genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11717927--11718018	48	1.9	48	97	0	175	45	18	11	23	1.83
11718757--11718828	2	36.0	2	77	0	54	41	0	47	11	1.39
11722609--11722742	66	2.0	66	100	0	268	42	14	16	26	1.87
11724001--11724150	27	5.5	27	90	1	210	32	12	27	28	1.92
11724001--11724150	28	5.5	28	91	1	225	32	12	27	28	1.92
11724001--11724150	55	2.7	56	90	3	243	32	12	27	28	1.92
11724488--11724558	24	3.2	24	60	32	57	32	21	14	32	1.93
11724480--11724569	43	2.1	43	97	0	171	30	21	15	33	1.94
11725058--11725238	46	3.9	47	90	2	262	20	23	13	41	1.88
11727323--11727372	11	4.4	11	80	9	64	66	0	0	34	0.92
11727328--11727374	24	1.9	25	91	4	78	61	0	0	38	0.96
11727311--11727408	32	3.1	32	72	10	87	60	3	0	36	1.13
11729773--11729827	17	3.4	17	71	19	62	38	1	10	49	1.49
11729771--11729833	32	2.0	32	100	0	126	36	3	9	50	1.51
11730538--11730588	24	2.1	24	88	0	75	35	23	1	39	1.66
11731232--11731324	44	2.1	44	86	4	125	34	23	21	20	1.97
11732659--11732726	31	2.3	28	80	10	73	52	5	0	41	1.25
11734774--11734856	42	2.0	43	87	2	123	22	25	14	37	1.92
11734968--11735116	31	4.8	31	88	0	208	26	25	19	28	1.99
11735094--11735218	50	2.5	50	85	1	160	28	24	13	33	1.93
11738423--11738455	16	2.0	17	94	5	59	3	18	0	78	0.87
11756865--11756911	23	2.0	23	100	0	94	38	12	14	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11756900--11757543	126	5.0	126	85	3	761	36	17	17	28	1.93
11760979--11761015	18	2.1	18	89	0	56	43	8	24	24	1.81
11761599--11761623	7	3.6	7	100	0	50	56	16	0	28	1.41
11761619--11761651	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
11761599--11761644	14	3.3	14	88	11	60	56	15	0	28	1.39
11762585--11762720	48	2.8	46	82	7	148	52	5	9	32	1.56
11762585--11762720	49	2.8	47	80	9	143	52	5	9	32	1.56
11762821--11762853	17	2.1	16	88	11	50	75	6	0	18	1.00
11762858--11762916	11	5.5	11	73	4	57	37	1	16	44	1.59
11779404--11779453	18	2.7	19	81	12	59	30	2	4	64	1.23
11781140--11781184	23	2.0	23	86	0	63	13	13	0	73	1.10
11781148--11781208	23	2.5	24	81	7	61	8	18	1	72	1.18
11786286--11786328	21	2.0	21	100	0	86	23	13	13	48	1.79
11790132--11790283	78	1.9	78	91	0	250	32	21	13	32	1.93
11790248--11790389	40	3.5	40	79	0	140	37	19	11	31	1.87
11794331--11794374	14	3.1	14	80	6	52	38	0	2	59	1.10
11794329--11794400	26	2.8	26	77	12	76	38	0	2	58	1.13
11803762--11803924	42	3.7	42	78	8	157	30	26	12	30	1.93
11803831--11803936	49	2.2	48	86	3	140	33	27	10	29	1.90
11803868--11804012	47	3.1	46	85	4	173	30	26	13	28	1.94
11804037--11804184	31	4.8	31	92	0	242	25	27	19	27	1.99
11804160--11804336	50	3.5	50	88	0	264	27	22	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11808787--11808832	23	2.0	23	86	0	65	67	0	0	32	0.91
11810509--11810588	25	3.2	25	78	7	99	23	25	18	32	1.97
11810509--11810601	25	3.7	25	78	5	98	23	23	20	32	1.98
11816054--11816181	33	3.9	32	82	6	132	35	22	9	32	1.86
11816055--11816181	65	2.0	65	84	3	166	36	22	8	32	1.85
11816174--11816242	29	2.4	29	97	0	129	24	31	10	33	1.89
11818277--11818318	15	2.8	15	81	0	57	52	16	16	14	1.75
11819161--11819301	6	23.5	6	100	0	282	49	17	0	33	1.46
11820788--11820958	93	1.8	93	91	0	279	28	29	20	21	1.98
11820780--11820955	46	3.8	46	77	12	189	29	28	19	21	1.98
11824718--11824903	33	5.7	33	87	3	191	34	20	10	34	1.87
11824896--11824961	29	2.3	29	91	0	105	24	28	10	36	1.89
11830782--11830811	14	2.2	13	94	5	51	80	0	20	0	0.72
11830780--11830839	20	3.0	20	79	9	70	75	0	21	3	0.95
11832094--11832142	18	2.5	20	78	18	59	42	0	0	57	0.99
11841316--11841357	23	2.0	20	86	13	57	40	0	0	59	0.97
11841358--11841427	25	2.9	25	75	14	67	35	4	0	60	1.17
11847708--11847971	46	5.7	46	91	0	384	41	15	24	18	1.89
11848175--11848239	29	2.2	31	91	8	116	35	3	20	41	1.68
11849571--11849693	34	3.6	35	88	3	187	26	8	22	41	1.83
11855107--11855258	41	3.8	40	84	2	187	26	22	19	31	1.98
11855107--11855258	40	3.8	40	84	4	180	26	22	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11855306--11855395	40	2.2	40	82	0	117	27	21	17	33	1.96
11860685--11860933	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
11860684--11860933	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
11861028--11861059	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
11861271--11861328	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
11868267--11868515	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
11868266--11868515	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
11868610--11868641	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
11868853--11868910	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
11871246--11871298	27	2.1	26	86	10	74	43	7	9	39	1.65
11881533--11881587	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
11881725--11881819	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
11881800--11881851	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
11886304--11886615	46	7.0	46	87	6	417	23	24	14	37	1.92
11886532--11886604	38	1.9	38	97	0	137	26	26	15	32	1.95
11891718--11892029	46	7.0	46	85	6	399	22	24	14	38	1.92
11891943--11892018	38	2.0	38	97	0	143	23	26	17	32	1.96
11900039--11900115	30	2.6	30	85	4	102	23	19	29	27	1.98
11901089--11901150	30	2.1	30	90	0	97	58	11	3	27	1.48
11901231--11901274	24	2.0	24	82	13	58	70	4	4	20	1.23
11905105--11905151	23	2.0	23	95	0	85	23	29	25	21	1.99
11905898--11906050	76	2.0	76	98	0	297	24	30	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11918337--11918419	42	2.0	42	97	0	157	27	26	24	21	1.99
11920764--11920812	22	2.2	22	81	3	53	32	2	6	59	1.34
11920886--11920958	21	3.9	19	69	24	57	38	1	5	54	1.32
11926382--11926406	12	2.1	12	100	0	50	56	16	8	20	1.65
11927308--11927351	21	2.1	21	83	8	54	13	11	0	75	1.06
11927342--11927394	8	6.9	8	78	22	60	35	0	1	62	1.06
11927342--11927394	13	3.4	16	78	21	60	35	0	1	62	1.06
11927342--11927398	3	20.7	3	73	22	54	35	0	1	63	1.05
11927440--11927477	20	1.9	20	84	10	51	36	10	5	47	1.61
11929194--11929429	131	1.8	131	81	5	298	31	18	19	30	1.95
11930682--11930908	44	5.2	44	87	2	294	27	28	15	28	1.96
11948158--11948233	28	2.7	27	76	20	68	38	1	1	59	1.14
11962572--11962611	21	1.9	21	89	0	62	22	12	12	52	1.72
11962976--11963011	19	1.9	19	94	5	65	36	0	8	55	1.30
11962979--11963024	19	2.5	19	82	10	51	41	0	6	52	1.27
11969578--11969613	17	2.1	17	90	10	56	63	0	0	36	0.94
11969575--11969649	23	3.3	23	66	19	57	58	4	0	37	1.17
11971043--11971083	14	3.1	13	86	13	57	58	2	2	36	1.24
11971672--11971739	35	2.0	34	85	5	93	32	19	14	33	1.92
11976908--11977138	125	1.8	126	83	0	311	30	17	16	35	1.92
11981728--11981804	39	2.0	39	94	0	136	22	22	29	25	1.99
11981728--11981832	39	2.7	39	86	2	122	21	22	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11989223--11989261	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
11989487--11989584	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
11989489--11989577	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
11993044--11993207	42	3.7	42	84	8	186	28	26	14	29	1.95
11993114--11993250	49	2.9	47	89	4	186	29	27	14	28	1.95
11993130--11993303	47	3.7	46	82	3	159	31	26	14	27	1.95
11993325--11993466	31	4.6	31	81	4	171	26	23	19	30	1.98
11993324--11993466	61	2.3	62	85	3	200	25	24	19	30	1.98
11993442--11993569	50	2.5	50	92	1	202	25	23	15	35	1.94
11997872--11998047	42	4.0	42	79	12	187	31	26	13	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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