genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60290631--60290741	45	2.5	45	80	10	131	32	18	21	27	1.97
60290372--60290810	134	3.3	133	80	5	528	29	18	22	29	1.97
60290688--60290881	88	2.2	88	87	1	273	27	20	19	32	1.97
60293069--60293346	124	2.2	124	83	4	337	25	16	20	37	1.94
60293884--60293992	43	2.6	42	78	8	121	33	24	12	29	1.93
60293881--60294035	42	3.7	41	77	8	150	32	23	13	30	1.93
60295747--60295811	29	2.3	29	86	7	89	40	24	15	20	1.91
60295761--60296038	29	9.9	29	78	6	198	37	20	16	25	1.93
60295747--60295987	86	2.8	86	80	5	247	38	21	15	24	1.92
60295757--60295994	29	8.3	28	79	4	206	37	21	15	26	1.92
60295757--60295990	57	4.1	57	80	1	243	37	21	15	25	1.93
60295975--60296038	26	2.5	26	84	0	83	32	23	18	25	1.97
60298105--60298164	30	2.0	30	90	6	95	30	25	6	38	1.81
60302086--60302225	40	3.4	40	74	7	120	30	14	24	30	1.94
60302086--60302243	84	1.9	80	82	7	192	29	14	23	32	1.94
60334422--60334456	15	2.3	15	100	0	70	74	0	0	25	0.82
60340074--60340239	43	3.9	42	80	9	167	33	24	14	28	1.94
60344528--60344738	40	5.3	40	89	2	293	27	21	27	24	1.99
60353630--60353807	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
60353630--60353807	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
60355465--60355563	1	99.0	1	97	0	189	98	0	0	1	0.08
60356191--60356216	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60356606--60356644	20	1.9	21	89	5	62	35	12	28	23	1.91
60358911--60359003	23	4.0	23	76	8	91	16	15	23	45	1.85
60360868--60360960	48	1.9	48	82	4	116	44	26	12	16	1.84
60360912--60360956	21	2.1	21	83	4	54	42	24	11	22	1.86
60360921--60360977	21	2.6	22	81	10	64	45	28	8	17	1.78
60364298--60364323	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
60365848--60365884	14	2.8	13	88	11	58	54	2	16	27	1.56
60368493--60368535	11	4.1	10	88	8	59	74	9	0	16	1.06
60368493--60368535	21	2.0	21	90	0	68	74	9	0	16	1.06
60368570--60368621	14	3.5	14	87	12	77	63	5	11	19	1.47
60368569--60368621	17	3.3	17	87	10	76	64	5	11	18	1.46
60383177--60383209	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
60389566--60389623	5	11.2	5	79	20	66	77	0	3	18	0.91
60389532--60389623	31	2.8	32	82	9	107	76	1	6	16	1.05
60394676--60394700	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
60408335--60408405	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
60408335--60408428	48	1.9	49	82	6	120	36	4	36	23	1.75
60408468--60408585	27	4.1	27	85	12	173	25	14	29	30	1.95
60409505--60409616	27	4.2	26	83	7	134	16	23	23	37	1.93
60409505--60409616	54	2.1	54	88	3	163	16	23	23	37	1.93
60415036--60415065	14	2.1	14	93	0	51	73	6	0	20	1.05
60424506--60424682	27	6.5	26	81	6	158	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60424506--60424661	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
60424502--60424682	82	2.2	81	81	2	211	27	16	27	28	1.97
60453328--60453505	27	6.6	27	81	3	169	30	27	14	27	1.95
60453328--60453505	54	3.3	55	81	3	191	30	27	14	27	1.95
60480230--60480343	40	2.9	40	90	3	178	25	21	26	26	2.00
60486891--60487087	105	1.9	101	90	4	313	27	12	22	37	1.91
60489530--60489702	46	3.7	46	76	13	192	21	18	28	31	1.97
60489523--60489695	93	1.9	93	92	0	292	21	19	28	30	1.97
60500824--60500869	23	2.1	23	84	8	60	52	8	4	34	1.52
60501854--60501880	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
60504263--60504318	28	2.0	28	89	10	87	17	44	21	16	1.86
60505325--60505443	46	2.6	45	87	7	161	23	31	19	25	1.98
60515960--60515998	18	2.1	19	90	4	62	2	56	0	41	1.13
60519772--60519797	13	2.0	13	100	0	52	15	38	38	7	1.76
60526697--60526729	7	4.7	7	96	0	57	12	24	0	63	1.28
60532225--60532350	29	4.3	29	81	3	155	23	13	30	32	1.93
60534286--60534310	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
60536479--60536511	15	2.1	16	88	5	50	27	3	6	63	1.32
60536812--60536940	43	3.0	43	80	13	149	24	19	27	28	1.99
60543270--60543377	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
60548062--60548148	28	3.1	28	93	0	138	33	10	27	28	1.90
60548062--60548168	28	3.8	28	88	0	133	33	11	25	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60557184--60557243	31	1.9	31	86	0	84	28	26	15	30	1.96
60557440--60557582	25	5.9	24	88	4	173	29	20	20	29	1.98
60557634--60557700	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
60557634--60557689	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
60565286--60565348	31	2.0	31	90	0	99	23	25	15	34	1.95
60565567--60565685	25	4.8	25	93	2	197	29	21	21	27	1.98
60565737--60565803	20	3.3	20	91	0	107	32	20	13	32	1.92
60582871--60582923	20	2.7	20	96	0	97	18	33	32	15	1.92
60584569--60584756	40	4.7	40	96	0	331	21	26	20	31	1.98
60598563--60598618	27	2.1	27	96	0	103	19	12	7	60	1.55
60620687--60620864	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
60620688--60620843	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
60620684--60620864	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
60628783--60628960	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
60628784--60628939	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
60628780--60628960	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
60631017--60631065	24	2.0	24	96	0	89	30	4	16	48	1.64
60635098--60635140	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
60640792--60640844	25	2.0	26	86	13	74	52	13	11	22	1.71
60641817--60641852	17	2.2	17	95	5	65	66	0	8	25	1.19
60645718--60645926	38	5.4	38	81	3	204	33	27	19	20	1.96
60653061--60653192	43	3.1	43	92	0	219	31	33	22	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60654376--60654406	16	1.9	16	93	0	53	19	29	0	51	1.47
60655043--60655134	40	2.3	39	84	1	112	42	23	17	16	1.88
60659260--60659284	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
60667473--60667630	42	3.7	42	79	4	165	31	10	23	34	1.89
60670363--60670617	55	4.8	53	76	9	211	36	17	24	22	1.95
60670370--60670570	108	1.8	110	86	4	291	34	17	24	23	1.96
60670686--60670733	23	2.0	24	84	4	62	47	8	20	22	1.77
60670809--60670839	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
60673804--60673842	21	1.9	21	94	5	71	23	30	35	10	1.88
60675224--60675340	47	2.5	49	80	17	133	22	26	21	29	1.99
60677759--60677798	5	7.8	5	85	2	53	42	20	0	37	1.52
60679686--60679924	48	4.9	49	80	7	274	28	18	26	26	1.98
60681454--60681491	16	2.4	16	95	4	69	0	18	0	81	0.69
60686399--60686462	32	2.0	32	100	0	128	31	9	15	43	1.78
60695330--60695409	29	3.0	26	82	10	88	27	23	10	38	1.87
60698958--60698998	19	2.2	18	86	4	55	41	0	14	43	1.45
60699191--60699235	22	2.0	22	95	0	81	48	17	11	22	1.78
60706451--60706544	47	2.0	47	95	0	170	30	12	21	35	1.91
60715580--60715609	15	2.0	15	100	0	60	66	0	6	26	1.16
60718538--60718609	36	2.0	35	86	2	99	40	0	9	50	1.36
60720305--60720482	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
60720326--60720481	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60732352--60732427	31	2.5	31	82	4	100	47	13	3	35	1.61
60739345--60739454	45	2.4	45	83	3	132	22	12	28	36	1.91
60739429--60739555	52	2.6	48	84	9	154	19	16	29	33	1.94
60747027--60747133	53	2.0	53	94	0	187	30	24	16	28	1.97
60750556--60750816	137	1.9	136	79	6	294	44	3	9	42	1.54
60750855--60750911	24	2.4	24	100	0	114	42	5	21	31	1.75
60750902--60750944	23	1.9	23	85	4	61	46	6	11	34	1.67
60752328--60752437	18	6.1	18	81	4	123	32	15	16	35	1.90
60754335--60754365	14	2.2	14	94	0	53	19	6	12	61	1.53
60754396--60754457	30	2.1	30	93	0	106	27	0	12	59	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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