genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16656576--16656617	21	2.1	20	86	8	59	33	0	2	64	1.07
16662533--16662594	24	2.9	21	79	15	65	35	14	8	41	1.75
16666198--16666229	16	2.0	16	100	0	64	25	6	18	50	1.70
16672363--16672627	132	2.0	132	92	0	440	29	30	16	24	1.96
16673591--16673629	16	2.4	16	86	4	51	51	25	0	23	1.49
16674632--16674676	17	2.6	17	78	3	54	31	31	20	17	1.96
16675637--16675726	19	4.5	20	69	20	55	41	2	2	54	1.25
16675681--16675710	8	3.8	8	95	0	51	36	3	0	60	1.14
16676176--16676213	20	1.9	20	88	0	58	50	0	15	34	1.45
16679724--16679807	25	3.4	25	76	12	84	38	19	25	17	1.93
16679718--16679813	25	3.8	26	74	16	78	38	17	25	18	1.93
16683753--16684035	18	15.3	18	69	12	117	37	14	12	36	1.84
16683753--16684035	36	7.6	36	68	12	153	37	14	12	36	1.84
16683753--16684035	54	5.1	53	70	15	178	37	14	12	36	1.84
16683851--16683896	19	2.6	17	82	6	56	39	8	10	41	1.71
16684203--16684380	45	4.0	45	90	1	261	39	21	20	19	1.93
16684198--16684430	90	2.7	85	84	8	273	40	20	19	19	1.92
16684198--16684424	45	5.3	41	84	9	189	40	20	19	19	1.92
16686201--16686246	24	2.0	23	88	12	69	4	15	6	73	1.19
16686254--16686285	13	2.5	13	100	0	64	15	6	0	78	0.95
16690560--16690593	10	3.4	10	84	15	52	88	0	0	11	0.52
16690562--16690593	16	1.9	17	93	6	57	87	0	0	12	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16691141--16691194	21	2.6	21	82	2	74	33	1	0	64	1.04
16691209--16691246	18	2.1	18	90	0	58	39	0	5	55	1.23
16694487--16694532	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
16694494--16694538	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
16703912--16703988	34	2.3	34	84	4	93	18	12	24	44	1.85
16705102--16705151	24	2.1	24	100	0	100	52	0	8	40	1.31
16706684--16707169	46	10.8	46	78	7	367	39	13	25	21	1.90
16706633--16706970	169	2.0	169	90	0	532	35	13	27	24	1.92
16708587--16708620	17	2.1	17	89	10	54	32	0	32	35	1.58
16715055--16715095	21	1.9	22	90	5	66	58	0	0	41	0.98
16718195--16718251	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
16719271--16719302	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
16724781--16724859	40	2.0	40	100	0	158	27	37	5	29	1.78
16726492--16726517	12	2.2	12	100	0	52	15	19	23	42	1.89
16729400--16729450	5	9.8	5	81	10	50	52	0	0	47	1.00
16730763--16730835	30	2.4	30	88	2	101	32	1	8	57	1.37
16731263--16731303	22	1.9	21	85	14	57	75	2	12	9	1.13
16732211--16732290	21	3.7	21	76	3	70	13	22	25	38	1.91
16749553--16749581	14	2.1	14	100	0	58	31	13	20	34	1.92
16750255--16750482	49	4.6	50	84	3	255	28	18	25	28	1.98
16755186--16755225	20	2.0	20	95	0	71	42	5	0	52	1.23
16755187--16755225	11	3.7	11	80	13	55	43	5	0	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16755511--16755537	12	2.2	12	100	0	54	59	0	7	33	1.25
16756300--16756359	29	2.0	30	87	3	86	20	41	0	38	1.52
16757234--16757366	70	1.9	70	84	0	176	27	18	19	33	1.96
16763311--16763355	21	2.1	22	83	4	56	37	11	2	48	1.51
16776349--16776381	16	2.1	16	88	11	50	21	0	48	30	1.50
16796663--16796738	38	2.0	38	84	0	98	28	6	21	43	1.77
16798483--16798532	25	2.0	25	96	0	91	46	0	10	44	1.37
16798555--16798593	19	2.1	19	90	0	60	25	0	12	61	1.31
16799293--16799328	15	2.4	15	90	0	54	16	8	16	58	1.61
16802223--16802263	20	2.1	19	90	4	64	34	14	0	51	1.43
16805263--16805422	43	3.7	44	78	15	183	22	18	28	30	1.97
16808202--16808253	27	2.0	26	85	11	70	38	25	3	32	1.74
16808945--16808978	17	2.1	15	89	10	50	0	35	0	64	0.94
16809056--16809086	5	6.0	5	92	7	53	41	0	0	58	0.98
16809056--16809086	16	2.0	15	93	6	53	41	0	0	58	0.98
16809294--16809339	24	1.9	24	90	0	74	28	17	6	47	1.72
16815276--16815369	18	5.2	18	73	15	59	7	24	1	67	1.23
16815306--16815370	20	3.1	20	82	17	71	4	24	1	69	1.16
16842543--16842653	39	2.8	39	88	2	159	27	20	26	26	1.99
16842497--16842681	40	4.7	40	81	7	191	26	22	25	25	2.00
16842550--16842714	79	2.1	79	82	6	192	27	21	25	25	1.99
16850409--16850590	39	4.6	40	76	13	189	24	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16850461--16850623	79	2.1	77	80	10	179	25	19	27	27	1.98
16852353--16852415	31	2.0	31	90	0	99	31	15	30	22	1.95
16877190--16877344	71	2.2	71	80	4	188	29	19	21	29	1.97
16879640--16879676	17	2.1	18	90	5	58	48	13	10	27	1.75
16879640--16879691	18	2.9	18	85	2	61	44	15	9	30	1.78
16879679--16879731	18	2.9	18	88	0	79	32	11	15	41	1.82
16879681--16879743	18	3.6	18	89	2	74	31	12	14	41	1.83
16880897--16880951	27	2.0	27	100	0	110	45	7	18	29	1.76
16881089--16881122	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
16888561--16888608	25	1.9	25	100	0	96	37	14	14	33	1.87
16890608--16890632	12	2.1	12	100	0	50	16	0	8	76	1.02
16891866--16891912	21	2.1	21	84	11	58	55	0	29	14	1.40
16893320--16893592	46	6.0	46	85	1	325	41	14	24	19	1.89
16893330--16893580	92	2.7	92	88	3	364	42	15	24	18	1.88
16894389--16894459	37	1.9	37	100	0	142	33	11	11	43	1.76
16894882--16894939	30	1.9	31	85	3	82	31	12	12	44	1.78
16909757--16909826	24	2.9	24	78	6	79	27	12	17	42	1.85
16911581--16911645	28	2.4	26	75	12	67	27	21	21	29	1.99
16912804--16912854	27	1.9	27	96	4	95	21	27	15	35	1.94
16931091--16931116	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
16931995--16932019	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
16939079--16939115	19	1.9	19	94	0	65	32	18	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16941131--16941165	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
16941024--16941307	120	2.4	120	90	2	446	44	1	4	48	1.34
16941251--16941285	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
16941251--16941305	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
16941521--16941572	16	3.2	16	88	0	86	38	32	0	28	1.57
16942288--16942321	18	1.9	18	94	5	61	29	5	0	64	1.17
16951403--16951455	26	2.0	27	92	7	92	58	15	15	11	1.63
16959006--16959040	8	4.4	8	100	0	70	37	0	0	62	0.95
16959000--16959042	13	3.1	13	81	18	59	37	0	0	62	0.95
16972678--16972718	21	2.0	21	85	4	57	63	2	0	34	1.08
16972802--16972851	24	2.1	23	85	3	64	46	0	0	54	1.00
16972811--16972867	30	1.9	30	82	13	73	47	1	0	50	1.11
16990093--16990200	26	4.2	26	91	0	180	35	24	8	32	1.85
16999187--16999360	57	3.1	57	80	2	190	41	10	13	35	1.78
17002368--17002414	8	5.6	8	83	16	60	46	0	0	53	1.00
17002369--17002410	18	2.2	20	84	16	63	47	0	0	52	1.00
17004385--17004416	12	2.7	12	100	0	64	50	25	15	9	1.74
17006751--17006803	19	2.8	20	78	18	58	30	5	1	62	1.29
17006844--17006900	30	1.9	30	88	0	87	35	3	3	57	1.33
17006756--17006911	10	15.6	10	65	20	51	30	5	2	61	1.33
17008508--17009000	50	10.0	50	77	6	404	23	30	19	26	1.98
17008611--17008982	195	1.9	195	83	3	480	23	29	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17011165--17011464	3	99.7	3	66	21	73	31	6	3	59	1.38
17011167--17011212	23	2.0	23	83	8	58	28	6	0	65	1.17
17011208--17011327	33	3.5	33	75	11	91	31	6	3	58	1.40
17011289--17011354	23	2.9	24	79	16	61	31	1	9	57	1.39
17011329--17011360	17	1.9	16	93	6	55	34	0	12	53	1.39
17011562--17011680	20	5.2	23	73	20	90	34	3	2	59	1.27
17011559--17011680	21	5.5	22	78	16	96	34	3	2	59	1.27
17011558--17011676	44	2.8	42	80	13	134	34	3	2	59	1.27
17011676--17011710	16	2.1	17	89	5	54	22	0	25	51	1.48
17011674--17011709	18	1.9	19	88	5	56	22	0	25	52	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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