genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22268583--22268634	27	2.0	27	88	3	79	59	3	1	34	1.27
22277908--22277943	18	2.0	18	88	0	54	33	0	2	63	1.08
22285920--22285961	20	2.1	20	100	0	84	40	14	30	14	1.85
22286821--22286858	19	2.0	19	100	0	76	36	26	10	26	1.89
22301704--22301880	50	3.5	50	91	0	273	35	15	23	25	1.94
22301856--22301973	31	3.8	31	91	0	191	28	18	26	26	1.98
22304976--22305717	254	2.9	252	85	3	977	25	26	25	22	2.00
22304966--22305738	255	3.0	253	84	3	1005	25	25	25	23	2.00
22306540--22306643	42	2.5	42	82	3	129	38	18	25	17	1.92
22306806--22306886	42	1.9	42	92	5	137	40	20	23	14	1.90
22306823--22306901	21	3.8	21	68	0	68	41	20	22	15	1.89
22306553--22307049	247	2.0	247	97	0	940	35	19	18	26	1.95
22310204--22310249	2	25.0	2	83	16	64	47	0	0	52	1.00
22311473--22311527	26	2.2	25	90	3	83	36	0	18	45	1.49
22311835--22311938	45	2.3	45	83	0	136	19	18	20	42	1.90
22312117--22312307	18	10.6	18	77	10	167	33	12	16	37	1.86
22312105--22312307	72	2.8	72	80	6	198	34	11	16	37	1.85
22317058--22317162	3	35.0	3	75	7	79	28	6	2	61	1.35
22333895--22334016	60	2.0	60	98	0	235	35	17	16	31	1.92
22338416--22338472	20	2.9	21	86	5	75	24	28	10	36	1.88
22338559--22338599	21	2.0	21	95	0	73	24	17	29	29	1.97
22339918--22339958	21	2.0	21	90	0	64	26	29	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22340001--22340061	30	2.0	31	84	9	81	19	9	21	49	1.77
22340052--22340090	20	2.0	20	100	0	78	41	12	25	20	1.88
22342452--22342509	29	2.0	30	82	3	73	37	6	12	43	1.69
22346043--22346101	31	1.9	31	86	6	84	42	11	6	38	1.68
22347871--22347904	6	5.7	6	96	0	59	17	2	32	47	1.63
22347871--22347917	18	2.6	18	86	0	58	19	8	29	42	1.80
22355766--22355825	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
22355775--22355808	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
22357151--22357202	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
22357196--22357234	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
22359566--22359625	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
22359575--22359608	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
22359926--22359993	34	2.0	34	100	0	136	47	14	11	26	1.79
22360243--22360278	15	2.4	15	90	0	54	69	2	0	27	1.02
22360274--22360375	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
22360637--22360686	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
22360640--22360682	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
22360742--22360813	3	24.0	3	76	16	53	70	0	29	0	0.87
22360742--22360801	24	2.4	25	83	13	79	68	0	31	0	0.90
22360742--22360813	18	4.2	17	76	15	67	70	0	29	0	0.87
22360743--22360813	29	2.4	29	81	9	81	71	0	28	0	0.86
22360745--22360812	35	2.0	34	88	2	100	70	0	29	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22360756--22360808	24	2.2	24	83	6	63	73	0	26	0	0.83
22360950--22361003	23	2.3	24	93	6	101	64	9	25	0	1.23
22361123--22361168	8	5.8	8	82	7	58	82	0	17	0	0.67
22361120--22361180	16	3.8	16	85	10	81	80	1	18	0	0.80
22361133--22361179	23	2.0	23	88	8	69	80	2	17	0	0.80
22361120--22361168	7	6.7	7	80	15	55	83	0	16	0	0.64
22361319--22361356	16	2.3	17	86	4	51	23	0	2	73	0.95
22361518--22361880	36	10.1	37	72	16	171	34	13	10	41	1.79
22361609--22361692	38	2.3	38	83	4	109	36	15	9	38	1.80
22361508--22362027	17	29.8	18	70	13	247	33	12	11	43	1.78
22361565--22361739	74	2.4	73	82	5	192	37	12	9	41	1.75
22361643--22361749	54	1.9	54	85	7	144	37	13	11	38	1.80
22370197--22370653	123	3.7	122	83	7	621	27	14	21	36	1.92
22370190--22370727	252	2.1	250	95	0	950	29	14	20	35	1.93
22370197--22370691	122	4.0	123	83	6	638	27	14	21	36	1.92
22370604--22371302	72	9.7	72	92	2	1066	31	16	18	33	1.93
22370604--22371747	145	8.1	144	87	7	1644	30	16	18	34	1.93
22370600--22371744	217	5.4	215	88	6	1676	30	16	18	34	1.93
22371302--22371747	72	6.2	72	92	4	722	30	16	17	35	1.93
22370899--22371714	411	2.0	414	96	1	1507	31	16	17	34	1.92
22371670--22371834	87	1.9	87	83	7	219	26	20	18	35	1.95
22371830--22371862	14	2.4	14	95	5	59	12	9	9	69	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22371948--22372262	54	5.9	54	90	6	484	29	15	17	37	1.91
22371948--22372262	106	3.0	105	90	6	494	29	15	17	37	1.91
22372503--22372538	15	2.4	15	90	0	54	69	2	0	27	1.02
22372534--22372635	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
22372897--22372946	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
22372900--22372942	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
22373002--22373073	3	24.0	3	76	16	53	70	0	27	1	0.95
22373002--22373073	18	4.0	17	76	16	65	70	0	27	1	0.95
22373015--22373061	24	2.0	24	87	8	69	70	0	29	0	0.88
22373006--22373064	29	2.1	29	84	9	77	71	0	27	1	0.96
22373005--22373072	35	2.0	34	88	2	100	70	0	27	1	0.96
22373016--22373068	24	2.2	24	83	6	63	73	0	26	0	0.83
22373210--22373263	23	2.3	24	93	6	101	64	9	25	0	1.23
22373380--22373441	16	3.9	16	85	10	83	80	1	17	0	0.79
22373380--22373441	33	1.9	32	90	9	99	80	1	17	0	0.79
22373394--22373440	23	2.0	23	88	8	69	80	2	17	0	0.80
22373380--22373429	7	6.9	7	80	14	57	84	0	16	0	0.63
22373580--22373617	16	2.3	17	86	4	51	23	0	2	73	0.95
22373758--22374141	18	21.6	18	69	15	167	33	14	10	41	1.80
22373758--22374285	17	30.5	17	69	18	184	32	12	11	42	1.79
22373791--22374000	37	5.8	38	76	8	163	34	13	10	41	1.78
22373827--22374000	73	2.4	73	83	6	201	36	12	9	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22374175--22374286	33	3.4	33	80	8	129	31	9	14	44	1.77
22374304--22374340	17	2.3	17	81	9	51	37	16	10	35	1.83
22374264--22374315	20	2.6	19	79	8	68	42	9	7	40	1.66
22374264--22374342	20	4.2	19	70	18	58	41	12	7	37	1.72
22378473--22378530	25	2.4	24	88	5	82	62	0	1	36	1.06
22378475--22378540	25	2.5	26	73	14	64	65	0	1	33	1.02
22378859--22378915	23	2.5	23	77	5	62	68	0	0	31	0.90
22383213--22383282	28	2.6	27	77	8	70	64	0	7	28	1.20
22384451--22384483	16	2.1	16	100	0	66	18	12	24	45	1.83
22392283--22392742	229	2.0	229	97	0	877	33	16	18	30	1.94
22396523--22396629	45	2.4	45	84	3	126	42	16	17	23	1.89
22397999--22398055	20	2.8	20	82	15	71	54	1	1	42	1.21
22398005--22398116	39	3.0	38	75	16	108	57	2	0	39	1.19
22398047--22398129	39	2.0	39	81	9	94	59	3	0	37	1.15
22410914--22410961	25	1.9	25	87	8	71	58	8	4	29	1.46
22416445--22416517	31	2.4	30	82	8	94	46	21	10	20	1.81
22417020--22417082	30	2.1	30	85	5	83	20	9	11	58	1.60
22417158--22417191	18	1.9	17	88	5	50	26	2	11	58	1.47
22417375--22417405	16	1.9	16	93	0	53	12	9	22	54	1.67
22417330--22417717	62	6.2	64	92	0	491	24	13	14	47	1.80
22418000--22418031	15	2.1	15	100	0	64	15	6	37	40	1.73
22419678--22419855	43	4.2	43	89	2	265	26	8	20	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22419678--22419855	83	2.1	84	89	4	270	26	8	20	43	1.82
22420522--22420567	21	2.2	21	84	0	56	39	28	21	10	1.87
22420996--22421107	56	2.0	56	89	3	172	31	19	9	39	1.84
22421662--22421712	26	2.0	26	88	7	77	0	37	1	60	1.08
22428858--22428957	27	3.6	27	78	9	103	41	32	5	22	1.75
22429961--22430008	14	3.5	13	86	11	60	18	4	2	75	1.07
22429961--22430045	28	3.0	28	74	10	73	28	5	1	64	1.24
22430453--22430498	14	3.3	14	80	16	51	45	4	0	50	1.21
22430462--22430498	15	2.5	15	87	12	51	45	5	0	48	1.25
22440675--22440709	14	2.5	14	100	0	70	37	5	0	57	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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