genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23807674--23807724	18	2.9	17	77	8	57	47	7	9	35	1.66
23808209--23808265	26	2.2	26	93	0	96	7	29	42	21	1.79
23808372--23808415	19	2.3	19	84	4	52	4	13	11	70	1.31
23808381--23808429	22	2.3	20	86	10	71	2	8	12	77	1.07
23808584--23808622	14	2.8	14	80	0	51	0	7	15	76	0.99
23808977--23809093	30	3.9	29	77	11	94	44	3	22	29	1.69
23808992--23809093	30	3.4	30	84	2	134	44	3	22	29	1.71
23809089--23809117	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
23809090--23809129	20	2.0	20	90	5	62	22	0	2	75	0.93
23811191--23811512	87	3.7	86	70	14	255	32	17	19	29	1.95
23811087--23811464	176	2.1	177	89	0	569	34	18	19	27	1.95
23811390--23811553	87	1.9	84	84	8	215	31	15	23	29	1.95
23812875--23813147	46	5.9	46	93	0	438	21	24	15	38	1.92
23816858--23816941	12	7.2	12	73	20	72	34	1	0	64	1.02
23816862--23816931	19	3.8	19	74	12	65	34	1	0	64	1.03
23820349--23820413	27	2.5	26	75	5	67	49	23	3	24	1.64
23826334--23826372	18	2.1	18	85	4	51	30	15	0	53	1.42
23833704--23833751	20	2.4	19	80	16	53	33	0	6	60	1.22
23837968--23838001	18	1.9	17	88	5	50	58	5	0	35	1.22
23839661--23839698	20	1.9	20	88	0	58	36	0	2	60	1.11
23839833--23839872	18	2.2	19	90	4	64	32	5	0	62	1.17
23840884--23840939	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23842119--23842148	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
23842537--23842651	27	4.2	27	87	7	162	18	24	22	34	1.96
23842537--23842669	27	4.9	27	87	9	157	19	24	21	34	1.96
23844416--23844500	35	2.4	35	76	7	84	35	18	18	27	1.95
23846461--23846511	26	2.0	26	100	0	102	23	11	0	64	1.26
23847959--23848009	25	2.0	26	96	3	95	58	1	0	39	1.09
23848241--23848273	15	2.2	15	94	0	57	84	0	15	0	0.61
23848369--23848436	33	2.0	34	91	2	111	33	19	22	25	1.97
23849998--23850146	63	2.4	63	82	2	183	25	28	19	26	1.99
23856064--23856139	30	2.5	30	82	4	91	38	0	2	59	1.12
23865229--23865304	30	2.5	30	82	4	91	38	0	2	59	1.12
23868762--23868805	10	4.5	10	80	13	56	29	2	0	68	1.02
23868744--23868803	9	6.8	9	78	12	54	33	3	0	63	1.11
23868815--23868865	19	2.7	18	82	14	50	35	0	5	58	1.22
23869116--23869207	48	1.9	48	84	4	123	31	17	15	35	1.91
23871736--23871831	48	2.0	48	87	0	138	39	16	31	12	1.86
23878140--23878206	21	3.2	21	78	4	73	20	8	38	31	1.84
23878190--23878308	42	2.8	42	83	2	114	25	10	42	21	1.85
23878220--23878413	21	9.2	21	80	4	106	24	9	43	22	1.82
23878190--23878350	84	1.9	84	80	2	189	24	9	43	21	1.83
23878217--23878416	63	3.2	62	76	1	166	24	9	44	23	1.82
23878210--23878416	42	4.9	42	81	3	184	24	8	43	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23878340--23878443	21	5.0	22	81	6	110	20	9	46	24	1.80
23878325--23878437	42	2.7	41	80	5	111	21	8	45	24	1.80
23878322--23878442	63	1.9	63	83	8	158	20	9	45	24	1.80
23878454--23878533	21	3.8	21	89	0	106	25	10	37	27	1.88
23878577--23878737	21	7.7	21	80	1	128	26	15	37	20	1.92
23878598--23878742	42	3.5	42	83	3	168	26	14	39	19	1.90
23883612--23883647	14	2.6	14	95	0	63	61	19	2	16	1.47
23884944--23884976	15	2.1	16	88	11	50	63	0	27	9	1.24
23890942--23891016	35	2.1	35	82	0	87	36	21	16	26	1.94
23890951--23891017	35	1.9	35	87	0	98	34	23	13	28	1.93
23894420--23894477	21	2.8	21	100	0	116	24	36	25	13	1.92
23894633--23894676	21	2.0	22	82	8	54	31	9	6	52	1.59
23908427--23908465	20	2.0	20	89	0	60	35	2	17	43	1.63
23908528--23908576	19	2.5	20	90	6	75	44	12	10	32	1.75
23909559--23909655	22	4.4	22	69	10	72	22	27	14	35	1.93
23912324--23912381	30	1.9	30	93	6	100	24	34	25	15	1.95
23918804--23918929	39	3.2	39	93	0	216	27	28	22	21	1.99
23924281--23924455	48	3.7	47	80	6	208	20	29	21	28	1.98
23924282--23924457	96	1.8	96	91	0	289	20	28	22	28	1.98
23932306--23932373	35	1.9	35	85	5	93	29	8	29	32	1.87
23932318--23932448	35	3.6	35	75	11	111	32	11	23	32	1.90
23934183--23934452	48	5.6	47	75	5	218	23	26	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23934183--23934452	96	2.8	96	82	2	317	23	26	18	31	1.97
23947367--23947422	17	3.5	17	72	22	57	46	3	0	50	1.19
23948450--23948488	20	2.0	20	89	0	60	74	12	2	10	1.17
23963126--23963162	9	4.2	9	80	19	51	59	0	0	40	0.97
23966284--23966329	20	2.3	19	85	7	56	0	26	2	71	0.97
23966294--23966323	15	1.9	16	93	6	53	0	23	0	76	0.78
23966355--23966396	14	2.9	14	80	20	50	9	11	2	76	1.12
23967983--23968042	29	2.0	31	87	9	88	26	13	6	53	1.64
23972509--23972547	6	6.5	6	96	0	69	0	35	0	64	0.94
23978332--23978364	18	1.9	18	88	11	52	30	27	6	36	1.81
23990189--23990267	30	2.6	31	74	6	81	45	5	10	39	1.60
23997726--23997763	19	2.0	19	85	10	51	42	0	2	55	1.14
23999022--23999078	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
24008014--24008095	27	3.0	27	73	7	85	53	3	2	40	1.32
24009593--24009694	46	2.2	47	84	6	129	33	2	1	61	1.22
24016735--24016768	8	4.2	8	100	0	68	61	0	0	38	0.96
24017554--24017813	50	5.2	50	81	5	292	30	11	18	39	1.87
24021562--24021656	48	1.9	50	83	8	124	61	4	4	30	1.34
24028115--24028225	55	2.0	54	96	1	204	48	6	6	38	1.54
24028787--24028909	42	2.9	43	80	8	153	54	2	4	39	1.33
24033686--24033752	16	4.2	16	84	7	84	13	5	0	80	0.88
24033680--24033751	26	2.6	27	83	16	87	11	6	0	81	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24033830--24033934	42	2.5	42	90	0	156	28	36	12	22	1.91
24038387--24038504	41	2.9	40	71	9	96	22	19	27	31	1.98
24041182--24041350	33	5.1	33	83	2	196	30	21	12	35	1.91
24041188--24041351	65	2.5	66	80	2	204	31	21	12	34	1.91
24041344--24041558	29	7.4	29	89	0	322	25	27	11	35	1.91
24049876--24049906	10	3.1	10	95	0	53	41	12	6	38	1.69
24051690--24051755	33	2.0	33	87	0	96	30	21	12	36	1.90
24051702--24051857	84	1.8	85	91	1	260	33	21	10	33	1.88
24051777--24051947	33	5.2	33	80	2	184	32	21	11	35	1.88
24051940--24052096	29	5.4	29	92	0	260	24	28	12	35	1.92
24054967--24055172	40	5.2	40	92	0	333	23	21	26	27	1.99
24056907--24057269	179	2.0	179	96	0	663	20	14	18	47	1.82
24063455--24063506	21	2.5	20	84	6	68	32	30	5	30	1.81
24063467--24063509	21	2.0	21	95	0	77	30	34	9	25	1.87
24064055--24064151	27	3.4	27	73	17	81	32	1	4	61	1.21
24064055--24064153	30	3.4	27	74	9	90	32	1	4	62	1.20
24064287--24064360	35	2.1	35	87	5	105	41	5	4	48	1.45
24066805--24066834	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
24069481--24070662	589	2.0	589	96	0	2184	30	19	18	31	1.96
24079677--24079701	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
24082125--24082281	57	2.8	57	83	1	190	32	23	15	28	1.95
24086310--24086353	21	2.1	21	95	0	79	27	15	56	0	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24094992--24095455	131	3.6	129	78	7	417	35	18	18	28	1.94
24097845--24097870	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
24104246--24104639	131	3.0	129	83	5	477	27	18	17	36	1.93
24114080--24114138	31	1.9	30	83	10	75	35	11	13	38	1.82
24114294--24114331	19	2.0	19	100	0	76	42	21	5	31	1.75
24116817--24116923	52	2.0	53	89	1	162	13	21	5	59	1.54
24126938--24127031	31	3.0	31	77	0	98	47	4	4	43	1.42
24127710--24127771	21	3.0	20	76	9	54	33	4	0	61	1.17
24127854--24128017	83	2.0	84	86	3	233	43	4	8	43	1.56
24129288--24129330	21	2.0	21	86	0	59	34	27	11	25	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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