genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71332621--71332664	16	2.8	16	86	3	54	47	22	18	11	1.80
71332630--71332664	8	4.4	8	88	0	52	45	20	20	14	1.85
71332875--71332986	29	3.9	28	83	6	118	26	13	30	29	1.94
71336785--71336860	32	2.4	32	81	0	89	26	17	27	28	1.97
71350927--71351076	42	3.5	42	81	3	185	30	17	24	27	1.97
71350917--71351076	85	1.9	84	83	8	209	30	16	25	27	1.97
71365788--71365857	35	2.0	35	94	0	122	25	27	21	25	1.99
71371537--71371568	7	4.4	7	92	7	55	40	43	0	15	1.47
71371540--71371568	15	1.9	15	100	0	58	44	41	0	13	1.44
71380182--71380448	40	6.7	40	95	0	480	29	20	27	22	1.98
71382398--71382758	46	7.8	45	71	12	266	28	27	19	23	1.99
71382452--71382710	47	5.6	47	76	14	293	28	27	18	24	1.98
71382405--71382762	93	3.8	93	95	0	626	28	27	20	23	1.99
71385147--71385196	15	3.4	15	86	2	66	62	12	16	10	1.55
71385147--71385205	15	4.0	15	76	10	59	59	15	15	10	1.61
71388138--71388299	46	3.5	45	75	14	168	29	28	19	22	1.98
71392410--71392499	41	2.1	42	82	11	105	25	13	31	30	1.94
71418405--71418442	19	2.0	19	85	10	51	15	23	42	18	1.89
71418663--71418822	27	5.9	27	78	5	171	33	18	22	25	1.96
71418670--71418822	81	1.9	81	83	2	200	33	17	22	25	1.96
71418913--71418982	27	2.6	27	81	4	70	27	24	14	34	1.94
71419071--71419137	21	3.1	21	84	2	89	7	1	49	41	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71426232--71426456	40	5.7	40	93	2	391	22	28	20	29	1.98
71426232--71426456	78	2.8	80	95	2	409	22	28	20	29	1.98
71432405--71432749	40	8.5	40	84	4	431	25	23	25	26	2.00
71432405--71432749	83	4.2	80	84	8	428	25	23	25	26	2.00
71432405--71432749	123	2.8	123	92	1	563	25	23	25	26	2.00
71435856--71435922	33	2.0	33	91	0	107	32	11	13	41	1.81
71455612--71455685	29	2.6	29	82	4	87	27	16	29	27	1.97
71463747--71463820	29	2.6	29	82	4	87	28	14	31	25	1.95
71466404--71466461	25	2.3	25	82	5	73	32	17	29	20	1.95
71468862--71468908	19	2.5	19	77	16	53	59	0	8	31	1.27
71475070--71475193	29	4.3	30	78	8	125	29	28	12	30	1.92
71475077--71475189	58	2.0	58	82	5	140	27	30	12	30	1.93
71475261--71475308	19	2.6	19	86	3	62	18	35	16	29	1.93
71476677--71476708	16	2.0	16	93	0	55	18	3	25	53	1.59
71490090--71490233	39	3.7	39	91	0	234	22	22	26	27	1.99
71492169--71492393	40	5.7	40	85	4	249	25	28	21	24	1.99
71492325--71492402	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
71500052--71500269	39	5.6	39	82	8	196	25	28	21	24	1.99
71500050--71500269	78	2.8	79	81	8	222	25	28	20	24	1.99
71500201--71500278	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
71515029--71515147	39	3.1	38	84	3	148	27	28	20	23	1.99
71515096--71515197	49	2.1	49	88	3	152	27	31	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71515192--71515269	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
71522952--71523214	39	6.7	40	83	6	252	25	27	20	25	1.99
71522952--71523161	79	2.7	79	81	5	237	25	28	20	25	1.99
71523146--71523223	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
71528438--71528596	43	3.7	44	70	12	134	23	18	26	31	1.97
71532866--71532898	9	3.7	9	95	0	57	39	12	18	30	1.87
71534486--71534633	40	3.7	40	93	0	242	22	27	20	30	1.98
71537442--71537467	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
71539877--71539915	18	2.3	17	86	8	53	71	2	17	7	1.21
71539878--71539919	17	2.4	18	88	4	59	73	2	16	7	1.15
71539862--71539928	28	2.4	28	82	0	71	73	1	20	4	1.09
71542490--71542531	21	2.0	22	90	4	68	30	9	4	54	1.53
71545236--71545285	25	2.0	25	84	7	66	28	2	2	68	1.12
71546962--71547004	18	2.4	18	88	0	59	20	25	9	44	1.81
71549778--71549963	40	4.7	40	87	5	243	26	26	20	25	1.99
71549745--71549963	80	2.7	78	84	6	255	26	26	20	26	1.99
71552356--71552714	126	2.8	126	83	3	438	28	15	15	40	1.88
71552790--71552869	41	2.0	41	85	5	108	41	18	0	40	1.51
71552786--71552903	34	3.3	34	66	26	82	45	15	0	38	1.46
71553376--71553466	26	3.5	26	84	13	116	52	0	1	46	1.07
71553474--71553516	22	2.0	22	86	9	61	48	9	2	39	1.48
71561243--71561481	55	4.5	54	78	8	224	36	16	23	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71561250--71561452	108	1.9	110	84	4	277	34	17	23	25	1.96
71561297--71561497	53	3.9	51	78	8	165	37	17	23	21	1.94
71561695--71561729	16	2.2	16	94	0	61	40	0	20	40	1.52
71568894--71569096	53	3.8	53	80	5	237	34	17	25	22	1.96
71568901--71569102	108	1.9	109	88	1	307	32	17	25	23	1.97
71569345--71569375	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
71572931--71573015	44	1.9	44	83	9	111	37	15	23	23	1.93
71573154--71573275	47	2.6	47	93	0	208	37	13	23	25	1.91
71573257--71573461	55	3.8	54	82	1	223	34	17	25	22	1.96
71586552--71586807	40	6.5	40	88	5	337	25	28	23	21	1.99
71592321--71592364	8	5.5	8	80	0	52	47	20	22	9	1.78
71592314--71592364	24	2.1	24	92	0	84	49	19	21	9	1.77
71592321--71592364	16	2.8	16	82	0	61	47	20	22	9	1.78
71592575--71592660	28	3.0	28	86	3	118	29	13	29	27	1.95
71596604--71596664	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
71599697--71599761	28	2.3	29	86	2	87	29	33	12	24	1.92
71604380--71604486	28	3.8	28	80	11	121	26	35	13	25	1.92
71605434--71605478	22	2.0	23	82	8	56	44	11	26	17	1.82
71608817--71608970	28	5.5	28	95	0	256	33	27	12	26	1.92
71610781--71610811	12	2.6	12	100	0	62	6	51	32	9	1.60
71612565--71612657	28	3.3	28	87	1	114	31	33	10	24	1.90
71620317--71620627	46	6.7	46	77	10	310	21	19	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71620310--71620480	93	1.8	93	91	0	279	22	20	27	29	1.99
71620319--71620627	139	2.2	139	96	0	564	21	19	29	29	1.98
71629263--71629538	46	5.8	49	72	14	175	23	29	18	28	1.98
71637030--71637202	46	3.7	46	68	13	129	20	19	30	30	1.97
71637023--71637195	93	1.9	93	85	0	238	20	20	30	28	1.98
71646299--71646570	39	7.0	39	91	1	438	23	29	24	22	1.99
71646603--71646637	12	2.9	12	100	0	70	40	25	0	34	1.56
71652190--71652460	39	6.9	39	91	0	425	24	27	25	22	2.00
71654082--71654297	40	5.3	40	90	3	319	25	27	22	25	2.00
71659821--71659936	54	2.1	54	100	0	232	25	25	28	19	1.99
71662317--71662534	40	5.5	40	95	1	368	25	27	22	23	2.00
71671061--71671185	48	2.6	48	83	5	146	29	19	24	27	1.98
71678905--71679131	48	4.8	48	72	9	171	26	17	25	30	1.97
71701081--71701139	16	3.7	16	81	4	66	59	15	13	11	1.62
71701350--71701532	29	6.3	29	91	0	278	26	14	29	30	1.95
71702167--71702195	13	2.2	13	100	0	58	13	0	48	37	1.43
71710145--71710204	30	2.0	30	86	0	84	26	25	8	40	1.84
71714588--71714696	6	17.8	6	76	14	98	45	15	19	19	1.85
71714608--71714708	31	3.3	31	91	0	148	45	14	19	19	1.85
71714856--71714957	27	3.8	26	80	5	105	37	19	22	20	1.95
71714856--71714958	54	1.9	53	82	2	125	36	19	22	21	1.95
71715127--71715180	22	2.5	22	70	11	56	37	18	24	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71715625--71716259	27	23.6	27	87	1	799	24	21	20	34	1.97
71716243--71716451	27	7.7	27	75	9	113	31	8	21	38	1.83
71716297--71716638	81	4.2	80	80	6	339	30	8	20	40	1.83
71716352--71716638	27	10.6	27	83	0	349	31	8	19	40	1.82
71718550--71718609	30	2.0	30	86	0	84	26	25	8	40	1.84
71721588--71721648	21	2.9	21	90	4	97	34	18	11	36	1.86
71721588--71721659	5	14.0	5	72	10	56	36	18	9	36	1.83
71721588--71721654	10	6.6	10	81	11	75	35	17	10	35	1.85
71723173--71723344	93	1.8	93	91	0	281	28	27	21	22	1.99
71723166--71723341	46	3.8	46	75	12	171	29	27	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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