genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94789644--94789695	25	2.1	25	100	0	104	28	17	11	42	1.84
94790417--94790444	13	2.2	13	100	0	56	25	53	7	14	1.66
94801316--94801349	17	2.0	17	94	0	59	32	17	11	38	1.86
94803359--94803429	30	2.4	30	92	0	115	15	21	30	32	1.94
94817253--94817417	43	3.8	43	74	13	142	30	24	18	26	1.98
94820358--94820386	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
94821188--94821275	34	2.6	33	76	7	86	23	26	22	27	2.00
94824097--94824138	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
94824996--94825134	31	4.6	30	87	5	149	24	23	20	31	1.98
94825025--94825134	31	3.5	31	94	0	184	26	23	18	31	1.97
94825158--94825249	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
94825394--94825568	26	6.8	26	85	0	228	29	22	21	27	1.99
94825394--94825568	52	3.4	51	91	4	273	29	22	21	27	1.99
94826487--94826672	27	6.9	26	77	10	124	31	7	19	41	1.79
94826492--94826647	56	2.9	53	81	7	154	30	7	19	42	1.77
94826577--94826705	27	4.8	27	77	9	113	27	10	21	40	1.85
94826704--94826788	27	3.1	27	88	3	118	44	8	17	29	1.78
94829104--94829182	31	2.5	31	95	0	140	26	26	17	29	1.98
94829209--94829297	42	2.1	42	91	0	142	35	20	13	30	1.91
94829442--94829590	26	5.8	26	87	0	203	27	22	23	26	2.00
94829442--94829590	52	2.9	52	88	2	230	27	22	23	26	2.00
94830392--94830469	27	2.9	26	78	14	86	20	20	21	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94830514--94830670	56	2.9	54	82	7	158	31	7	18	42	1.78
94830488--94830695	27	7.7	27	76	9	140	31	8	19	40	1.81
94830600--94830714	27	4.3	27	81	9	112	28	7	21	41	1.81
94830600--94830735	27	5.1	26	77	9	105	29	8	22	39	1.84
94830731--94830814	27	3.1	27	76	10	82	42	7	20	29	1.78
94843420--94843590	39	4.3	38	85	8	209	24	28	21	25	1.99
94843420--94843641	40	5.6	40	81	8	224	24	27	22	26	2.00
94843420--94843590	78	2.2	80	86	6	233	24	28	21	25	1.99
94843420--94843640	118	1.9	120	82	7	281	24	27	21	26	1.99
94851531--94851762	40	5.8	40	88	5	308	24	23	27	25	2.00
94851531--94851788	120	2.2	120	85	6	337	24	23	26	25	2.00
94851531--94851788	40	6.5	40	86	8	298	24	23	26	25	2.00
94856991--94857029	17	2.2	18	95	4	71	46	15	0	38	1.46
94861697--94861838	67	2.1	67	86	5	194	29	22	28	19	1.98
94864114--94864160	19	2.3	20	85	10	69	38	0	14	46	1.45
94864511--94864750	50	4.8	51	78	8	240	27	17	25	30	1.97
94864560--94864754	101	1.9	101	91	0	318	29	17	24	28	1.98
94871325--94871553	50	4.6	50	80	5	255	26	17	26	29	1.97
94871374--94871562	101	1.9	101	94	0	333	26	19	25	28	1.98
94874277--94874364	45	2.0	45	95	0	158	39	27	11	21	1.87
94876416--94876488	34	2.2	34	87	7	105	30	21	21	26	1.99
94876434--94876512	33	2.4	33	85	6	97	25	24	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94880409--94880585	40	4.4	40	83	4	225	23	22	27	26	1.99
94880815--94880856	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
94884673--94884889	40	5.4	40	88	3	314	23	22	28	25	1.99
94885117--94885158	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
94889388--94889474	45	1.9	45	85	0	120	40	24	12	22	1.89
94902068--94902138	21	3.2	20	70	18	61	36	26	15	21	1.93
94902052--94902139	45	2.0	45	97	0	167	37	26	13	22	1.91
94904313--94904482	43	4.0	42	75	12	134	25	19	25	29	1.98
94906510--94906562	18	3.1	18	72	10	65	28	15	7	49	1.71
94907832--94907862	14	2.2	14	100	0	62	74	0	12	12	1.08
94909840--94909910	21	3.2	22	66	18	65	39	26	11	22	1.88
94909840--94909927	45	2.0	45	95	0	158	38	23	12	25	1.90
94909856--94909926	21	3.2	21	67	18	54	38	23	14	23	1.92
94916899--94916986	45	2.0	45	95	0	158	37	22	13	26	1.91
94931973--94932158	39	4.8	39	80	5	182	27	29	20	22	1.99
94935222--94935291	21	3.2	21	68	18	61	40	25	12	21	1.89
94935212--94935280	21	3.1	22	69	19	70	39	27	11	21	1.88
94940002--94940089	45	2.0	45	90	0	140	38	25	14	21	1.92
94942340--94942379	18	2.2	18	90	0	62	40	20	22	17	1.92
94942777--94943126	27	13.0	27	85	6	365	22	14	20	42	1.88
94943382--94943545	81	2.0	81	85	4	224	20	13	22	43	1.86
94943382--94943545	27	6.1	27	84	0	202	20	13	22	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94942970--94943794	412	2.0	412	98	0	1578	24	22	20	32	1.97
94945851--94946026	46	3.8	46	76	10	169	20	20	29	29	1.98
94945847--94946019	93	1.9	93	88	0	265	20	20	30	28	1.98
94946325--94946373	23	2.1	23	100	0	98	22	16	16	44	1.86
94948972--94949051	15	5.4	15	76	11	76	8	16	13	61	1.56
94948963--94949050	30	3.0	30	79	11	83	9	15	15	59	1.61
94951436--94951608	46	3.7	46	75	13	165	20	19	30	30	1.97
94955900--94955925	11	2.4	11	100	0	52	38	0	15	46	1.46
94968853--94969046	53	3.6	53	77	4	149	21	23	18	37	1.94
94971757--94971935	47	3.9	48	71	14	142	27	19	23	29	1.98
94977752--94977891	29	4.9	29	78	3	106	25	30	15	30	1.95
94978109--94978144	16	2.3	15	86	9	54	5	19	22	52	1.66
94988163--94988383	40	5.6	40	82	4	252	24	27	23	24	2.00
95003371--95003407	18	2.1	18	100	0	74	51	0	0	48	1.00
95003490--95003536	19	2.4	20	92	3	78	48	14	10	25	1.76
95010031--95010202	40	4.3	40	83	5	206	23	22	26	27	1.99
95010431--95010472	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
95016106--95016678	47	12.1	47	92	1	860	31	9	31	28	1.88
95016106--95016678	192	3.0	192	91	2	919	31	9	31	28	1.88
95016797--95016875	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
95018768--95018841	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
95019231--95019546	40	7.9	40	94	0	544	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95019231--95019533	159	1.9	159	95	0	543	25	23	27	24	2.00
95022984--95023508	47	11.1	47	92	1	798	31	9	31	28	1.88
95022987--95023506	143	3.7	142	93	1	828	30	9	31	28	1.88
95027642--95027818	40	4.4	40	82	4	216	24	22	27	26	2.00
95035624--95035671	25	1.9	25	86	0	69	35	10	16	37	1.83
95043619--95043661	12	3.6	12	96	0	77	11	18	44	25	1.84
95046366--95046542	46	3.8	46	77	10	180	19	19	30	30	1.96
95046362--95046533	94	1.8	94	93	2	301	20	19	30	29	1.97
95053105--95053193	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
95053105--95053187	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
95053116--95053193	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
95058088--95058289	43	4.7	43	86	1	244	33	23	14	28	1.94
95061225--95061684	49	9.6	49	91	3	733	28	29	8	34	1.86
95061225--95061684	96	4.8	96	94	1	762	28	29	8	34	1.86
95062835--95062870	15	2.4	15	100	0	72	25	11	0	63	1.27
95063993--95064031	20	1.9	21	84	5	53	30	10	23	35	1.88
95065026--95065435	204	2.0	204	98	0	784	25	15	31	28	1.96
95070316--95070531	46	4.6	46	75	9	188	22	27	20	30	1.98
95075179--95075482	47	6.4	47	91	3	416	32	9	30	27	1.88
95075333--95075454	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
95084748--95084960	48	4.6	45	78	9	205	24	27	19	29	1.98
95084748--95084960	92	2.3	90	83	6	248	24	27	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95084748--95085001	138	1.8	138	80	8	300	24	26	19	29	1.98
95087023--95087243	48	4.7	48	74	11	167	25	20	27	27	1.99
95091009--95091050	21	2.0	21	90	0	66	11	33	4	50	1.60
95091721--95091763	16	2.7	16	85	0	50	58	16	13	11	1.64
95092729--95092807	31	2.5	31	95	0	149	26	25	18	29	1.98
95092831--95092922	42	2.2	42	92	3	150	34	22	14	28	1.93
95093170--95093201	16	2.0	16	93	0	55	31	9	25	34	1.87
95095864--95095925	31	2.1	29	93	6	106	29	25	11	33	1.91
95096150--95096208	24	2.4	24	88	8	84	22	25	25	27	2.00
95096239--95096269	16	1.9	16	100	0	62	32	12	25	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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