genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.138.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44254380--44254533	42	3.6	42	80	10	163	30	24	14	30	1.95
44264373--44264492	58	2.1	58	100	0	240	42	17	13	26	1.86
44268143--44268174	13	2.3	15	89	10	50	68	0	9	21	1.17
44270162--44270187	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
44276771--44276805	17	2.1	17	89	5	54	11	8	5	74	1.22
44278419--44278446	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
44289868--44289928	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
44311545--44312190	47	13.7	47	92	3	1045	32	8	29	29	1.87
44311762--44311833	22	3.3	22	64	24	62	29	11	31	27	1.91
44311568--44312190	233	2.7	234	94	1	1072	32	8	29	29	1.87
44311545--44312190	186	3.4	185	91	5	994	32	8	29	29	1.87
44312309--44312387	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
44337277--44337538	39	6.7	40	87	7	328	24	27	22	25	2.00
44344457--44344493	17	2.2	17	90	9	58	45	18	0	35	1.50
44345939--44346077	56	2.5	56	90	0	206	32	24	13	29	1.94
44360647--44360779	41	3.2	40	85	6	142	30	15	28	25	1.95
44361627--44361654	12	2.3	12	100	0	56	32	10	7	50	1.64
44363603--44363787	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
44363604--44363787	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
44363656--44363820	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
44371084--44371268	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	25	2.00
44371085--44371268	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44371137--44371301	79	2.1	79	84	6	210	26	21	26	25	1.99
44375450--44375681	50	4.7	48	75	9	153	31	24	16	27	1.97
44379802--44379929	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
44379801--44379929	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
44381947--44382124	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
44381968--44382123	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
44395505--44395601	40	2.4	40	91	3	151	26	16	26	29	1.97
44398001--44398122	43	2.9	42	80	11	149	27	27	14	29	1.95
44401556--44401726	93	1.8	93	89	2	272	28	28	20	22	1.99
44401551--44401734	46	4.0	45	71	15	117	29	27	19	23	1.98
44408958--44409128	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
44408953--44409125	46	3.7	46	75	13	183	28	27	20	23	1.99
44413747--44413834	27	3.3	26	84	4	113	18	20	22	38	1.93
44437054--44437079	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
44443009--44443144	43	3.2	42	77	12	143	26	16	25	31	1.97
44449088--44449128	18	2.3	18	95	0	73	29	12	29	29	1.93
44453901--44454024	40	3.1	40	80	7	155	27	28	20	23	1.99
44455778--44455959	28	6.5	28	95	0	303	25	10	28	34	1.90
44468784--44468959	46	3.8	46	77	12	198	21	20	28	29	1.98
44468781--44468952	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
44471443--44471691	40	6.3	40	92	0	376	24	20	28	26	1.99
44471391--44471691	120	2.5	118	84	3	379	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44479374--44479634	40	6.6	40	87	3	285	24	20	28	25	1.99
44482462--44482510	21	2.3	21	100	0	98	48	4	10	36	1.56
44485697--44485730	17	2.0	17	88	0	50	64	2	11	20	1.39
44505315--44505539	40	5.7	40	83	5	260	26	27	21	24	1.99
44505315--44505539	79	2.8	79	85	6	285	26	27	21	24	1.99
44505315--44505539	119	1.9	120	83	6	296	26	27	21	24	1.99
44511781--44511859	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
44511977--44512342	47	7.7	47	98	0	651	29	30	9	31	1.88
44515847--44516082	40	5.9	40	80	4	219	24	28	23	24	2.00
44515847--44516082	120	2.0	120	81	11	279	24	28	23	24	2.00
44516390--44516468	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
44516450--44516552	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
44518420--44518498	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
44518686--44518912	47	4.8	47	98	1	429	29	29	9	31	1.88
44521175--44521208	17	2.0	17	100	0	68	23	11	23	41	1.87
44524614--44524673	30	2.0	30	90	0	93	41	15	10	33	1.80
44526149--44526241	2	47.0	2	77	2	89	43	0	56	0	0.99
44526152--44526237	22	4.0	22	81	3	102	41	0	58	0	0.98
44526947--44526984	19	2.0	19	85	10	51	36	2	0	60	1.11
44527171--44527237	27	2.4	27	95	5	116	11	20	22	44	1.84
44538655--44538840	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	23	1.99
44538622--44538840	80	2.8	81	82	8	254	26	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44541214--44541266	25	2.2	24	86	10	72	37	20	22	18	1.94
44541759--44541798	21	1.9	21	84	0	53	35	17	0	47	1.48
44545099--44545130	15	2.1	15	94	0	55	31	9	34	25	1.87
44555357--44555541	40	4.7	40	82	6	216	26	28	21	23	1.99
44555359--44555541	79	2.3	81	82	9	216	26	27	21	24	1.99
44560516--44560567	26	2.0	26	100	0	104	26	15	11	46	1.80
44566136--44566374	118	2.0	118	98	0	460	33	23	14	28	1.94
44568643--44568724	26	3.2	26	98	0	155	32	7	24	35	1.83
44580434--44580484	27	1.9	26	88	4	75	39	17	15	27	1.90
44583291--44583349	29	2.0	30	90	3	93	54	10	3	32	1.51
44583770--44583796	10	2.7	10	100	0	54	92	0	7	0	0.38
44584165--44584210	23	2.0	23	87	4	67	52	10	6	30	1.62
44588182--44588229	24	2.0	24	91	0	78	37	18	22	20	1.94
44588618--44588683	13	5.1	13	80	7	80	33	7	24	34	1.84
44592460--44592495	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
44596514--44597078	48	11.8	48	91	0	896	35	6	27	31	1.81
44597123--44597225	37	2.8	37	92	0	170	24	20	30	25	1.99
44601008--44601140	49	2.7	49	82	2	160	20	25	23	30	1.98
44601158--44601420	48	5.6	48	82	3	302	24	26	19	28	1.99
44601158--44601375	94	2.3	96	85	1	296	23	27	19	28	1.99
44601158--44601420	94	2.8	92	82	4	287	24	26	19	28	1.99
44601158--44601417	142	1.8	141	85	4	362	24	26	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44610575--44610636	29	2.1	30	87	3	90	41	9	12	35	1.76
44613025--44613345	48	6.6	48	83	4	412	28	27	16	27	1.97
44613025--44613345	144	2.2	145	87	2	457	28	27	16	27	1.97
44616822--44616846	11	2.3	11	100	0	50	36	0	20	44	1.52
44620243--44620371	48	2.7	48	86	1	170	21	13	29	34	1.92
44624735--44624859	49	2.6	49	79	6	139	27	30	19	23	1.98
44624838--44624994	46	3.4	46	80	13	146	25	29	18	26	1.98
44629424--44629460	15	2.5	15	90	0	65	48	24	5	21	1.71
44631577--44631796	40	5.6	40	78	7	225	25	25	22	25	2.00
44635138--44635673	47	11.4	47	93	0	885	32	8	29	28	1.88
44635792--44635870	37	2.1	37	88	0	113	24	17	32	25	1.97
44637687--44638071	40	9.5	40	92	4	628	22	21	29	25	1.99
44637687--44638048	167	2.2	166	92	4	612	22	21	30	25	1.99
44642989--44643111	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
44642989--44643111	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
44643014--44643124	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
44651220--44651342	28	4.4	28	89	2	167	26	11	28	34	1.91
44651248--44651355	28	3.9	27	90	3	110	28	11	25	34	1.90
44653365--44653516	47	3.2	47	96	0	286	32	7	28	30	1.86
44653489--44653553	32	2.1	31	94	5	114	33	0	29	36	1.58
44653521--44653932	47	8.8	47	94	0	689	33	8	29	29	1.87
44654050--44654127	36	2.1	37	90	2	122	24	19	32	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44658878--44658920	13	3.2	12	81	18	50	6	9	4	79	1.06
44660656--44660708	21	2.6	21	84	3	63	58	0	3	37	1.16
44660652--44660730	17	4.6	16	70	14	52	60	1	3	34	1.23
44662296--44662518	79	2.8	78	82	9	256	24	26	22	26	2.00
44662296--44662518	39	5.7	40	85	8	257	24	26	22	26	2.00
44682319--44682463	40	3.6	40	85	4	175	25	23	26	24	2.00
44685240--44685463	40	5.7	40	83	7	246	25	21	27	25	1.99
44693316--44693497	79	2.3	81	83	7	221	25	21	28	24	1.99
44693316--44693497	40	4.6	40	81	9	203	25	21	28	24	1.99
44693366--44693530	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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