genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12817055--12817161	27	4.0	27	82	2	126	32	9	17	40	1.82
12817055--12817161	54	2.0	54	88	3	162	32	9	17	40	1.82
12817072--12817176	27	3.9	26	79	7	84	35	9	15	40	1.80
12819530--12819750	79	2.8	79	88	0	327	29	23	14	31	1.95
12819726--12819823	40	2.5	40	86	0	142	37	24	8	29	1.84
12821370--12821449	40	2.0	40	100	0	160	32	15	7	45	1.74
12821519--12821544	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
12825416--12825453	19	1.9	21	84	10	53	47	0	5	47	1.24
12825998--12826045	20	2.3	21	92	3	80	45	0	4	50	1.21
12827355--12827489	40	3.4	41	71	12	104	22	18	27	31	1.97
12830127--12830183	20	2.8	20	76	12	62	8	0	17	73	1.07
12831758--12831822	22	3.0	21	70	17	62	52	4	18	24	1.64
12832213--12832283	30	2.4	30	86	9	101	18	16	56	8	1.65
12837239--12837271	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
12841776--12841805	14	2.1	14	100	0	60	30	20	6	43	1.77
12842308--12842358	5	10.0	5	76	19	52	72	1	1	23	1.05
12853470--12853535	27	2.4	27	82	0	78	31	15	25	27	1.95
12853458--12853626	81	2.1	81	79	2	178	33	16	24	25	1.96
12853582--12853641	27	2.2	27	85	5	77	36	11	26	25	1.90
12856989--12857095	45	2.4	45	80	3	126	43	16	16	22	1.87
12858374--12858431	24	2.4	23	76	18	64	29	5	5	60	1.40
12864414--12864517	45	2.3	45	81	3	129	43	17	17	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12865144--12865189	22	2.1	22	84	8	58	23	19	0	56	1.42
12873927--12874068	44	3.3	42	76	14	130	32	23	17	26	1.97
12875056--12875121	33	2.0	33	100	0	132	36	15	6	42	1.71
12876185--12876313	40	3.2	39	78	8	134	37	18	10	34	1.85
12876209--12876327	40	3.0	40	88	2	168	35	15	10	38	1.82
12877187--12877220	12	2.7	13	86	9	52	0	23	0	76	0.79
12877468--12877501	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
12885485--12885556	28	2.7	27	81	10	76	50	4	0	45	1.21
12886843--12886889	21	2.2	21	84	3	58	51	12	21	14	1.76
12887061--12887110	20	2.5	20	78	15	57	52	10	10	28	1.67
12888668--12888700	9	3.8	9	88	4	50	42	0	3	54	1.15
12890123--12890155	16	2.1	16	88	11	50	36	12	3	48	1.56
12892335--12892393	25	2.5	24	81	13	68	38	11	5	44	1.63
12899343--12899508	52	3.1	52	78	4	145	27	16	26	30	1.97
12904836--12904902	26	2.6	26	81	9	75	29	19	0	50	1.48
12905816--12905862	22	2.2	22	85	11	62	44	17	0	38	1.48
12909673--12909827	52	3.0	52	78	6	161	28	17	25	28	1.97
12920093--12920151	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
12928928--12928991	28	2.3	27	84	12	78	29	4	4	60	1.37
12938288--12938321	6	5.7	6	100	0	68	17	32	0	50	1.47
12942354--12942395	21	2.0	21	85	0	57	45	4	4	45	1.45
12948411--12948532	43	2.9	42	79	2	118	32	16	21	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12952840--12952886	22	2.1	23	88	4	69	70	4	21	4	1.22
12952831--12952885	27	1.9	30	82	17	73	72	3	18	5	1.18
12953469--12953543	21	3.4	23	82	12	95	13	21	26	38	1.90
12963404--12963638	114	2.1	114	90	1	364	34	9	11	45	1.73
12968690--12968728	3	13.0	3	88	0	60	30	35	0	33	1.58
12974162--12974209	16	2.9	17	75	6	53	72	0	6	20	1.05
12974161--12974399	10	25.7	9	65	23	52	61	2	4	31	1.28
12974161--12974227	33	2.0	33	85	0	89	65	0	4	29	1.12
12974259--12974302	10	4.2	10	88	8	61	75	2	2	20	1.03
12974179--12974398	20	11.7	18	66	19	71	60	2	3	32	1.28
12974816--12974871	9	6.1	9	74	12	51	37	1	1	58	1.19
12974842--12974885	17	2.3	20	85	11	58	36	4	0	59	1.18
12974813--12974901	20	4.6	19	73	16	60	35	3	2	58	1.27
12975940--12975964	5	5.0	5	100	0	50	0	0	80	20	0.72
12975940--12975973	15	2.2	15	89	5	50	5	0	76	17	0.98
12993727--12993797	30	2.4	30	77	13	74	49	11	4	35	1.58
12993860--12993886	12	2.2	12	100	0	54	55	7	0	37	1.28
13007858--13007924	26	2.5	27	83	9	75	53	5	1	38	1.34
13008699--13008735	19	1.9	19	88	0	56	48	0	0	51	1.00
13012028--13012059	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
13018311--13018367	25	2.2	26	87	6	80	29	1	3	64	1.20
13018990--13019112	60	2.1	58	95	3	219	54	12	0	33	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13034721--13034765	23	2.0	24	86	8	67	22	15	2	60	1.46
13036163--13036215	27	2.0	26	88	3	79	30	33	20	15	1.93
13036175--13036324	70	2.1	71	90	3	232	31	29	16	23	1.96
13036245--13036466	104	2.2	102	91	3	356	31	31	18	18	1.95
13036795--13036858	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
13036802--13036858	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
13041911--13041963	27	2.0	26	88	3	79	30	33	20	15	1.93
13041923--13042074	71	2.1	71	91	1	241	30	29	16	23	1.96
13041993--13042216	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
13042545--13042608	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
13042552--13042608	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
13048786--13048815	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
13055892--13055926	5	7.0	5	100	0	70	40	0	0	60	0.97
13057519--13057592	28	2.4	32	76	19	93	52	4	6	36	1.47
13057524--13057589	28	2.4	28	94	0	114	53	4	7	34	1.50
13058547--13058574	6	4.7	6	100	0	56	53	0	14	32	1.41
13078246--13078295	24	2.2	23	89	7	75	44	16	0	40	1.47
13085003--13085041	6	6.5	6	84	0	51	0	48	2	48	1.15
13093329--13093418	23	3.9	23	83	0	117	50	4	23	22	1.67
13093325--13093415	46	2.0	46	88	0	137	48	4	24	23	1.69
13097835--13097928	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
13099049--13099092	16	2.7	15	83	13	52	56	0	25	18	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13099524--13099581	29	2.0	29	96	0	107	31	15	20	32	1.94
13125786--13125888	18	5.4	19	70	21	81	37	23	24	14	1.92
13125788--13125888	39	2.6	39	91	0	157	38	22	24	13	1.91
13125806--13125870	20	3.2	21	69	20	57	41	20	26	12	1.87
13125821--13125881	19	3.2	19	70	21	54	39	22	24	13	1.90
13127830--13128073	126	1.9	126	94	0	434	38	15	16	29	1.89
13128957--13128992	18	2.0	18	94	0	63	16	0	58	25	1.38
13128972--13129049	37	2.1	38	92	2	131	20	0	50	29	1.49
13129012--13129074	29	2.2	29	88	5	92	17	1	49	31	1.56
13129314--13129809	170	2.9	170	89	3	721	19	26	23	30	1.98
13129311--13129959	87	7.5	88	86	3	729	20	24	23	31	1.98
13129914--13130432	132	3.9	131	82	6	618	23	21	22	31	1.98
13129956--13130450	265	1.9	265	89	1	778	24	21	22	30	1.99
13130276--13130718	179	2.5	178	87	2	681	23	22	22	31	1.98
13131965--13132012	24	2.0	24	83	0	60	0	25	4	70	1.04
13131986--13132049	15	4.2	15	77	15	60	1	20	1	76	0.95
13131976--13132059	6	13.7	6	73	17	57	1	17	2	78	0.92
13131976--13132053	24	3.2	23	82	12	84	1	19	1	78	0.90
13131993--13132034	17	2.5	17	85	11	52	0	19	2	78	0.86
13131981--13132053	13	5.5	13	70	15	60	1	19	1	78	0.91
13135749--13135915	46	3.6	46	73	15	155	31	29	17	21	1.97
13135758--13135927	93	1.8	93	88	2	261	30	28	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13135850--13135935	46	1.9	45	83	4	111	32	29	17	20	1.96
13139296--13139460	46	3.6	44	80	11	161	23	30	20	26	1.98
13142104--13142146	18	2.4	17	81	11	50	27	2	18	51	1.59
13144884--13145113	46	4.8	46	75	16	171	30	29	18	22	1.97
13145019--13145131	56	2.0	56	100	0	226	30	30	18	21	1.97
13146609--13146653	21	2.1	21	88	8	65	15	22	22	40	1.91
13147994--13148023	15	2.0	15	100	0	60	20	20	13	46	1.83
13150175--13150414	126	1.9	126	95	0	435	38	15	17	28	1.90
13150873--13150903	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
13150875--13150911	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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