genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37311478--37311511	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
37312340--37312400	29	2.1	29	100	0	122	37	24	9	27	1.87
37320632--37320856	40	5.7	40	85	4	267	35	17	29	17	1.93
37320651--37320856	78	2.6	79	85	1	279	35	18	28	16	1.93
37320632--37320853	118	1.9	119	85	1	311	35	18	28	17	1.93
37321001--37321035	18	1.9	18	88	0	52	8	34	5	51	1.56
37331963--37332010	20	2.4	20	96	0	87	39	10	16	33	1.83
37332058--37332129	26	2.8	26	87	2	101	26	25	20	27	1.99
37332349--37332432	31	2.7	31	94	1	143	34	17	23	23	1.96
37340035--37340082	20	2.4	20	100	0	96	37	10	18	33	1.85
37340046--37340082	11	3.5	11	78	14	51	37	10	18	32	1.86
37340130--37340201	26	2.8	26	93	2	119	27	25	20	26	1.99
37340140--37340214	26	2.9	26	90	5	93	28	24	20	28	1.99
37340421--37340499	31	2.5	31	87	0	113	32	18	24	24	1.97
37344577--37344707	49	2.7	49	82	7	167	23	27	18	30	1.98
37344725--37344882	46	3.4	47	81	5	178	23	28	19	28	1.98
37354480--37355099	312	2.0	312	97	0	1159	38	14	20	26	1.91
37356710--37356787	41	1.9	41	84	5	104	26	23	37	12	1.91
37358831--37358863	18	1.9	17	88	11	50	18	27	39	15	1.90
37363425--37363574	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
37363397--37363574	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
37363398--37363553	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37376948--37377048	41	2.4	41	93	1	175	23	23	24	27	2.00
37384015--37384078	26	2.6	25	75	7	58	23	21	23	31	1.99
37388021--37388076	28	2.0	28	100	0	112	35	21	21	21	1.96
37388788--37388834	24	2.0	24	95	0	85	42	17	0	40	1.49
37389249--37389328	29	2.8	29	88	0	115	36	18	0	45	1.50
37389314--37389358	23	2.0	21	87	8	63	51	15	0	33	1.44
37389410--37389442	14	2.2	16	89	10	52	24	24	3	48	1.65
37390129--37390183	5	11.0	5	92	0	92	58	3	0	38	1.16
37418899--37418977	25	3.3	25	66	10	74	37	27	5	29	1.78
37418880--37418974	47	2.0	47	97	0	181	37	26	6	29	1.81
37420567--37420636	29	2.4	30	80	9	90	14	30	12	42	1.83
37422414--37422524	48	2.3	48	81	3	125	28	19	21	29	1.98
37428617--37428686	31	2.3	31	97	0	131	15	32	34	17	1.91
37429817--37430038	48	4.7	48	70	15	147	28	23	20	27	1.99
37429948--37430089	48	3.0	47	75	6	142	31	21	18	28	1.97
37432264--37432428	27	6.1	27	84	1	206	24	12	20	42	1.87
37432758--37432808	18	2.8	18	78	0	57	25	17	9	47	1.78
37455098--37455156	28	2.1	28	100	0	118	32	6	22	38	1.80
37457620--37457694	34	2.2	34	81	11	109	28	22	21	28	1.99
37461236--37461260	12	2.1	12	100	0	50	40	8	36	16	1.77
37463097--37463183	25	3.5	25	73	7	70	26	21	18	33	1.96
37465830--37465885	27	2.1	26	83	3	67	30	19	16	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37466318--37466370	27	2.0	27	96	0	97	16	30	22	30	1.96
37466327--37466388	27	2.3	27	83	5	72	20	27	24	27	1.99
37468869--37469020	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
37468869--37469020	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
37473222--37473597	201	1.9	201	93	0	644	23	20	22	32	1.98
37483690--37483911	46	4.8	47	74	12	156	27	19	27	24	1.99
37485016--37485055	21	2.0	20	85	14	55	15	35	25	25	1.94
37489114--37489290	40	4.4	40	82	4	225	23	21	28	27	1.99
37495806--37495844	14	2.6	14	84	15	51	76	0	15	7	0.99
37497564--37497694	40	3.3	40	83	6	187	22	20	26	29	1.99
37497531--37497727	78	2.5	80	90	4	305	24	20	26	27	1.99
37497531--37497745	40	5.6	39	74	14	178	25	20	28	26	1.99
37507987--37508057	21	3.2	21	70	18	72	38	26	14	21	1.91
37507969--37508057	45	2.0	45	97	0	169	38	26	13	21	1.91
37507969--37508037	24	3.0	24	66	20	65	37	27	13	21	1.90
37520977--37521148	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	21	1.99
37520969--37521144	46	3.8	46	79	10	205	28	28	21	21	1.98
37521020--37521163	46	3.1	46	71	18	127	30	27	19	22	1.98
37527829--37527879	25	2.0	25	100	0	102	49	7	19	23	1.74
37534782--37534849	33	2.1	33	97	0	127	23	8	10	57	1.60
37540541--37540566	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
37543508--37543578	21	3.4	21	92	0	124	14	28	36	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37544118--37544158	21	2.0	21	100	0	82	29	19	9	41	1.83
37546031--37546338	46	6.6	46	76	14	201	23	29	17	29	1.97
37546678--37546757	30	2.6	30	94	2	142	30	28	8	32	1.87
37548584--37548656	36	2.0	36	86	0	101	35	20	10	32	1.88
37565358--37565590	40	5.8	40	79	5	236	34	15	27	22	1.94
37565352--37565603	80	3.2	80	78	5	276	34	15	27	21	1.94
37565353--37565603	120	2.1	118	83	4	331	35	15	27	21	1.94
37568142--37568314	43	4.0	44	76	8	158	28	15	24	32	1.95
37573162--37573322	24	6.6	24	69	13	96	24	12	30	32	1.92
37573162--37573322	48	3.3	49	74	10	159	24	12	30	32	1.92
37579710--37579840	24	5.3	24	72	8	120	23	13	30	32	1.93
37588574--37588614	21	2.0	21	95	0	73	31	26	0	41	1.56
37593159--37593380	50	4.6	50	79	9	212	24	30	17	27	1.97
37593199--37593380	98	1.9	94	86	4	256	22	30	18	28	1.97
37593159--37593380	48	4.6	47	79	10	211	24	30	17	27	1.97
37597020--37597351	50	6.8	49	82	4	325	27	18	28	25	1.98
37606241--37606266	11	2.4	11	100	0	52	61	23	15	0	1.33
37607233--37607259	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
37613114--37613170	29	2.0	29	100	0	114	31	10	31	26	1.90
37613449--37613553	28	3.8	28	89	0	147	35	20	25	19	1.95
37614673--37614735	25	2.5	25	80	10	67	65	0	30	4	1.13
37616458--37616570	37	3.1	37	96	0	199	27	30	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37616716--37616852	46	3.0	46	89	0	202	25	31	8	34	1.86
37616826--37616976	47	3.2	47	90	0	230	24	29	13	32	1.93
37619495--37620034	47	11.1	47	86	6	675	31	12	29	26	1.92
37619569--37619644	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
37619517--37620034	151	3.5	150	91	4	817	31	12	29	26	1.92
37619517--37620034	100	5.3	97	87	6	642	31	12	29	26	1.92
37619844--37619918	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
37620008--37620098	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
37619495--37620083	151	4.0	140	88	5	583	31	11	29	26	1.92
37620245--37620426	37	4.9	37	96	0	328	25	19	30	24	1.98
37621241--37621431	47	4.0	47	87	5	292	26	30	13	30	1.93
37623985--37624016	16	2.0	16	100	0	64	31	25	12	31	1.92
37625308--37625938	40	15.8	40	94	0	1010	25	25	22	26	2.00
37627205--37627317	37	3.1	37	94	0	199	27	30	19	23	1.98
37627461--37627597	46	3.0	46	89	0	202	25	30	8	35	1.86
37627571--37628004	47	9.1	47	90	4	652	26	29	12	31	1.92
37627571--37628004	98	4.5	97	90	4	652	26	29	12	31	1.92
37627571--37628004	145	3.0	142	90	4	683	26	29	12	31	1.92
37627930--37628005	23	3.3	23	63	23	59	28	31	10	28	1.90
37630644--37630673	3	9.7	3	92	7	51	70	0	0	30	0.88
37630643--37630670	13	2.2	13	100	0	56	71	0	0	28	0.86
37632682--37632769	28	3.2	28	82	3	108	36	20	25	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37634874--37634907	16	2.1	16	94	0	59	70	2	0	26	1.01
37636767--37636950	79	2.3	81	81	11	213	24	27	22	25	2.00
37636767--37636950	40	4.6	41	82	12	190	24	27	22	25	2.00
37641205--37641229	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
37646095--37646267	43	4.0	43	78	5	172	27	15	24	32	1.95
37655309--37655379	26	2.6	26	84	6	70	43	2	21	32	1.67
37655335--37655379	13	3.5	13	78	0	54	44	2	22	31	1.65
37655324--37655379	26	2.1	27	90	3	87	46	1	21	30	1.62
37670864--37670926	13	4.6	14	72	16	53	74	3	15	6	1.15
37676565--37676747	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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