genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8259875--8259938	30	2.2	29	82	2	74	53	6	4	35	1.47
8266068--8266145	38	2.0	39	82	7	97	37	19	11	32	1.87
8291008--8291034	11	2.5	11	100	0	54	0	7	0	92	0.38
8293860--8293917	28	2.1	28	100	0	116	22	20	10	46	1.81
8297532--8297585	26	2.1	26	89	3	83	46	1	5	46	1.37
8314563--8314629	34	1.9	35	90	3	109	34	10	11	43	1.76
8314619--8314695	33	2.4	32	82	8	93	27	9	16	46	1.77
8315974--8316043	27	2.6	27	80	8	79	50	21	2	25	1.63
8318579--8318609	6	5.2	6	92	0	53	70	16	12	0	1.16
8336318--8336354	19	1.9	19	94	0	65	35	16	21	27	1.94
8342678--8342713	18	2.0	18	88	0	54	5	36	8	50	1.56
8346722--8346756	12	3.0	12	91	4	54	8	8	0	82	0.83
8348977--8349001	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
8349268--8349342	28	2.6	30	76	21	88	56	4	0	40	1.18
8349268--8349349	29	2.9	28	75	14	78	56	3	0	40	1.17
8353397--8353433	15	2.4	16	82	13	51	2	24	0	72	0.97
8353455--8353495	19	2.2	19	83	12	50	2	19	7	70	1.22
8355449--8355543	39	2.4	40	91	3	158	24	15	22	37	1.93
8360608--8360675	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
8360497--8360824	174	1.9	174	93	0	566	30	24	14	30	1.94
8360777--8360855	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
8366117--8366157	21	1.9	22	85	5	57	75	2	2	19	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8366785--8366809	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
8369437--8369535	28	3.7	27	88	6	139	34	17	16	32	1.92
8369437--8369547	28	4.1	28	87	3	138	35	19	15	29	1.93
8373070--8373103	15	2.3	15	89	0	50	41	2	2	52	1.31
8396201--8396236	16	2.2	16	90	0	54	41	25	2	30	1.69
8401684--8401818	43	3.1	44	81	6	175	24	18	29	27	1.98
8401701--8401818	45	2.7	43	81	6	157	26	18	28	26	1.98
8402078--8402301	114	2.0	114	86	1	315	21	22	25	30	1.99
8402105--8402301	38	5.2	38	91	1	306	19	22	26	31	1.98
8402315--8402429	45	2.6	45	82	6	121	25	23	26	24	2.00
8403420--8403449	14	2.1	14	93	0	51	66	3	0	30	1.07
8405026--8405084	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
8405055--8405102	26	1.9	24	87	8	69	29	0	6	64	1.18
8405958--8406107	51	2.9	51	88	0	228	36	28	7	27	1.84
8406970--8407180	117	1.8	117	83	2	280	45	22	9	23	1.80
8407365--8407410	16	2.8	16	86	6	56	28	2	28	41	1.68
8415019--8415261	108	2.3	108	84	4	375	40	4	9	44	1.59
8415671--8415715	24	1.9	24	86	4	65	62	0	0	37	0.96
8418811--8418843	16	2.1	16	100	0	66	24	18	6	51	1.68
8423544--8423654	18	6.2	18	88	0	150	32	15	22	29	1.95
8425204--8425234	15	2.1	15	93	0	53	64	0	0	35	0.94
8433631--8433678	16	3.1	16	81	3	53	27	0	6	66	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8441376--8441490	3	38.3	3	76	10	101	29	2	1	66	1.15
8441424--8441487	23	2.8	23	78	4	67	28	1	3	67	1.15
8441636--8441676	3	14.0	3	92	5	66	36	0	0	63	0.95
8443155--8443193	20	1.9	19	85	10	51	48	0	0	51	1.00
8443347--8443975	130	4.8	130	80	2	663	38	10	16	35	1.82
8443347--8443963	263	2.4	263	82	3	705	38	10	16	34	1.83
8445368--8445418	9	5.7	9	85	0	57	52	33	13	0	1.41
8445380--8445405	3	8.7	3	100	0	52	65	34	0	0	0.93
8451360--8451426	34	2.0	34	93	0	116	20	11	16	50	1.76
8456273--8456383	55	2.0	55	89	0	168	34	18	9	38	1.82
8458318--8458346	9	3.2	9	100	0	58	41	0	0	58	0.98
8459953--8459986	16	2.1	16	94	0	59	17	14	14	52	1.74
8461892--8461932	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
8467547--8467580	15	2.1	16	89	10	52	52	0	2	44	1.16
8468829--8468903	37	2.0	37	89	0	114	29	52	2	16	1.57
8468882--8468916	18	1.9	18	88	0	52	25	57	2	14	1.51
8468978--8469005	11	2.5	11	100	0	56	25	0	42	32	1.55
8469329--8469365	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
8469337--8469367	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
8473488--8473528	5	8.0	5	83	5	55	41	0	4	53	1.22
8476318--8476374	5	10.6	5	80	12	60	43	0	3	52	1.18
8476321--8476374	12	4.3	12	76	17	56	42	0	3	53	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8477511--8477549	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
8477789--8477899	39	2.8	40	73	10	102	23	20	26	29	1.99
8478046--8478086	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
8482582--8482639	5	10.8	5	80	12	62	43	0	3	53	1.17
8482585--8482640	12	4.5	12	77	16	60	42	0	3	53	1.18
8483775--8483813	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
8484053--8484187	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
8484310--8484350	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
8491152--8491195	21	2.0	22	86	4	63	38	0	2	59	1.10
8491755--8491784	15	2.0	15	93	0	51	43	6	6	43	1.57
8492318--8492347	15	2.0	15	93	0	51	26	3	30	40	1.72
8492594--8492655	20	3.3	19	78	21	76	46	0	3	50	1.17
8501788--8501998	99	2.1	99	97	0	395	16	29	18	36	1.92
8520490--8520530	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
8524747--8524774	14	2.0	14	100	0	56	35	42	14	7	1.73
8529865--8529896	14	2.3	14	94	0	55	31	43	15	9	1.78
8532549--8532582	3	11.3	3	93	0	59	29	0	2	67	1.05
8537518--8537641	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
8537528--8537635	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
8541400--8541437	7	5.4	7	100	0	76	42	0	28	28	1.56
8543498--8543536	2	19.5	2	94	0	69	2	0	48	48	1.15
8554595--8554629	15	2.2	16	90	5	54	68	2	17	11	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8555944--8555998	25	2.2	25	86	0	74	20	21	16	41	1.90
8556977--8557001	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
8556979--8557087	45	2.4	45	85	0	155	19	18	19	43	1.89
8556964--8557087	45	2.5	51	74	15	134	18	19	20	41	1.90
8557251--8557401	72	2.1	72	81	7	173	39	11	13	34	1.82
8557263--8557447	18	10.3	18	74	9	135	37	11	13	37	1.82
8561149--8561190	20	2.0	22	90	9	70	50	0	0	50	1.00
8561149--8561190	22	2.0	20	82	17	50	50	0	0	50	1.00
8561294--8561334	21	2.0	21	85	0	55	46	0	2	51	1.14
8562170--8562225	27	2.1	27	86	0	76	25	23	23	28	1.99
8562176--8562241	27	2.5	27	82	2	80	28	22	25	22	1.99
8564974--8565112	72	1.9	72	80	8	158	54	6	7	31	1.53
8565287--8565351	33	2.0	33	84	0	85	24	13	46	15	1.82
8568570--8568688	60	2.0	60	90	3	186	52	13	0	33	1.40
8568579--8568702	60	2.0	61	87	3	178	55	10	0	33	1.34
8568867--8568891	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
8568861--8568930	20	3.3	22	72	20	60	0	32	0	67	0.91
8570092--8570181	44	2.0	44	85	8	121	20	22	25	32	1.98
8570341--8570452	36	3.1	35	79	7	118	35	13	16	34	1.87
8570341--8570452	18	6.2	18	73	8	93	35	13	16	34	1.87
8571611--8571637	12	2.2	12	100	0	54	51	0	22	25	1.48
8573011--8573049	18	2.1	18	85	9	51	43	2	15	38	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8574121--8574180	25	2.4	25	91	0	102	18	21	18	41	1.90
8577488--8577532	19	2.5	19	82	7	58	64	2	2	31	1.18
8577896--8577943	25	1.9	25	87	8	71	45	2	8	43	1.45
8585601--8585685	38	2.2	39	95	2	154	49	3	18	28	1.64
8586528--8586557	4	7.8	4	92	7	53	76	0	23	0	0.78
8586728--8587177	88	4.8	88	77	11	380	28	1	14	55	1.47
8586905--8587393	98	4.9	95	79	12	471	29	1	13	55	1.48
8586905--8587352	198	2.2	203	89	3	676	30	1	13	54	1.49
8587370--8587405	16	2.2	16	90	5	54	27	2	2	66	1.19
8589713--8589838	43	3.1	42	67	19	122	27	7	11	53	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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