genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.300.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97803783--97803853	14	4.8	14	68	13	52	30	1	23	43	1.63
97803903--97804008	7	15.1	7	75	3	88	20	0	40	38	1.53
97804281--97804325	14	3.2	14	87	0	72	22	0	28	48	1.50
97804286--97804334	14	3.5	14	78	10	55	20	0	36	42	1.52
97805899--97805963	25	2.6	25	95	2	112	1	44	18	35	1.59
97809859--97809929	21	3.5	21	79	11	85	46	21	2	29	1.65
97809843--97809931	39	2.3	39	84	0	115	43	22	2	31	1.65
97809830--97809933	9	10.9	9	71	11	73	45	20	1	32	1.62
97809843--97809933	21	4.7	20	76	11	82	43	21	2	31	1.65
97815518--97815558	21	2.0	21	90	0	64	29	19	51	0	1.47
97815803--97815885	31	2.6	31	82	3	94	15	2	19	62	1.43
97815963--97816216	43	5.9	43	91	1	391	24	32	18	25	1.97
97815963--97816224	87	3.0	86	88	2	389	24	32	17	25	1.97
97815965--97816206	130	1.9	130	94	0	430	24	31	19	24	1.98
97817493--97817556	13	4.9	13	70	0	56	37	6	20	35	1.78
97820784--97820900	57	2.1	57	93	0	198	38	24	12	23	1.90
97821311--97821394	35	2.3	36	82	8	91	64	7	2	26	1.32
97821684--97821758	21	3.5	22	75	12	68	28	0	2	69	1.02
97821702--97821757	22	2.6	21	86	8	76	25	0	3	71	1.02
97822749--97822789	11	3.5	11	84	15	55	46	0	0	53	1.00
97822748--97822787	13	3.2	13	86	13	57	47	0	0	52	1.00
97824085--97824179	47	2.0	47	95	0	172	33	17	13	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97827364--97827440	38	2.0	38	97	0	145	16	22	12	48	1.80
97834863--97834954	44	2.1	44	87	4	132	33	25	21	19	1.97
97835842--97835873	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
97838164--97838311	74	2.0	74	100	0	296	37	13	12	36	1.82
97839279--97839319	19	2.0	21	90	9	68	12	12	4	70	1.31
97844414--97844452	16	2.5	16	91	4	62	53	0	0	46	1.00
97848621--97848678	27	2.2	25	79	14	64	79	15	3	1	0.95
97856323--97856379	9	6.3	9	82	8	71	43	15	10	29	1.80
97856323--97856379	18	3.2	18	90	5	89	43	15	10	29	1.80
97856401--97856441	6	6.5	6	83	10	55	19	0	2	78	0.87
97856406--97856449	20	2.1	21	91	4	72	25	2	2	70	1.10
97857271--97857341	27	2.5	29	73	15	85	40	1	4	53	1.29
97858964--97859050	34	2.6	32	75	18	79	52	8	3	35	1.48
97861054--97861776	44	16.5	44	75	6	653	30	25	16	28	1.96
97881410--97881584	18	9.7	18	85	0	188	35	21	22	20	1.96
97887705--97887731	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
97887724--97887748	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
97893105--97893175	24	3.0	24	75	19	78	36	1	4	57	1.27
97893108--97893144	14	2.5	15	83	16	51	40	0	0	59	0.97
97895506--97895730	30	7.5	30	73	9	118	39	12	24	24	1.89
97895454--97895728	150	1.8	149	85	2	390	37	12	24	25	1.90
97895655--97895730	29	2.5	30	85	6	118	40	7	27	23	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97895716--97895790	30	2.5	30	89	2	107	38	12	24	25	1.89
97898849--97898874	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
97899031--97899084	4	13.8	4	80	3	56	68	1	5	24	1.21
97901728--97901907	40	4.5	40	78	10	190	26	27	21	25	1.99
97901730--97901912	79	2.3	81	83	7	223	25	26	22	25	2.00
97910710--97910804	47	2.0	47	91	0	154	29	15	28	26	1.96
97915138--97915185	18	2.7	18	86	0	60	27	20	29	22	1.99
97921265--97921316	23	2.3	23	89	0	77	36	0	13	50	1.42
97921274--97921328	13	4.5	13	75	13	62	38	0	12	49	1.41
97921274--97921351	36	2.2	36	90	0	120	38	0	11	50	1.39
97921681--97921743	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
97924763--97924801	11	3.5	11	89	0	60	30	2	0	66	1.05
97927866--97928185	46	7.0	46	85	2	374	42	12	24	21	1.86
97927866--97928170	138	2.2	138	88	2	443	43	11	24	20	1.85
97929916--97930091	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
97929913--97930084	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
97931790--97931847	21	2.8	21	97	0	107	20	36	29	13	1.91
97933720--97933768	23	2.1	23	81	7	55	73	10	0	16	1.09
97936026--97936203	35	4.8	35	67	13	106	30	23	23	22	1.99
97936026--97936206	75	2.4	74	85	6	249	30	23	23	22	1.99
97936322--97936392	37	1.9	37	97	0	133	36	22	0	40	1.54
97936333--97936389	17	3.2	17	70	29	55	35	21	0	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97936821--97936897	37	2.1	37	95	0	136	38	14	14	32	1.86
97936895--97936922	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
97937979--97938027	11	4.2	12	82	17	59	0	24	0	75	0.80
97937979--97938027	25	2.1	24	88	11	75	0	24	0	75	0.80
97946939--97946974	17	2.1	17	90	10	56	80	11	2	5	0.98
97949672--97949859	76	2.5	75	81	7	213	42	3	8	45	1.52
97949812--97949918	55	1.9	56	81	5	128	42	6	11	40	1.67
97953646--97953697	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
97971781--97971860	39	2.1	39	97	0	151	32	20	15	32	1.93
97974490--97974555	30	2.3	29	87	10	91	51	1	0	46	1.10
97976570--97976603	16	2.1	16	88	0	50	44	8	5	41	1.60
97977595--97977623	15	1.9	15	100	0	58	37	0	0	62	0.96
97985749--97985810	27	2.3	27	97	0	115	33	6	17	41	1.75
97986848--97986945	19	5.2	19	82	7	110	39	9	15	35	1.79
97986855--97986945	36	2.4	37	83	7	112	39	9	14	36	1.79
97988657--97988737	32	2.5	32	86	4	92	34	3	20	40	1.71
97988678--97988739	32	1.9	32	96	0	115	32	3	25	38	1.72
97990225--97990276	26	2.0	26	81	7	61	38	21	15	25	1.92
97990288--97990327	21	1.9	21	85	10	55	17	10	17	55	1.69
97991872--97991901	12	2.5	12	94	0	51	10	23	50	16	1.75
97996733--97996797	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
97998272--97998324	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97999642--97999711	20	3.3	20	66	14	59	24	12	25	37	1.91
98000664--98000708	21	2.1	21	100	0	90	33	0	28	37	1.58
98001483--98001523	21	2.0	21	85	0	55	48	0	4	46	1.23
98001788--98001826	16	2.7	15	85	14	55	69	5	25	0	1.09
98006065--98006100	18	1.9	19	88	5	56	25	36	0	38	1.56
98006851--98006897	23	2.0	23	95	0	85	19	12	29	38	1.89
98026445--98026476	13	2.5	13	94	0	55	25	37	28	9	1.87
98032012--98032065	27	2.0	27	88	0	81	25	16	22	35	1.95
98036406--98036464	23	2.5	23	97	2	109	50	1	20	27	1.57
98040116--98040292	50	3.5	50	92	0	273	36	15	22	25	1.93
98040272--98040329	31	1.9	31	96	3	109	27	18	27	25	1.98
98040289--98040375	45	1.9	46	85	2	122	28	24	20	26	1.99
98045793--98045837	22	2.0	22	100	0	90	22	8	33	35	1.85
98065290--98065342	24	2.2	24	96	0	97	32	3	43	20	1.70
98066755--98066892	27	5.2	26	89	4	186	15	23	23	37	1.93
98096023--98096057	16	2.1	17	89	5	54	11	17	5	65	1.43
98098713--98098744	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
98099876--98099913	19	2.0	19	100	0	76	57	0	5	36	1.21
98100170--98100208	17	2.3	17	90	0	60	15	0	23	61	1.33
98100351--98100394	17	2.8	17	86	13	67	11	0	34	54	1.36
98100228--98100522	137	2.2	138	88	5	429	34	2	22	41	1.67
98100474--98100530	24	2.4	23	86	11	80	15	0	31	52	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98100489--98100544	22	2.4	24	82	11	64	14	0	35	50	1.43
98100512--98100555	17	2.8	16	90	10	65	11	0	36	52	1.38
98100598--98101050	126	3.6	126	88	2	660	36	15	17	29	1.92
98106808--98106852	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
98109402--98109450	22	2.3	22	79	10	57	46	8	16	28	1.75
98117993--98118039	17	2.9	17	87	6	62	25	4	2	68	1.19
98118053--98118087	7	5.1	7	89	3	54	28	0	0	71	0.86
98120032--98120319	3	95.7	3	69	17	134	27	6	3	63	1.35
98120149--98120269	23	5.3	23	76	6	95	28	4	3	63	1.29
98120147--98120266	49	2.5	49	82	9	131	28	4	3	64	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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