genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7615380--7615688	139	2.2	138	82	5	363	23	29	19	27	1.98
7616026--7616082	30	1.9	30	85	0	78	31	22	10	35	1.88
7628040--7628082	21	2.0	21	81	9	50	51	0	6	41	1.29
7628606--7628726	60	2.0	61	96	1	226	40	9	22	27	1.85
7634831--7634894	33	1.9	33	84	6	85	39	21	0	39	1.54
7635672--7635717	3	15.7	3	86	4	67	71	0	0	28	0.86
7635921--7635954	3	11.3	3	93	0	59	70	0	0	29	0.87
7640174--7640348	46	3.8	46	78	13	205	29	29	20	20	1.98
7640182--7640352	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	20	1.98
7645274--7645298	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
7645344--7645432	38	2.3	38	92	0	151	16	50	11	21	1.76
7645976--7646069	3	31.3	3	68	23	56	28	3	2	65	1.19
7645977--7646073	33	3.1	30	71	21	74	29	3	2	64	1.20
7646274--7646338	18	3.4	19	81	10	71	33	0	6	60	1.22
7647288--7647339	18	2.8	19	82	11	63	59	7	0	32	1.26
7647553--7647632	24	3.3	24	74	20	76	65	0	5	30	1.14
7647562--7647640	9	8.6	9	71	15	54	68	0	5	26	1.10
7648180--7648239	13	4.7	13	68	4	50	20	15	50	15	1.79
7648172--7648260	38	2.3	38	98	0	169	19	11	51	17	1.75
7648760--7648879	42	2.8	44	77	7	138	20	22	22	35	1.96
7648764--7648903	42	3.3	42	71	7	113	20	21	22	36	1.95
7659170--7659399	90	2.6	86	80	7	205	40	13	7	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7659232--7659400	85	2.0	88	84	8	231	39	14	8	37	1.77
7659499--7659567	27	2.6	26	79	6	84	71	0	1	27	0.95
7659747--7659803	19	2.9	19	89	2	78	26	7	0	66	1.17
7659808--7659890	19	4.5	18	74	14	53	33	3	1	61	1.21
7659807--7659891	9	9.2	9	67	19	50	32	3	1	62	1.20
7659752--7659891	10	14.3	10	69	18	64	29	5	1	64	1.23
7659918--7659973	8	6.6	8	76	23	53	28	0	0	71	0.86
7659909--7659962	28	1.9	28	92	7	92	35	0	1	62	1.06
7669621--7669658	18	2.1	18	100	0	76	23	10	10	55	1.65
7672363--7672393	11	2.8	11	95	0	53	35	12	9	41	1.76
7673780--7673817	19	2.0	19	85	10	51	2	0	28	68	1.03
7674991--7675049	28	2.1	28	100	0	118	20	10	13	55	1.66
7679192--7679229	19	1.9	19	89	5	58	76	5	0	18	0.97
7691768--7691993	87	2.6	84	81	6	213	40	13	7	38	1.74
7691799--7691994	84	2.3	87	81	9	242	41	14	7	36	1.73
7692095--7692142	23	2.1	23	84	7	62	66	0	0	33	0.92
7692333--7692371	15	2.5	16	87	4	53	30	5	0	64	1.15
7692394--7692454	18	3.5	17	80	6	61	39	3	1	55	1.26
7692482--7692535	28	2.0	28	85	7	76	37	0	3	59	1.15
7702287--7702324	18	2.1	18	100	0	76	23	10	10	55	1.65
7704998--7705028	11	2.8	11	95	0	53	35	12	9	41	1.76
7706413--7706449	19	2.0	18	89	5	56	2	0	29	67	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7707634--7707692	28	2.1	28	100	0	118	20	10	13	55	1.66
7711532--7711562	14	2.1	15	94	5	55	64	3	0	32	1.09
7717518--7717556	19	2.1	19	100	0	78	33	25	15	25	1.95
7718335--7718373	19	2.1	19	95	0	69	56	23	5	15	1.59
7727609--7727646	17	2.2	17	86	9	51	36	2	0	60	1.11
7727882--7727938	20	2.8	19	86	10	69	31	0	1	66	1.02
7740420--7740544	47	2.6	48	83	5	148	29	23	16	31	1.96
7741907--7742082	46	3.8	46	76	12	189	21	20	28	29	1.98
7741904--7742075	93	1.8	93	92	0	290	22	20	28	28	1.99
7749418--7749546	46	2.8	46	93	0	213	19	20	29	30	1.97
7752898--7752958	21	2.8	22	87	9	90	34	27	24	13	1.93
7752887--7752970	21	3.8	23	81	9	86	36	26	22	14	1.92
7753345--7753395	15	3.5	15	86	5	70	52	13	0	33	1.41
7754644--7754680	5	7.2	5	96	3	65	56	0	0	43	0.99
7754703--7754731	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
7756546--7756582	18	2.1	17	90	5	56	48	0	0	51	1.00
7765197--7765258	31	2.1	29	84	6	79	43	8	8	40	1.64
7765259--7765293	15	2.3	15	95	0	61	20	22	8	48	1.76
7781353--7781390	20	1.9	20	89	10	60	65	0	10	23	1.23
7791591--7791705	44	2.6	44	83	2	140	34	13	23	27	1.93
7791591--7791724	46	3.0	45	80	4	135	34	14	24	26	1.94
7793197--7793282	42	2.0	42	90	0	136	26	11	27	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7796772--7797182	205	2.0	205	99	0	813	36	23	13	27	1.92
7799758--7799822	20	3.2	21	72	12	73	13	26	20	40	1.89
7799740--7799824	39	2.2	39	95	0	152	14	27	22	36	1.92
7799740--7799840	39	2.6	39	91	0	139	13	26	22	36	1.92
7800682--7800955	46	5.9	47	89	3	369	20	25	15	38	1.92
7803097--7803148	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
7813840--7813875	5	7.2	5	96	0	54	33	41	19	5	1.75
7820245--7820295	19	2.6	19	82	17	61	31	5	17	45	1.72
7820248--7820289	20	2.0	20	86	13	59	33	4	19	42	1.72
7822264--7822302	19	2.1	19	85	4	53	41	0	5	53	1.23
7825356--7825435	40	2.0	39	80	7	90	35	12	18	33	1.89
7829246--7829285	18	2.2	18	86	0	53	50	2	7	40	1.44
7830282--7830315	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
7830600--7830627	6	4.7	6	100	0	56	0	64	0	35	0.94
7830684--7830737	25	2.1	26	93	3	92	3	37	3	55	1.35
7833903--7834008	55	1.9	55	90	0	167	37	15	16	30	1.90
7838821--7838845	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
7847993--7848027	14	2.5	14	90	0	52	54	0	0	45	0.99
7860146--7860170	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7871375--7871433	30	1.9	31	86	3	84	47	6	3	42	1.46
7872361--7872411	18	2.7	18	74	14	50	52	0	1	45	1.12
7878152--7878361	105	2.0	105	89	0	321	31	13	20	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7878175--7878393	105	2.1	105	81	5	246	36	13	18	31	1.90
7880759--7880866	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
7883103--7883791	346	2.0	346	94	0	1218	25	21	22	30	1.98
7887705--7887745	22	1.9	21	85	5	55	68	9	19	2	1.29
7889815--7889853	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
7890079--7890176	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
7890081--7890169	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
7893866--7894087	111	2.0	111	100	0	444	32	6	23	37	1.80
7897427--7897467	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7901708--7901759	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7903676--7903727	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7910334--7910377	15	2.8	16	79	10	54	63	2	0	34	1.07
7911235--7911319	42	2.0	42	90	4	136	29	38	3	28	1.73
7918333--7918357	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
7920991--7921055	30	2.2	30	82	0	76	53	9	1	35	1.42
7926092--7926266	46	3.8	46	73	13	153	30	30	18	19	1.96
7928034--7928175	53	2.7	53	88	2	196	26	17	26	29	1.98
7934894--7934929	16	2.1	18	90	10	58	77	2	0	19	0.88
7936380--7936464	42	2.0	42	88	0	125	28	38	5	27	1.80
7936470--7936727	126	2.0	126	89	2	394	27	25	17	28	1.98
7951944--7951989	17	2.7	18	80	12	53	32	0	2	65	1.05
7954113--7954149	7	5.1	7	90	3	56	43	18	0	37	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7956836--7957156	164	2.0	163	93	0	552	44	15	10	29	1.80
7959212--7959244	4	8.5	4	86	6	50	3	24	0	72	0.98
7959667--7959712	15	3.1	15	76	17	60	54	8	8	28	1.61
7960794--7960836	9	4.8	9	88	11	70	9	11	0	79	0.95
7960793--7960837	10	4.8	10	83	10	60	8	11	0	80	0.92
7960794--7960836	17	2.4	17	92	7	68	9	11	0	79	0.95
7960795--7960835	8	4.8	8	91	8	55	9	12	0	78	0.98
7960792--7960837	19	2.4	18	82	10	65	8	10	0	80	0.91
7960853--7960926	36	2.0	36	85	12	98	21	5	4	68	1.26
7960880--7960927	18	2.7	17	75	9	51	27	4	2	66	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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