genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77556282--77556332	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
77558092--77558943	48	17.6	48	94	1	1452	35	6	27	30	1.83
77558436--77558522	26	3.2	26	65	23	70	34	5	29	29	1.81
77559084--77559186	37	2.8	37	98	0	197	24	20	32	23	1.98
77564017--77564144	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
77564016--77564144	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
77575204--77575377	49	3.5	49	83	1	240	28	27	17	25	1.98
77575204--77575385	99	1.8	99	92	0	310	28	28	18	25	1.98
77578976--77579151	46	3.8	46	76	11	180	29	27	19	22	1.98
77578984--77579155	93	1.8	93	88	2	265	28	28	20	22	1.99
77579027--77579170	46	3.1	46	69	18	118	30	27	19	22	1.98
77584099--77584281	40	4.6	40	89	1	269	21	24	28	25	1.99
77584099--77584316	80	2.7	79	83	6	253	22	23	27	25	2.00
77587356--77587404	24	2.0	24	100	0	98	16	4	34	44	1.66
77587937--77588090	47	3.3	46	80	4	139	30	10	10	48	1.71
77588092--77588140	25	2.0	25	95	0	89	34	18	12	34	1.88
77588147--77588189	20	2.3	18	85	14	61	27	11	11	48	1.74
77590747--77590790	23	1.9	23	90	0	70	56	20	4	18	1.58
77591519--77591680	43	3.8	42	80	8	168	33	25	17	22	1.96
77591519--77591680	86	1.9	85	83	11	215	33	25	17	22	1.96
77595859--77595916	20	2.9	20	73	0	62	34	34	12	18	1.88
77615717--77615817	42	2.4	44	81	6	127	34	24	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77618461--77618520	6	9.7	6	74	13	50	81	1	15	1	0.85
77618466--77618524	14	4.5	13	77	14	68	81	1	15	1	0.86
77618475--77618524	8	6.5	8	73	17	52	82	0	16	2	0.77
77618462--77618518	30	1.9	30	85	7	80	80	1	15	1	0.87
77618466--77618524	23	2.6	23	73	13	59	81	1	15	1	0.86
77619807--77620404	299	2.0	299	99	0	1178	33	20	20	25	1.97
77621943--77622041	27	3.9	26	68	18	75	31	7	10	51	1.62
77621922--77622047	20	5.6	20	69	23	72	30	6	10	53	1.60
77621922--77622051	47	2.8	47	91	0	206	30	6	10	53	1.58
77623941--77624022	28	2.9	29	83	5	89	26	13	30	29	1.94
77625124--77625156	17	1.9	17	93	0	57	42	15	12	30	1.83
77633169--77633340	93	1.8	93	94	0	308	27	28	21	22	1.99
77633162--77633337	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
77633170--77633356	46	4.0	46	72	16	145	28	28	20	22	1.99
77636593--77636624	16	2.0	16	100	0	64	50	31	6	12	1.65
77639492--77639531	20	2.0	20	85	0	53	25	22	10	42	1.84
77642669--77642842	46	3.8	45	76	15	178	20	19	29	29	1.97
77642665--77642835	93	1.8	92	92	3	290	21	19	29	29	1.98
77662498--77662730	39	6.0	39	90	0	358	22	24	28	24	2.00
77670175--77670626	47	9.6	47	90	0	661	32	8	29	29	1.87
77676518--77676589	36	2.0	36	97	0	135	26	30	23	19	1.98
77685300--77685639	47	7.1	47	86	5	464	32	12	28	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77685374--77685449	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
77685300--77685639	98	3.5	97	92	3	526	32	12	28	26	1.93
77685300--77685639	145	2.4	141	86	5	482	32	12	28	26	1.93
77685613--77685749	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
77685893--77686001	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
77692174--77692461	39	7.3	39	86	5	366	27	20	27	25	1.99
77692174--77692461	79	3.6	77	86	5	355	27	20	27	25	1.99
77692121--77692461	118	2.9	118	89	4	485	26	20	27	24	1.99
77692122--77692484	79	4.6	77	79	10	294	27	20	27	24	1.99
77700320--77700374	27	2.0	27	86	6	76	18	25	23	32	1.97
77702245--77702304	26	2.3	27	85	11	88	38	30	6	25	1.81
77702412--77702505	27	3.4	28	86	2	138	20	22	21	36	1.95
77702411--77702520	55	2.0	54	84	11	145	21	21	19	37	1.95
77710906--77710962	30	1.9	30	100	0	114	61	0	5	33	1.18
77716308--77716337	5	5.8	5	92	7	51	76	3	0	20	0.92
77721102--77721136	18	1.9	18	94	0	61	28	8	22	40	1.84
77721186--77721222	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
77721548--77721605	17	3.2	17	79	16	55	24	29	0	46	1.53
77723495--77723547	24	2.2	24	81	15	65	47	15	28	9	1.76
77723922--77723983	27	2.3	28	80	8	74	45	17	12	24	1.84
77723986--77724300	27	11.7	27	81	4	307	26	12	18	42	1.86
77728113--77728377	54	4.9	54	80	3	259	30	13	16	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77728114--77728408	27	11.0	27	79	1	225	29	12	17	40	1.86
77728113--77728409	81	3.7	81	78	6	296	29	12	17	40	1.86
77728619--77728721	52	2.0	52	90	0	161	25	19	22	33	1.97
77728822--77728864	18	2.4	18	80	7	52	23	16	13	46	1.83
77734939--77735217	48	5.8	48	74	7	174	26	26	19	26	1.99
77734936--77735212	96	2.9	95	79	5	272	26	26	20	26	1.99
77740532--77740619	43	2.1	42	82	6	106	25	17	25	32	1.96
77740811--77740851	21	2.0	21	85	9	57	43	2	24	29	1.67
77744597--77744722	36	3.6	34	82	7	130	35	36	12	15	1.85
77751912--77752144	49	4.7	50	84	2	299	25	17	27	29	1.97
77752016--77752100	28	3.2	28	66	24	85	23	16	29	30	1.96
77751915--77752157	100	2.4	98	83	2	306	25	18	26	29	1.98
77752790--77753176	50	7.7	50	77	4	350	29	25	18	26	1.98
77752793--77753177	150	2.6	151	91	1	639	30	25	18	25	1.98
77756399--77756504	56	1.9	56	98	0	203	26	11	19	42	1.85
77757153--77757315	43	3.8	43	79	7	145	28	17	23	30	1.97
77761122--77761389	40	6.7	40	96	0	473	30	20	27	22	1.98
77763777--77763803	10	2.7	10	100	0	54	7	40	7	44	1.60
77782063--77782286	40	5.6	40	87	2	306	25	24	25	25	2.00
77782063--77782286	120	1.9	120	88	1	342	25	24	25	25	2.00
77793006--77793235	38	6.0	38	89	1	298	32	26	20	21	1.98
77813117--77813155	20	2.1	19	85	9	53	53	17	25	2	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77816892--77817167	137	2.0	137	94	0	489	26	21	13	38	1.90
77817813--77817850	8	4.6	8	90	6	58	68	0	0	31	0.90
77817815--77817850	17	2.1	17	94	0	63	69	0	0	30	0.89
77824776--77824911	39	3.5	39	86	2	166	25	30	22	22	1.99
77850440--77850469	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
77850914--77851152	121	2.0	121	94	0	417	42	7	12	38	1.70
77858946--77858970	13	1.9	13	100	0	50	56	20	0	24	1.43
77867829--77867877	9	5.4	9	87	0	62	44	24	6	24	1.76
77867829--77867885	9	6.3	9	87	0	60	42	24	7	26	1.80
77867893--77867953	17	3.4	17	72	12	59	52	14	1	31	1.52
77867884--77868049	74	2.2	74	87	4	228	46	16	4	31	1.67
77867884--77868032	37	4.0	37	91	0	244	46	16	4	32	1.68
77872037--77872147	27	4.1	26	81	9	123	18	23	20	37	1.94
77872037--77872147	55	2.0	54	84	5	143	18	23	20	37	1.94
77875777--77875881	47	2.2	47	98	0	201	31	7	31	29	1.85
77881396--77881463	29	2.3	29	82	5	84	29	30	11	27	1.92
77881285--77881612	174	1.9	174	95	0	593	31	24	14	29	1.94
77881565--77881643	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
77901151--77901218	29	2.3	29	82	5	84	29	30	11	27	1.92
77901040--77901366	173	1.9	174	94	0	584	31	24	14	29	1.95
77901319--77901397	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
77909289--77909356	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77909178--77909505	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
77909458--77909536	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
77911144--77911256	28	4.1	27	84	12	124	16	23	23	37	1.94
77911144--77911256	54	2.1	55	85	8	151	16	23	23	37	1.94
77914457--77914482	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
77917365--77917480	50	2.3	50	77	4	117	37	6	4	52	1.46
77917390--77917484	50	1.9	50	84	4	129	40	3	4	52	1.37
77917684--77918227	82	6.8	80	80	6	496	29	11	9	48	1.72
77917651--77918227	81	7.2	82	80	4	550	29	12	10	47	1.74
77919792--77919839	23	2.1	23	100	0	96	22	31	33	12	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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