genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  200  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65213326--65213416	28	3.2	28	87	4	121	31	21	23	23	1.98
65213522--65213614	28	3.3	28	96	0	168	31	6	26	35	1.82
65243168--65243282	31	3.7	31	90	1	178	28	24	16	30	1.96
65243306--65243397	42	2.2	42	96	3	168	31	20	15	32	1.94
65243518--65243589	25	2.9	24	85	8	83	29	25	19	26	1.99
65243532--65243613	25	3.3	25	83	5	87	26	24	21	26	2.00
65244425--65244489	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
65244543--65244651	27	3.9	27	73	13	78	32	6	18	43	1.75
65244606--65244676	27	2.6	27	79	14	83	26	4	25	43	1.73
65244712--65244905	27	7.2	27	85	1	219	39	7	23	29	1.83
65244739--65244905	81	2.1	81	89	2	255	39	7	23	29	1.83
65248061--65248292	113	2.1	113	84	3	297	31	21	21	25	1.98
65250968--65251028	28	2.3	26	86	8	86	13	22	26	37	1.91
65252236--65252282	22	2.2	21	85	11	60	51	27	0	21	1.48
65254785--65254956	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
65254778--65254953	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
65262336--65262506	93	1.8	92	93	1	297	28	29	21	21	1.98
65262329--65262503	46	3.8	46	78	13	198	29	29	20	21	1.98
65283234--65283258	13	1.9	13	100	0	50	16	44	32	8	1.76
65293840--65293984	40	3.6	40	85	0	191	25	25	26	22	2.00
65301035--65301179	40	3.6	40	85	0	191	25	25	26	22	2.00
65307260--65307442	40	4.6	39	77	9	165	25	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65307287--65307390	39	2.6	39	89	1	154	26	27	20	25	1.99
65308570--65308745	56	3.1	56	96	0	325	22	22	8	46	1.79
65311647--65311680	14	2.4	14	95	0	59	32	8	35	23	1.86
65317241--65317292	18	3.0	16	72	20	50	3	30	1	63	1.23
65318525--65318612	28	3.2	28	79	3	99	18	26	20	35	1.95
65320813--65320906	29	3.3	29	83	7	120	26	28	17	27	1.97
65320818--65320893	29	2.6	29	93	0	125	26	30	18	25	1.98
65320965--65320998	18	1.9	18	88	5	52	20	32	23	23	1.98
65323314--65323352	20	1.9	21	94	5	71	28	2	10	58	1.44
65325803--65325863	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
65329936--65330108	46	3.7	46	80	10	217	21	20	27	29	1.98
65329933--65330103	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
65332557--65332704	78	1.9	78	91	0	242	16	31	28	23	1.96
65340625--65341288	49	13.6	49	91	5	1010	34	8	28	29	1.86
65340625--65341288	145	4.5	145	90	6	1052	34	8	28	29	1.86
65340974--65341139	59	3.0	58	82	16	242	34	7	26	31	1.84
65340927--65341233	108	3.0	105	86	11	465	33	7	27	30	1.85
65341037--65341288	94	2.7	94	91	1	414	33	8	29	28	1.87
65349774--65349808	16	2.2	16	90	10	54	34	5	20	40	1.76
65357891--65358094	27	7.5	26	85	5	194	26	15	28	28	1.96
65357891--65358094	54	3.8	53	82	3	219	26	15	28	28	1.96
65357891--65358094	109	1.9	108	85	3	284	26	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65366085--65366260	27	6.5	26	82	5	165	25	16	28	28	1.97
65366085--65366260	54	3.3	53	81	7	185	25	16	28	28	1.97
65366085--65366239	81	1.9	81	86	5	224	25	16	29	28	1.97
65366081--65366260	81	2.2	81	82	3	220	26	16	28	28	1.97
65381123--65381207	40	2.2	39	82	2	98	28	30	22	18	1.97
65381278--65381386	47	2.4	45	78	10	114	28	27	9	34	1.87
65383938--65383978	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
65385331--65385368	13	3.0	13	80	7	51	28	36	0	34	1.58
65387577--65387788	104	2.0	104	94	1	372	18	19	30	31	1.96
65387707--65387858	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
65394149--65394181	14	2.4	14	94	0	57	0	24	0	75	0.80
65394144--65394178	9	3.9	9	85	14	54	0	22	0	77	0.78
65394430--65394473	23	1.9	23	86	9	63	56	0	0	43	0.99
65394606--65394675	29	2.4	29	81	11	90	67	4	2	25	1.23
65398585--65398738	43	3.6	43	92	1	231	26	16	26	30	1.96
65401789--65402440	47	13.7	47	94	1	1072	28	30	8	31	1.88
65401839--65401917	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
65401789--65402440	190	3.4	190	93	2	1096	28	30	8	31	1.88
65401789--65402440	143	4.6	141	92	2	1000	28	30	8	31	1.88
65412649--65412784	56	2.4	56	86	0	182	27	15	23	33	1.95
65412649--65412809	56	2.9	56	84	5	175	27	14	24	33	1.94
65412958--65413003	22	2.1	22	100	0	92	45	4	21	28	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65414608--65414877	40	6.8	40	94	0	441	24	27	20	27	1.99
65422748--65422891	40	3.6	39	89	3	207	21	27	22	28	1.99
65422744--65422891	80	1.9	80	89	0	233	22	27	21	28	1.99
65422866--65422916	25	2.0	25	100	0	102	17	23	27	31	1.97
65422830--65422956	65	2.0	65	96	0	236	21	26	22	29	1.99
65427427--65427460	17	1.9	18	94	5	61	11	17	50	20	1.77
65439247--65439289	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
65439252--65439295	18	2.6	16	83	13	61	47	0	0	52	1.00
65445033--65445064	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
65445926--65445993	25	2.7	25	84	4	75	30	23	20	25	1.98
65460115--65460170	27	2.1	26	90	9	87	37	19	8	33	1.83
65461781--65461819	20	2.0	20	90	5	62	28	12	5	53	1.60
65485628--65485747	53	2.3	53	80	2	134	37	19	25	17	1.93
65489229--65489309	27	2.9	27	78	9	83	34	18	24	22	1.96
65490027--65490177	27	5.6	27	82	0	176	27	21	16	33	1.95
65495455--65495536	27	3.0	27	80	8	94	34	20	24	20	1.97
65495482--65495619	67	2.0	67	87	2	195	31	23	27	18	1.97
65496199--65496252	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
65496255--65496452	27	7.3	27	82	1	209	27	18	17	36	1.93
65503871--65503935	22	3.0	22	81	0	85	15	23	26	35	1.94
65507272--65507323	22	2.4	21	83	6	59	19	25	19	36	1.95
65508530--65508566	19	1.9	19	88	0	56	27	5	10	56	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65509076--65509141	34	1.9	34	100	0	132	39	16	3	40	1.64
65518309--65518493	48	3.9	48	81	4	194	25	29	17	27	1.97
65521642--65521718	39	2.0	39	97	0	145	36	2	20	40	1.67
65524132--65524180	21	2.3	21	89	0	71	14	24	36	24	1.93
65527111--65527189	37	2.1	37	90	0	122	25	29	18	26	1.98
65527230--65527817	49	12.1	49	91	3	931	28	30	9	31	1.88
65527232--65527817	245	2.4	243	95	1	1041	29	30	9	31	1.88
65531448--65531680	40	5.8	40	91	0	376	24	27	22	24	2.00
65531448--65531974	120	4.5	120	86	9	707	24	28	22	24	1.99
65531700--65531974	40	6.9	40	90	4	400	24	28	22	24	1.99
65531518--65531856	184	1.8	186	96	1	628	25	29	22	23	1.99
65533791--65533869	37	2.1	37	88	4	115	24	29	18	27	1.98
65533910--65534544	49	13.1	49	92	3	1020	29	30	8	31	1.88
65533910--65534544	96	6.5	97	91	5	982	29	30	8	31	1.88
65539155--65539323	43	4.0	43	78	7	175	31	25	14	28	1.94
65541884--65542144	47	5.6	47	93	0	405	31	11	29	26	1.92
65541853--65542164	94	3.3	94	88	0	455	31	10	30	28	1.90
65541901--65541974	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
65542066--65542141	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
65541853--65542164	47	6.6	47	89	0	374	31	10	30	28	1.90
65553613--65553717	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
65555202--65555345	46	3.1	46	73	14	143	29	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65557241--65557458	40	5.5	40	89	3	300	24	23	26	25	2.00
65557241--65557458	80	2.7	80	92	2	350	24	23	26	25	2.00
65561518--65561639	46	2.6	47	86	10	162	29	19	27	23	1.98
65561703--65561828	47	2.6	48	87	5	166	25	18	29	26	1.98
65564521--65564687	43	3.9	43	84	4	185	35	25	13	25	1.92
65564475--65564687	86	2.5	87	80	7	238	34	24	13	27	1.93
65569771--65569836	29	2.3	29	81	5	71	31	24	1	42	1.64
65576736--65576812	26	3.0	26	84	0	100	40	20	18	20	1.92
65576967--65577025	27	2.2	27	93	0	100	16	18	22	42	1.89
65580739--65580813	30	2.6	29	81	6	89	28	29	12	30	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356