genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89786298--89786467	78	2.2	78	91	1	277	23	25	19	31	1.98
89787466--89787494	14	2.1	14	100	0	58	24	20	13	41	1.89
89788916--89789043	9	13.6	9	73	12	96	46	21	1	30	1.60
89788933--89789010	39	2.0	39	90	5	122	46	21	1	30	1.60
89788929--89789041	57	2.0	57	84	3	147	46	23	1	29	1.62
89793581--89793699	39	3.1	39	91	0	193	25	27	24	22	2.00
89799261--89799325	21	3.1	21	90	0	103	21	23	55	0	1.44
89799656--89799745	43	2.1	44	85	6	121	25	17	20	36	1.94
89812663--89812796	43	3.1	43	84	4	180	27	26	20	25	1.99
89818504--89818765	39	6.7	40	87	7	328	24	26	22	26	2.00
89830620--89830674	19	2.9	19	81	7	58	10	3	3	81	0.93
89830621--89830670	26	2.0	25	84	11	66	10	4	4	82	0.94
89831590--89831662	3	23.3	3	80	8	83	30	6	2	60	1.37
89831664--89831715	20	2.7	19	82	11	54	23	13	3	59	1.50
89832011--89832041	15	2.1	15	100	0	62	32	6	0	61	1.21
89831981--89832043	9	7.2	9	70	20	53	31	7	0	60	1.26
89832125--89832178	3	18.3	3	78	3	56	29	5	0	64	1.16
89834060--89834103	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
89838220--89838825	46	13.6	46	64	14	241	26	21	23	28	1.99
89838297--89838758	45	10.4	45	62	15	129	26	20	24	28	1.99
89838220--89838887	134	5.0	134	97	1	1267	26	21	23	28	1.99
89838799--89838980	92	2.0	94	95	2	332	26	21	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89838662--89839222	225	2.5	227	86	4	767	27	21	22	27	1.99
89839511--89839563	22	2.4	22	93	0	88	30	52	3	13	1.57
89839839--89839892	26	2.1	25	86	10	74	9	5	3	81	0.97
89839835--89839892	13	4.5	13	72	20	50	8	6	3	81	0.98
89839835--89839880	19	2.4	19	77	3	56	8	6	4	80	1.01
89840802--89840871	3	22.3	3	80	8	77	30	7	2	60	1.38
89840873--89840924	20	2.7	19	82	11	54	23	13	3	59	1.50
89841221--89841251	15	2.1	15	100	0	62	32	6	0	61	1.21
89841335--89841385	3	17.3	3	77	4	50	29	5	0	64	1.17
89841335--89841385	15	3.5	15	81	2	59	29	5	0	64	1.17
89844848--89844886	6	6.5	6	96	0	69	66	2	0	30	1.05
89847555--89847602	23	2.1	23	100	0	96	31	4	31	33	1.77
89853758--89853933	90	2.0	90	91	0	289	37	20	17	24	1.94
89856756--89856805	23	2.2	23	92	3	84	44	4	26	26	1.72
89859490--89859517	14	2.0	14	100	0	56	14	7	7	71	1.29
89866212--89866428	40	5.5	40	89	3	298	25	23	26	24	2.00
89871972--89872138	46	3.6	46	81	4	167	29	17	28	24	1.97
89879607--89879818	46	4.5	45	76	11	187	29	18	27	24	1.98
89879605--89879818	94	2.3	95	82	7	258	28	19	27	24	1.98
89881097--89881136	21	2.0	20	85	14	55	12	37	27	22	1.90
89885036--89885229	64	3.0	65	85	2	203	25	29	14	30	1.95
89885084--89885229	64	2.3	64	91	0	229	28	29	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89893497--89893547	23	2.2	24	96	3	95	17	3	13	64	1.42
89896658--89897232	308	1.8	314	83	7	760	34	20	15	29	1.93
89898275--89898428	47	3.3	47	90	0	254	27	29	7	34	1.85
89900279--89900303	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
89901705--89902236	48	10.9	48	92	3	875	30	28	6	34	1.82
89905919--89906105	40	4.7	40	88	0	275	32	27	20	20	1.97
89908043--89908315	49	5.7	49	78	9	251	24	28	19	27	1.99
89908187--89908315	47	2.8	46	82	9	163	25	29	18	26	1.98
89909507--89909577	34	2.1	34	97	0	133	26	22	11	39	1.88
89910011--89910135	44	2.6	48	85	7	150	25	31	20	22	1.98
89910113--89910326	94	2.3	94	84	0	266	24	27	19	28	1.98
89910013--89910326	46	6.7	45	79	8	245	25	28	20	26	1.99
89915847--89915879	13	2.6	13	95	4	59	54	15	0	30	1.41
89918809--89918841	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
89923838--89923870	13	2.6	13	95	4	59	54	15	0	30	1.41
89930009--89930079	35	2.0	35	91	0	115	36	12	23	26	1.91
89944381--89944490	55	2.0	55	100	0	220	40	16	16	27	1.89
89944726--89944863	40	3.5	40	87	4	183	25	27	21	25	1.99
89948795--89948859	24	2.7	24	87	2	94	10	38	32	18	1.85
89949171--89949998	43	19.4	43	79	6	814	17	30	32	19	1.95
89949213--89950098	213	4.2	213	81	5	979	16	30	32	19	1.95
89949086--89950037	297	3.2	297	82	5	1007	17	30	32	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89949213--89950098	170	5.2	169	80	7	843	16	30	32	19	1.95
89949980--89950076	43	2.3	42	89	5	142	12	24	39	23	1.89
89956235--89956407	46	3.7	46	77	13	192	22	20	27	29	1.99
89956232--89956402	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
89963768--89963941	46	3.8	45	76	8	190	22	20	26	29	1.99
89974336--89974457	58	2.1	59	85	1	165	32	23	18	24	1.97
89975102--89975194	42	2.2	42	90	0	141	15	23	35	25	1.94
89975065--89977921	43	67.3	43	76	5	2093	18	30	31	19	1.96
89975065--89977807	85	32.3	85	74	7	1884	18	30	31	19	1.96
89975065--89977807	128	21.5	126	76	7	1770	18	30	31	19	1.96
89975200--89977878	212	12.6	212	75	7	1306	18	30	31	19	1.96
89975025--89977899	297	9.7	291	74	8	1188	18	30	31	19	1.96
89976583--89977507	382	2.4	380	87	1	1339	17	31	31	19	1.95
89982063--89982190	29	4.5	29	86	2	154	33	25	12	28	1.92
89982062--89982190	57	2.3	57	84	2	170	33	25	12	28	1.92
89988356--89988394	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
89988551--89988581	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
90003705--90003738	5	7.2	5	87	12	54	20	38	17	23	1.93
90004405--90004515	58	1.9	58	90	0	177	33	19	19	27	1.96
90010064--90010110	24	2.0	24	95	0	85	6	34	36	23	1.80
90010431--90010457	9	3.0	9	100	0	54	33	44	11	11	1.75
90014036--90014258	40	5.6	40	82	10	237	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90014036--90014259	79	2.8	80	86	7	289	25	27	21	25	2.00
90022011--90022222	40	5.3	40	94	1	347	26	27	21	25	1.99
90022011--90022274	80	3.3	80	87	6	353	25	26	21	25	2.00
90030968--90031089	58	2.1	59	87	1	174	31	22	20	25	1.98
90033213--90033276	24	2.7	24	78	4	67	10	29	34	25	1.90
90033483--90036296	43	66.3	43	79	6	2605	16	31	32	18	1.94
90033508--90033619	42	2.6	43	85	4	156	20	30	33	16	1.94
90033458--90036296	85	33.4	86	80	5	2769	16	31	32	18	1.94
90033593--90036324	128	21.5	126	78	6	2255	16	31	32	18	1.94
90038547--90038740	40	4.8	40	89	0	262	24	22	28	25	1.99
90042210--90042696	47	10.1	47	91	3	751	31	9	30	29	1.88
90042210--90042696	96	5.1	96	92	3	777	31	9	30	29	1.88
90042544--90042619	22	3.3	22	64	10	62	28	11	30	28	1.92
90044747--90044935	43	4.4	43	98	0	369	22	14	35	26	1.93
90044919--90044990	29	2.5	29	86	4	92	27	16	30	25	1.97
90045301--90045576	40	6.9	40	83	3	272	25	22	27	24	2.00
90045339--90045576	120	2.0	120	84	3	309	25	21	27	24	1.99
90049045--90049342	47	6.1	48	89	6	424	32	8	29	29	1.87
90049045--90049342	95	3.1	95	93	2	470	32	8	29	29	1.87
90049039--90049340	142	2.1	141	86	8	426	32	8	29	29	1.87
90050892--90051499	85	7.1	85	78	6	570	16	33	31	19	1.94
90050892--90051500	43	14.3	43	79	6	537	16	33	31	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90050892--90051500	128	4.8	129	78	6	623	16	33	31	19	1.94
90050955--90051499	298	1.8	298	86	3	803	16	33	31	19	1.94
90052989--90053056	28	2.4	28	90	4	102	27	11	26	33	1.91
90054630--90056636	43	47.6	43	79	7	2012	16	32	32	19	1.94
90054630--90056636	85	23.8	85	78	7	1945	16	32	32	19	1.94
90054633--90056634	468	4.3	472	86	5	2320	16	32	32	19	1.94
90056206--90056558	127	3.0	114	82	9	338	16	32	32	17	1.93
90056249--90056382	70	1.9	72	89	3	209	17	34	32	15	1.91
90069947--90070067	58	2.1	59	84	4	156	31	23	20	23	1.98
90070777--90071775	43	23.5	43	83	4	1199	16	32	32	18	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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