Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  178  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57919936--57921286
164
8.5
161
78
11
1244
33
18
16
31
1.93
57920030--57920263
75
3.1
73
84
2
279
32
18
15
33
1.93
57919923--57921280
239
5.7
238
82
11
1339
33
18
15
32
1.93
57920258--57921122
74
11.1
74
73
15
568
33
18
16
31
1.93
57920495--57921107
73
7.9
73
76
13
326
32
19
16
31
1.94
57920580--57920733
84
1.8
84
90
2
247
33
18
16
30
1.94
57920332--57921280
157
5.9
160
80
9
953
33
18
16
31
1.93
57920496--57921280
230
3.3
230
79
11
845
32
18
16
31
1.93
57920654--57921117
75
6.0
78
83
7
491
32
19
15
32
1.93
57921048--57921212
90
1.8
90
89
2
260
33
18
15
32
1.92
57921133--57921293
76
2.2
75
90
3
254
32
18
17
31
1.94
57924703--57924772
35
2.0
35
91
0
113
20
30
14
35
1.92
57932053--57932106
15
3.6
15
92
0
90
59
5
18
16
1.56
57932457--57932497
17
2.3
18
84
12
50
14
0
41
43
1.45
57932839--57932868
6
5.0
6
100
0
60
16
0
0
83
0.65
57938717--57938892
88
2.0
90
86
3
248
27
3
11
57
1.50
57941184--57941506
47
6.8
48
75
15
226
24
31
17
25
1.97
57941233--57941542
139
2.2
145
80
9
327
24
31
18
25
1.98
57941517--57941568
26
2.0
26
96
0
95
21
30
21
26
1.98
57947782--57947831
21
2.4
21
96
3
93
20
28
40
12
1.87
57948869--57949324
46
9.7
47
74
10
264
24
28
19
28
1.99
57949108--57949327
94
2.4
91
83
8
275
22
28
20
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57951757--57951814
11
5.0
12
72
19
52
58
0
15
25
1.37
57951773--57951833
23
2.6
23
84
7
79
65
0
9
24
1.23
57951877--57951933
10
5.3
10
76
14
51
64
1
14
19
1.36
57951905--57951962
5
10.8
5
85
10
71
60
0
20
18
1.36
57951904--57951961
6
10.5
6
85
7
63
62
0
20
17
1.33
57951875--57951961
28
3.1
28
83
8
97
63
1
17
18
1.38
57951905--57951962
22
2.7
21
87
10
82
60
0
20
18
1.36
57952515--57952574
21
2.8
20
76
20
59
20
8
1
70
1.22
57952564--57952670
5
19.6
5
72
16
79
26
16
0
56
1.47
57952537--57952591
17
3.2
17
80
14
60
18
10
1
69
1.27
57952577--57952666
11
7.9
12
69
24
61
27
16
1
54
1.49
57952577--57952670
28
3.4
28
87
0
143
27
17
1
54
1.50
57952577--57952620
23
1.9
23
86
9
63
25
15
2
56
1.51
57952617--57952671
17
3.6
16
72
27
57
30
18
0
50
1.47
57952661--57952748
19
4.4
20
72
21
78
21
13
0
64
1.28
57952703--57952751
18
2.7
18
87
3
62
26
8
0
65
1.20
57952734--57952787
25
2.2
24
86
3
72
35
7
0
57
1.27
57952522--57952794
138
2.0
137
79
9
297
26
12
0
59
1.38
57952943--57953060
18
6.8
17
71
19
66
22
16
1
59
1.46
57952989--57953023
7
5.0
7
96
0
61
25
28
2
42
1.69
57953021--57953093
18
3.6
22
75
20
63
23
10
0
65
1.24
57953024--57953093
38
1.9
38
88
8
110
22
10
0
67
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57953028--57953080
18
2.9
18
86
5
72
24
5
0
69
1.09
57957091--57957235
24
6.0
24
89
2
211
28
20
22
28
1.99
57957293--57957345
9
5.4
9
75
16
52
37
20
7
33
1.81
57957285--57957351
20
3.3
20
89
0
107
34
20
10
34
1.87
57957285--57957340
11
5.5
11
75
16
57
33
19
10
35
1.87
57962174--57962248
29
2.6
29
97
0
141
46
13
13
26
1.80
57971003--57971040
11
3.3
12
82
10
53
50
0
0
50
1.00
57971111--57971135
13
1.9
13
100
0
50
60
0
0
40
0.97
57972095--57972167
31
2.3
32
86
6
96
27
17
17
36
1.93
57973612--57973663
26
2.0
27
82
17
65
30
0
3
65
1.10
57974697--57974744
24
2.0
24
95
0
87
52
20
14
12
1.74
57977071--57977214
79
1.9
75
86
5
207
56
8
7
27
1.56
57979831--57979949
60
2.0
60
93
3
204
54
12
0
32
1.38
57983064--57983139
25
3.0
25
75
7
82
40
15
23
19
1.90
57983130--57983178
24
2.0
24
84
0
62
30
16
22
30
1.96
57983891--57983980
42
2.1
42
93
0
153
23
31
26
18
1.98
57983891--57983992
42
2.4
42
90
0
141
21
31
26
20
1.98
57984800--57984953
24
6.5
24
69
12
93
32
21
26
19
1.97
57984800--57984964
47
3.5
47
72
14
140
33
21
25
19
1.97
57986587--57986624
13
2.8
13
88
11
51
47
2
0
50
1.15
57986722--57986799
38
2.1
38
92
0
129
33
8
21
35
1.85
58008383--58008510
46
2.8
46
93
0
220
27
28
23
21
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58017487--58017513
13
2.1
13
100
0
54
37
0
0
62
0.95
58027323--58027460
49
2.8
49
84
6
174
23
30
20
25
1.98
58030052--58030150
39
2.5
39
83
0
117
46
20
2
31
1.62
58032569--58032610
3
14.0
3
100
0
84
66
0
0
33
0.92
58039725--58039949
40
5.7
40
85
5
269
25
28
22
24
1.99
58039727--58039949
119
1.9
120
83
6
292
25
28
22
24
1.99
58045346--58045379
5
6.8
5
100
0
68
41
0
0
58
0.98
58045454--58045491
4
9.5
4
83
11
51
73
0
26
0
0.83
58045399--58045491
17
5.5
17
72
16
61
69
3
22
4
1.20
58045398--58045491
9
10.0
9
70
17
50
70
3
22
4
1.19
58056802--58057175
47
8.0
47
88
0
541
31
11
29
27
1.91
58056829--58056904
23
3.2
25
63
24
63
27
11
35
25
1.91
58057065--58057139
23
3.1
25
63
24
61
29
13
33
24
1.93
58057338--58057489
37
4.1
37
90
0
223
21
21
32
25
1.98
58058744--58059286
40
13.6
40
90
0
834
24
21
27
25
1.99
58063395--58063768
47
8.0
47
88
0
541
31
11
29
27
1.91
58063658--58063732
23
3.1
25
63
24
61
29
13
33
24
1.93
58063931--58064076
37
3.9
37
90
0
220
21
19
32
25
1.97
58069778--58069816
18
2.1
19
85
4
53
56
5
7
30
1.49
58070094--58070134
21
2.0
20
85
4
55
56
7
2
34
1.40
58071930--58071989
28
2.2
26
77
11
66
26
26
11
35
1.91
58071944--58072006
28
2.2
28
91
0
99
28
28
11
31
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58085900--58085937
16
2.5
15
91
4
58
63
0
5
31
1.17
58085872--58085949
34
2.2
35
81
4
86
58
3
6
30
1.41
58087811--58088130
170
1.9
164
83
9
414
35
19
16
28
1.94
58087981--58088289
73
4.1
74
81
7
340
33
20
16
29
1.95
58088019--58088287
149
1.8
147
86
3
396
31
20
17
31
1.95
58100386--58100424
20
2.0
20
85
5
53
58
5
7
28
1.47
58100456--58100529
26
2.8
26
81
8
69
52
4
9
33
1.53
58100571--58100643
24
3.0
25
75
15
64
54
6
4
34
1.46
58100687--58100740
23
2.5
20
77
13
54
53
9
1
35
1.44
58100764--58100822
24
2.5
23
81
13
68
62
3
3
30
1.28
58100969--58101000
12
2.6
13
85
14
50
59
0
3
37
1.13
58101020--58101057
16
2.5
15
91
4
58
63
0
5
31
1.17
58101028--58101080
16
3.0
18
83
8
56
58
3
9
28
1.47
58102294--58102380
17
5.0
17
71
18
72
68
2
24
4
1.19
58102355--58102379
13
1.9
13
100
0
50
76
0
24
0
0.80
58103132--58103191
24
2.5
22
74
12
57
35
0
20
45
1.51
58115233--58115281
20
2.5
20
89
0
80
71
2
6
20
1.18
58115294--58115327
13
2.8
12
86
8
50
44
11
0
44
1.40
58116925--58116964
20
2.0
20
100
0
80
40
15
15
30
1.87
58121607--58121655
20
2.5
20
89
0
80
71
2
6
20
1.18
58121831--58121876
19
2.3
20
85
7
67
23
23
2
50
1.61
58122954--58123050
40
2.5
38
72
18
99
37
31
10
20
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58125936--58125998
24
2.6
24
87
5
83
22
15
28
33
1.95
58135461--58135563
40
2.6
40
92
0
161
26
24
29
20
1.99
58143731--58143833
40
2.6
40
90
0
152
26
24
28
21
1.99
58152008--58152070
30
2.1
30
93
0
108
9
28
30
31
1.89
58151441--58152749
655
2.0
655
89
0
2030
31
27
17
23
1.97
58156488--58156535
25
1.9
25
87
8
71
31
12
22
33
1.91
58160960--58161089
49
2.6
50
80
4
138
22
28
20
28
1.99
58168560--58168700
54
2.6
54
88
2
176
36
21
22
19
1.95
58168560--58168700
27
5.2
27
80
10
137
36
21
22
19
1.95
58168584--58168703
54
2.2
54
92
0
195
35
22
23
18
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356