genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28946218--28946302	31	2.7	31	83	0	107	47	14	20	18	1.83
28946415--28946474	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
28946442--28946583	67	2.1	67	85	5	185	30	21	28	19	1.97
28946513--28946564	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
28946809--28946995	27	7.0	27	83	3	234	21	21	20	35	1.96
28947041--28947216	27	6.5	27	81	6	135	30	9	21	38	1.86
28947035--28947192	81	2.0	80	80	6	176	31	10	20	37	1.86
28949164--28949251	6	14.3	6	72	17	65	46	14	18	20	1.84
28949173--28949251	31	2.5	31	87	0	113	46	13	18	20	1.83
28949370--28949429	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
28949784--28949952	27	6.3	27	86	2	232	20	21	20	37	1.95
28949993--28950152	27	5.9	26	79	8	117	30	8	21	39	1.83
28949998--28950142	54	2.7	53	76	9	132	30	8	22	38	1.85
28949993--28950151	81	2.0	81	80	5	178	30	8	21	38	1.84
28950054--28950175	27	4.5	27	89	0	154	30	8	22	39	1.83
28951171--28951195	13	1.9	13	100	0	50	48	20	16	16	1.82
28954319--28954492	58	3.0	58	79	11	203	33	9	19	37	1.85
28954996--28955601	211	2.9	209	80	4	603	25	19	20	33	1.97
28954555--28955601	70	14.9	70	76	5	549	24	18	22	34	1.96
28957997--28958179	79	2.3	81	83	9	225	25	27	22	24	2.00
28957977--28958179	40	5.1	40	81	8	227	25	27	22	25	2.00
28960921--28960988	25	2.7	25	81	4	75	29	22	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28968875--28969052	43	4.2	42	81	3	187	31	25	17	25	1.97
28968875--28969052	85	2.1	85	80	4	198	31	25	17	25	1.97
28973437--28973510	30	2.4	31	88	2	105	20	21	21	36	1.95
28973731--28973801	25	2.8	25	89	2	106	29	22	22	25	1.99
28973864--28973897	11	3.2	11	87	4	52	35	17	11	35	1.87
28981352--28981434	30	2.7	31	85	3	107	22	24	20	32	1.98
28981642--28981716	25	3.0	25	80	5	82	30	20	22	26	1.98
28985077--28985140	9	7.6	9	72	13	55	32	1	14	51	1.51
28985071--28985104	15	2.1	17	89	10	54	35	0	8	55	1.31
28985077--28985144	24	2.7	26	93	6	113	33	1	13	51	1.50
28986448--28986516	33	2.1	33	100	0	138	24	11	11	52	1.71
28988488--28988529	14	2.9	14	82	13	50	30	0	19	50	1.48
28988504--28988530	14	1.9	14	100	0	54	33	0	14	51	1.43
28988534--28988588	22	2.5	23	77	11	62	21	3	29	45	1.69
28988575--28988617	7	6.3	7	83	5	61	16	0	41	41	1.48
28989259--28989322	32	2.0	33	87	6	96	40	29	17	12	1.86
28989521--28989623	32	3.2	32	70	8	75	33	19	19	28	1.96
28989690--28989749	22	2.7	22	78	0	66	33	21	23	21	1.97
28990103--28990245	27	5.3	27	76	3	117	31	10	18	39	1.85
28990106--28990259	54	2.9	54	76	5	143	31	10	19	38	1.86
28990117--28990273	27	5.8	26	75	9	111	33	8	18	38	1.82
28990186--28990281	27	3.6	27	83	10	115	33	9	18	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28993071--28993269	41	4.8	42	79	5	201	29	19	17	34	1.94
28993068--28993271	82	2.5	82	82	7	261	28	19	18	33	1.95
29001224--29001334	42	2.6	44	77	9	122	27	16	21	35	1.94
29001202--29001358	43	3.7	43	71	10	133	25	19	23	31	1.98
29005799--29005999	53	3.8	53	76	10	182	37	16	24	20	1.94
29009936--29009971	17	2.1	17	100	0	72	50	16	11	22	1.77
29010642--29010674	8	4.0	8	92	7	57	60	0	0	39	0.97
29010802--29010843	14	2.9	15	79	10	52	50	0	0	50	1.00
29022354--29022542	40	4.7	40	92	3	301	25	27	22	24	2.00
29030705--29030876	40	4.3	40	87	2	213	25	27	21	25	1.99
29030705--29030929	80	2.8	78	78	8	220	25	27	21	25	1.99
29030861--29030938	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
29038223--29038394	40	4.3	40	88	2	213	26	27	20	25	1.99
29038225--29038447	40	5.6	39	82	5	207	26	27	21	25	1.99
29038223--29038447	80	2.8	78	79	8	229	26	27	20	25	1.99
29038379--29038456	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
29049457--29049482	11	2.4	11	100	0	52	34	0	19	46	1.50
29053523--29053588	9	6.9	9	79	17	71	69	4	1	24	1.15
29053514--29053588	18	3.9	19	84	10	91	69	5	1	24	1.17
29053758--29053800	21	2.2	20	91	8	70	67	0	4	27	1.10
29053734--29053800	19	3.2	21	79	14	77	64	0	7	28	1.21
29053803--29053840	19	2.0	19	94	0	67	65	0	7	26	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29054246--29054342	8	11.6	8	69	18	56	32	2	1	63	1.12
29054154--29054337	10	18.5	10	65	26	56	35	2	1	60	1.19
29054262--29054376	42	2.8	42	78	10	112	33	1	1	63	1.15
29054330--29054377	25	2.0	25	87	4	71	29	2	2	66	1.14
29054401--29054446	22	2.1	22	88	8	67	23	2	0	73	0.94
29054392--29054453	31	2.0	32	84	15	85	25	4	0	69	1.08
29054244--29054453	9	23.3	9	68	20	86	31	3	1	63	1.19
29055083--29055143	32	1.9	32	96	0	113	31	21	21	26	1.98
29055388--29055428	20	2.0	20	85	4	55	41	0	0	58	0.98
29062129--29062153	12	2.1	12	100	0	50	8	24	44	24	1.80
29065758--29065827	24	2.9	24	85	6	88	37	15	27	20	1.93
29066730--29066759	14	2.2	14	94	5	53	20	13	0	66	1.24
29070024--29070065	20	2.0	22	86	9	61	52	19	4	23	1.65
29071496--29071657	43	3.8	42	79	8	148	32	26	16	25	1.96
29071534--29071661	44	2.9	44	78	8	120	35	27	14	21	1.93
29086230--29086265	17	2.1	17	94	0	63	11	8	22	58	1.59
29089358--29089423	25	3.0	21	75	16	78	28	1	15	54	1.50
29090661--29090719	28	2.1	28	90	0	91	57	1	1	38	1.19
29091645--29092250	43	14.1	43	71	2	374	21	17	21	39	1.92
29091653--29092269	86	7.2	86	80	2	637	22	17	21	39	1.92
29095709--29095746	18	2.1	18	90	0	58	7	39	5	47	1.55
29096855--29096977	60	2.1	60	81	7	144	37	4	15	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29101399--29101434	15	2.3	16	90	4	56	58	2	0	38	1.13
29101947--29102004	30	2.0	29	83	10	73	46	6	1	44	1.40
29102621--29102678	21	2.8	21	79	7	57	22	1	6	68	1.22
29105224--29105350	38	3.4	38	82	1	157	36	16	15	31	1.90
29107070--29107380	47	6.6	46	71	18	164	27	18	28	25	1.98
29107070--29107244	92	1.9	93	83	7	221	29	18	28	24	1.98
29110231--29110268	12	3.2	12	85	3	51	0	18	0	81	0.69
29117148--29117249	51	2.0	51	100	0	204	45	35	11	7	1.70
29127874--29127923	2	25.0	2	100	0	100	50	0	50	0	1.00
29128418--29128478	27	2.3	27	82	5	70	63	3	1	31	1.20
29129621--29129689	31	2.2	31	82	7	86	30	7	11	50	1.65
29130107--29130166	30	2.2	28	83	16	81	55	10	10	25	1.64
29131137--29131177	22	1.9	21	85	5	55	53	2	2	41	1.27
29135828--29135920	39	2.4	39	92	1	150	36	25	4	33	1.76
29146615--29146799	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
29146616--29146799	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
29146668--29146832	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
29154818--29154998	79	2.3	81	81	7	210	25	22	27	24	2.00
29154814--29154998	40	4.7	40	82	6	216	25	22	27	24	2.00
29154867--29155031	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
29158010--29158105	39	2.4	39	87	1	147	34	26	6	33	1.81
29158505--29158553	24	2.0	24	84	0	62	32	22	6	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29158859--29158936	34	2.3	34	80	2	95	46	12	7	33	1.71
29159397--29159561	58	2.8	57	80	8	190	26	16	13	43	1.85
29159650--29159793	59	2.4	59	80	13	163	27	17	13	42	1.86
29159326--29159795	261	1.8	261	79	6	558	29	15	14	40	1.86
29161919--29162017	42	2.3	43	82	6	121	33	26	17	23	1.96
29170630--29170675	24	1.9	24	90	0	74	36	8	10	43	1.71
29180279--29180325	21	2.3	20	82	7	58	12	2	8	76	1.09
29180273--29180325	9	5.3	10	78	13	56	13	1	7	77	1.06
29187988--29188083	48	2.0	48	93	0	165	26	12	18	42	1.86
29192311--29192341	6	5.0	6	96	4	53	64	3	0	32	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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