genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24841630--24842057	211	2.0	211	99	0	840	33	17	16	32	1.92
24844941--24845009	34	2.0	34	100	0	138	37	8	8	44	1.66
24849886--24849975	45	2.0	45	95	0	162	36	10	12	41	1.76
24850765--24850867	43	2.4	42	83	3	116	30	12	22	34	1.91
24867817--24868236	207	2.0	208	96	3	787	33	17	16	31	1.93
24871090--24871155	34	1.9	34	100	0	132	39	9	7	43	1.65
24876045--24876129	44	1.9	44	95	0	152	35	8	12	43	1.73
24876934--24877036	43	2.4	42	83	3	116	30	12	22	34	1.91
24883023--24883069	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
24888086--24888130	14	3.2	14	93	0	81	48	28	0	22	1.50
24888222--24888262	22	1.9	22	90	5	66	41	29	0	29	1.56
24888690--24888774	21	3.7	21	71	19	71	41	28	3	27	1.72
24888674--24888770	49	2.0	46	90	5	149	40	25	4	29	1.74
24888741--24888780	14	2.9	14	80	0	53	47	27	0	25	1.52
24888942--24889150	41	5.1	40	86	4	267	20	21	22	36	1.95
24888942--24889150	81	2.6	81	86	4	269	20	21	22	36	1.95
24890567--24890632	33	2.0	33	96	0	123	34	15	28	21	1.93
24902476--24902526	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
24902486--24902528	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
24902745--24902812	32	2.1	32	100	0	104	14	20	5	58	1.57
24908897--24910096	132	9.1	132	94	0	2042	31	17	23	27	1.97
24910587--24910701	36	3.1	36	92	5	185	39	10	15	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24910587--24910701	19	6.2	19	88	10	175	39	10	15	34	1.82
24910587--24910679	17	5.5	15	84	13	62	39	10	15	34	1.82
24913033--24913092	23	2.6	23	89	5	86	50	35	6	8	1.59
24914125--24914186	9	6.5	10	79	18	62	58	1	0	40	1.08
24914126--24914180	3	18.7	3	78	17	62	61	1	0	36	1.06
24914126--24914180	16	3.7	15	79	15	62	61	1	0	36	1.06
24914137--24914181	8	5.2	8	87	12	63	60	2	0	37	1.09
24915616--24915655	16	2.5	16	83	0	53	42	15	22	20	1.88
24915805--24915873	17	4.1	16	73	12	57	34	28	18	17	1.94
24919267--24919448	93	2.0	93	88	0	274	41	19	12	26	1.86
24920894--24920947	28	1.9	28	100	0	108	33	24	11	31	1.90
24921224--24921416	69	2.8	68	81	3	215	28	18	26	25	1.98
24921293--24921448	69	2.3	69	86	3	215	28	21	27	23	1.99
24921293--24921477	69	2.7	67	80	7	201	29	20	27	23	1.99
24923567--24923593	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
24931525--24931560	17	2.1	17	94	0	63	19	25	0	55	1.43
24934166--24934277	51	2.2	51	83	4	136	42	11	24	21	1.86
24934501--24934551	26	1.9	27	88	4	77	43	19	21	15	1.88
24936293--24936368	28	2.7	28	83	0	98	38	17	15	28	1.90
24938036--24938128	47	2.0	47	97	0	177	47	11	8	32	1.71
24943675--24943723	18	2.5	19	87	9	64	77	0	6	16	0.96
24943694--24943727	6	5.8	6	86	6	52	79	0	2	17	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24950228--24950427	100	2.0	100	96	0	364	33	23	17	26	1.96
24956678--24956722	17	2.5	19	85	10	67	26	15	15	42	1.87
24959059--24959083	10	2.5	10	100	0	50	24	0	8	68	1.16
24959894--24959975	23	3.6	23	81	1	103	21	25	18	34	1.96
24962102--24962146	18	2.4	19	85	3	56	44	4	2	48	1.35
24969622--24969676	28	2.0	28	100	0	110	40	9	18	32	1.82
24971603--24971648	14	3.2	14	87	3	65	34	8	17	39	1.80
24971795--24971819	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24972119--24972167	22	2.2	22	92	0	80	46	18	4	30	1.67
24973150--24973222	32	2.5	30	84	10	89	50	20	4	24	1.65
24975363--24975396	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
24981773--24981899	42	3.0	42	81	6	143	29	25	13	31	1.94
24981858--24981977	47	2.6	46	82	4	134	29	26	15	28	1.96
24982006--24982154	31	4.8	31	93	0	235	25	28	20	26	1.99
24982130--24982258	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94
24984824--24984880	21	2.7	21	81	10	62	28	19	21	31	1.97
24984946--24984992	21	2.2	21	88	0	67	36	25	12	25	1.92
24989262--24989437	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
24989259--24989429	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
24995368--24995541	40	4.3	40	82	1	197	34	24	17	23	1.96
24995370--24995541	80	2.2	80	86	2	229	34	25	17	23	1.96
24998863--24998904	20	2.0	20	82	13	50	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25000280--25000314	16	2.2	16	100	0	70	31	11	20	37	1.88
25000284--25000323	16	2.5	16	91	0	62	30	17	17	35	1.93
25001935--25001972	19	2.1	19	85	5	51	39	0	5	55	1.23
25002158--25002204	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
25003194--25003383	46	4.2	46	78	14	200	21	21	28	28	1.98
25010296--25010388	41	2.5	35	79	18	123	21	22	25	30	1.99
25010307--25010387	41	2.0	41	100	0	162	22	20	27	29	1.99
25010307--25010501	46	4.3	46	79	15	212	21	20	29	29	1.98
25012910--25013038	28	4.6	28	75	13	97	65	1	1	31	1.11
25012937--25013013	27	2.7	27	80	11	84	62	1	1	35	1.12
25012908--25013055	56	2.6	52	72	13	116	66	1	2	29	1.14
25015644--25015780	40	3.4	40	86	0	157	29	13	21	35	1.92
25015745--25015896	78	1.9	78	95	0	277	32	15	21	30	1.94
25026983--25027008	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
25042529--25042574	25	1.9	24	82	8	58	36	4	6	52	1.47
25044193--25044226	17	2.0	17	88	0	50	64	0	5	29	1.17
25044205--25044267	17	3.7	17	71	12	58	69	4	4	20	1.25
25046749--25046827	39	2.0	39	97	0	149	48	5	15	31	1.66
25046750--25046837	39	2.3	38	90	3	124	46	4	13	35	1.64
25047531--25047612	31	2.5	33	80	7	96	14	2	19	63	1.41
25047859--25047917	22	2.7	22	100	0	118	45	23	22	8	1.79
25051429--25051490	20	3.2	19	76	15	63	64	3	3	29	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25059256--25059808	87	6.4	87	83	3	634	20	22	22	35	1.96
25059298--25059800	43	11.6	43	64	6	235	20	21	21	35	1.96
25059256--25059799	174	3.1	173	86	3	734	20	22	21	35	1.96
25059879--25060002	64	1.9	64	93	0	212	37	14	17	30	1.90
25076586--25076643	29	2.0	29	93	0	98	31	6	18	43	1.77
25081418--25081534	60	2.0	60	81	3	137	29	29	17	22	1.97
25082986--25083079	48	2.0	48	95	0	170	35	8	9	46	1.67
25086421--25086558	26	5.3	26	76	5	127	21	13	24	39	1.90
25086430--25086574	52	2.8	52	78	4	141	22	12	25	39	1.89
25093596--25093660	22	3.0	21	77	6	67	58	15	20	6	1.58
25095450--25095555	42	2.5	42	83	7	119	16	26	18	37	1.93
25099620--25099686	30	2.2	30	91	0	107	17	34	26	20	1.96
25100875--25100988	43	2.7	42	82	6	140	32	28	17	21	1.96
25102884--25102916	17	1.9	17	100	0	66	36	12	12	39	1.80
25105349--25105396	24	2.0	24	100	0	96	41	0	25	33	1.55
25105930--25106040	42	2.7	41	76	9	107	17	23	18	41	1.90
25111453--25111491	20	2.0	20	100	0	78	48	0	20	30	1.50
25112078--25112118	13	3.1	13	86	13	57	29	2	7	60	1.36
25112906--25112952	23	2.0	23	88	8	69	42	6	0	51	1.27
25112979--25113023	24	1.9	23	86	4	63	44	4	2	48	1.35
25114852--25114891	5	7.8	5	88	5	62	80	0	20	0	0.72
25117681--25117732	14	3.5	14	75	12	50	28	0	3	67	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25119098--25119145	16	3.2	16	72	27	50	27	18	18	35	1.95
25126897--25127229	131	2.6	130	86	5	435	35	18	18	28	1.94
25127776--25127829	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
25127766--25127834	30	2.3	30	89	0	120	26	50	5	17	1.68
25128378--25128529	25	6.0	26	73	13	95	33	6	4	55	1.46
25128678--25128712	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
25131347--25131386	16	2.5	16	88	8	55	7	2	10	80	1.00
25138645--25138689	19	2.4	19	100	0	90	37	26	31	4	1.76
25138677--25138798	21	5.9	21	68	3	86	44	18	22	15	1.87
25138681--25138817	42	3.3	41	80	11	136	45	16	21	16	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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