genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37676565--37676747	40	4.6	40	83	9	214	24	22	27	25	2.00
37676616--37676780	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
37680480--37680751	39	7.0	39	92	0	436	22	25	28	23	1.99
37689424--37689600	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
37689424--37689575	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
37697585--37697761	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
37697585--37697736	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
37700176--37700207	16	2.0	16	100	0	64	56	25	12	6	1.59
37700421--37700541	28	4.3	28	81	1	134	28	15	32	23	1.95
37705094--37705198	28	3.8	28	83	0	129	27	15	30	26	1.96
37708447--37708705	68	3.9	64	77	10	238	30	16	28	24	1.96
37725467--37725638	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
37725469--37725691	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
37725467--37725691	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
37725623--37725700	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
37745705--37745880	40	4.4	40	84	2	196	25	26	21	26	1.99
37749793--37749893	41	2.4	42	80	6	107	23	27	16	31	1.96
37753891--37754115	40	5.7	40	86	3	267	29	28	18	23	1.98
37768524--37768687	38	4.3	38	83	3	211	23	21	25	29	1.99
37768680--37768761	43	1.9	43	87	0	119	13	24	32	29	1.93
37769078--37769204	45	2.9	44	78	10	118	25	22	26	25	2.00
37770714--37770765	25	2.1	24	82	3	59	34	19	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37773511--37773709	46	4.3	45	72	7	148	27	17	28	26	1.98
37774675--37774754	41	2.0	40	85	9	108	21	22	38	17	1.93
37785841--37786024	40	4.6	40	83	6	196	24	21	26	27	1.99
37785841--37786021	80	2.3	81	83	9	221	24	21	27	27	1.99
37793256--37793301	14	3.1	15	78	18	51	47	0	2	50	1.13
37793464--37793504	22	1.9	22	85	5	57	68	9	19	2	1.29
37794724--37794770	17	2.7	18	80	6	60	27	10	19	42	1.84
37797819--37797853	8	4.4	8	100	0	70	11	11	0	77	1.00
37799141--37799259	54	2.2	53	84	3	157	21	26	25	27	1.99
37799973--37800021	22	2.2	22	96	0	89	40	28	14	16	1.87
37799981--37800031	22	2.3	22	86	0	66	41	27	13	17	1.87
37800001--37800098	38	2.6	38	80	0	124	32	29	18	19	1.96
37803767--37803872	55	1.9	55	86	0	149	21	22	30	25	1.99
37822951--37823100	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
37822923--37823100	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
37822924--37823079	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
37825790--37825866	36	2.1	36	90	0	118	49	3	6	40	1.47
37826243--37826301	29	2.1	29	96	3	111	45	3	18	32	1.66
37827174--37827204	13	2.4	13	94	0	53	35	0	12	51	1.40
37829013--37829066	22	2.5	21	81	3	63	12	31	35	20	1.90
37831315--37831442	46	2.8	48	81	10	158	26	19	30	23	1.98
37838808--37838980	46	3.7	47	83	9	182	26	18	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37848310--37848582	91	3.0	91	98	0	519	33	23	16	26	1.96
37848559--37848682	43	2.9	42	71	7	115	29	24	12	33	1.93
37851460--37851503	14	3.1	14	87	6	54	40	2	2	54	1.25
37852004--37852028	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
37855457--37855498	9	4.6	9	80	14	50	83	0	7	9	0.81
37865508--37865822	46	6.8	46	91	0	396	20	24	14	40	1.90
37866203--37866253	24	2.1	24	88	0	75	60	1	0	37	1.08
37873235--37873277	21	2.0	21	86	0	59	44	16	23	16	1.86
37877054--37877095	21	2.0	21	86	9	59	40	4	0	54	1.21
37879888--37879949	30	2.1	30	96	0	115	59	14	3	22	1.49
37879979--37880021	22	2.0	22	85	0	59	55	9	11	23	1.64
37880267--37880329	30	2.1	30	93	0	108	25	0	12	61	1.31
37880414--37880452	18	2.0	20	85	9	55	25	0	10	64	1.25
37880453--37880486	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
37880760--37880810	16	3.1	16	77	8	50	68	0	19	11	1.20
37880768--37880836	36	1.9	36	84	0	93	66	0	17	15	1.25
37883455--37883501	24	2.0	24	87	8	69	27	10	17	44	1.81
37883463--37883535	24	3.0	24	79	0	65	24	12	23	39	1.89
37883963--37884017	16	3.4	16	89	0	83	36	7	27	29	1.84
37884198--37884321	58	2.1	58	88	2	178	51	3	0	45	1.17
37886235--37886307	35	2.1	35	97	0	137	49	8	13	28	1.71
37890434--37890477	21	2.1	21	87	8	63	31	25	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37890895--37890976	43	1.9	43	92	0	137	34	25	15	24	1.95
37890808--37890966	86	1.9	85	80	6	187	33	25	15	26	1.95
37897954--37898123	93	1.8	93	92	0	286	30	28	19	22	1.98
37897948--37898120	46	3.7	46	76	13	174	30	27	19	22	1.98
37900216--37900243	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
37900989--37901036	10	4.3	12	75	20	50	70	4	0	25	1.04
37900989--37901036	16	3.0	16	79	11	62	70	4	0	25	1.04
37901081--37901120	20	2.0	20	100	0	80	65	5	5	25	1.34
37901292--37901329	20	1.9	20	84	10	51	50	7	5	36	1.54
37903510--37903581	35	2.0	36	81	2	83	52	11	2	33	1.51
37905185--37905214	12	2.5	12	100	0	60	6	36	20	36	1.79
37911366--37911457	6	15.3	6	100	0	184	50	17	0	32	1.47
37919299--37919364	29	2.3	29	89	10	100	28	18	7	45	1.76
37924810--37925126	94	3.3	95	80	10	323	27	17	29	24	1.98
37924858--37925126	96	2.8	95	81	8	302	26	17	30	25	1.97
37924848--37925124	47	5.8	50	73	11	190	26	17	30	24	1.97
37929040--37929197	43	3.7	43	77	12	110	34	27	16	22	1.95
37933249--37933404	68	2.3	68	94	0	267	17	25	23	32	1.97
37954731--37955018	46	6.1	46	76	8	240	26	29	16	27	1.97
37954795--37955008	93	2.3	94	84	2	270	25	29	16	28	1.97
37960491--37960691	48	4.3	48	79	11	177	23	30	16	29	1.96
37960512--37960772	92	2.9	87	79	10	251	22	30	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37960516--37960772	46	5.6	46	78	9	204	23	30	18	28	1.97
37960516--37960785	138	2.0	136	80	7	303	23	30	18	28	1.97
37974239--37974296	30	2.0	30	86	3	82	34	10	12	43	1.76
37975080--37975135	25	2.2	27	78	18	66	32	5	1	60	1.29
37980182--37980216	15	2.3	15	95	0	61	48	11	28	11	1.74
37983613--37983716	47	2.2	45	92	1	127	25	18	12	44	1.84
37989393--37989492	29	3.5	29	83	6	123	31	28	13	28	1.93
37989703--37989745	8	5.4	8	88	0	50	11	23	13	51	1.74
38000249--38000550	40	7.6	40	87	4	432	25	25	25	23	2.00
38000249--38000550	80	3.8	80	94	1	500	25	25	25	23	2.00
38004538--38004571	18	1.9	18	88	5	52	29	8	20	41	1.82
38005127--38005153	13	2.1	13	100	0	54	22	33	14	29	1.94
38005297--38005373	29	2.7	29	93	0	127	27	29	18	24	1.98
38006261--38006374	29	4.0	28	81	8	131	28	28	15	26	1.96
38006252--38006362	58	1.9	57	87	1	159	27	29	16	26	1.97
38007421--38007492	37	1.9	37	91	0	117	22	38	6	31	1.81
38007985--38008056	37	1.9	37	94	0	126	22	40	6	30	1.80
38007273--38008399	564	2.0	564	99	0	2218	29	27	10	32	1.90
38008903--38008937	18	1.9	18	88	0	52	14	42	0	42	1.45
38010122--38010157	15	2.4	15	90	0	54	55	25	0	19	1.43
38011172--38011270	29	3.5	28	83	5	119	28	29	17	25	1.97
38012184--38012267	28	3.0	28	82	6	98	30	28	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38012326--38012359	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
38013169--38013268	29	3.5	29	86	1	139	28	29	16	27	1.97
38014174--38014287	29	4.0	29	82	8	119	28	28	15	27	1.96
38014165--38014273	58	1.9	58	83	5	141	27	30	15	26	1.96
38016676--38017015	54	6.3	54	83	5	357	39	20	9	31	1.84
38016676--38016961	27	10.6	27	86	0	358	39	19	8	31	1.83
38016676--38017015	81	4.2	80	79	6	310	39	20	9	31	1.84
38016676--38017016	27	12.7	27	80	7	259	39	20	9	31	1.84
38017052--38017158	27	4.0	27	88	0	142	36	19	20	23	1.95
38017287--38017352	6	10.8	6	73	15	55	21	19	13	45	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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