genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85661688--85661721	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
85666589--85666630	13	3.4	13	87	12	70	78	7	7	7	1.09
85666589--85666630	11	3.6	11	93	6	66	78	7	7	7	1.09
85672109--85672156	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
85676331--85676378	20	2.4	20	71	0	60	33	16	27	22	1.96
85683845--85683879	10	3.5	10	88	0	52	37	22	25	14	1.92
85683842--85683889	20	2.4	20	75	0	60	31	18	29	20	1.97
85685033--85685085	26	2.0	26	82	13	65	26	13	22	37	1.91
85686570--85686677	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
85689767--85689806	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
85691048--85691096	14	3.5	14	85	0	62	18	30	6	44	1.74
85691442--85691479	10	3.7	10	96	3	67	81	7	2	7	0.96
85696693--85696732	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
85697145--85697191	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
85698739--85698776	9	3.8	10	82	10	51	84	2	10	2	0.83
85698739--85698782	20	2.2	20	92	4	72	81	2	11	4	0.92
85698739--85698782	19	2.2	21	92	8	74	81	2	11	4	0.92
85703875--85703928	15	3.7	15	82	5	74	1	22	1	74	1.02
85705950--85705990	10	4.0	10	93	6	73	0	9	0	90	0.46
85705947--85705990	11	4.0	11	91	8	72	0	11	0	88	0.51
85705947--85705990	21	2.0	22	95	4	81	0	11	0	88	0.51
85705952--85705990	1	39.0	1	84	0	51	0	7	0	92	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85705983--85706017	17	2.1	17	88	0	52	25	8	5	60	1.49
85708375--85708421	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
85712795--85712848	21	2.5	21	84	3	63	31	5	29	33	1.80
85712797--85712862	21	3.0	22	82	4	62	31	4	28	34	1.78
85717162--85717195	11	2.8	12	91	8	52	8	8	5	76	1.15
85717163--85717195	13	2.7	13	90	9	52	6	9	6	78	1.08
85717498--85717563	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
85721563--85721625	12	4.6	14	79	16	55	14	17	0	68	1.22
85721572--85721626	12	4.3	12	84	9	65	14	20	0	65	1.27
85721688--85721718	12	2.6	12	89	0	53	25	12	12	48	1.77
85721767--85721811	15	2.9	15	90	3	63	8	15	2	73	1.18
85721784--85721833	21	2.4	20	83	12	57	2	18	4	76	1.04
85724370--85724466	30	3.2	30	75	2	106	27	14	29	27	1.95
85726409--85726455	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
85728126--85728231	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
85729256--85729294	10	3.7	10	83	10	51	2	10	2	84	0.81
85729247--85729308	24	2.7	24	80	19	78	4	16	3	75	1.10
85729247--85729309	23	2.8	22	83	16	76	4	15	3	76	1.09
85732282--85732312	12	2.7	12	95	5	55	80	6	3	9	0.99
85733512--85733617	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
85735277--85735323	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
85736883--85736927	17	2.9	15	81	15	56	66	2	24	6	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85737036--85737072	18	2.1	18	89	0	56	67	2	18	10	1.32
85737245--85737342	30	3.3	30	71	9	92	27	25	16	30	1.96
85743454--85743501	15	3.3	14	88	5	69	4	16	0	79	0.89
85743454--85743505	21	2.5	21	90	3	79	3	19	0	76	0.93
85743466--85743512	21	2.2	21	85	7	60	8	21	0	70	1.14
85755571--85755667	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
85770744--85770776	14	2.4	14	90	5	50	69	3	6	21	1.24
85782159--85782186	11	2.5	11	100	0	56	25	10	17	46	1.80
85787793--85787860	34	2.0	34	91	0	109	38	27	14	19	1.91
85791655--85791713	29	2.0	29	96	0	109	37	23	11	27	1.90
85794847--85795052	27	7.5	27	90	3	304	26	13	28	31	1.94
85794847--85795052	55	3.7	55	95	0	349	26	13	28	31	1.94
85803046--85803197	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
85803046--85803197	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
85816806--85816850	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
85830442--85830717	39	7.1	39	91	0	417	22	28	23	25	1.99
85830437--85830717	117	2.4	117	94	0	481	22	27	23	25	2.00
85832439--85832466	14	2.0	14	100	0	56	42	14	0	42	1.45
85834158--85834351	40	4.8	40	91	2	282	24	27	20	28	1.99
85836110--85836197	27	3.3	27	85	4	115	35	22	21	20	1.96
85839860--85839943	27	3.1	27	89	1	123	38	19	23	19	1.93
85843476--85843506	14	2.2	14	100	0	62	22	41	16	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85846377--85846421	23	2.0	23	95	0	81	24	26	15	33	1.95
85850125--85850150	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
85850597--85850694	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
85850625--85850707	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
85858398--85858423	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
85858870--85858967	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
85858898--85858980	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
85863714--85863838	6	20.3	6	70	16	87	47	12	20	20	1.82
85863723--85863816	37	2.5	37	91	0	143	46	11	21	20	1.82
85863771--85863838	25	2.7	25	88	0	100	45	13	20	20	1.84
85864073--85864134	22	2.9	22	81	11	83	33	22	25	17	1.96
85864650--85864781	27	4.9	27	84	5	151	25	20	17	36	1.94
85864677--85864789	27	4.2	27	85	8	158	26	19	16	37	1.93
85864649--85864781	54	2.5	54	88	4	205	25	20	18	36	1.95
85878280--85878458	27	6.6	27	83	5	191	29	27	15	27	1.96
85878301--85878456	82	1.9	81	86	3	224	28	28	15	27	1.96
85879008--85879032	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
85903802--85903826	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
85904373--85904551	27	6.6	27	82	7	184	27	15	27	29	1.96
85904375--85904530	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
85904371--85904551	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	29	1.96
85915274--85915312	18	2.1	19	90	4	62	43	17	7	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85915676--85915770	11	8.6	11	78	12	70	26	36	0	36	1.57
85915676--85915770	22	4.3	22	86	5	120	26	36	0	36	1.57
85915676--85915757	33	2.5	33	79	0	92	28	35	0	36	1.58
85915779--85915834	24	2.4	23	81	3	67	26	1	8	62	1.35
85919480--85919616	43	3.2	42	79	12	129	27	24	18	28	1.98
85920787--85920838	26	2.0	26	100	0	104	38	3	3	53	1.37
85934076--85934343	40	6.7	40	94	0	464	22	26	20	30	1.98
85942910--85943177	40	6.7	40	94	0	464	22	26	20	30	1.98
85963059--85963302	40	6.1	40	78	3	231	23	22	27	26	2.00
85963055--85963282	80	2.8	80	95	0	393	25	22	26	25	2.00
85965739--85965845	41	2.5	42	80	7	110	32	28	15	23	1.95
85967617--85967763	41	3.6	41	86	1	224	28	28	23	19	1.98
85967617--85967765	81	1.8	81	89	0	235	28	28	22	20	1.99
85972562--85972731	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
85980390--85980646	40	6.5	40	82	5	220	25	20	28	25	1.99
85980390--85980611	40	5.6	40	85	4	236	24	20	27	26	1.99
85980390--85980646	79	3.3	78	80	4	257	25	20	28	25	1.99
85997961--85998091	40	3.3	39	90	5	201	28	28	19	23	1.99
85997961--85998142	78	2.3	79	82	6	199	26	28	20	24	1.99
86001837--86001898	28	2.2	29	88	2	90	27	11	32	29	1.91
86003820--86003988	46	3.6	46	81	7	166	21	31	17	28	1.96
86010099--86010139	21	1.9	22	85	5	57	24	26	36	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86011313--86011434	46	2.6	46	85	7	149	22	27	18	31	1.97
86014742--86014810	26	2.7	26	95	0	120	21	28	26	23	1.99
86018037--86018084	25	1.9	25	82	0	60	35	20	12	31	1.90
86018217--86018287	26	2.8	25	89	4	106	25	23	23	26	2.00
86018242--86018314	25	2.9	24	84	10	76	28	20	23	27	1.99
86018507--86018621	31	3.7	31	94	1	187	34	18	23	23	1.96
86020727--86020874	43	3.4	43	81	1	136	32	26	13	27	1.94
86022329--86022384	27	2.1	27	90	6	87	64	7	5	23	1.40
86023078--86023171	6	15.3	6	69	16	59	48	12	18	20	1.80
86023099--86023171	31	2.4	31	88	0	101	47	12	19	20	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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