genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  194  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63305281--63305459	61	2.9	62	89	0	270	25	26	19	27	1.99
63305435--63305563	50	2.5	51	86	5	181	24	21	17	36	1.94
63307569--63307940	88	4.2	88	86	4	482	34	21	24	19	1.97
63307569--63307940	177	2.1	176	84	4	482	34	21	24	19	1.97
63309535--63309701	3	54.7	3	70	9	97	29	7	2	60	1.36
63309551--63309696	28	5.4	28	77	13	119	29	7	2	60	1.35
63309540--63309696	68	2.3	68	79	5	176	29	7	2	60	1.38
63309620--63309697	13	5.8	13	76	20	72	29	7	0	62	1.23
63310929--63310987	26	2.3	26	84	0	73	52	3	6	37	1.45
63315027--63315065	12	3.1	12	85	7	51	58	7	0	33	1.26
63317475--63317503	13	2.1	14	93	6	51	82	0	17	0	0.66
63325552--63325578	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
63340795--63340847	3	17.7	3	100	0	106	0	32	0	67	0.91
63341429--63341476	25	2.0	24	83	4	60	45	8	6	39	1.59
63342459--63342550	45	2.0	45	100	0	184	33	20	10	34	1.88
63347781--63347821	22	2.0	20	85	9	55	51	4	14	29	1.63
63347832--63347883	26	2.0	26	100	0	104	53	15	0	30	1.42
63354866--63354924	31	1.9	31	100	0	118	33	0	22	44	1.53
63366858--63366884	13	2.1	13	100	0	54	85	0	0	14	0.61
63367465--63367511	24	1.9	25	91	4	78	44	4	0	51	1.21
63376702--63376749	23	2.2	22	85	7	62	60	6	4	29	1.40
63383121--63383145	12	2.1	12	100	0	50	40	36	0	24	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63385116--63385183	24	2.8	24	77	4	66	50	5	8	35	1.58
63387105--63387154	25	1.9	27	88	8	77	50	2	10	38	1.48
63398741--63398877	35	3.9	34	80	8	132	37	16	20	25	1.93
63402516--63402554	15	2.6	15	95	0	69	53	10	23	12	1.69
63402488--63402565	15	5.2	15	74	9	52	55	14	19	11	1.69
63406758--63406846	30	3.0	30	77	11	85	57	15	17	8	1.64
63406769--63406846	15	5.2	15	75	6	68	56	15	17	10	1.66
63414136--63414221	40	2.2	39	82	2	109	25	15	27	31	1.95
63414236--63414306	28	2.5	29	81	4	83	32	19	25	22	1.98
63419470--63419799	129	2.6	126	82	3	399	25	17	20	36	1.94
63424914--63424946	17	1.9	17	88	11	50	21	6	3	69	1.24
63424923--63424985	30	2.1	30	91	5	101	25	4	11	58	1.51
63425107--63425139	10	3.0	11	86	13	50	72	0	0	27	0.85
63426605--63426680	33	2.3	32	78	10	82	34	14	23	27	1.94
63430180--63430292	23	4.9	23	76	11	99	33	18	23	24	1.97
63430166--63430293	45	2.7	46	80	11	145	32	19	22	25	1.98
63430979--63431087	26	4.2	26	95	0	200	32	6	25	35	1.81
63432813--63432861	21	2.3	21	86	6	64	12	2	55	30	1.48
63440138--63440189	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
63441733--63441792	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
63441742--63441775	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
63443130--63443181	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63443175--63443213	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
63445547--63445606	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
63445556--63445589	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
63446059--63446186	39	3.3	39	88	0	184	22	26	19	31	1.98
63454256--63454380	39	3.2	39	88	0	187	23	24	20	32	1.98
63457976--63458114	21	6.3	21	66	19	61	47	21	2	28	1.65
63458137--63458193	21	2.7	21	86	2	69	50	24	0	24	1.49
63462516--63462615	19	5.3	19	67	20	75	40	1	6	53	1.32
63462535--63462599	24	2.8	23	73	11	62	40	1	3	55	1.25
63462515--63462645	39	3.4	39	90	5	207	40	0	4	54	1.26
63462571--63462632	19	3.2	20	69	15	58	40	0	3	56	1.15
63462611--63462671	29	2.1	29	85	11	81	47	0	0	52	1.00
63462612--63462679	29	2.3	28	80	16	75	45	0	0	54	0.99
63462937--63463183	9	27.7	9	85	2	311	44	22	0	32	1.59
63469698--63469740	21	2.0	21	90	0	68	27	20	51	0	1.48
63471455--63471655	40	5.1	39	82	6	167	28	27	18	25	1.98
63471477--63471655	40	4.5	39	85	2	241	27	25	18	27	1.98
63471477--63471655	79	2.3	79	94	0	304	27	25	18	27	1.98
63478188--63478405	39	5.5	39	88	3	312	27	26	18	27	1.98
63478217--63478405	79	2.4	78	91	1	297	26	26	19	26	1.99
63478188--63478405	118	1.8	118	91	1	357	27	26	18	27	1.98
63480161--63480213	24	2.2	25	86	3	72	20	26	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63486062--63486377	55	5.8	54	78	3	321	37	18	23	20	1.94
63486073--63486365	109	2.7	109	92	0	480	36	18	23	20	1.95
63488643--63488840	42	4.6	42	83	7	213	28	25	15	30	1.95
63488768--63488891	47	2.7	46	84	2	158	29	26	16	27	1.97
63488898--63488924	7	3.9	7	100	0	54	14	25	14	44	1.84
63488923--63489069	31	4.7	31	90	0	213	26	27	19	26	1.99
63489047--63489278	50	4.5	49	86	8	302	27	19	15	37	1.92
63489047--63489278	105	2.2	105	88	4	348	27	19	15	37	1.92
63491838--63491912	23	3.3	23	83	10	84	22	25	20	32	1.98
63492725--63492774	22	2.3	22	96	0	91	30	10	18	42	1.82
63492982--63493178	108	1.8	108	80	4	236	22	27	27	22	1.99
63493790--63493940	43	3.5	43	85	0	203	24	16	28	30	1.97
63494726--63494766	21	2.0	21	85	9	57	75	2	0	21	0.92
63494876--63495027	81	1.9	81	97	1	288	40	10	13	34	1.79
63495711--63495766	28	2.0	28	96	0	103	41	17	8	32	1.81
63497741--63497794	27	2.1	25	83	10	65	31	1	3	62	1.23
63502565--63502607	17	2.6	17	92	3	70	27	16	39	16	1.90
63503191--63503240	22	2.2	22	89	3	73	70	6	8	16	1.32
63503204--63503256	22	2.4	22	81	6	54	73	5	3	16	1.17
63503314--63503343	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
63503575--63503684	3	37.7	3	74	12	95	60	0	6	31	1.28
63503539--63503684	29	5.0	28	69	17	84	60	0	8	30	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63503593--63503684	41	2.2	41	88	0	130	63	1	6	29	1.27
63517699--63517827	51	2.5	51	80	0	168	37	6	13	41	1.70
63522875--63523009	51	2.7	50	81	1	171	37	6	13	42	1.70
63522906--63522982	19	4.4	19	70	21	60	38	6	11	42	1.67
63525024--63525068	17	2.6	17	96	0	81	42	0	11	46	1.39
63528127--63528390	45	5.9	45	93	0	420	25	19	15	39	1.91
63531811--63532029	45	4.9	45	89	2	314	25	18	15	39	1.91
63538388--63538456	34	2.0	34	97	0	129	37	14	5	42	1.70
63547423--63547476	26	2.1	26	100	0	108	33	7	27	31	1.84
63555841--63555904	18	3.5	18	79	10	67	3	34	1	60	1.22
63555840--63555885	17	2.5	17	86	10	56	2	34	0	63	1.07
63555943--63555972	5	5.8	5	92	7	51	36	0	0	63	0.95
63561300--63561412	40	2.8	40	83	2	138	27	21	25	25	1.99
63561316--63561451	40	3.4	40	83	6	150	25	20	26	27	1.99
63569605--63569716	40	2.8	40	84	2	136	27	21	23	27	1.99
63569679--63569840	79	2.0	80	96	1	299	22	19	29	28	1.98
63569661--63569840	40	4.5	40	93	2	301	23	20	28	27	1.99
63575001--63575047	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
63582059--63582119	27	2.3	26	78	13	70	32	1	0	65	1.02
63582059--63582119	25	2.4	26	80	20	67	32	1	0	65	1.02
63583060--63583153	8	10.8	8	73	15	55	71	1	2	25	1.04
63583061--63583149	19	4.9	18	70	13	58	69	1	2	26	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63583080--63583126	17	2.6	18	83	6	60	76	0	4	19	0.95
63583103--63583153	10	5.2	10	74	11	52	72	1	1	23	1.05
63583147--63583172	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
63583867--63583950	40	2.1	40	82	4	98	65	10	3	20	1.38
63592848--63592935	40	2.2	39	80	6	95	40	10	2	46	1.50
63593248--63593331	43	1.9	45	85	4	118	34	26	19	20	1.96
63596962--63596994	9	3.8	9	88	4	50	15	6	0	78	0.93
63596956--63596994	18	2.2	17	90	4	60	17	5	0	76	0.96
63597082--63597125	7	6.0	7	84	10	61	25	0	0	75	0.81
63597084--63597128	23	2.0	23	100	0	90	22	0	0	77	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356