genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76628842--76629031	54	3.5	54	89	1	283	25	18	18	37	1.93
76629043--76629457	27	15.4	27	81	6	439	40	9	22	27	1.84
76632444--76632501	25	2.2	26	81	6	64	20	12	34	32	1.90
76634810--76634839	15	2.1	15	93	6	53	26	6	26	40	1.81
76636712--76636844	42	3.1	43	67	12	112	31	16	24	27	1.96
76638865--76639281	224	1.9	224	94	0	744	37	7	24	29	1.84
76646441--76646478	17	2.4	17	91	8	62	55	0	13	31	1.38
76660819--76661036	94	2.4	90	83	6	251	24	17	31	26	1.97
76660819--76661036	46	4.8	45	80	8	217	24	17	31	26	1.97
76660819--76661073	90	2.8	91	79	11	211	24	18	31	26	1.97
76662874--76662924	21	2.3	21	83	12	59	64	3	5	25	1.33
76662867--76662924	22	2.7	24	80	15	65	62	3	8	25	1.40
76668984--76669047	30	2.2	29	94	2	110	25	18	23	32	1.97
76673373--76673403	12	2.6	12	100	0	62	51	29	0	19	1.47
76673600--76673624	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
76677191--76677461	27	10.2	27	84	4	318	29	22	7	40	1.82
76677697--76677748	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
76677965--76678095	6	21.3	6	68	16	72	19	19	12	48	1.81
76677987--76678074	37	2.4	37	88	0	131	19	21	13	45	1.84
76677999--76678069	19	3.8	19	78	10	83	18	22	14	45	1.85
76677965--76678074	31	3.4	31	75	14	103	20	20	12	47	1.82
76677965--76678086	37	3.4	36	76	13	128	19	19	12	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76679080--76679141	30	2.1	30	93	0	106	32	3	37	27	1.73
76680294--76680620	27	12.2	27	83	3	338	28	22	7	41	1.82
76680931--76680990	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
76681109--76681205	6	15.8	6	73	12	81	17	18	14	49	1.80
76681103--76681205	43	2.4	43	85	0	134	18	19	13	48	1.81
76684885--76684923	19	2.1	19	100	0	78	20	20	20	38	1.94
76702351--76702380	13	2.3	13	100	0	60	50	13	13	23	1.77
76706441--76706625	40	4.6	39	80	6	185	24	20	27	27	1.99
76706496--76706648	79	1.9	79	84	7	204	25	19	28	26	1.99
76712566--76713208	357	1.8	353	87	3	916	31	14	23	30	1.95
76713218--76713332	56	2.1	55	96	1	212	44	8	23	23	1.81
76714458--76714682	79	2.8	79	79	10	260	24	22	27	25	2.00
76714458--76714682	40	5.7	40	83	7	262	24	22	27	25	2.00
76720478--76720597	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
76721729--76721949	79	2.8	80	82	9	272	25	21	27	25	1.99
76721729--76721949	40	5.6	40	84	7	272	25	21	27	25	1.99
76721732--76721982	79	3.2	79	81	9	262	26	20	26	26	1.99
76722623--76722649	13	2.1	13	100	0	54	33	7	29	29	1.85
76724706--76724887	40	4.6	40	81	9	194	24	20	28	26	1.99
76724750--76724920	79	2.2	79	81	12	208	26	19	27	26	1.99
76738280--76738366	20	4.3	20	86	2	122	42	9	17	31	1.80
76738416--76738551	26	5.3	26	87	3	181	27	19	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76738683--76738774	42	2.2	42	88	0	130	29	14	21	34	1.93
76738798--76738907	31	3.5	31	91	0	166	30	15	25	28	1.96
76741501--76741611	27	4.1	27	82	5	109	22	24	17	36	1.95
76741500--76741610	54	2.1	54	83	6	136	22	24	18	35	1.96
76747943--76748110	43	4.0	43	74	10	148	29	26	19	25	1.98
76753675--76753981	38	8.1	38	89	0	420	15	20	25	38	1.92
76753675--76754011	150	2.2	152	84	2	435	16	21	25	37	1.93
76758883--76759104	40	5.6	40	90	1	349	27	24	22	24	2.00
76767018--76767180	43	3.8	43	77	7	145	27	14	23	33	1.94
76769009--76769251	68	3.6	68	78	1	290	32	18	24	24	1.97
76769009--76769258	135	1.9	135	88	0	383	32	18	24	24	1.97
76772640--76772687	22	2.2	22	92	3	80	52	14	10	22	1.72
76774211--76774409	6	32.8	6	77	15	205	48	13	18	20	1.81
76774211--76774409	97	2.1	97	95	3	357	48	13	18	20	1.81
76774527--76774596	26	2.7	25	84	8	86	37	18	24	20	1.94
76774527--76774599	27	2.8	26	82	12	87	36	19	24	19	1.94
76774551--76774607	27	2.1	27	83	6	71	36	26	21	15	1.93
76774764--76774822	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
76774910--76774992	27	3.1	26	86	5	103	38	21	20	19	1.93
76775192--76775360	27	6.3	27	79	8	110	27	19	16	36	1.93
76775195--76775356	54	3.0	53	82	5	155	27	20	16	35	1.94
76775221--76775359	54	2.6	54	87	0	197	27	18	17	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76775364--76775746	27	14.2	27	83	3	439	40	9	22	27	1.84
76775354--76775743	108	3.6	108	90	1	552	40	9	22	27	1.84
76775364--76775746	54	7.1	54	84	3	484	40	9	22	27	1.84
76775477--76775779	81	3.7	81	83	3	281	38	8	24	28	1.85
76776618--76776713	27	3.6	27	90	2	131	23	7	21	46	1.76
76776618--76776755	27	5.1	27	80	6	111	26	8	21	42	1.82
76776618--76776728	54	2.1	54	81	6	127	26	8	21	44	1.80
76776694--76776760	26	2.5	27	85	4	91	29	8	22	38	1.85
76776752--76776825	27	2.7	27	89	0	112	28	18	16	36	1.93
76797157--76797193	13	2.8	13	91	4	56	35	16	5	43	1.71
76799559--76799591	17	1.9	17	93	0	57	57	9	12	21	1.62
76809184--76809244	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
76811637--76811677	20	2.0	20	100	0	82	34	19	24	21	1.97
76821044--76821508	27	17.3	27	81	5	469	31	8	21	38	1.84
76821044--76821517	81	5.9	81	81	5	521	31	8	20	39	1.83
76825014--76825091	27	2.9	27	86	1	102	25	23	23	28	1.99
76827743--76827828	27	3.2	27	81	3	102	24	22	23	30	1.99
76836018--76836048	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
76836596--76836685	45	2.0	45	91	0	144	22	13	27	36	1.91
76837543--76837612	25	2.8	25	91	4	106	28	22	22	25	1.99
76837846--76837950	27	3.9	26	82	5	138	25	21	19	33	1.97
76837821--76837948	54	2.4	54	82	3	152	25	24	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76837846--76837955	54	2.0	54	87	0	157	26	20	19	33	1.96
76837980--76838093	27	4.2	27	80	0	93	28	7	21	42	1.78
76837996--76838108	27	4.2	27	83	0	127	27	6	24	41	1.79
76838031--76838262	81	2.9	81	78	0	257	34	6	22	37	1.79
76838087--76838216	27	4.8	27	86	0	188	39	6	23	31	1.79
76838031--76838243	27	7.9	27	81	0	183	34	6	23	36	1.79
76838087--76838243	54	2.9	54	88	0	224	37	6	22	33	1.80
76837955--76838262	54	5.7	53	79	3	177	34	7	21	37	1.81
76841745--76841775	15	2.1	15	100	0	62	25	12	19	41	1.87
76843883--76843930	24	2.0	24	100	0	96	25	8	37	29	1.85
76848699--76848853	43	3.7	43	77	10	165	24	18	27	29	1.98
76854790--76854911	46	2.6	47	83	7	140	25	22	14	36	1.93
76855570--76855595	12	2.2	12	100	0	52	30	11	7	50	1.67
76859229--76859446	47	4.6	48	74	13	179	29	18	29	22	1.98
76859229--76859393	46	3.5	47	73	14	128	29	18	29	22	1.98
76859221--76859446	94	2.4	96	78	9	259	28	18	29	23	1.98
76886838--76887209	48	7.7	48	78	4	374	28	18	27	26	1.98
76886826--76887205	96	3.9	96	89	0	526	28	17	27	26	1.98
76895724--76895791	18	3.7	18	75	16	68	66	2	1	29	1.15
76896203--76896245	20	2.2	20	87	4	61	39	0	6	53	1.28
76900748--76900793	4	11.8	4	82	13	60	21	4	0	73	1.00
76901305--76901369	30	2.3	27	84	7	76	52	0	3	44	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76901685--76901726	16	2.7	16	78	14	52	42	0	0	57	0.99
76902005--76902035	16	2.0	16	93	6	55	77	0	22	0	0.77
76902473--76902533	21	3.0	21	85	2	88	14	22	27	34	1.94
76907322--76907508	3	62.3	3	74	16	131	28	5	2	63	1.30
76911744--76911798	27	2.0	27	96	0	101	43	18	9	29	1.80
76912655--76912727	32	2.3	32	87	0	110	24	17	28	28	1.98
76914386--76914557	24	6.8	24	71	14	116	61	3	5	30	1.35
76914386--76914557	26	6.8	25	73	12	138	61	3	5	30	1.35
76916072--76916434	134	2.6	139	84	4	459	26	22	20	30	1.98
76916192--76916481	143	2.0	143	82	2	350	28	21	19	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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