genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  266  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87287355--87287418	29	2.2	30	94	2	112	20	29	20	29	1.97
87293899--87293989	47	2.0	46	88	2	137	7	14	6	71	1.29
87293924--87294007	41	2.1	40	90	2	132	7	14	5	72	1.25
87293958--87293990	11	3.0	11	95	0	57	0	21	0	78	0.75
87302680--87302727	21	2.3	21	85	0	60	64	10	0	25	1.25
87303952--87303979	5	5.6	5	100	0	56	42	0	0	57	0.99
87305590--87305652	26	2.3	28	84	15	80	65	3	3	28	1.24
87305852--87305895	19	2.3	18	81	11	52	45	15	2	36	1.59
87306084--87306117	17	2.1	17	89	10	54	32	0	2	64	1.08
87308016--87308071	30	2.0	28	83	16	71	48	3	5	42	1.43
87312065--87312095	11	2.8	11	95	0	53	16	9	6	67	1.39
87325180--87325232	24	2.2	24	89	0	79	41	18	18	20	1.91
87328851--87328888	14	2.7	14	95	0	67	26	7	31	34	1.85
87338521--87338620	39	2.6	39	83	3	130	39	15	9	37	1.78
87341905--87341955	25	2.0	26	88	3	77	41	11	3	43	1.60
87343160--87343193	16	2.1	16	100	0	68	38	5	11	44	1.65
87343454--87343510	30	1.9	30	88	0	87	36	17	21	24	1.94
87343846--87343967	47	2.6	46	80	6	138	27	19	28	23	1.98
87344176--87344235	30	2.0	30	90	6	95	21	35	26	16	1.95
87345295--87345386	45	2.0	45	85	8	125	29	17	27	26	1.97
87346723--87346761	19	2.1	19	85	0	51	2	30	0	66	1.05
87354826--87354878	25	2.1	26	86	10	74	62	0	1	35	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87354828--87354872	13	3.2	14	87	9	65	62	0	2	35	1.08
87354826--87354881	15	4.1	14	82	15	64	60	0	3	35	1.14
87358244--87358506	46	5.7	46	72	16	220	20	19	30	29	1.97
87358284--87358452	47	3.6	47	76	13	195	20	19	31	28	1.97
87358234--87358499	93	2.9	93	92	0	433	20	19	30	28	1.97
87359755--87359964	48	4.5	48	72	9	173	29	24	20	26	1.99
87362335--87362480	41	3.6	41	81	1	186	20	23	28	28	1.99
87363514--87363546	16	2.0	17	88	5	50	57	3	6	33	1.38
87370621--87370770	41	3.7	41	81	1	194	21	22	26	29	1.99
87377088--87377184	28	3.5	28	88	4	126	34	28	13	23	1.93
87396544--87396691	40	3.7	41	80	3	185	21	22	27	28	1.99
87396550--87396729	40	4.4	40	78	2	182	21	21	30	27	1.98
87402990--87403087	27	3.5	28	86	5	119	33	28	13	24	1.93
87402989--87403087	28	3.5	28	86	5	112	33	29	13	24	1.93
87409617--87409828	40	5.3	40	86	3	268	23	20	27	28	1.99
87411179--87411305	47	2.7	47	79	2	139	34	27	14	22	1.94
87417131--87417178	18	2.7	18	90	0	69	31	0	0	68	0.90
87418600--87418646	23	2.0	23	95	0	85	21	10	4	63	1.43
87421803--87421840	16	2.5	15	87	12	51	68	7	0	23	1.16
87423050--87423222	85	2.0	86	93	5	296	19	12	3	64	1.41
87423220--87423259	16	2.5	16	88	8	55	25	10	2	62	1.39
87423399--87423436	3	12.7	3	83	10	51	28	5	0	65	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87423676--87423724	3	16.3	3	91	0	80	30	2	2	65	1.15
87425168--87425203	18	2.0	18	100	0	72	27	27	16	27	1.97
87427430--87427496	25	2.7	25	93	2	109	25	29	10	34	1.89
87428975--87429013	21	1.9	21	94	5	71	23	30	35	10	1.88
87441528--87441686	81	2.0	80	86	6	223	25	18	5	50	1.68
87445237--87445418	95	1.9	95	90	2	294	31	20	20	26	1.97
87445388--87445650	44	6.0	44	74	4	224	31	20	21	26	1.98
87445393--87445644	133	1.9	133	83	3	328	30	19	21	28	1.97
87445851--87445882	13	2.5	13	94	0	55	68	12	0	18	1.20
87447149--87447188	16	2.5	16	88	8	55	25	10	2	62	1.39
87447158--87447245	8	11.6	8	68	16	62	25	12	2	60	1.44
87447204--87447255	27	1.9	27	84	7	70	26	15	1	55	1.50
87447345--87447468	3	38.7	3	74	12	70	34	4	3	58	1.33
87449501--87449539	13	3.0	13	96	0	69	15	28	38	17	1.91
87453503--87453585	21	4.0	21	93	0	139	39	16	27	15	1.89
87455826--87455867	21	2.0	20	82	13	50	38	19	16	26	1.92
87462220--87462262	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
87462699--87462796	27	3.5	28	86	5	119	25	12	28	33	1.92
87462727--87462809	27	3.0	27	84	5	78	30	10	25	33	1.90
87470450--87470492	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
87470928--87471024	28	3.5	28	87	6	119	25	12	28	32	1.92
87470956--87471037	27	3.0	27	85	7	87	30	10	25	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87488075--87488252	27	6.6	27	82	3	196	26	15	27	30	1.96
87488076--87488231	82	1.9	81	86	3	224	26	15	27	30	1.96
87488072--87488252	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	30	1.96
87489911--87490009	44	2.3	42	81	8	110	36	27	13	23	1.92
87491004--87491045	21	2.0	21	86	9	59	52	16	4	26	1.63
87492832--87492856	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
87493206--87493251	13	3.5	13	87	0	56	50	15	8	26	1.73
87492851--87493510	326	2.0	328	90	1	1029	37	15	16	31	1.90
87493837--87493889	26	2.0	27	85	7	72	26	30	20	22	1.98
87493866--87493931	26	2.4	27	82	7	80	31	34	16	16	1.92
87493887--87493937	26	2.0	26	92	0	84	35	33	13	17	1.89
87509012--87509041	6	4.8	6	95	4	51	13	0	0	86	0.57
87519233--87519313	40	2.0	40	100	0	162	28	19	14	37	1.92
87521600--87521711	27	4.2	26	85	7	134	36	20	23	19	1.95
87521600--87521711	54	2.1	53	88	3	161	36	20	23	19	1.95
87521813--87521878	28	2.4	28	92	2	107	25	9	27	37	1.86
87528399--87528894	47	10.6	47	92	0	771	32	9	31	26	1.89
87528464--87528538	22	3.3	22	65	17	62	29	10	33	26	1.90
87528674--87528750	22	3.2	24	63	15	61	33	7	28	29	1.85
87529013--87529092	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
87535629--87535989	50	7.5	50	82	6	338	27	17	30	24	1.97
87535715--87535994	99	2.9	96	78	6	269	29	16	30	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87535715--87535950	99	2.4	100	83	4	277	30	17	29	23	1.97
87537137--87537198	31	2.0	31	100	0	124	25	25	12	35	1.92
87545897--87545936	20	2.0	20	95	0	71	32	25	15	27	1.95
87547114--87547177	20	3.2	20	81	0	74	45	14	21	18	1.85
87551807--87551849	23	1.9	23	85	4	61	30	0	20	48	1.50
87555895--87556070	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
87555892--87556063	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
87563471--87563646	46	3.8	46	77	12	198	19	21	29	28	1.98
87563468--87563639	93	1.8	93	93	0	299	20	22	29	27	1.98
87567349--87567396	20	2.4	20	82	0	60	31	20	27	20	1.98
87567419--87567498	20	4.0	20	80	0	97	45	18	23	12	1.84
87569444--87569556	53	2.1	53	86	0	154	24	24	25	24	2.00
87573846--87573970	56	2.2	56	84	5	155	25	13	30	30	1.94
87573871--87573995	28	4.5	28	90	2	173	25	14	29	30	1.95
87573871--87573995	55	2.3	55	87	2	171	25	14	29	30	1.95
87582012--87582164	28	5.5	28	91	1	229	25	13	29	31	1.94
87582012--87582164	83	1.8	83	88	2	236	25	13	29	31	1.94
87585044--87585177	27	5.0	27	89	0	187	35	20	19	25	1.96
87585074--87585189	54	2.1	54	88	0	169	36	20	18	24	1.95
87585358--87585409	27	1.9	27	88	0	77	23	23	19	34	1.96
87588706--87588912	53	3.8	54	78	1	218	20	23	18	36	1.95
87591547--87591782	80	3.0	81	81	6	279	24	25	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87591547--87591785	40	6.0	39	82	3	248	24	26	23	25	2.00
87593572--87593713	24	6.0	23	79	10	135	22	22	20	34	1.97
87593572--87593721	71	2.1	74	83	8	193	22	23	20	34	1.97
87603273--87603348	39	1.9	39	91	0	125	30	30	11	27	1.92
87605598--87605640	23	1.9	22	86	13	61	69	2	23	4	1.18
87606748--87606848	25	3.8	25	87	9	123	24	11	27	35	1.91
87614446--87614488	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
87614925--87615022	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
87614953--87615036	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
87617752--87617807	26	2.2	26	93	0	94	32	33	16	17	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356