genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

This is table  191  of  356  ( 42641 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62221024--62221056	15	2.2	15	94	0	57	33	15	0	51	1.43
62225430--62225473	21	2.0	22	86	8	63	75	2	6	15	1.12
62229128--62229178	16	3.2	16	73	15	61	41	3	0	54	1.19
62232681--62232720	17	2.4	16	91	4	62	67	2	0	30	1.04
62233771--62233978	82	2.5	82	89	2	310	50	15	7	26	1.70
62234052--62234509	159	2.9	156	79	8	473	34	14	15	35	1.89
62235989--62236353	181	2.0	181	96	0	676	30	20	11	37	1.88
62253522--62253556	16	2.2	16	89	0	52	37	2	0	60	1.12
62264019--62264229	98	2.2	98	86	1	298	28	13	18	39	1.88
62263904--62264131	126	1.8	127	87	2	325	27	13	17	41	1.87
62265537--62265617	40	2.0	42	92	4	139	28	7	7	56	1.54
62266129--62266191	26	2.5	25	89	5	99	49	1	3	46	1.27
62266129--62266209	26	3.1	27	79	15	73	46	2	3	46	1.33
62266184--62266223	21	1.9	21	84	0	53	37	2	2	57	1.26
62266236--62266288	20	2.7	20	79	5	54	39	13	1	45	1.54
62266578--62266611	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
62266733--62266791	30	2.0	29	90	3	91	54	11	6	27	1.62
62266835--62266878	19	2.2	20	84	8	54	59	4	15	20	1.54
62267184--62267234	7	7.3	7	100	0	102	43	27	0	29	1.55
62269011--62269248	52	4.7	52	83	6	297	54	14	7	23	1.66
62269011--62269248	100	2.3	100	86	2	323	54	14	7	23	1.66
62274284--62274347	21	3.0	21	90	4	94	43	9	15	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62279211--62279272	23	2.7	23	82	7	81	53	3	9	33	1.50
62286381--62286411	6	5.2	6	96	0	53	80	3	0	16	0.83
62297187--62297402	95	2.3	94	85	4	283	34	17	10	37	1.83
62297778--62297940	10	18.0	9	67	21	67	30	3	1	64	1.21
62297848--62297926	27	2.8	27	79	11	79	35	2	0	62	1.09
62301270--62301324	28	2.0	28	96	0	101	3	27	5	63	1.33
62301298--62301371	39	1.9	39	83	2	96	6	25	8	59	1.51
62304541--62304575	15	2.2	16	90	5	54	48	0	0	51	1.00
62304678--62304712	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
62304948--62305031	16	5.2	16	94	0	141	38	33	0	28	1.58
62306592--62306645	18	3.0	18	97	0	99	27	14	27	29	1.95
62306933--62306975	15	2.9	14	83	13	50	27	9	27	34	1.88
62307018--62307057	21	1.9	21	90	10	64	52	20	10	17	1.72
62309086--62309127	21	2.0	21	86	9	59	40	26	19	14	1.89
62312682--62312765	26	3.2	26	98	0	159	32	4	26	36	1.77
62319410--62319492	25	3.3	25	70	0	67	24	21	22	31	1.98
62326629--62326659	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
62328004--62328032	15	1.9	15	100	0	58	65	6	6	20	1.40
62331194--62331233	21	1.9	21	90	10	64	25	12	7	55	1.63
62336025--62336086	28	2.2	28	82	2	70	59	0	3	37	1.13
62341013--62341158	53	2.7	53	90	4	213	29	28	15	26	1.96
62345009--62345033	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62345692--62345819	47	2.8	45	79	10	141	28	17	28	25	1.97
62345745--62345960	47	4.6	48	78	8	198	29	17	28	25	1.97
62352617--62352641	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
62353303--62353523	46	4.7	46	73	16	161	28	19	28	23	1.98
62353304--62353567	47	5.6	45	77	12	207	27	18	29	23	1.98
62355264--62355312	25	2.0	25	100	0	98	51	20	8	20	1.73
62355265--62355337	25	2.8	26	84	14	80	50	21	4	23	1.66
62359937--62360239	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
62378220--62378299	37	2.2	37	86	0	115	27	31	17	23	1.97
62378418--62378920	47	10.6	47	96	1	848	29	29	8	32	1.86
62379145--62379327	40	4.7	40	84	8	225	25	27	22	24	2.00
62379145--62379327	79	2.3	81	84	7	225	25	27	22	24	2.00
62382894--62382982	44	2.0	44	93	0	151	38	20	20	21	1.94
62389446--62389622	27	6.6	27	83	5	187	29	27	15	27	1.96
62390169--62390193	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
62390945--62390987	21	2.1	21	87	8	63	16	20	0	62	1.32
62397469--62397646	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	27	1.96
62397490--62397645	82	1.9	81	86	3	224	28	28	15	27	1.96
62398194--62398218	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
62398974--62399016	20	2.1	20	86	4	59	16	20	0	62	1.32
62402350--62402384	14	2.4	15	90	4	54	28	2	34	34	1.72
62403017--62403054	18	2.1	19	85	5	51	71	0	10	18	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62403075--62403106	7	4.6	7	100	0	64	46	0	53	0	1.00
62403061--62403108	21	2.3	21	74	0	51	56	2	41	0	1.11
62405603--62405659	30	1.9	30	92	0	96	24	26	14	35	1.93
62411095--62411493	48	8.0	48	74	18	285	35	6	26	31	1.81
62411108--62411278	92	1.9	92	89	0	270	34	6	26	32	1.82
62411265--62411308	21	2.1	21	100	0	88	43	0	22	34	1.54
62411217--62411356	69	2.0	69	98	0	271	37	3	25	32	1.73
62411182--62411404	117	1.9	117	93	0	383	36	5	26	31	1.79
62411128--62411452	165	2.0	161	90	2	515	35	5	26	32	1.80
62411097--62411499	213	1.9	209	89	2	626	34	5	27	31	1.81
62411289--62411499	48	4.4	48	96	0	386	34	6	28	30	1.82
62411640--62411742	37	2.8	37	93	0	179	23	20	31	25	1.98
62413028--62413398	40	9.3	40	95	0	645	24	19	28	27	1.99
62413430--62413586	28	5.6	27	75	8	134	22	18	28	30	1.97
62413458--62413559	29	3.6	27	77	5	96	23	16	30	29	1.96
62413426--62413593	57	2.9	57	87	0	237	23	17	28	30	1.97
62417122--62417411	48	6.0	48	95	0	490	33	7	28	30	1.85
62417552--62417691	37	3.8	37	93	0	235	23	20	31	24	1.98
62423838--62423972	55	2.5	55	85	0	171	27	29	19	23	1.98
62424723--62424941	49	4.6	45	78	12	210	22	29	20	27	1.98
62428634--62428669	18	1.9	19	88	5	56	72	0	8	19	1.10
62432160--62432337	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62432181--62432336	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62461052--62461198	43	3.4	43	74	3	127	27	14	23	35	1.93
62463211--62463252	4	10.0	4	94	5	66	23	4	0	71	1.05
62468114--62468202	25	3.6	25	81	3	72	31	14	30	23	1.94
62469586--62469847	39	6.7	40	87	5	315	25	27	21	25	1.99
62469586--62469847	118	2.2	121	83	9	328	25	27	21	25	1.99
62473967--62473999	17	1.9	17	88	11	50	33	3	45	18	1.65
62482510--62482547	19	2.0	19	100	0	76	36	0	15	47	1.46
62488169--62488216	17	3.1	17	66	27	52	10	35	31	22	1.88
62490246--62490524	40	7.0	40	90	2	375	24	19	27	27	1.99
62501746--62501968	79	2.8	78	81	11	249	25	26	22	25	2.00
62501746--62501968	39	5.7	40	85	8	257	25	26	22	25	2.00
62505273--62505306	15	2.1	17	89	10	54	52	0	14	32	1.42
62510709--62510760	20	2.5	20	87	3	77	25	13	11	50	1.75
62522354--62522538	40	4.7	40	82	6	216	25	27	22	24	2.00
62522354--62522536	79	2.3	81	81	8	214	25	27	21	25	1.99
62525538--62525600	17	3.8	16	73	12	56	31	3	0	65	1.09
62525602--62525667	28	2.4	28	100	0	132	16	15	0	68	1.22
62526506--62526560	28	2.0	28	92	0	92	21	29	18	30	1.97
62531316--62531383	34	2.0	34	94	0	118	39	13	27	19	1.89
62532611--62532818	51	4.1	51	92	0	317	28	22	16	32	1.95
62534363--62534541	89	2.0	89	98	0	349	25	20	5	49	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62539219--62539245	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
62547900--62548005	24	4.4	23	72	13	79	28	29	16	26	1.96
62552210--62552235	7	3.7	7	100	0	52	15	30	11	42	1.82
62552211--62552374	51	3.4	51	85	6	216	26	23	16	32	1.96
62552218--62552374	44	3.4	44	80	13	163	27	23	16	32	1.96
62561063--62561505	46	9.6	46	88	0	564	40	13	24	21	1.89
62563733--62563952	40	5.6	40	79	5	223	26	26	23	24	2.00
62571831--62572014	40	4.6	40	83	5	246	24	27	23	24	2.00
62575168--62575559	44	8.8	44	78	3	318	33	17	19	29	1.95
62575168--62575551	133	2.9	135	78	2	371	33	17	19	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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