genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.304.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99030175--99030220	21	2.2	21	88	0	65	41	13	2	43	1.55
99040921--99041130	69	3.0	68	80	7	235	45	25	6	22	1.77
99041208--99041477	143	1.9	143	91	0	441	32	17	16	33	1.92
99044456--99044759	106	2.9	106	83	4	382	19	29	24	26	1.98
99045618--99045708	30	3.0	30	88	0	137	17	27	35	19	1.95
99047019--99047140	21	5.8	21	83	3	147	45	16	19	18	1.85
99047017--99047140	42	3.0	42	86	0	176	45	16	20	17	1.85
99048347--99048510	43	3.8	43	76	12	158	32	25	17	25	1.97
99055824--99055963	43	3.3	42	81	9	142	33	27	16	22	1.95
99059225--99059377	35	4.4	34	76	7	110	42	28	11	18	1.84
99072756--99072852	44	2.2	46	80	10	112	29	15	23	30	1.95
99072789--99073096	89	3.5	88	69	7	228	31	16	26	26	1.96
99072664--99073117	178	2.6	177	84	2	597	29	18	25	26	1.98
99077164--99077281	57	2.1	57	98	1	229	47	21	14	16	1.82
99080537--99080907	47	7.8	47	90	3	562	32	8	30	28	1.86
99080538--99080907	96	3.9	96	94	0	618	32	8	30	28	1.86
99080537--99080907	143	2.6	144	91	3	581	32	8	30	28	1.86
99087496--99087554	29	2.2	26	81	9	64	30	27	3	38	1.73
99092834--99092984	68	2.3	64	81	10	162	29	15	27	26	1.96
99092903--99093086	67	2.8	64	76	8	185	28	16	30	24	1.96
99102654--99102808	18	8.7	18	83	1	177	36	1	16	45	1.56
99102654--99102807	9	17.2	9	81	1	157	36	1	16	46	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99102657--99102807	27	5.6	27	88	1	187	35	1	16	46	1.56
99102913--99102968	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
99103173--99104177	289	3.5	289	97	0	1901	37	12	13	36	1.82
99106121--99106301	61	3.0	61	97	0	344	55	18	7	18	1.64
99106757--99106790	6	5.7	6	89	0	50	47	29	0	23	1.52
99108647--99108696	25	2.0	25	84	11	66	40	26	4	30	1.74
99108714--99108753	14	2.9	14	88	0	53	47	22	0	30	1.52
99108910--99109170	41	6.4	41	90	0	398	18	18	27	35	1.95
99109586--99109693	26	4.2	26	97	0	198	37	26	5	30	1.79
99114672--99114736	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
99116574--99116655	26	3.2	26	94	0	146	36	25	6	31	1.81
99121734--99121875	51	2.9	49	84	2	185	28	19	23	27	1.99
99121739--99121875	49	2.7	51	84	2	179	29	19	23	27	1.98
99125278--99125349	24	2.9	25	72	8	67	38	18	27	15	1.90
99134430--99134468	17	2.4	16	86	4	51	38	17	5	38	1.72
99134586--99134705	25	4.8	25	75	10	86	30	23	26	19	1.98
99138452--99138498	20	2.3	20	77	0	58	57	21	4	17	1.56
99138940--99139003	18	3.4	17	75	23	56	39	4	0	56	1.20
99138936--99138993	22	2.6	23	79	17	61	36	5	0	58	1.20
99139744--99139787	21	2.1	21	95	0	79	27	11	18	43	1.84
99144693--99144731	18	2.2	18	100	0	78	28	41	15	15	1.87
99145324--99145366	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99146154--99146284	65	2.0	69	88	8	200	32	13	6	47	1.70
99146214--99146247	13	2.5	14	85	4	52	44	5	2	47	1.42
99149363--99149409	17	2.6	19	83	13	71	36	31	0	31	1.58
99153348--99153397	21	2.3	22	93	6	84	34	28	26	12	1.92
99153323--99153407	21	3.9	23	77	13	81	36	25	21	16	1.94
99154896--99154942	22	2.1	23	88	4	69	4	21	4	70	1.22
99158612--99158781	43	4.0	43	79	7	175	31	27	17	23	1.97
99159442--99159466	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
99166178--99166340	86	1.9	83	90	6	256	31	12	10	46	1.75
99168400--99168426	8	3.4	8	100	0	54	59	0	0	40	0.98
99171312--99171350	20	2.0	20	89	0	60	35	0	12	51	1.40
99171552--99171582	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
99171766--99171799	16	2.3	14	90	10	50	64	5	23	5	1.38
99171763--99171816	26	2.1	25	82	3	63	70	3	22	3	1.19
99177011--99177088	37	2.1	37	80	2	86	23	26	16	33	1.96
99179649--99179685	10	3.5	11	78	14	51	18	8	0	72	1.08
99179646--99179687	20	2.1	20	100	0	84	19	11	0	69	1.19
99183562--99183589	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
99184364--99184400	19	2.0	19	94	5	67	51	10	0	37	1.37
99184353--99184400	19	2.6	18	84	12	62	50	8	0	41	1.33
99184902--99185225	127	2.5	127	85	3	429	37	20	14	27	1.92
99185757--99185782	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99187749--99188242	44	11.2	44	69	5	280	25	24	20	29	1.99
99187897--99188229	45	7.6	44	72	12	218	26	24	20	28	1.99
99187850--99188229	89	4.3	88	86	2	410	26	24	21	28	1.99
99187901--99188240	175	1.9	177	84	2	461	25	24	20	29	1.99
99195364--99195419	24	2.3	24	81	9	60	41	7	35	16	1.75
99196793--99196904	27	4.1	27	82	7	120	16	22	23	37	1.94
99196793--99196904	54	2.1	54	84	3	145	16	22	23	37	1.94
99199600--99199640	19	2.2	19	86	8	57	41	7	19	31	1.79
99202911--99203226	127	2.5	127	88	4	467	37	20	15	26	1.93
99204786--99204847	30	2.1	30	100	0	124	25	37	12	24	1.91
99207312--99207407	10	10.0	10	72	11	69	37	7	0	55	1.28
99207343--99207404	29	2.1	29	82	5	72	35	8	0	56	1.29
99207360--99207404	11	4.5	11	83	16	62	35	6	0	57	1.25
99207366--99207404	19	2.1	19	90	9	62	38	5	0	56	1.22
99207362--99207417	29	1.9	29	82	7	69	39	7	1	51	1.40
99211346--99211410	27	2.4	27	94	2	112	26	13	15	44	1.84
99211574--99211612	20	2.1	19	90	9	62	41	0	12	46	1.42
99213339--99213385	22	2.1	22	92	0	76	29	0	17	53	1.44
99213640--99213673	12	2.7	13	90	4	52	44	38	0	17	1.49
99213639--99213684	13	3.7	12	85	2	56	41	43	0	15	1.46
99214149--99214180	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
99214236--99214452	3	71.0	3	68	19	67	27	8	3	61	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99214251--99214311	23	2.6	24	86	2	79	31	8	0	60	1.26
99214271--99214328	23	2.6	23	86	2	73	31	5	1	62	1.27
99214533--99214582	21	2.4	21	86	0	64	32	8	0	60	1.26
99214691--99214725	15	2.2	16	90	5	54	22	8	0	68	1.16
99214690--99214726	16	2.3	17	81	13	51	21	8	0	70	1.13
99215833--99215921	38	2.4	38	92	1	153	37	2	4	56	1.32
99215835--99215946	38	3.3	34	84	12	133	39	1	5	53	1.34
99216088--99216150	31	2.1	28	82	8	72	41	0	6	52	1.27
99216274--99216303	15	1.9	16	93	6	53	80	3	13	3	0.97
99216293--99216332	16	2.8	13	80	20	53	67	2	30	0	1.04
99217338--99217453	51	2.2	54	81	4	139	18	19	19	42	1.90
99217578--99217697	18	6.6	18	74	7	73	40	10	12	36	1.78
99218628--99218704	9	8.6	9	85	0	100	45	20	7	25	1.78
99218628--99218704	36	2.1	36	90	0	118	45	20	7	25	1.78
99218727--99218770	6	7.0	6	85	10	61	18	0	4	77	0.94
99218795--99218819	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
99218921--99218957	18	2.1	18	89	0	56	27	13	13	45	1.81
99219434--99219476	22	2.0	22	100	0	86	11	27	27	32	1.92
99225896--99225937	19	2.3	19	87	4	59	26	4	0	69	1.08
99225915--99226285	26	14.2	25	74	12	277	29	4	4	60	1.37
99231629--99231662	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
99245368--99245426	28	2.2	26	85	11	84	42	0	3	54	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99249911--99250057	37	3.4	44	74	18	121	30	51	0	18	1.47
99249969--99250043	37	2.0	37	94	0	132	29	52	0	18	1.46
99249985--99250057	18	4.0	18	71	16	69	27	54	0	17	1.43
99250438--99250473	7	4.9	8	83	16	51	36	0	0	63	0.94
99250439--99250473	14	2.4	14	95	4	61	34	0	0	65	0.93
99254547--99254591	21	2.1	21	87	0	63	40	22	20	17	1.92
99257118--99257184	13	5.2	13	77	10	57	76	0	22	1	0.87
99257112--99257183	38	1.9	37	88	2	108	77	0	20	1	0.84
99257108--99257181	25	2.9	24	84	15	87	78	0	20	1	0.83
99258588--99258797	45	4.7	45	67	15	146	29	20	24	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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