genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10902259--10902366	56	1.9	56	100	0	216	37	12	23	26	1.91
10905365--10905432	35	1.9	35	100	0	136	44	2	8	44	1.50
10911063--10911089	14	1.9	14	100	0	54	37	14	7	40	1.74
10911205--10911232	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
10912651--10912695	23	2.0	23	82	8	56	51	0	0	48	1.00
10918577--10918727	53	2.8	53	88	4	205	30	25	16	27	1.97
10925283--10925319	16	2.3	17	81	13	51	59	0	0	40	0.97
10928546--10928712	46	3.6	46	74	13	171	29	28	19	22	1.98
10931088--10931157	23	3.2	21	84	9	86	38	41	7	12	1.71
10933619--10933819	106	1.9	106	96	0	375	29	20	19	30	1.97
10945756--10945801	3	15.3	3	100	0	92	67	0	32	0	0.91
10951594--10951682	20	4.4	20	80	7	90	25	19	13	41	1.88
10951609--10951682	20	3.7	20	83	1	94	27	17	14	40	1.89
10951609--10951690	41	2.0	41	88	4	121	28	19	13	39	1.89
10954647--10954874	46	5.0	46	87	1	287	41	14	23	21	1.89
10957049--10957130	42	2.0	42	90	0	128	31	24	13	30	1.93
10957064--10957175	42	2.7	42	85	2	136	31	25	12	30	1.93
10957213--10957374	53	3.1	51	79	12	170	30	26	14	27	1.95
10968520--10968742	40	5.6	40	87	3	245	25	21	27	26	1.99
10968594--10968777	79	2.3	80	82	3	221	26	20	27	25	1.99
10975991--10976213	40	5.6	40	86	3	236	25	21	26	26	1.99
10976065--10976248	79	2.3	80	81	3	212	27	20	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10981349--10981385	18	2.0	18	89	5	56	32	8	2	56	1.43
10995017--10995328	126	2.5	127	85	3	380	37	19	16	26	1.93
10998059--10998092	18	2.0	18	88	11	54	35	5	5	52	1.50
11002870--11002910	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
11003376--11003429	28	1.9	29	85	7	76	53	5	3	37	1.42
11005526--11005579	24	2.2	24	90	0	81	14	44	16	24	1.85
11007977--11008008	16	2.0	16	100	0	64	37	25	6	31	1.81
11016761--11016800	16	2.3	18	83	12	57	52	17	0	30	1.45
11020468--11020543	25	3.0	25	90	0	116	46	18	17	18	1.85
11021084--11021165	40	2.0	40	100	0	164	32	13	2	51	1.54
11025990--11026098	21	5.2	21	80	0	137	44	18	19	18	1.88
11025993--11026115	42	2.9	42	88	0	183	47	17	17	18	1.83
11025989--11026114	63	2.0	63	82	0	153	47	17	16	18	1.83
11025990--11026115	21	6.0	21	79	0	135	46	17	17	18	1.84
11026469--11026518	18	2.8	18	75	0	55	32	10	18	40	1.83
11026704--11026803	21	4.8	21	73	9	87	50	14	18	18	1.79
11028591--11028630	21	1.9	21	89	0	62	27	30	15	27	1.96
11033426--11033576	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
11035079--11035115	13	2.8	13	91	4	56	51	21	0	27	1.48
11036374--11036411	17	2.3	16	86	13	51	0	21	0	78	0.74
11036456--11036486	16	1.9	16	93	0	53	16	9	0	74	1.07
11036612--11036649	3	13.0	3	84	15	53	65	0	2	31	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11036749--11036833	44	1.9	44	100	0	170	28	16	9	45	1.78
11039383--11039474	30	3.1	30	82	7	107	53	8	2	35	1.44
11039383--11039474	31	3.1	29	82	4	94	53	8	2	35	1.44
11040405--11040443	16	2.4	17	83	12	55	51	0	2	46	1.14
11041078--11041134	26	2.1	27	87	3	80	29	5	5	59	1.41
11041446--11041499	23	2.3	23	81	6	56	18	12	0	68	1.21
11042140--11042181	14	2.6	16	85	14	52	40	0	9	50	1.35
11043405--11043429	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
11043541--11043708	18	9.3	18	84	0	183	36	10	16	36	1.82
11043541--11043708	54	3.1	54	90	1	266	36	10	16	36	1.82
11043559--11043726	18	9.3	18	79	5	88	37	8	16	37	1.80
11045151--11045226	29	2.6	29	87	4	98	44	14	13	27	1.82
11046093--11046129	17	2.2	17	90	9	58	32	10	5	51	1.60
11047576--11047609	12	2.9	12	95	4	61	35	0	0	64	0.94
11047732--11047794	30	2.1	30	91	5	101	58	7	4	28	1.47
11047824--11047866	22	2.0	22	90	0	68	60	11	9	18	1.57
11051909--11051990	37	2.2	36	83	10	103	53	2	2	41	1.27
11055644--11055713	35	2.0	35	94	0	122	31	17	20	31	1.95
11057158--11057228	35	2.0	35	100	0	142	36	2	25	35	1.71
11061856--11061903	24	1.9	26	84	16	66	58	6	0	35	1.23
11061956--11061990	18	1.9	18	88	0	52	71	5	0	22	1.07
11062347--11062377	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11062916--11062948	17	1.9	17	93	0	57	12	9	0	78	0.95
11063929--11063982	25	2.1	27	86	6	76	74	12	1	11	1.16
11064420--11064459	21	1.9	21	85	10	55	15	7	5	72	1.24
11069393--11069427	16	2.2	16	94	0	61	40	0	0	60	0.97
11069794--11069855	29	2.2	29	94	2	108	50	27	4	17	1.67
11069896--11069925	13	2.2	14	94	5	53	36	36	3	23	1.71
11070585--11070694	26	4.2	26	97	0	193	34	5	23	36	1.78
11076329--11076436	26	4.2	26	95	0	171	34	6	24	35	1.81
11080164--11080339	46	3.8	46	76	10	187	21	20	28	29	1.98
11080161--11080332	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
11083035--11083080	24	2.0	24	83	12	60	28	13	4	54	1.57
11083335--11083461	46	2.8	46	87	2	175	19	23	14	41	1.89
11083430--11083502	38	1.9	38	97	0	137	24	26	16	32	1.96
11086368--11086446	3	26.7	3	75	12	65	58	2	2	36	1.25
11086425--11086456	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
11087289--11087377	22	3.9	22	75	10	72	40	20	22	16	1.91
11087383--11087415	5	6.6	5	86	13	50	81	0	0	18	0.68
11099262--11099497	46	5.2	46	81	4	246	19	23	15	41	1.89
11099280--11099497	91	2.4	92	83	3	269	19	24	15	40	1.90
11101339--11101369	16	2.0	15	93	6	53	74	0	0	25	0.82
11115688--11115736	24	2.0	24	100	0	98	42	20	16	20	1.89
11123237--11123288	27	1.9	27	92	0	86	30	32	23	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11123101--11123365	103	2.6	103	89	4	399	30	29	20	20	1.97
11123693--11123757	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
11123700--11123757	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
11132832--11132910	18	4.6	18	77	15	76	45	8	12	32	1.73
11132838--11132903	16	3.9	16	78	13	53	48	10	13	27	1.75
11132961--11133013	18	3.1	16	79	15	54	43	7	3	45	1.50
11132833--11133280	17	25.1	17	69	15	140	44	10	11	33	1.74
11133042--11133107	21	3.0	22	82	8	82	39	6	9	45	1.61
11133225--11133280	18	3.1	19	76	7	62	41	14	10	33	1.80
11133275--11133325	18	2.9	17	77	8	57	47	7	9	35	1.66
11133822--11133877	7	7.9	7	90	8	78	0	17	0	82	0.68
11133820--11133894	20	4.1	19	75	16	70	0	20	0	80	0.72
11134024--11134049	12	2.2	12	100	0	52	0	7	7	84	0.77
11134183--11134228	3	15.0	3	82	13	58	0	36	0	63	0.95
11134197--11134225	10	2.9	10	100	0	58	0	37	0	62	0.96
11134183--11134228	13	3.7	13	81	18	62	0	36	0	63	0.95
11134284--11134333	10	5.2	10	80	7	59	0	30	0	70	0.88
11134288--11134330	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88
11134578--11134694	30	3.9	29	77	11	94	44	2	21	31	1.66
11134593--11134694	30	3.4	30	83	2	125	44	2	21	31	1.67
11134565--11134694	60	2.2	59	79	4	145	43	2	20	33	1.64
11134690--11134726	15	2.4	16	90	4	58	24	0	2	72	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11134692--11134726	16	2.2	16	89	0	52	20	0	2	77	0.90
11134967--11135267	50	5.7	53	87	8	429	34	18	16	30	1.93
11134967--11135267	105	2.9	105	96	1	543	34	18	16	30	1.93
11135279--11135311	13	2.4	14	95	5	59	69	9	9	12	1.36
11135272--11135319	14	3.5	14	85	5	62	62	8	10	18	1.52
11135395--11137137	72	24.1	72	85	8	2260	34	18	16	30	1.93
11136241--11136272	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00
11136680--11136719	14	2.9	15	85	10	50	52	5	15	27	1.63
11136608--11136790	86	2.1	87	94	3	327	37	15	16	30	1.90
11135303--11137138	441	4.2	442	90	5	2858	34	17	16	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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