genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11997942--11998047	49	2.2	48	86	3	149	33	27	12	27	1.92
11998006--11998131	47	2.7	46	79	2	135	31	26	16	25	1.96
11998153--11998295	31	4.6	31	92	0	223	25	26	19	28	1.99
11998271--11998399	50	2.5	51	87	2	179	25	22	14	37	1.92
12020303--12020331	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
12024413--12024451	20	1.9	21	84	5	53	25	15	25	33	1.95
12028476--12028528	3	17.7	3	100	0	106	33	0	33	32	1.58
12028527--12028594	3	22.7	3	89	0	73	41	0	55	2	1.15
12028593--12028654	9	7.2	9	80	10	58	29	19	37	14	1.91
12028596--12028638	12	3.6	12	78	12	52	30	18	34	16	1.93
12028699--12028725	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
12028885--12028914	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
12028699--12029104	192	2.1	190	94	1	715	47	14	20	16	1.82
12028793--12028957	57	3.0	56	77	6	160	48	13	20	17	1.80
12028982--12029100	51	2.3	51	83	0	157	48	14	21	15	1.80
12029077--12029104	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
12031304--12031355	20	2.7	19	79	5	59	55	5	3	34	1.42
12031386--12031439	17	3.2	17	78	19	67	66	5	0	27	1.13
12031375--12031465	16	5.6	17	69	12	66	54	3	0	41	1.16
12043398--12043427	11	2.6	11	94	5	51	10	6	3	80	1.01
12044572--12044608	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
12051013--12051126	44	2.6	43	75	5	122	33	20	25	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12051210--12052258	138	7.6	138	92	0	1694	31	16	22	29	1.96
12051210--12052662	182	7.9	178	73	13	761	31	16	22	30	1.95
12051210--12052258	412	2.5	414	92	1	1732	31	16	22	29	1.96
12051858--12052579	320	2.3	320	91	1	1151	31	16	22	29	1.96
12051210--12052620	276	5.1	279	86	5	1581	31	16	21	29	1.95
12051270--12052769	44	32.6	48	69	15	377	31	15	22	30	1.95
12052178--12052782	138	4.4	138	92	0	987	31	15	21	32	1.94
12061208--12061266	29	2.0	30	80	9	68	45	3	0	50	1.18
12062640--12062736	27	3.6	27	71	25	89	41	38	3	17	1.65
12063180--12063226	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
12064460--12064523	22	3.1	21	78	10	62	9	12	4	73	1.23
12064508--12064539	13	2.5	13	100	0	64	15	6	0	78	0.95
12064534--12064586	23	2.3	23	84	12	65	37	3	1	56	1.28
12068989--12069024	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
12068976--12069016	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
12069121--12069186	23	2.8	23	97	2	123	46	39	4	9	1.56
12069117--12069236	23	4.6	28	78	17	93	42	38	3	15	1.64
12069678--12069724	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
12076637--12076699	30	2.0	32	87	6	94	31	12	7	47	1.70
12088981--12089176	3	65.3	3	100	0	392	0	33	0	66	0.92
12094622--12094685	30	2.1	30	100	0	128	35	6	15	42	1.72
12100563--12100637	37	2.0	37	97	0	141	42	13	1	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12101278--12101337	18	3.3	18	75	9	59	31	15	10	43	1.79
12101471--12101588	51	2.3	51	79	7	121	41	22	18	17	1.90
12101892--12101921	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
12102603--12102627	13	1.9	13	100	0	50	12	16	0	72	1.13
12108967--12109221	46	5.4	45	88	6	287	34	14	21	29	1.93
12109066--12109221	51	3.1	51	84	10	223	35	14	22	27	1.93
12108922--12109221	97	3.1	97	87	6	394	34	14	22	29	1.93
12108908--12109221	143	2.2	144	92	0	513	34	14	21	29	1.93
12109185--12109294	37	3.0	37	94	1	195	37	16	21	24	1.93
12110548--12110715	49	3.0	57	81	15	226	22	12	30	33	1.91
12110608--12110750	49	2.9	49	94	0	241	23	13	30	32	1.93
12113933--12114186	46	5.4	45	88	7	276	35	14	21	28	1.92
12113940--12114186	98	2.6	92	87	7	368	35	14	21	29	1.92
12113874--12114186	144	2.2	144	92	0	509	34	14	21	29	1.93
12114152--12114259	35	3.0	37	91	4	177	37	16	21	24	1.93
12115255--12115314	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
12116288--12116354	34	1.9	35	87	3	100	34	8	11	44	1.73
12117706--12117768	27	2.3	27	76	10	65	50	22	3	23	1.63
12122028--12122058	6	5.2	6	92	0	53	70	16	12	0	1.16
12124247--12124372	50	2.5	51	88	5	184	36	15	23	24	1.94
12124351--12124460	31	3.5	31	92	3	177	27	17	30	25	1.97
12124491--12124609	47	2.6	47	89	1	168	29	15	26	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12125612--12125670	17	3.7	15	76	15	57	23	5	1	69	1.18
12125615--12125674	31	1.9	31	93	0	102	25	5	1	68	1.19
12128231--12128272	20	2.1	20	86	8	59	28	0	4	66	1.12
12128762--12128787	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
12129246--12129299	15	3.3	15	74	18	54	46	0	0	53	1.00
12129261--12129297	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
12129332--12129368	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
12129380--12129435	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
12130502--12130547	3	15.7	3	95	4	85	65	0	34	0	0.93
12148324--12148359	7	5.1	7	89	0	54	41	11	47	0	1.39
12152414--12152501	44	2.0	44	100	0	176	9	20	6	63	1.46
12155429--12155465	16	2.2	17	90	9	58	56	0	0	43	0.99
12158322--12158368	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
12158629--12158929	46	6.7	46	85	6	386	22	23	14	38	1.92
12158629--12158977	84	4.0	88	87	4	408	22	23	15	38	1.92
12158808--12158967	38	4.0	38	83	12	212	23	23	17	35	1.96
12158719--12158967	130	2.0	122	90	6	390	24	24	16	35	1.94
12158849--12158967	46	2.8	46	85	9	146	23	23	16	36	1.95
12161239--12161325	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
12169816--12169860	3	15.0	3	100	0	90	0	33	0	66	0.92
12171009--12171044	18	1.9	19	88	5	56	19	0	2	77	0.88
12178575--12178605	6	5.2	6	92	0	53	19	0	80	0	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12188999--12189078	33	2.4	33	85	4	108	40	8	22	28	1.84
12189032--12189179	65	2.3	66	83	1	181	35	13	22	28	1.92
12189086--12189200	33	3.5	33	81	1	133	32	14	24	28	1.95
12188990--12189200	98	2.1	99	80	6	232	35	13	22	28	1.92
12189076--12189200	66	1.9	65	81	1	151	32	16	23	28	1.95
12192396--12192489	7	13.3	7	71	17	52	48	1	1	48	1.15
12192397--12192449	20	2.7	19	80	5	61	49	0	0	50	1.00
12200096--12200131	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
12200560--12200600	22	2.0	20	90	9	64	4	9	12	73	1.24
12210166--12210201	6	6.0	6	100	0	72	33	16	50	0	1.46
12212012--12212069	25	2.3	25	93	3	98	46	8	5	39	1.57
12212838--12213022	97	1.9	97	80	2	219	23	9	12	54	1.67
12213218--12213243	9	2.9	9	100	0	52	57	7	0	34	1.27
12213227--12214147	88	10.4	89	76	10	669	28	11	13	46	1.77
12214156--12214198	17	2.5	18	77	11	54	23	2	6	67	1.27
12214593--12214641	22	2.3	21	82	3	53	57	8	4	30	1.47
12215156--12215196	21	2.0	21	85	9	57	41	2	0	56	1.13
12216126--12216180	28	2.0	28	82	13	69	45	0	3	50	1.19
12216183--12216216	11	3.2	10	88	12	50	29	0	0	70	0.87
12217853--12217990	40	3.5	40	85	6	163	28	12	21	36	1.90
12217955--12218196	79	3.1	79	86	2	326	30	14	23	31	1.94
12235780--12235840	31	2.0	31	96	0	113	18	29	14	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12238333--12238465	49	2.8	47	82	7	151	25	28	16	29	1.97
12248210--12248594	200	1.9	200	94	1	673	36	18	14	30	1.91
12249034--12249091	24	2.3	25	82	11	73	12	18	0	68	1.19
12250137--12250174	19	2.0	19	89	0	58	81	0	7	10	0.87
12255731--12255774	22	2.0	22	82	8	54	68	2	2	27	1.14
12262242--12262378	68	2.0	69	89	1	213	44	12	18	24	1.84
12264530--12264558	15	1.9	15	100	0	58	48	6	3	41	1.47
12271865--12271930	13	5.1	13	72	7	62	36	19	7	36	1.81
12271867--12271938	26	2.8	27	81	8	87	36	18	8	37	1.81
12272076--12272126	27	1.9	26	81	18	61	58	1	5	33	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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