genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80543163--80543299	47	3.0	46	88	2	186	26	29	10	34	1.89
80553227--80553350	47	2.6	48	84	7	146	27	29	18	25	1.98
80553416--80553586	94	1.8	92	81	7	211	22	29	19	28	1.98
80553416--80553589	46	3.7	46	73	14	151	22	29	20	27	1.99
80559412--80559629	45	4.8	44	77	13	165	21	30	20	27	1.98
80567109--80567206	43	2.3	43	87	0	133	33	25	14	26	1.94
80569513--80569559	19	2.5	19	92	0	76	23	4	48	23	1.68
80571034--80571076	16	2.6	17	82	10	54	60	18	9	11	1.57
80571291--80571403	29	4.0	29	83	2	140	25	13	29	31	1.93
80571289--80571404	28	4.1	29	82	5	139	26	12	28	31	1.93
80571289--80571404	57	2.0	57	85	3	153	26	12	28	31	1.93
80572915--80573014	28	3.5	28	88	1	137	30	13	25	32	1.93
80580930--80581056	29	4.5	28	79	7	132	29	12	25	32	1.93
80580930--80581056	28	4.5	28	87	3	166	29	12	25	32	1.93
80580930--80581056	57	2.2	56	87	4	175	29	12	25	32	1.93
80592013--80592051	19	2.1	19	85	0	51	33	38	7	20	1.81
80601911--80602079	24	7.0	24	89	3	250	28	20	20	30	1.98
80601911--80602079	73	2.3	72	89	4	250	28	20	20	30	1.98
80602129--80602195	20	3.3	20	91	0	107	31	20	13	34	1.92
80602129--80602185	11	5.5	11	72	16	59	31	19	14	35	1.91
80602232--80602279	25	1.9	25	86	0	69	25	12	25	37	1.91
80608356--80608394	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80611778--80611855	39	2.0	39	94	0	138	41	15	7	35	1.76
80615282--80615617	48	7.0	48	87	9	499	35	6	25	31	1.82
80615278--80615631	98	3.7	98	88	7	564	35	6	25	31	1.82
80621792--80621874	28	3.0	28	80	3	89	34	21	24	19	1.96
80623403--80623733	168	2.0	167	89	0	500	27	30	13	28	1.94
80624228--80624261	16	2.1	16	94	0	59	70	2	0	26	1.01
80626583--80626623	16	2.6	16	96	0	73	53	26	2	17	1.56
80628123--80628233	28	4.0	29	85	4	140	27	14	30	27	1.95
80628121--80628230	55	2.0	56	85	7	152	27	14	30	27	1.95
80634088--80634120	17	2.0	17	88	5	50	51	9	12	27	1.69
80643940--80643970	10	3.1	10	100	0	62	80	0	9	9	0.90
80650873--80650919	23	2.0	23	100	0	94	21	12	17	48	1.79
80651502--80651643	71	2.0	71	98	0	275	24	22	19	33	1.97
80651613--80651708	47	2.0	47	93	0	165	19	26	17	36	1.94
80654597--80654637	9	4.6	9	82	11	57	75	2	0	21	0.92
80655289--80655332	19	2.3	20	80	11	56	29	2	4	63	1.26
80659872--80659907	18	2.0	18	88	0	54	47	8	2	41	1.48
80660383--80660564	28	6.5	28	96	0	312	26	13	28	31	1.94
80668078--80668120	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
80668589--80668740	27	5.6	27	94	3	250	26	12	28	32	1.93
80668564--80668740	55	3.2	55	92	0	273	25	12	29	32	1.92
80688169--80688332	43	3.9	41	74	12	127	31	23	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80691681--80691715	18	1.9	18	94	0	61	48	0	2	48	1.16
80694795--80694922	46	2.8	44	80	13	152	29	18	28	23	1.98
80701858--80701939	30	2.7	30	92	0	137	32	13	24	29	1.93
80703976--80704073	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
80704004--80704086	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
80703976--80704088	28	4.0	27	83	6	100	29	12	25	32	1.92
80712058--80712155	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
80712086--80712168	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
80712058--80712169	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
80717889--80718063	46	3.8	46	79	13	214	20	20	29	29	1.98
80719569--80719674	27	4.0	27	79	6	108	36	19	21	21	1.95
80719798--80719910	26	4.3	26	77	12	97	26	21	19	32	1.97
80720813--80720872	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
80720822--80720855	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
80722210--80722261	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
80722255--80722293	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
80724624--80724683	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
80724633--80724666	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
80726696--80726755	29	2.1	29	93	0	102	33	20	10	36	1.86
80727865--80727925	27	2.3	27	88	2	88	52	16	8	22	1.70
80728805--80728881	27	2.9	27	78	7	75	36	19	20	23	1.95
80729026--80729169	27	5.3	27	86	0	198	27	24	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80742198--80742698	49	10.6	49	91	5	750	33	7	29	29	1.85
80742198--80742698	186	2.7	192	92	4	828	33	7	29	29	1.85
80745886--80745948	19	3.4	18	72	14	58	11	17	4	66	1.39
80751143--80751484	27	12.7	27	81	4	183	38	20	7	33	1.81
80751157--80751287	53	2.4	54	88	1	192	30	20	6	41	1.78
80751157--80751312	53	2.9	54	85	1	161	32	20	7	40	1.79
80751495--80751546	27	1.9	27	84	7	70	40	11	11	36	1.78
80751609--80751692	27	3.1	27	86	3	116	30	19	26	23	1.98
80751609--80751704	27	3.6	28	83	8	112	30	19	25	25	1.98
80752495--80752669	26	6.8	26	89	3	248	25	21	22	30	1.99
80752814--80752905	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
80752929--80753002	31	2.4	31	97	0	139	29	17	25	27	1.97
80760122--80760178	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
80760120--80760182	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
80760236--80760427	24	8.0	24	89	6	291	30	20	20	28	1.97
80760620--80760683	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
80767681--80767855	49	3.6	49	76	5	158	26	17	28	27	1.98
80771149--80771324	46	3.8	45	77	7	192	19	21	30	28	1.97
80771146--80771317	93	1.8	93	93	0	299	19	21	30	27	1.98
80778726--80778901	46	3.8	46	77	14	200	20	20	30	28	1.98
80778723--80778894	93	1.8	93	95	2	310	20	20	30	27	1.98
80781783--80781831	21	2.3	21	100	0	98	38	20	20	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80785726--80786035	48	6.5	48	70	15	194	30	20	26	23	1.98
80785721--80786034	94	3.3	94	78	9	298	30	20	25	22	1.98
80785861--80786037	49	3.6	48	73	8	153	29	20	26	22	1.99
80785807--80785995	98	1.9	97	85	5	256	32	20	25	21	1.97
80785775--80786037	49	5.5	48	73	9	150	29	19	26	23	1.98
80786926--80787007	18	4.6	18	89	0	101	32	26	10	29	1.91
80788250--80788338	27	3.3	27	89	6	135	31	16	15	35	1.91
80788302--80788582	54	5.2	54	84	3	327	33	10	18	37	1.86
80788290--80788582	81	3.6	81	82	3	333	32	10	19	36	1.86
80788290--80788601	27	11.6	27	80	4	283	32	10	20	36	1.87
80788921--80788984	28	2.3	28	83	0	83	28	35	15	20	1.93
80791903--80792124	40	5.6	40	91	1	331	23	21	25	29	1.99
80797420--80797510	27	3.4	27	83	3	85	27	15	18	38	1.91
80797489--80797810	27	12.0	27	76	4	260	32	10	18	37	1.86
80797462--80797810	54	6.5	53	77	7	287	32	10	19	37	1.86
80797462--80797829	27	13.7	26	77	5	254	31	10	19	38	1.86
80798146--80798237	28	3.3	28	89	3	141	30	34	14	20	1.92
80802861--80802929	30	2.3	30	87	0	93	21	33	27	17	1.96
80804074--80804252	43	4.2	42	75	5	153	35	25	13	24	1.93
80804012--80804260	86	2.9	86	83	2	297	34	25	14	26	1.94
80804108--80804262	43	3.6	42	80	5	186	37	26	12	23	1.91
80805410--80805542	6	21.8	6	74	17	114	48	13	18	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80805389--80805542	30	5.1	30	84	8	179	48	13	18	20	1.81
80805410--80805542	31	4.4	30	90	4	196	48	13	18	20	1.81
80805660--80805725	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
80805660--80805733	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
80805897--80805954	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
80806042--80806124	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
80806324--80806464	27	5.2	27	84	0	174	29	21	15	34	1.94
80806469--80806825	27	13.3	27	84	5	438	40	10	22	26	1.85
80811626--80811777	40	3.8	40	88	4	209	25	27	21	25	1.99
80811842--80811908	33	2.0	33	100	0	134	44	20	5	28	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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