genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1199659--1199914	72	3.6	72	99	0	503	42	24	6	27	1.78
1199915--1199955	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
1200010--1200063	27	2.0	27	96	0	99	46	18	9	25	1.79
1201300--1201355	26	2.2	26	93	0	94	55	14	16	14	1.70
1206089--1206125	12	3.1	12	84	0	56	37	37	0	24	1.56
1211670--1211707	17	2.2	18	85	4	51	63	5	0	31	1.17
1211622--1211701	40	2.0	40	83	7	101	52	5	1	41	1.31
1216361--1216405	22	2.0	22	83	8	56	60	0	2	37	1.09
1218186--1218270	40	2.2	40	97	2	163	51	2	14	31	1.54
1233124--1233184	28	2.2	28	96	0	113	47	16	6	29	1.72
1233292--1233341	22	2.3	22	93	3	84	36	20	12	32	1.89
1242508--1242538	16	1.9	16	93	0	53	83	3	0	12	0.75
1243136--1243188	22	2.5	22	81	6	74	37	7	11	43	1.69
1244475--1244506	17	1.9	17	93	6	57	0	21	3	75	0.95
1251156--1251244	21	4.3	21	77	5	76	12	20	17	49	1.79
1264120--1264152	16	2.0	17	88	5	50	69	0	0	30	0.88
1264266--1264349	41	2.0	41	95	0	150	34	29	13	22	1.92
1265018--1265175	77	2.1	77	96	0	289	44	2	14	38	1.59
1273601--1273647	20	2.3	20	85	0	58	27	25	17	29	1.97
1292116--1292208	18	5.2	18	84	0	114	34	15	21	29	1.94
1292117--1292208	36	2.6	36	85	0	130	34	15	20	29	1.93
1295182--1295221	20	2.0	20	95	4	73	20	7	0	72	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1302147--1302207	30	2.0	30	96	0	113	49	11	19	19	1.78
1316115--1316157	18	2.4	18	85	11	54	62	0	0	37	0.95
1316121--1316158	15	2.4	17	82	8	53	63	0	0	36	0.95
1317535--1317590	22	2.5	23	77	16	64	58	0	0	41	0.98
1317737--1317765	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
1322323--1322382	31	1.9	31	86	6	86	31	8	13	46	1.72
1324203--1324256	16	3.4	16	81	0	72	37	3	29	29	1.75
1324428--1324580	58	2.5	60	77	12	150	51	4	1	42	1.30
1324496--1324535	21	2.0	20	90	5	62	55	2	0	42	1.13
1324559--1324604	22	2.1	21	88	11	67	65	2	0	32	1.05
1324707--1324741	13	2.8	12	91	8	61	60	0	8	31	1.27
1325506--1325532	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
1328560--1328596	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
1330757--1331030	46	6.0	46	89	0	352	39	15	24	20	1.91
1330757--1331030	92	3.0	92	89	0	404	39	15	24	20	1.91
1332268--1332292	9	2.8	9	100	0	50	40	36	0	24	1.55
1333878--1333914	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
1336073--1336392	46	7.0	46	90	0	426	38	15	24	21	1.92
1337121--1337171	25	2.0	25	96	0	93	29	13	25	31	1.94
1337908--1337976	31	2.2	30	82	10	77	46	10	5	37	1.62
1341976--1342016	18	2.3	18	91	0	64	29	19	31	19	1.96
1341984--1342025	18	2.3	18	91	0	66	28	14	33	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1349960--1349991	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
1349984--1350196	61	3.4	63	69	17	194	41	2	6	49	1.41
1349946--1350238	120	2.4	120	92	2	482	42	2	5	50	1.36
1350067--1350101	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
1350187--1350221	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1350175--1350449	147	1.9	149	93	1	482	46	2	3	47	1.33
1350530--1350624	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
1350605--1350656	16	3.2	16	88	0	77	34	34	0	30	1.58
1363787--1363814	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1365943--1365980	20	2.0	20	89	5	60	18	7	7	65	1.43
1369242--1369270	14	2.1	14	93	6	51	24	6	31	37	1.82
1369966--1370009	22	2.0	22	81	0	52	68	13	0	18	1.22
1382954--1383018	21	3.2	20	79	12	60	63	4	4	27	1.34
1384726--1384773	23	2.2	20	82	17	53	35	2	2	60	1.20
1384842--1384880	18	2.2	17	86	4	51	66	7	0	25	1.18
1385180--1385212	6	5.7	6	85	7	50	81	0	18	0	0.68
1396274--1396327	9	5.8	10	78	12	53	38	0	1	59	1.08
1396282--1396337	8	6.6	8	76	15	51	37	0	1	60	1.07
1396257--1396340	36	2.3	37	76	11	93	36	1	2	59	1.18
1396274--1396381	53	2.0	53	82	7	130	34	1	0	62	1.12
1396464--1396639	88	2.0	89	80	7	198	35	7	17	39	1.79
1425602--1425652	20	2.5	21	81	6	61	31	1	5	60	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1435777--1435826	18	2.7	18	84	3	64	46	0	2	52	1.12
1435790--1435832	22	2.0	22	90	0	68	51	0	0	48	1.00
1439846--1439887	22	1.9	22	85	0	57	54	23	7	14	1.64
1441958--1441987	12	2.4	12	94	5	51	26	6	3	63	1.35
1445823--1445865	19	2.3	19	80	19	54	23	11	0	65	1.25
1451861--1451913	25	2.1	25	100	0	106	35	7	26	30	1.84
1452565--1452590	13	2.0	13	100	0	52	30	15	30	23	1.95
1452825--1452872	21	2.3	21	89	3	71	43	8	6	41	1.60
1452836--1452880	21	2.1	21	84	8	56	46	13	4	35	1.63
1453001--1453041	21	2.0	21	85	0	55	58	4	4	31	1.40
1468833--1468870	19	2.0	19	94	0	67	26	13	10	50	1.73
1475590--1475658	16	4.2	16	88	3	111	26	1	36	36	1.66
1475590--1475658	33	2.1	32	91	2	111	26	1	36	36	1.66
1475639--1475729	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
1475894--1475928	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1475953--1476237	38	7.2	38	64	20	118	48	5	3	42	1.44
1475877--1476620	120	6.2	120	98	0	1353	48	5	2	43	1.40
1475936--1476599	59	11.1	57	65	14	291	47	6	2	43	1.42
1479639--1479714	33	2.3	33	97	0	143	35	5	15	43	1.70
1479749--1479830	37	2.2	37	88	0	119	34	9	15	40	1.81
1488054--1488141	31	3.0	29	70	14	72	46	5	2	45	1.39
1491901--1491996	44	2.2	45	94	1	167	41	2	9	46	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1498538--1498650	56	2.0	58	83	10	144	61	2	3	32	1.27
1498597--1498710	44	2.6	43	79	6	129	60	1	6	31	1.31
1499277--1499305	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
1516328--1516354	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
1522625--1522670	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
1540317--1540359	23	1.9	22	85	4	59	72	2	20	4	1.14
1543512--1543539	5	5.6	5	100	0	56	57	21	0	21	1.41
1547926--1547951	11	2.4	11	100	0	52	92	7	0	0	0.39
1553676--1553734	31	1.9	31	96	0	109	35	15	11	37	1.84
1556704--1556739	6	6.0	6	93	0	54	22	44	33	0	1.53
1560798--1560894	47	2.1	47	100	0	194	30	12	22	34	1.91
1561174--1561222	17	2.9	17	73	11	55	65	2	0	32	1.04
1561174--1561239	34	1.9	34	84	6	89	62	4	0	33	1.16
1563556--1563597	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
1563560--1563596	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
1564136--1564174	14	2.8	14	84	0	51	41	15	2	41	1.61
1567883--1567919	15	2.3	15	90	9	56	62	0	0	37	0.96
1569758--1569793	18	2.0	18	94	0	63	25	52	0	22	1.47
1570171--1570209	11	3.4	11	89	7	51	33	0	0	66	0.92
1570527--1570576	13	4.1	12	78	14	57	30	4	0	66	1.10
1570676--1570919	126	1.9	126	96	0	452	29	17	15	37	1.91
1572716--1572756	21	1.9	22	95	5	75	41	0	2	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1572713--1572766	18	2.7	20	86	13	76	42	0	1	55	1.10
1578600--1578659	20	3.3	20	65	26	60	38	8	16	36	1.79
1578598--1578669	34	2.1	34	97	0	135	38	9	15	36	1.80
1581202--1581235	17	2.1	17	94	5	61	67	2	0	29	1.05
1588366--1588424	24	2.5	24	78	10	75	30	22	27	20	1.98
1588504--1588597	24	3.9	24	90	0	134	27	19	38	14	1.91
1588504--1588608	48	2.2	48	87	0	147	29	20	37	13	1.90
1588504--1588608	24	4.4	24	86	2	131	29	20	37	13	1.90
1588675--1588739	24	2.7	24	95	0	112	30	29	26	13	1.94
1588675--1588763	24	3.7	24	87	0	106	30	25	29	14	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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