6	90	16	0	1	81	0.76
103333295--103333370	34	2.3	33	84	8	93	21	0	1	77	0.84
103333306--103333368	16	4.3	14	75	20	58	15	0	1	82	0.74
103345159--103345393	77	3.1	76	84	9	331	29	16	20	33	1.95
103345316--103345642	90	3.6	90	87	2	453	32	15	16	35	1.90
103345303--103345667	90	4.1	90	84	5	445	31	15	16	36	1.90
103350013--103350166	39	4.0	39	90	2	204	27	21	5	45	1.73
103350019--103350166	77	1.9	77	86	2	208	28	19	5	46	1.72
103351272--103351342	24	2.8	25	72	21	67	32	11	4	52	1.56
103356874--103357050	40	4.4	40	83	4	216	23	20	28	27	1.99
103359407--103359465	30	2.0	30	90	6	93	27	18	15	38	1.91
103364140--103364192	14	3.4	14	74	20	52	41	1	13	43	1.54
103366770--103366809	21	1.9	21	85	10	55	42	15	10	32	1.79
103378445--103378911	156	3.0	156	95	0	832	31	19	16	32	1.94
103381371--103381429	20	2.8	20	75	14	57	13	5	3	77	1.05
103396052--103396106	9	6.2	8	89	10	65	40	23	10	25	1.87
103396052--103396103	27	1.9	27	85	14	72	38	25	9	26	1.86
103396728--103396773	16	2.7	18	80	6	51	67	4	10	17	1.37
103397698--103397731	14	2.4	14	85	0	50	67	5	2	23	1.26
103400225--103400370	53	2.7	53	88	4	204	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103404391--103404436	24	1.9	24	86	0	65	45	0	41	13	1.43
103428987--103429017	15	2.0	16	93	6	55	45	0	0	54	0.99
103429518--103429562	19	2.3	20	85	11	58	64	6	2	26	1.30
103432794--103432849	29	1.9	29	81	0	67	33	12	8	44	1.73
103438483--103438518	18	2.0	18	94	0	63	55	16	13	13	1.69
103442620--103442659	21	1.9	21	89	0	62	25	12	30	32	1.92
103449070--103449193	40	3.4	35	65	15	90	26	25	23	25	2.00
103449023--103449271	75	3.3	74	88	2	338	24	22	26	26	2.00
103449024--103449242	74	2.9	74	91	3	332	26	22	24	26	2.00
103460195--103460237	18	2.6	16	75	13	50	53	0	0	46	1.00
103460320--103460356	19	1.9	19	94	0	65	51	8	8	32	1.61
103462335--103462490	55	2.9	53	81	4	188	32	17	23	26	1.96
103463380--103463432	20	2.6	20	70	11	54	62	1	1	33	1.17
103465806--103465866	25	2.4	25	81	10	70	26	13	0	60	1.33
103465800--103465860	16	3.9	16	78	8	63	24	11	0	63	1.27
103465826--103465966	24	5.8	24	78	16	141	24	10	0	65	1.24
103465861--103465950	13	7.2	13	71	28	72	22	8	0	68	1.16
103465847--103465966	46	2.5	50	89	9	178	23	10	0	66	1.21
103466136--103466218	44	2.0	40	84	13	105	32	4	1	61	1.25
103466425--103466479	14	3.6	15	83	9	58	12	12	1	72	1.20
103466439--103466538	5	18.6	5	73	13	74	20	21	1	58	1.46
103466439--103466538	11	9.3	10	73	12	74	20	21	1	58	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103466453--103466532	16	4.8	16	86	6	97	22	22	1	53	1.53
103466531--103466617	21	4.1	21	77	16	90	29	5	0	64	1.17
103466542--103466631	43	2.1	44	89	2	137	27	8	0	63	1.24
103466528--103466661	48	2.9	46	78	10	139	29	10	0	58	1.36
103466727--103466902	76	2.3	78	87	3	250	25	15	1	57	1.45
103474533--103474618	45	1.9	45	88	6	131	45	6	1	46	1.37
103479340--103479365	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
103485492--103485584	25	3.7	24	77	12	73	66	4	3	25	1.25
103485517--103485557	21	1.9	22	85	14	59	70	4	0	24	1.06
103485449--103485585	48	2.8	48	80	11	145	62	4	4	28	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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