genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  105  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33026493--33026673	82	2.2	81	81	2	220	27	15	27	29	1.96
33036929--33037086	43	3.7	42	79	4	138	27	18	22	31	1.98
33036969--33037064	42	2.3	43	81	5	115	29	17	20	32	1.96
33040135--33040242	29	3.8	30	78	10	102	29	28	12	28	1.94
33040322--33040357	19	1.9	19	88	5	56	16	38	19	25	1.92
33044676--33044790	29	4.0	28	81	8	133	28	28	13	28	1.95
33044667--33044777	29	3.9	29	82	5	136	28	28	14	27	1.95
33051456--33051618	43	3.8	43	83	6	195	24	17	25	33	1.96
33052845--33052872	13	2.2	13	100	0	56	32	0	14	53	1.41
33054252--33054277	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
33054983--33055040	18	3.2	18	72	0	62	41	5	37	15	1.70
33061206--33061231	13	2.0	13	100	0	52	69	7	7	15	1.35
33061621--33061866	49	4.9	50	79	2	253	28	25	18	27	1.98
33061683--33061863	100	1.8	101	88	1	283	28	25	19	26	1.99
33062964--33062989	13	2.0	13	100	0	52	30	23	7	38	1.83
33066892--33067089	50	4.0	49	81	2	234	29	25	18	26	1.98
33066859--33067090	49	4.7	49	80	3	239	28	25	18	27	1.98
33066908--33067088	100	1.8	101	88	1	283	29	25	18	25	1.98
33070842--33070943	38	2.7	38	96	0	186	33	26	21	18	1.96
33074428--33074480	3	17.7	3	100	0	106	32	0	0	67	0.91
33086145--33086180	16	2.2	16	90	0	54	47	11	25	16	1.79
33086381--33086449	28	2.4	29	82	2	86	28	13	30	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33086777--33086836	27	2.2	27	87	0	93	40	23	8	28	1.83
33093582--33093640	20	2.9	19	75	9	64	64	1	10	23	1.34
33095972--33096238	40	6.7	40	94	0	471	21	27	20	29	1.98
33106687--33106947	41	6.4	41	90	0	416	32	20	26	19	1.97
33107875--33107923	14	3.4	14	88	2	62	20	2	28	48	1.60
33107870--33107923	7	7.6	7	77	4	54	22	1	25	50	1.59
33107926--33107989	21	3.0	21	84	10	78	15	0	46	37	1.46
33107948--33108003	7	7.9	7	80	4	58	19	0	42	37	1.52
33108144--33108210	14	4.7	14	80	7	73	40	2	14	41	1.62
33108151--33108210	29	2.1	28	90	3	93	38	3	15	43	1.63
33111725--33111755	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
33113056--33113098	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
33113133--33113336	43	4.8	42	78	6	203	28	16	26	28	1.97
33113133--33113336	86	2.4	86	80	4	268	28	16	26	28	1.97
33113269--33113407	72	1.9	71	86	1	197	30	20	24	24	1.99
33117852--33117882	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
33118121--33118321	108	1.8	110	89	4	318	22	24	17	34	1.96
33118121--33118328	55	3.8	53	80	7	231	22	25	17	35	1.95
33123463--33123534	30	2.4	30	86	4	92	33	6	1	58	1.33
33126635--33126912	133	2.1	133	86	0	385	28	15	28	28	1.96
33126870--33126956	44	2.0	44	82	8	106	28	14	27	28	1.96
33141153--33141330	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33141154--33141309	82	1.9	81	87	6	226	27	15	27	29	1.96
33141150--33141330	82	2.2	81	82	4	222	27	15	27	29	1.96
33148416--33148454	18	2.2	18	90	0	60	64	2	20	12	1.40
33154139--33154316	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
33154140--33154295	82	1.9	81	87	6	226	27	15	27	29	1.96
33154136--33154316	82	2.2	81	82	4	222	27	15	27	29	1.96
33169615--33169720	42	2.5	42	79	10	110	30	15	21	33	1.94
33171553--33171638	23	3.8	23	80	6	95	26	23	16	33	1.95
33171563--33171662	45	2.2	46	83	7	132	28	22	15	35	1.94
33171563--33171686	23	5.5	23	77	7	94	28	22	16	32	1.96
33171563--33171671	23	4.8	23	79	5	107	27	22	14	34	1.94
33177315--33177364	18	2.9	18	75	16	52	78	0	10	12	0.98
33179061--33179113	26	2.0	27	85	14	74	60	0	39	0	0.97
33187639--33187803	43	3.9	42	74	7	120	28	24	20	26	1.99
33187640--33187803	85	1.9	85	82	7	208	28	24	20	26	1.99
33200306--33200420	38	3.0	38	84	2	149	20	21	26	32	1.98
33212083--33212255	46	3.8	45	78	11	199	21	20	27	29	1.98
33212080--33212250	93	1.8	93	93	2	299	21	21	28	28	1.98
33219533--33219609	23	3.4	22	80	7	66	29	24	12	32	1.93
33231083--33231181	18	5.5	18	80	4	60	38	11	12	38	1.78
33231095--33231230	18	7.6	18	81	0	164	35	13	11	39	1.81
33231443--33231467	12	2.1	12	100	0	50	48	20	16	16	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33231359--33231465	45	2.4	45	87	6	155	43	18	15	21	1.87
33244002--33244270	46	5.8	46	76	14	266	23	20	28	28	1.98
33244051--33244216	47	3.6	47	79	14	225	24	18	28	28	1.98
33243999--33244263	93	2.8	93	94	0	458	23	20	28	27	1.99
33249569--33249596	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
33258906--33258937	16	2.0	16	93	0	55	81	9	0	9	0.88
33261000--33261037	18	2.2	18	86	13	53	31	7	2	57	1.41
33273579--33273603	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
33274153--33274331	27	6.6	27	82	6	191	27	15	27	29	1.96
33274155--33274305	82	1.9	81	87	4	223	27	15	27	28	1.96
33274151--33274331	82	2.2	81	80	4	213	28	14	27	29	1.96
33276642--33276899	133	1.9	133	87	4	378	31	19	21	27	1.97
33276678--33276930	132	1.9	132	84	4	332	32	19	21	26	1.97
33276756--33277458	180	3.9	177	81	6	832	30	18	24	26	1.97
33276754--33277502	356	2.1	356	91	0	1212	31	17	24	26	1.97
33277735--33277766	16	2.0	16	93	0	55	81	9	0	9	0.88
33280167--33280197	12	2.6	12	100	0	62	38	0	16	45	1.47
33281467--33281627	59	2.9	55	80	9	182	43	18	22	14	1.87
33282824--33282889	33	2.0	33	100	0	132	45	12	21	21	1.84
33282673--33283063	210	1.9	210	89	1	604	33	18	23	25	1.97
33282927--33283190	90	3.0	87	66	11	203	31	17	24	26	1.97
33282857--33283333	178	2.7	177	82	5	579	32	17	23	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33286961--33287018	24	2.4	24	94	0	98	41	17	6	34	1.76
33292742--33292812	35	2.0	35	94	0	124	43	5	5	45	1.51
33299122--33299238	57	2.1	57	95	0	207	37	5	27	29	1.80
33304830--33304997	87	1.9	87	80	8	198	42	16	5	35	1.70
33305024--33305113	26	3.3	27	74	19	80	60	2	0	37	1.09
33305141--33305195	28	2.0	28	85	7	76	63	3	3	29	1.28
33307951--33307984	17	1.9	18	88	5	52	35	5	20	38	1.77
33310466--33310505	20	2.0	20	90	0	62	42	27	25	5	1.75
33314042--33314068	12	2.2	12	100	0	54	33	7	18	40	1.78
33315461--33315504	23	1.9	23	95	0	79	20	20	15	43	1.88
33328652--33328867	46	4.7	45	75	12	163	23	30	19	26	1.98
33331666--33332040	185	2.0	185	95	0	678	35	22	13	28	1.92
33340876--33341033	39	4.1	39	94	0	280	27	24	21	26	1.99
33342467--33342545	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
33342664--33343138	47	10.1	47	90	6	732	29	30	8	31	1.88
33342666--33343138	143	3.4	142	90	6	723	29	30	8	31	1.88
33342806--33343138	96	3.5	96	98	0	634	30	30	8	31	1.87
33346428--33346624	40	4.9	40	90	0	268	25	27	21	24	1.99
33347050--33347128	29	2.7	29	80	5	88	27	30	15	26	1.96
33347110--33347212	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
33349068--33349146	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
33349265--33349739	47	10.1	47	90	6	732	29	30	8	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33349267--33349739	143	3.4	142	90	6	723	29	30	8	31	1.88
33349407--33349739	96	3.5	96	98	0	634	30	30	8	31	1.87
33360067--33360126	29	2.1	29	90	0	93	33	21	16	28	1.95
33361776--33361817	7	6.0	7	91	0	57	40	4	30	23	1.75
33362764--33362794	9	3.4	9	95	0	53	32	0	9	58	1.31
33363520--33363626	49	2.1	50	91	5	171	32	10	7	49	1.65
33369578--33371495	765	2.5	763	98	0	3651	44	16	21	17	1.87
33369580--33371495	767	2.5	764	98	0	3665	44	16	21	17	1.87
33374202--33374421	40	5.6	40	88	4	313	26	23	27	22	1.99
33374202--33374421	79	2.8	79	87	4	327	26	23	27	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356