genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28312972--28313010	18	2.2	17	86	13	53	38	0	0	61	0.96
28321801--28321851	21	2.5	20	81	9	57	31	3	1	62	1.24
28328452--28328558	26	4.1	26	91	0	169	34	7	23	34	1.83
28330179--28330373	27	7.2	26	81	6	228	17	22	23	36	1.95
28330179--28330373	54	3.6	54	91	1	311	17	22	23	36	1.95
28338023--28338205	48	3.9	48	72	9	142	21	28	20	30	1.98
28338069--28338242	94	1.9	94	87	4	262	22	26	20	29	1.99
28338078--28338245	47	3.6	45	75	11	151	23	26	20	29	1.99
28340048--28340118	35	2.0	35	83	5	90	25	22	22	29	1.99
28345500--28345526	14	1.9	14	100	0	54	85	7	0	7	0.75
28354102--28354452	39	9.0	38	87	5	436	30	30	20	17	1.96
28354129--28354452	78	4.2	78	90	3	492	30	30	20	18	1.96
28354129--28354452	117	2.8	116	91	1	506	30	30	20	18	1.96
28357951--28358109	27	5.9	27	80	11	173	37	22	23	16	1.94
28357944--28358109	54	3.1	54	88	1	235	37	22	22	16	1.94
28359700--28359806	26	4.1	26	93	0	187	35	24	7	32	1.83
28364710--28364902	27	7.1	27	82	9	198	38	23	20	17	1.93
28364734--28364902	54	3.1	54	87	3	241	37	24	20	17	1.93
28364710--28364902	81	2.4	83	83	6	225	38	23	20	17	1.93
28366525--28366632	26	4.2	26	92	0	180	36	23	7	33	1.83
28371123--28371207	43	2.0	43	100	0	170	35	15	18	30	1.92
28374277--28374434	48	3.3	48	90	0	235	31	23	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28374277--28374456	48	3.8	48	90	0	234	30	22	21	26	1.99
28383302--28383523	46	4.9	44	75	13	157	26	18	30	25	1.98
28385378--28385558	46	3.9	45	76	9	143	21	29	19	28	1.98
28385387--28385558	94	1.8	92	81	7	213	22	29	19	29	1.98
28387789--28387822	17	1.9	18	88	5	52	50	38	2	8	1.49
28389688--28389746	28	2.1	29	87	3	84	47	1	22	28	1.61
28390284--28390365	43	1.9	43	84	0	110	23	17	25	34	1.96
28398483--28398523	4	10.2	4	82	15	50	73	0	2	24	0.96
28422734--28422759	13	2.0	13	100	0	52	23	38	15	23	1.92
28426678--28426860	47	3.9	48	70	11	164	22	29	18	29	1.97
28453219--28453259	22	1.9	22	90	5	66	14	29	43	12	1.82
28454762--28454799	19	2.0	19	100	0	76	26	21	15	36	1.93
28457308--28457577	47	5.8	47	75	8	205	24	29	17	28	1.98
28457364--28457573	46	4.5	45	76	9	165	25	28	17	28	1.98
28462092--28462148	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
28462488--28462521	3	11.3	3	93	0	59	0	64	0	35	0.94
28463023--28463047	8	3.1	8	100	0	50	72	0	0	28	0.86
28468253--28468322	30	2.3	30	100	0	140	30	22	35	11	1.90
28473356--28473399	21	2.0	21	91	4	70	77	0	13	9	0.99
28473841--28473876	18	2.0	18	100	0	72	33	11	22	33	1.89
28475535--28475577	20	2.2	20	100	0	86	41	18	4	34	1.71
28481044--28481092	26	1.9	25	84	12	64	44	8	12	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28491507--28491548	21	2.0	21	95	0	75	38	0	16	45	1.48
28492020--28492091	34	2.1	34	100	0	144	18	16	23	41	1.89
28492176--28492264	23	3.8	22	73	15	72	24	21	19	34	1.96
28492185--28492277	24	3.9	24	76	10	93	25	20	17	36	1.94
28494106--28494213	37	2.9	37	95	0	189	25	31	20	23	1.98
28494423--28494609	47	4.0	47	91	0	293	26	28	12	32	1.92
28498172--28498756	40	14.6	40	91	0	938	24	28	21	24	1.99
28500023--28500131	37	2.9	37	93	0	182	27	31	18	22	1.97
28500399--28500476	23	3.2	25	67	29	78	30	32	8	28	1.88
28500335--28500624	93	3.1	94	88	2	444	26	28	11	32	1.92
28500424--28500498	24	3.3	21	69	27	64	28	32	9	30	1.88
28500335--28500624	47	6.3	47	89	2	444	26	28	11	32	1.92
28504114--28504568	39	11.9	39	85	10	586	26	30	18	24	1.98
28505737--28505843	36	3.0	36	90	4	171	27	31	17	23	1.97
28506071--28506348	47	6.3	47	85	11	351	27	29	10	32	1.90
28506223--28506300	23	3.2	25	64	29	69	29	32	10	28	1.90
28506248--28506323	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
28509861--28510160	39	7.8	39	85	6	353	26	30	20	23	1.98
28509861--28510160	77	3.9	78	85	7	407	26	30	20	23	1.98
28509874--28510160	115	2.5	118	88	6	410	27	29	19	22	1.98
28510115--28510201	46	2.0	42	86	13	122	28	27	19	24	1.98
28511400--28511505	37	2.9	37	92	2	171	25	31	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28511714--28511898	47	4.0	47	92	0	291	26	28	11	32	1.92
28515449--28516029	40	14.6	40	90	2	911	24	28	21	24	1.99
28517308--28517416	37	2.9	37	93	0	182	27	31	18	22	1.97
28517622--28517952	47	7.1	47	91	0	520	27	28	11	32	1.91
28517687--28517764	23	3.2	25	67	29	78	30	32	8	28	1.88
28517712--28517787	23	3.3	21	68	28	57	28	31	9	30	1.88
28517622--28517949	141	2.3	141	94	0	595	27	28	11	32	1.91
28517828--28517905	23	3.2	25	64	29	69	29	32	10	28	1.90
28517853--28517928	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
28520803--28520936	69	1.9	70	92	1	225	31	13	18	36	1.90
28521996--28522214	45	4.9	45	87	5	304	23	21	29	25	1.99
28526610--28526650	16	2.5	17	80	7	50	46	0	4	48	1.23
28527556--28527667	55	2.0	55	81	3	127	43	3	3	49	1.37
28530070--28530453	193	2.0	193	91	4	623	25	14	18	41	1.88
28532350--28532425	40	1.9	40	86	5	109	31	18	17	32	1.94
28553574--28553625	24	2.1	25	82	10	63	17	3	11	67	1.36
28554062--28554095	10	3.4	10	91	0	50	61	0	17	20	1.34
28554068--28554097	10	3.0	10	95	0	51	66	0	13	20	1.24
28554196--28554248	13	3.9	13	82	5	61	60	1	0	37	1.08
28555868--28555909	20	2.0	21	86	4	59	40	2	0	57	1.12
28556634--28556691	9	7.0	8	77	14	64	53	1	0	44	1.10
28556632--28556701	17	4.0	18	76	12	65	55	1	0	42	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28556789--28556831	17	2.4	18	81	14	54	72	0	4	23	1.04
28559829--28559863	18	1.9	18	88	0	52	68	0	5	25	1.11
28567089--28567246	43	3.7	42	78	7	158	34	27	16	22	1.95
28569459--28569484	11	2.4	11	100	0	52	7	0	7	84	0.77
28571920--28571965	23	2.0	23	100	0	92	30	4	13	52	1.59
28573169--28573242	21	3.5	21	67	18	64	36	6	14	41	1.73
28573174--28573255	41	2.0	41	100	0	164	39	7	14	39	1.74
28573528--28573571	13	3.4	13	84	12	63	47	0	22	29	1.51
28573538--28573632	13	7.4	13	68	11	52	45	4	17	32	1.68
28577066--28577184	48	2.6	47	86	4	152	24	21	31	23	1.98
28577100--28577320	48	4.6	48	72	13	150	26	19	30	24	1.98
28578064--28578103	21	2.0	21	95	5	73	10	40	30	20	1.85
28581209--28581242	16	2.1	16	94	0	59	11	0	8	79	0.94
28585514--28585539	11	2.4	11	100	0	52	7	50	0	42	1.31
28585517--28585553	11	3.2	12	85	11	51	10	45	0	43	1.39
28587196--28587234	6	6.5	6	93	0	60	10	5	0	84	0.76
28587194--28587240	24	2.0	24	86	0	67	10	10	0	78	0.96
28593580--28593694	48	2.5	45	83	9	135	26	18	30	25	1.98
28594580--28594669	41	2.2	41	93	0	153	12	28	33	25	1.92
28602347--28602547	69	3.2	60	74	15	156	49	4	4	40	1.44
28617897--28617952	21	2.5	22	85	5	69	51	1	17	28	1.56
28621230--28621263	14	2.4	14	90	9	52	64	0	35	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28624677--28624781	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
28626385--28626430	9	4.9	9	84	7	56	54	19	0	26	1.44
28626483--28626611	54	2.4	54	89	0	186	41	13	13	31	1.83
28627470--28627501	16	2.0	16	100	0	64	50	31	0	18	1.48
28635874--28635931	23	2.5	26	78	21	74	50	1	3	44	1.29
28636059--28636094	19	1.9	19	88	5	56	52	0	0	47	1.00
28636211--28636269	27	2.2	27	82	14	70	42	0	1	55	1.09
28637294--28637324	6	5.3	6	96	3	55	54	0	12	32	1.38
28643271--28643324	15	3.3	15	74	18	54	44	0	1	53	1.11
28644718--28644748	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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