genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80814488--80814544	24	2.4	24	84	0	78	29	24	12	33	1.92
80814761--80814835	24	3.2	24	75	7	82	30	22	13	33	1.92
80818728--80818878	27	5.6	27	92	1	230	27	13	29	29	1.95
80820434--80820610	49	3.6	48	79	8	189	27	19	28	24	1.98
80833039--80833102	33	1.9	33	83	0	83	28	17	23	31	1.97
80835354--80835424	34	2.1	34	82	5	83	22	25	21	30	1.98
80839453--80839620	46	3.6	45	74	13	144	29	19	28	23	1.98
80849104--80849327	64	3.4	66	76	11	203	22	28	17	31	1.97
80852635--80852675	16	2.6	16	96	0	73	46	21	0	31	1.52
80853221--80853306	43	2.0	43	84	4	111	25	27	19	26	1.99
80860381--80860433	24	2.2	25	96	3	99	20	33	0	45	1.52
80867361--80867485	41	2.9	43	77	11	121	30	24	16	28	1.97
80868973--80869013	18	2.2	20	86	8	59	29	14	21	34	1.93
80869847--80869872	5	5.2	5	100	0	52	0	42	0	57	0.98
80873337--80873588	47	5.3	47	86	2	328	33	9	29	26	1.89
80873718--80873797	37	2.2	37	81	4	90	25	17	31	26	1.97
80876109--80876150	19	2.2	19	91	0	66	33	21	16	28	1.95
80876282--80876353	34	2.2	33	82	2	81	26	19	27	26	1.99
80881463--80881645	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
80881442--80881645	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
80889533--80889716	78	2.3	81	81	9	218	25	28	22	23	2.00
80889514--80889716	40	5.1	40	81	9	229	24	28	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80894493--80894646	40	3.6	43	81	7	170	32	25	16	24	1.96
80896637--80896686	19	2.6	18	78	12	55	40	12	30	18	1.86
80908823--80908854	16	2.0	16	100	0	64	56	0	18	25	1.42
80918856--80918909	25	2.2	25	86	0	72	25	27	22	24	2.00
80918869--80918923	25	2.2	25	83	0	65	27	23	23	25	2.00
80928743--80928768	11	2.4	11	100	0	52	30	15	15	38	1.88
80929113--80929196	24	3.5	24	72	3	78	27	33	14	25	1.94
80934740--80934822	24	3.4	24	86	6	105	20	25	19	34	1.96
80936483--80936531	24	2.0	24	100	0	98	36	16	16	30	1.91
80936872--80936928	30	2.0	28	89	6	87	36	22	12	28	1.90
80944251--80944442	96	2.0	96	100	0	384	40	21	13	23	1.89
80950553--80950630	25	3.2	25	63	23	67	29	10	30	29	1.90
80950552--80950840	47	6.1	47	90	3	416	32	11	28	26	1.92
80950552--80950833	98	3.0	96	89	4	410	32	11	28	26	1.92
80950673--80950748	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
80950552--80950840	145	2.0	141	91	2	470	32	11	28	26	1.92
80950814--80950950	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
80951094--80951202	37	2.9	37	94	0	182	22	18	31	27	1.97
80958535--80958652	39	3.0	39	77	9	125	31	24	21	22	1.98
80962996--80963079	28	3.2	27	65	25	72	25	15	29	29	1.96
80962948--80963172	49	4.5	49	84	2	279	25	17	28	29	1.97
80962941--80963172	99	2.3	100	83	2	288	25	17	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80972487--80972969	47	10.3	47	92	0	777	34	8	28	28	1.86
80972584--80972659	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
80977689--80977876	40	4.7	40	94	0	313	30	20	26	22	1.98
80986391--80986551	39	4.1	40	91	4	256	31	18	27	22	1.97
80995007--80995354	40	8.7	40	97	0	633	30	20	27	21	1.98
80996866--80996930	25	2.5	25	80	9	69	53	7	1	36	1.39
81012725--81012794	28	2.5	29	88	6	108	32	25	12	28	1.93
81018014--81018231	40	5.5	40	87	2	280	24	27	23	24	2.00
81024168--81024215	22	2.2	22	92	0	78	35	22	25	16	1.95
81024595--81024650	27	2.1	27	83	6	69	30	21	16	32	1.95
81024607--81024658	27	1.9	27	92	0	86	32	15	15	36	1.89
81026498--81026751	127	2.0	127	85	1	348	34	23	21	20	1.96
81026896--81026953	27	2.2	26	82	14	73	31	20	17	31	1.96
81026905--81026974	27	2.6	27	88	8	106	28	17	17	37	1.92
81029270--81029314	21	2.1	21	95	0	81	35	0	31	33	1.58
81033917--81034078	54	3.0	53	84	7	211	25	13	27	33	1.93
81033917--81034131	54	4.3	51	84	8	203	26	13	26	33	1.94
81033989--81034178	47	3.9	47	80	10	170	25	13	28	32	1.94
81039399--81039437	21	1.9	20	89	5	60	17	30	41	10	1.83
81042418--81042796	48	7.9	48	77	3	352	26	26	17	28	1.98
81042418--81042796	96	3.9	96	87	3	523	26	26	17	28	1.98
81042416--81042796	144	2.6	143	79	4	408	26	26	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81045350--81045452	38	2.7	38	89	0	143	30	26	22	21	1.99
81054860--81054894	13	2.7	13	95	0	61	20	42	25	11	1.85
81058479--81058611	69	1.9	70	92	1	223	32	13	17	36	1.89
81059370--81059947	39	14.7	39	85	2	665	21	22	27	28	1.99
81059370--81059909	236	2.3	236	87	2	719	21	22	27	28	1.99
81059368--81059947	275	2.1	275	87	1	842	21	22	27	28	1.99
81068778--81068827	21	2.4	21	93	0	82	34	12	0	54	1.38
81071914--81071944	15	2.1	15	93	0	53	32	9	19	38	1.84
81075442--81075627	80	2.3	82	85	3	245	25	21	27	25	1.99
81075443--81075627	40	4.6	40	77	10	173	25	21	27	24	1.99
81093367--81093533	27	6.2	27	75	11	94	35	16	22	25	1.95
81093386--81093614	27	8.5	27	74	8	153	34	17	22	25	1.95
81093389--81093623	54	4.4	54	77	3	188	34	17	22	25	1.96
81093443--81093614	81	2.1	80	82	1	200	36	18	20	24	1.95
81110224--81110401	27	6.6	27	79	3	160	28	29	16	25	1.97
81110245--81110400	82	1.9	81	82	3	197	27	29	17	25	1.97
81113910--81114113	27	7.5	26	85	5	194	26	15	28	28	1.96
81113910--81114113	54	3.8	53	82	3	219	26	15	28	28	1.96
81113910--81114113	109	1.9	108	85	3	284	26	15	28	28	1.96
81121963--81122166	27	7.5	26	85	3	192	26	15	28	28	1.96
81121963--81122166	54	3.8	53	81	6	221	26	15	28	28	1.96
81121963--81122166	109	1.9	108	85	3	284	26	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81124336--81124395	24	2.5	24	89	2	95	35	1	1	61	1.16
81124417--81124619	26	7.9	26	71	12	134	28	6	5	58	1.48
81126540--81126583	19	2.3	19	84	7	54	22	20	11	45	1.83
81126547--81126591	19	2.3	20	84	3	56	28	17	8	44	1.79
81130672--81131441	45	16.8	45	74	10	438	32	17	21	28	1.96
81130715--81130867	83	1.8	83	83	2	200	30	18	22	29	1.97
81130899--81131253	192	1.8	193	88	3	545	33	16	21	28	1.95
81130838--81131308	96	5.0	93	75	12	379	34	17	20	28	1.95
81133044--81133095	24	2.2	23	93	3	86	34	1	0	63	1.06
81133128--81133330	26	8.0	25	70	14	121	28	6	4	60	1.42
81133148--81133330	50	3.6	48	77	9	145	28	6	4	60	1.41
81133139--81133330	102	1.9	102	83	4	253	28	5	5	60	1.41
81139372--81139399	11	2.5	11	100	0	56	67	0	25	7	1.15
81140478--81140600	60	2.0	60	96	0	228	34	10	27	27	1.90
81142273--81142329	20	3.2	19	69	27	52	29	29	1	38	1.67
81142249--81142329	34	2.4	34	85	0	99	27	28	3	40	1.73
81145363--81145472	26	4.2	26	89	2	159	35	5	24	34	1.79
81147094--81147233	27	5.2	27	83	2	156	17	22	22	37	1.94
81147094--81147233	54	2.6	55	85	2	176	17	22	22	37	1.94
81150864--81151053	93	2.0	94	85	5	260	38	8	17	35	1.80
81151806--81151845	21	1.9	21	94	0	71	42	0	55	2	1.13
81151809--81151846	12	3.2	12	88	0	58	44	0	52	2	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81153966--81154058	47	2.0	47	95	0	168	26	5	9	58	1.52
81157286--81157338	26	2.0	26	100	0	106	49	7	7	35	1.60
81159030--81159070	21	2.0	21	85	0	55	36	21	2	39	1.67
81161352--81161414	27	2.4	26	74	10	65	44	0	3	52	1.17
81161352--81161432	27	3.0	27	70	26	64	43	1	3	51	1.27
81163278--81163454	49	3.6	49	81	2	187	24	28	19	27	1.98
81163282--81163496	98	2.3	91	81	7	225	26	29	18	25	1.98
81163517--81163637	46	2.7	44	82	10	138	23	25	19	31	1.98
81168399--81168432	17	2.0	17	88	0	50	38	5	11	44	1.65
81169228--81169307	31	2.6	31	91	0	124	27	22	18	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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